src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel;
  22
  23 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  24 import jalview.analysis.Conservation;
  25 import jalview.analysis.TreeModel;
  26 import jalview.api.AlignCalcManagerI;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  29 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  30 import jalview.api.ViewStyleI;
  31 import jalview.commands.CommandI;
  32 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  36 import jalview.datamodel.Annotation;
  37 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  38 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  39 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  40 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  41 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  42 import jalview.datamodel.Sequence;
  43 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  44 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  45 import jalview.datamodel.SequenceI;
  46 import jalview.renderer.ResidueShader;
  47 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  48 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  49 import jalview.structure.CommandListener;
  50 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  51 import jalview.structure.VamsasSource;
  52 import jalview.util.Comparison;
  53 import jalview.util.MapList;
  54 import jalview.util.MappingUtils;
  55 import jalview.util.MessageManager;
  56 import jalview.viewmodel.styles.ViewStyle;
  57 import jalview.workers.AlignCalcManager;
  58 import jalview.workers.ComplementConsensusThread;
  59 import jalview.workers.ConsensusThread;
  60 import jalview.workers.StrucConsensusThread;
  61
  62 import java.awt.Color;
  63 import java.beans.PropertyChangeSupport;
  64 import java.util.ArrayDeque;
  65 import java.util.ArrayList;
  66 import java.util.BitSet;
  67 import java.util.Deque;
  68 import java.util.HashMap;
  69 import java.util.Hashtable;
  70 import java.util.Iterator;
  71 import java.util.List;
  72 import java.util.Map;
  73
  74 /**
  75  * base class holding visualization and analysis attributes and common logic for
  76  * an active alignment view displayed in the GUI
  77  *
  78  * @author jimp
  79  *
  80  */
  81 public abstract class AlignmentViewport
  82         implements AlignViewportI, CommandListener, VamsasSource
  83 {
  84   protected ViewportRanges ranges;
  85
  86   protected ViewStyleI viewStyle = new ViewStyle();
  87
  88   /**
  89    * A viewport that hosts the cDna view of this (protein), or vice versa (if
  90    * set).
  91    */
  92   AlignViewportI codingComplement = null;
  93
  94   FeaturesDisplayedI featuresDisplayed = null;
  95
  96   protected Deque<CommandI> historyList = new ArrayDeque<>();
  97
  98   protected Deque<CommandI> redoList = new ArrayDeque<>();
  99
 100   /**
 101    * alignment displayed in the viewport. Please use get/setter
 102    */
 103   protected AlignmentI alignment;
 104
 105   public AlignmentViewport(AlignmentI al)
 106   {
 107     setAlignment(al);
 108     ranges = new ViewportRanges(al);
 109   }
 110
 111   /**
 112    * @param name
 113    * @see jalview.api.ViewStyleI#setFontName(java.lang.String)
 114    */
 115   @Override
 116   public void setFontName(String name)
 117   {
 118     viewStyle.setFontName(name);
 119   }
 120
 121   /**
 122    * @param style
 123    * @see jalview.api.ViewStyleI#setFontStyle(int)
 124    */
 125   @Override
 126   public void setFontStyle(int style)
 127   {
 128     viewStyle.setFontStyle(style);
 129   }
 130
 131   /**
 132    * @param size
 133    * @see jalview.api.ViewStyleI#setFontSize(int)
 134    */
 135   @Override
 136   public void setFontSize(int size)
 137   {
 138     viewStyle.setFontSize(size);
 139   }
 140
 141   /**
 142    * @return
 143    * @see jalview.api.ViewStyleI#getFontStyle()
 144    */
 145   @Override
 146   public int getFontStyle()
 147   {
 148     return viewStyle.getFontStyle();
 149   }
 150
 151   /**
 152    * @return
 153    * @see jalview.api.ViewStyleI#getFontName()
 154    */
 155   @Override
 156   public String getFontName()
 157   {
 158     return viewStyle.getFontName();
 159   }
 160
 161   /**
 162    * @return
 163    * @see jalview.api.ViewStyleI#getFontSize()
 164    */
 165   @Override
 166   public int getFontSize()
 167   {
 168     return viewStyle.getFontSize();
 169   }
 170
 171   /**
 172    * @param upperCasebold
 173    * @see jalview.api.ViewStyleI#setUpperCasebold(boolean)
 174    */
 175   @Override
 176   public void setUpperCasebold(boolean upperCasebold)
 177   {
 178     viewStyle.setUpperCasebold(upperCasebold);
 179   }
 180
 181   /**
 182    * @return
 183    * @see jalview.api.ViewStyleI#isUpperCasebold()
 184    */
 185   @Override
 186   public boolean isUpperCasebold()
 187   {
