src/jalview/util/Comparison.java

   1 package jalview.util;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 \r
   5 public class Comparison {\r
   6 \r
   7   public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj)\r
   8   {\r
   9     return Comparison.compare(ii,jj,0,ii.getLength()-1);\r
  10   }\r
  11   public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj, int start, int end) {\r
  12 \r
  13      String si   = ii.getSequence();\r
  14      String sj   = jj.getSequence();\r
  15 \r
  16      int ilen = end-start+1;\r
  17      int jlen = end-start+1;\r
  18 \r
  19      if ( jalview.util.Comparison.isGap( si.charAt(start+ilen)) )\r
  20       {\r
  21        ilen--;\r
  22 \r
  23        while (jalview.util.Comparison.isGap( si.charAt(start+ilen)))\r
  24        {\r
  25          ilen--;\r
  26        }\r
  27      }\r
  28 \r
  29      if ( jalview.util.Comparison.isGap( sj.charAt(start+jlen)) )\r
  30      {\r
  31        jlen--;\r
  32 \r
  33        while (jalview.util.Comparison.isGap( sj.charAt(start+jlen)))\r
  34        {\r
  35          jlen--;\r
  36        }\r
  37      }\r
  38 \r
  39      int   count = 0;\r
  40      int   match = 0;\r
  41      float pid   = -1;\r
  42 \r
  43      if (ilen > jlen) {\r
  44 \r
  45        for (int j = 0; j < jlen; j++) {\r
  46          if (si.substring(start + j,start + j+1).equals(sj.substring(start + j,start + j+1))) {\r
  47            match++;\r
  48          }\r
  49          count++;\r
  50        }\r
  51        pid = (float)match/(float)ilen * 100;\r
  52      } else {\r
  53        for (int j = 0; j < jlen; j++) {\r
  54          if (si.substring(start + j,start + j+1).equals(sj.substring(start + j,start + j+1))) {\r
  55            match++;\r
  56          }\r
  57          count++;\r
  58        }\r
  59        pid = (float)match/(float)jlen * 100;\r
  60      }\r
  61 \r
  62     return pid;\r
  63   }\r
  64 \r
  65   /**    */\r
  66   public static float PID(Sequence s1 , Sequence s2)\r
  67   {\r
  68     int len;\r
  69 \r
  70     if (s1.getSequence().length() > s2.getSequence().length())\r
  71       len = s1.getSequence().length();\r
  72     else\r
  73       len = s2.getSequence().length();\r
  74 \r
  75 \r
  76     int bad = 0;\r
  77 \r
  78     for (int i = 0; i < len; i++)\r
  79     {\r
  80       char chr1;\r
  81       char chr2;\r
  82 \r
  83       if (i < s1.getSequence().length())\r
  84         chr1 = s1.getSequence().charAt(i);\r
  85       else\r
  86         chr1 = '.';\r
  87 \r
  88 \r
  89       if (i < s2.getSequence().length())\r
  90         chr2 = s2.getSequence().charAt(i);\r
  91       else\r
  92         chr2 = '.';\r
  93 \r
  94 \r
  95       if (!(jalview.util.Comparison.isGap( chr1 ))  &&  !(jalview.util.Comparison.isGap( chr2 )))\r
  96       {\r
  97         if (chr1!=chr2)\r
  98           bad++;\r
  99       }\r
 100     }\r
 101 \r
 102     return (float)100*(len-bad)/len;\r
 103   }\r
 104 \r
 105   public static boolean isGap(char c)\r
 106   {\r
 107     return  (c != '.' && c != '-' && c != ' ') ? false : true;\r
 108   }\r
 109 }\r