src/jalview/util/Platform.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import jalview.javascript.json.JSON;
  24
  25 import java.awt.Component;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.Toolkit;
  28 import java.awt.event.MouseEvent;
  29 import java.io.BufferedReader;
  30 import java.io.File;
  31 import java.io.FileOutputStream;
  32 import java.io.FileReader;
  33 import java.io.IOException;
  34 import java.io.InputStream;
  35 import java.io.InputStreamReader;
  36 import java.io.Reader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.HashMap;
  39 import java.util.HashSet;
  40 import java.util.Properties;
  41 import java.util.Set;
  42 import java.util.logging.ConsoleHandler;
  43 import java.util.logging.Level;
  44 import java.util.logging.Logger;
  45
  46 import javax.swing.SwingUtilities;
  47
  48 import org.json.simple.parser.JSONParser;
  49 import org.json.simple.parser.ParseException;
  50
  51 import com.stevesoft.pat.Regex;
  52
  53 import swingjs.api.JSUtilI;
  54
  55 /**
  56  * System platform information used by Applet and Application
  57  *
  58  * @author Jim Procter
  59  */
  60 public class Platform
  61 {
  62
  63   private static boolean isJS = /** @j2sNative true || */
  64           false;
  65
  66   private static JSUtilI jsutil = /**
  67                                    * @j2sNative new Clazz.new_("swingjs.JSUtil")
  68                                    *            ||
  69                                    */
  70           null;
  71
  72
  73   private static Boolean isNoJSMac = null, isNoJSWin = null, isMac = null,
  74           isWin = null;
  75
  76   // private static Boolean isHeadless = null;
  77
  78   /**
  79    * added to group mouse events into Windows and nonWindows (mac, unix, linux)
  80    *
  81    * @return
  82    */
  83   public static boolean isMac()
  84   {
  85     return (isMac == null
  86             ? (isMac = (System.getProperty("os.name").indexOf("Mac") >= 0))
  87             : isMac);
  88   }
  89
  90   /**
  91    * added to group mouse events into Windows and nonWindows (mac, unix, linux)
  92    *
  93    * @return
  94    */
  95   public static boolean isWin()
  96   {
  97     return (isWin == null
  98             ? (isWin = (System.getProperty("os.name").indexOf("Win") >= 0))
  99             : isWin);
 100   }
 101
 102   /**
 103    *
 104    * @return true if HTML5 JavaScript
 105    */
 106   public static boolean isJS()
 107   {
 108     return isJS;
 109   }
 110
 111   /**
 112    * sorry folks - Macs really are different
 113    *
 114    * BH: disabled for SwingJS -- will need to check key-press issues
 115    *
 116    * @return true if we do things in a special way.
 117    */
 118   public static boolean isAMacAndNotJS()
 119   {
 120     return (isNoJSMac == null ? (isNoJSMac = !isJS && isMac()) : isNoJSMac);
 121   }
 122
 123   /**
 124    * Check if we are on a Microsoft plaform...
 125    *
 126    * @return true if we have to cope with another platform variation
 127    */
 128   public static boolean isWindowsAndNotJS()
 129   {
 130     return (isNoJSWin == null ? (isNoJSWin = !isJS && isWin()) : isNoJSWin);
 131   }
 132
 133   // /**
 134   // *
 135   // * @return true if we are running in non-interactive no UI mode
 136   // */
 137   // public static boolean isHeadless()
 138   // {
 139   // if (isHeadless == null)
 140   // {
 141   // isHeadless = "true".equals(System.getProperty("java.awt.headless"));
 142   // }
 143   // return isHeadless;
 144   // }
 145
 146   /**
 147    *
 148    * @return nominal maximum command line length for this platform
 149    */
 150   public static int getMaxCommandLineLength()
 151   {
 152     // TODO: determine nominal limits for most platforms.
 153     return 2046; // this is the max length for a windows NT system.
 154   }
 155
 156   /**
 157    * escape a string according to the local platform's escape character
 158    *
 159    * @param file
 160    * @return escaped file
 161    */
 162   public static String escapeString(String file)
 163   {
 164     StringBuffer f = new StringBuffer();
 165     int p = 0, lastp = 0;
 166     while ((p = file.indexOf('\\', lastp)) > -1)
 167     {
 168       f.append(file.subSequence(lastp, p));
 169       f.append("\\\\");
 170       lastp = p + 1;
 171     }
 172     f.append(file.substring(lastp));
 173     return f.toString();
 174   }
 175
 176   /**
 177    * Answers true if the mouse event has Meta-down (Command key on Mac) or
 178    * Ctrl-down (on other o/s). Note this answers _false_ if the Ctrl key is
 179    * pressed instead of the Meta/Cmd key on Mac. To test for Ctrl-pressed on
 180    * Mac, you can use e.isPopupTrigger().
