src/jalview/util/ShiftList.java

   1 package jalview.util;\r
   2 \r
   3 import java.util.*;\r
   4 \r
   5 /**\r
   6  * ShiftList\r
   7  * Simple way of mapping a linear series to a new linear range with new points introduced.\r
   8  * Use at your own risk!\r
   9  * <p>Title: ShiftList</p>\r
  10  *\r
  11  * <p>Description: </p>\r
  12  *\r
  13  * <p>Copyright: Copyright (c) 2004</p>\r
  14  *\r
  15  * <p>Company: Dundee University</p>\r
  16  *\r
  17  * @author not attributable\r
  18  * @version 1.0\r
  19  */\r
  20 public class ShiftList\r
  21 {\r
  22     Vector shifts;\r
  23   public ShiftList()\r
  24   {\r
  25     shifts = new Vector();\r
  26   }\r
  27 \r
  28   /**\r
  29    * addShift\r
  30    * @param pos start position for shift (in original reference frame)\r
  31    * @param shift length of shift\r
  32    */\r
  33   public void addShift(int pos, int shift)\r
  34   {\r
  35     int sidx = 0;\r
  36     int[] rshift=null;\r
  37     while (sidx<shifts.size() && (rshift=(int[]) shifts.elementAt(sidx))[0]<pos)\r
  38       sidx++;\r
  39     if (sidx==shifts.size())\r
  40       shifts.insertElementAt(new int[] { pos, shift}, sidx);\r
  41     else\r
  42       rshift[1]+=shift;\r
  43   }\r
  44 \r
  45   /**\r
  46    * shift\r
  47    *\r
  48    * @param pos int\r
  49    * @return int shifted position\r
  50    */\r
  51   public int shift(int pos)\r
  52   {\r
  53     if (shifts.size()==0)\r
  54       return pos;\r
  55     int shifted=pos;\r
  56     int sidx=0;\r
  57     int rshift[];\r
  58     while (sidx<shifts.size()\r
  59            &&\r
  60            (rshift=((int[]) shifts.elementAt(sidx++)))[0]<=pos) {\r
  61       shifted += rshift[1];\r
  62     }\r
  63     return shifted;\r
  64   }\r
  65 \r
  66   /**\r
  67    * clear all shifts\r
  68    */\r
  69   public void clear()\r
  70   {\r
  71     shifts.removeAllElements();\r
  72   }\r
  73 \r
  74 }\r