src/jalview/util/FileUtils.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.nio.file.FileSystems;
   6 import java.nio.file.FileVisitOption;
   7 import java.nio.file.FileVisitResult;
   8 import java.nio.file.Files;
   9 import java.nio.file.Path;
  10 import java.nio.file.PathMatcher;
  11 import java.nio.file.Paths;
  12 import java.nio.file.SimpleFileVisitor;
  13 import java.nio.file.attribute.BasicFileAttributes;
  14 import java.util.ArrayList;
  15 import java.util.EnumSet;
  16 import java.util.List;
  17 import java.util.stream.Collectors;
  18
  19 public class FileUtils
  20 {
  21   /*
  22    * Given string glob pattern (see
  23    * https://docs.oracle.com/javase/7/docs/api/java/nio/file/FileSystem.html#getPathMatcher(java.lang.String)
  24    * ) return a List of Files that match the pattern.
  25    * Note this is a java style glob, not necessarily a bash-style glob, though there are sufficient similarities.
  26    */
  27   public static List<File> getFilesFromGlob(String pattern)
  28   {
  29     List<File> files = new ArrayList<>();
  30     /*
  31      * For efficiency of the Files.walkFileTree, let's find the longest path that doesn't need globbing.
  32      * We look for the first glob character * { ? and then look for the last File.separator before that.
  33      * Then we can reset the path to look at and shorten the globbing pattern.
  34      * Relative paths can be used in pattern, which work from the pwd (though these are converted into
  35      * full paths in the match).
  36      */
  37     int firstGlobChar = -1;
  38     boolean foundGlobChar = false;
  39     for (char c : new char[] { '*', '{', '?' })
  40     {
  41       if (pattern.indexOf(c) > -1
  42               && (pattern.indexOf(c) < firstGlobChar || !foundGlobChar))
  43       {
  44         firstGlobChar = pattern.indexOf(c);
  45         foundGlobChar = true;
  46       }
  47     }
  48     int lastFS = pattern.lastIndexOf(File.separatorChar, firstGlobChar);
  49     if (foundGlobChar)
  50     {
  51       String pS = pattern.substring(0, lastFS + 1);
  52       String rest = pattern.substring(lastFS + 1);
  53       Path parentDir = Paths.get(pS).toAbsolutePath();
  54       if (parentDir.toFile().exists())
  55       {
  56         try
  57         {
  58           String glob = "glob:" + parentDir.toString() + File.separator
  59                   + rest;
  60           PathMatcher pm = FileSystems.getDefault().getPathMatcher(glob);
  61           int maxDepth = rest.contains("**") ? Integer.MAX_VALUE
  62                   : (int) (rest.chars()
  63                           .filter(ch -> ch == File.separatorChar).count())
  64                           + 1;
  65           Files.walkFileTree(parentDir,
  66                   EnumSet.of(FileVisitOption.FOLLOW_LINKS), maxDepth,
  67                   new SimpleFileVisitor<Path>()
  68                   {
  69                     @Override
  70                     public FileVisitResult visitFile(Path path,
  71                             BasicFileAttributes attrs) throws IOException
  72                     {
  73                       if (pm.matches(path))
  74                       {
  75                         files.add(path.toFile());
  76                       }
  77                       return FileVisitResult.CONTINUE;
  78                     }
  79
  80                     @Override
  81                     public FileVisitResult visitFileFailed(Path file,
  82                             IOException exc) throws IOException
  83                     {
  84                       return FileVisitResult.CONTINUE;
  85                     }
  86                   });
  87         } catch (IOException e)
  88         {
  89           e.printStackTrace();
  90         }
  91       }
  92     }
  93     else
  94     {
  95       // no wildcards
  96       File f = new File(pattern);
  97       if (f.exists())
  98       {
  99         files.add(f);
 100       }
 101     }
 102
 103     return files;
 104   }
 105
 106   public static List<String> getFilenamesFromGlob(String pattern)
 107   {
 108     // convert list of Files to list of File.getPath() Strings
 109     return getFilesFromGlob(pattern).stream().map(f -> f.getPath())
 110             .collect(Collectors.toList());
 111   }
 112
 113 }