 181    *
 182    * @param e
 183    * @return
 184    */
 185   public static boolean isControlDown(MouseEvent e)
 186   {
 187     return isControlDown(e, isMac());
 188   }
 189
 190   /**
 191    * Overloaded version of method (to allow unit testing)
 192    *
 193    * @param e
 194    * @param aMac
 195    * @return
 196    */
 197   protected static boolean isControlDown(MouseEvent e, boolean aMac)
 198   {
 199     if (!aMac)
 200     {
 201       return e.isControlDown();
 202     }
 203     // answer false for right mouse button
 204     // shortcut key will be META for a Mac
 205     return !e.isPopupTrigger()
 206             && (Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()
 207                     & e.getModifiers()) != 0;
 208     // could we use e.isMetaDown() here?
 209   }
 210
 211   // BH: I don't know about that previous method. Here is what SwingJS uses.
 212   // Notice the distinction in mouse events. (BUTTON3_MASK == META)
 213   //
 214   // private static boolean isPopupTrigger(int id, int mods, boolean isWin) {
 215   // boolean rt = ((mods & InputEvent.BUTTON3_MASK) != 0);
 216   // if (isWin) {
 217   // if (id != MouseEvent.MOUSE_RELEASED)
 218   // return false;
 219   ////
 220   //// // Oddly, Windows returns InputEvent.META_DOWN_MASK on release, though
 221   //// // BUTTON3_DOWN_MASK for pressed. So here we just accept both.
 222   ////
 223   //// actually, we can use XXX_MASK, not XXX_DOWN_MASK and avoid this issue,
 224   // because
 225   //// J2S adds the appropriate extended (0x3FC0) and simple (0x3F) modifiers.
 226   ////
 227   // return rt;
 228   // } else {
 229   // // mac, linux, unix
 230   // if (id != MouseEvent.MOUSE_PRESSED)
 231   // return false;
 232   // boolean lt = ((mods & InputEvent.BUTTON1_MASK) != 0);
 233   // boolean ctrl = ((mods & InputEvent.CTRL_MASK) != 0);
 234   // return rt || (ctrl && lt);
 235   // }
 236   // }
 237   //
 238
 239   /**
 240    * Windows (not Mac, Linux, or Unix) and right button to test for the
 241    * right-mouse pressed event in Windows that would have opened a menu or a
 242    * Mac.
 243    *
 244    * @param e
 245    * @return
 246    */
 247   public static boolean isWinRightButton(MouseEvent e)
 248   {
 249     // was !isAMac(), but that is true also for Linux and Unix and JS,
 250
 251     return isWin() && SwingUtilities.isRightMouseButton(e);
 252   }
 253
 254   /**
 255    * Windows (not Mac, Linux, or Unix) and middle button -- for mouse wheeling
 256    * without pressing the button.
 257    *
 258    * @param e
 259    * @return
 260    */
 261   public static boolean isWinMiddleButton(MouseEvent e)
 262   {
 263     // was !isAMac(), but that is true also for Linux and Unix and JS
 264     return isWin() && SwingUtilities.isMiddleMouseButton(e);
 265   }
 266
 267   public static boolean allowMnemonics()
 268   {
 269     return !isMac();
 270   }
 271
 272   public final static int TIME_RESET = 0;
 273
 274   public final static int TIME_MARK = 1;
 275
 276   public static final int TIME_SET = 2;
 277
 278   public static final int TIME_GET = 3;
 279
 280   public static long time, mark, set, duration;
 281
 282   /**
 283    * typical usage:
 284    *
 285    * Platform.timeCheck(null, Platform.TIME_MARK);
 286    *
 287    * ...
 288    *
 289    * Platform.timeCheck("some message", Platform.TIME_MARK);
 290    *
 291    * reset...[set/mark]n...get
 292    *
 293    * @param msg
 294    * @param mode
 295    */
 296   public static void timeCheck(String msg, int mode)
 297   {
 298     long t = System.currentTimeMillis();
 299     switch (mode)
 300     {
 301     case TIME_RESET:
 302       time = mark = t;
 303       duration = 0;
 304       if (msg != null)
 305       {
 306         System.err.println("Platform: timer reset\t\t\t" + msg);
 307       }
 308       break;
 309     case TIME_MARK:
 310       if (set > 0)
 311       {
 312         // total time between set/mark points
 313         duration += (t - set);
 314       }
 315       else
 316       {
 317         if (time == 0)
 318         {
 319           time = mark = t;
 320         }
 321         if (msg != null)
 322         {
 323           System.err.println("Platform: timer mark\t" + ((t - time) / 1000f)
 324                   + "\t" + ((t - mark) / 1000f) + "\t" + msg);
 325         }
 326         mark = t;
 327       }
 328       break;
 329     case TIME_SET:
 330       set = t;
 331       break;
 332     case TIME_GET:
 333       if (msg != null)
 334       {
 335         System.err.println("Platform: timer get\t" + ((t - time) / 1000f)
 336                 + "\t" + ((duration) / 1000f) + "\t" + msg);
 337       }
 338       set = 0;
 339       break;
 340     }
 341   }
 342
 343   /**
 344    * Encode the URI using JavaScript encodeURIComponent
 345    *
 346    * @param value
 347    * @return encoded value
 348    */
 349   public static String encodeURI(String value)
 350   {
 351     /**
 352      * @j2sNative value = encodeURIComponent(value);
 353      */
 354     return value;
 355   }
 356
 357   /**
 358    * Open the URL using a simple window call if this is JavaScript
 359    *
 360    * @param url
 361    * @return true if window has been opened
 362    */
 363   public static boolean openURL(String url) throws IOException
 364   {
 365     if (!isJS())
 366     {
 367       BrowserLauncher.openURL(url);
 368       return false;
 369     }
 370     /**
 371      * @j2sNative
 372      *
 373      *
 374      *            window.open(url);
 375      */
 376     return true;
 377   }
 378
 379   public static void stackTrace()
 380   {
 381     new NullPointerException("testing only").printStackTrace();
 382   }
 383
 384   public static void cacheFileData(String path, Object data)
 385   {
 386     if (isJS())
 387     {
 388       jsutil.cachePathData(path, data);
 389     }
 390   }
 391
 392   public static void cacheFileData(File file)
 393   {
 394     if (isJS())
 395     {
 396       byte[] bytes = getFileBytes(file);
 397       if (bytes != null)
 398       {
 399         cacheFileData(file.toString(), bytes);
 400       }
 401     }
 402   }
 403
 404   public static byte[] getFileBytes(File f)
 405   {
 406     return (isJS() && f != null ? jsutil.getBytes(f) : null);
 407   }
 408
 409   public static byte[] getFileAsBytes(String fileStr)
 410   {
 411     byte[] bytes = (isJS() && fileStr != null
 412             ? (byte[]) jsutil.getFile(fileStr, false)
 413             : null);
 414     if (bytes != null)
 415     {
 416       cacheFileData(fileStr, bytes);
 417     }
 418     return bytes;
 419   }
 420
 421   public static String getFileAsString(String url)
 422   {
 423     String ret = null;
 424     if (isJS())
 425     {
 426       ret = (String) jsutil.getFile(url, true);
 427       if (ret != null)
 428       {
 429         cacheFileData(url, ret);
 430       }
 431     }
 432     return ret;
 433   }
 434
 435   public static boolean setFileBytes(File f, String urlstring)
 436   {
 437     if (!isJS())
 438     {
 439       return false;
 440     }
 441     byte[] bytes = getFileAsBytes(urlstring);
 442     boolean ok = false;
 443     try
 444     {
 445       jsutil.setFileBytes(f, bytes);
 446     } catch (Throwable t)
 447     {
 448       System.out.println("Platform.setFileBytes failed: " + t);
 449     }
 450     return ok;
 451   }
 452
 453   public static void addJ2SBinaryType(String ext)
 454   {
 455     if (isJS())
 456     {
 457       jsutil.addBinaryFileType(ext);
 458     }
 459   }
 460
 461   /**
 462    * Read the Info block for this applet.
 463    *
 464    * @param prefix
 465    *          "jalview_"
 466    * @param p
 467    * @return unique id for this applet
 468    */
 469   public static void readInfoProperties(String prefix, Properties p)
 470   {
 471     if (isJS())
 472     {
 473       jsutil.readInfoProperties(prefix, p);
 474     }
 475   }
 476
 477   public static void setAjaxJSON(URL url)
 478   {
 479     if (isJS())
 480     {
 481       JSON.setAjax(url);
 482     }
 483   }
 484
 485   public static Object parseJSON(InputStream response)
 486           throws IOException, ParseException
 487   {
 488     if (isJS())
 489     {
 490       return JSON.parse(response);
 491     }
 492
 493     BufferedReader br = null;
 494     try
 495     {
 496       br = new BufferedReader(new InputStreamReader(response, "UTF-8"));
 497       return new JSONParser().parse(br);
 498     } finally
 499     {
 500       if (br != null)
 501       {
 502         try
 503         {
 504           br.close();
 505         } catch (IOException e)
 506         {
 507           // ignore
 508         }
 509       }
 510     }
 511   }
 512
 513   public static Object parseJSON(String json) throws ParseException
 514   {
 515     return (isJS() ? JSON.parse(json) : new JSONParser().parse(json));
 516   }
 517
 518   public static Object parseJSON(Reader r)
 519           throws IOException, ParseException
 520   {
 521     if (r == null)
 522     {
 523       return null;
 524     }
 525
 526     if (!isJS())
 527     {
 528       return new JSONParser().parse(r);
 529     }
 530     // Using a file reader is not currently supported in SwingJS JavaScript
 531
 532     if (r instanceof FileReader)
 533     {
 534       throw new IOException(
 535               "StringJS does not support FileReader parsing for JSON -- but it could...");
 536     }
 537     return JSON.parse(r);
 538
 539   }
 540
 541   /**
 542    * Dump the input stream to an output file.
 543    *
 544    * @param is
 545    * @param outFile
 546    * @throws IOException
 547    *           if the file cannot be created or there is a problem reading the
 548    *           input stream.
 549    */
 550   public static void streamToFile(InputStream is, File outFile)
 551           throws IOException
 552   {
 553     if (isJS() && jsutil.streamToFile(is, outFile))
 554     {
 555       return;
 556     }
 557     FileOutputStream fio = new FileOutputStream(outFile);
 558     try
 559     {
 560       byte[] bb = new byte[32 * 1024];
 561       int l;
 562       while ((l = is.read(bb)) > 0)
 563       {
 564         fio.write(bb, 0, l);
 565       }
 566     } finally
 567     {
 568       fio.close();
 569     }
 570   }
 571
 572   /**
 573    * Add a known domain that implements access-control-allow-origin:*
 574    *
 575    * These should be reviewed periodically.
 576    *
 577    * @param domain
 578    *          for a service that is not allowing ajax
 579    *
 580    * @author hansonr@stolaf.edu
 581    *
 582    */
 583   public static void addJ2SDirectDatabaseCall(String domain)
 584   {
 585
 586     if (isJS())
 587     {
 588       jsutil.addDirectDatabaseCall(domain);
 589     }
 590   }
 591
 592   /**
 593    * Retrieve the first query field as command arguments to Jalview. Include
 594    * only if prior to "?j2s" or "&j2s" or "#". Assign the applet's __Info.args
 595    * element to this value.
 596    */
 597
 598   @SuppressWarnings("unused")
 599   public static void getURLCommandArguments()
 600   {
 601     if (!isJS())
 602     {
 603       return;
 604     }
 605     String[] args = null;
 606     /**
 607      * @j2sNative args =
 608      *            decodeURI((document.location.href.replace("&","?").split("?j2s")[0]
 609      *            + "?").split("?")[1].split("#")[0]); args && (args =
 610      *            args.split(" "));
 611      */
 612     if (args != null)
 613     {
 614       jsutil.setAppletInfo("args", args);
 615     }
 616
 617   }
 618
 619   public static URL getDocumentBase()
 620   {
 621     return (isJS() ? jsutil.getDocumentBase() : null);
 622   }
 623
 624   public static URL getCodeBase()
 625   {
 626     return (isJS() ? jsutil.getCodeBase() : null);
 627   }
 628
 629   public static void ensureJmol()
 630   {
 631     if (isJS())
 632     {
 633       jsutil.loadResourceIfClassUnknown("core/core_jvjmol.z.js",
 634               "org.jmol.viewer.Viewer");
 635     }
 636   }
 637
 638   public static void ensureRegex()
 639   {
 640     if (isJS())
 641     {
 642     jsutil.loadResourceIfClassUnknown("core/core_stevesoft.z.js",
 643             "com.stevesoft.pat.Regex");
 644     }
 645   }
 646
 647   public static Regex newRegex(String searchString, String replaceString)
 648   {
 649     ensureRegex();
 650     return (replaceString == null ? new Regex(searchString)
 651             : new Regex(searchString, replaceString));
 652   }
 653
 654   public static Regex newRegexPerl(String code)
 655   {
 656     ensureRegex();
 657     return Regex.perlCode(code);
 658   }
 659
 660   /**
 661    * Initialize Java debug logging. A representative sample -- adapt as desired.
 662    */
 663   public static void startJavaLogging()
 664   {
 665     /**
 666      * @j2sIgnore
 667      */
 668     {
 669       logClass("java.awt.EventDispatchThread", "java.awt.EventQueue",
 670               "java.awt.Component", "java.awt.focus.Component",
 671               "java.awt.event.Component",
 672               "java.awt.focus.DefaultKeyboardFocusManager");
 673     }
 674   }
 675
 676   /**
 677    * Initiate Java logging for a given class. Only for Java, not JavaScript;
 678    * Allows debugging of complex event processing.
 679    *
 680    * @param className
 681    */
 682   public static void logClass(String... classNames)
 683   {
 684     /**
 685      * @j2sIgnore
 686      *
 687      *
 688      */
 689     {
 690       Logger rootLogger = Logger.getLogger("");
 691       rootLogger.setLevel(Level.ALL);
 692       ConsoleHandler consoleHandler = new ConsoleHandler();
 693       consoleHandler.setLevel(Level.ALL);
 694       for (int i = classNames.length; --i >= 0;)
 695       {
 696         Logger logger = Logger.getLogger(classNames[i]);
 697         logger.setLevel(Level.ALL);
 698         logger.addHandler(consoleHandler);
 699       }
 700     }
 701   }
 702
 703   /**
 704    * Set the "app" property of the HTML5 applet object, for example,
 705    * "testApplet.app", to point to the Jalview instance. This will be the object
 706    * that page developers use that is similar to the original Java applet object
 707    * that was accessed via LiveConnect.
 708    *
 709    * @param app
 710    */
 711   public static void setAppClass(Object app)
 712   {
 713     if (isJS())
 714     {
 715       jsutil.setAppletAttribute("app", app);
 716     }
 717   }
 718
 719   /**
 720    * Retrieve the object's embedded size from a div's style on a page if
 721    * embedded in SwingJS.
 722    *
 723    * @param frame
 724    *          JFrame or JInternalFrame
 725    * @param defaultWidth
 726    *          use -1 to return null (no default size)
 727    * @param defaultHeight
 728    * @return the embedded dimensions or null (no default size or not embedded)
 729    */
 730   public static Dimension getDimIfEmbedded(Component frame,
 731           int defaultWidth, int defaultHeight)
 732   {
 733     Dimension d = (Dimension) getEmbeddedAttribute(frame, "dim");
 734     return (d == null && defaultWidth >= 0
 735             ? new Dimension(defaultWidth, defaultHeight)
 736             : d);
 737   }
 738
 739   /**
 740    *
 741    * If this frame Is this frame embedded in a web page, return a known type.
 742    *
 743    * @param frame
 744    *          a JFrame or JInternalFrame
 745    * @param type
 746    * @return null if frame is not embedded.
 747    */
 748   public static Object getEmbeddedAttribute(Component frame, String type)
 749   {
 750     return (isJS() ? jsutil.getEmbeddedAttribute(frame, type) : null);
 751   }
 752
 753   /**
 754    * Only called for JavaScript.
 755    *
 756    * @return Map for static singleton classes unique to a given applet
 757    */
 758   public static HashMap<?, ?> getJSSingletons()
 759   {
 760     return (isJS() ? jsutil.getJSContext("jssingletons") : null);
 761   }
 762
 763   /**
 764    * By designating initialCapacity and loadFactor, we tell SwingJS to use a
 765    * standard (slower) Java HashMap to back this HashSet, thus providing exactly
 766    * the same iterator order (until a new Java version changes it!)
 767    *
 768    * @return a standard Java HashSet
 769    */
 770   public static Set<String> getJavaOrderedHashSet()
 771   {
 772     return new HashSet<>(16, 0.75f);
 773   }
 774
 775   /**
 776    * Switch the flag in SwingJS to use or not use the JavaScript Map object in
 777    * any Hashtable, HashMap, or HashSet. Default is enabled.
 778    *
 779    * For testing purposes only.
 780    *
 781    */
 782   public static boolean setJavaScriptMapObjectEnabled(boolean enabled)
 783   {
 784     if (!isJS())
 785     {
 786       return false;
 787     }
 788     jsutil.setJavaScriptMapObjectEnabled(enabled);
 789     HashSet<String> hs = new HashSet<>();
 790     // Java hash table iterator in HashMap will return "one" before "two"
 791     // because of its hash code;
 792     // JavaScript Map object will return "two" first because it was added first.
 793     hs.add("two");
 794     hs.add("one");
 795     return (hs.iterator().next() == (enabled ? "two" : "one"));
 796   }
 797 }