 188     return viewStyle.isUpperCasebold();
 189   }
 190
 191   /**
 192    * @return
 193    * @see jalview.api.ViewStyleI#isSeqNameItalics()
 194    */
 195   @Override
 196   public boolean isSeqNameItalics()
 197   {
 198     return viewStyle.isSeqNameItalics();
 199   }
 200
 201   /**
 202    * @param colourByReferenceSeq
 203    * @see jalview.api.ViewStyleI#setColourByReferenceSeq(boolean)
 204    */
 205   @Override
 206   public void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq)
 207   {
 208     viewStyle.setColourByReferenceSeq(colourByReferenceSeq);
 209   }
 210
 211   /**
 212    * @param b
 213    * @see jalview.api.ViewStyleI#setColourAppliesToAllGroups(boolean)
 214    */
 215   @Override
 216   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
 217   {
 218     viewStyle.setColourAppliesToAllGroups(b);
 219   }
 220
 221   /**
 222    * @return
 223    * @see jalview.api.ViewStyleI#getColourAppliesToAllGroups()
 224    */
 225   @Override
 226   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
 227   {
 228     return viewStyle.getColourAppliesToAllGroups();
 229   }
 230
 231   /**
 232    * @return
 233    * @see jalview.api.ViewStyleI#getAbovePIDThreshold()
 234    */
 235   @Override
 236   public boolean getAbovePIDThreshold()
 237   {
 238     return viewStyle.getAbovePIDThreshold();
 239   }
 240
 241   /**
 242    * @param inc
 243    * @see jalview.api.ViewStyleI#setIncrement(int)
 244    */
 245   @Override
 246   public void setIncrement(int inc)
 247   {
 248     viewStyle.setIncrement(inc);
 249   }
 250
 251   /**
 252    * @return
 253    * @see jalview.api.ViewStyleI#getIncrement()
 254    */
 255   @Override
 256   public int getIncrement()
 257   {
 258     return viewStyle.getIncrement();
 259   }
 260
 261   /**
 262    * @param b
 263    * @see jalview.api.ViewStyleI#setConservationSelected(boolean)
 264    */
 265   @Override
 266   public void setConservationSelected(boolean b)
 267   {
 268     viewStyle.setConservationSelected(b);
 269   }
 270
 271   /**
 272    * @param show
 273    * @see jalview.api.ViewStyleI#setShowHiddenMarkers(boolean)
 274    */
 275   @Override
 276   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
 277   {
 278     viewStyle.setShowHiddenMarkers(show);
 279   }
 280
 281   /**
 282    * @return
 283    * @see jalview.api.ViewStyleI#getShowHiddenMarkers()
 284    */
 285   @Override
 286   public boolean getShowHiddenMarkers()
 287   {
 288     return viewStyle.getShowHiddenMarkers();
 289   }
 290
 291   /**
 292    * @param b
 293    * @see jalview.api.ViewStyleI#setScaleRightWrapped(boolean)
 294    */
 295   @Override
 296   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
 297   {
 298     viewStyle.setScaleRightWrapped(b);
 299   }
 300
 301   /**
 302    * @param b
 303    * @see jalview.api.ViewStyleI#setScaleLeftWrapped(boolean)
 304    */
 305   @Override
 306   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
 307   {
 308     viewStyle.setScaleLeftWrapped(b);
 309   }
 310
 311   /**
 312    * @param b
 313    * @see jalview.api.ViewStyleI#setScaleAboveWrapped(boolean)
 314    */
 315   @Override
 316   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
 317   {
 318     viewStyle.setScaleAboveWrapped(b);
 319   }
 320
 321   /**
 322    * @return
 323    * @see jalview.api.ViewStyleI#getScaleLeftWrapped()
 324    */
 325   @Override
 326   public boolean getScaleLeftWrapped()
 327   {
 328     return viewStyle.getScaleLeftWrapped();
 329   }
 330
 331   /**
 332    * @return
 333    * @see jalview.api.ViewStyleI#getScaleAboveWrapped()
 334    */
 335   @Override
 336   public boolean getScaleAboveWrapped()
 337   {
 338     return viewStyle.getScaleAboveWrapped();
 339   }
 340
 341   /**
 342    * @return
 343    * @see jalview.api.ViewStyleI#getScaleRightWrapped()
 344    */
 345   @Override
 346   public boolean getScaleRightWrapped()
 347   {
 348     return viewStyle.getScaleRightWrapped();
 349   }
 350
 351   /**
 352    * @param b
 353    * @see jalview.api.ViewStyleI#setAbovePIDThreshold(boolean)
 354    */
 355   @Override
 356   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 357   {
 358     viewStyle.setAbovePIDThreshold(b);
 359   }
 360
 361   /**
 362    * @param thresh
 363    * @see jalview.api.ViewStyleI#setThreshold(int)
 364    */
 365   @Override
 366   public void setThreshold(int thresh)
 367   {
 368     viewStyle.setThreshold(thresh);
 369   }
 370
 371   /**
 372    * @return
 373    * @see jalview.api.ViewStyleI#getThreshold()
 374    */
 375   @Override
 376   public int getThreshold()
 377   {
 378     return viewStyle.getThreshold();
 379   }
 380
 381   /**
 382    * @return
 383    * @see jalview.api.ViewStyleI#getShowJVSuffix()
 384    */
 385   @Override
 386   public boolean getShowJVSuffix()
 387   {
 388     return viewStyle.getShowJVSuffix();
 389   }
 390
 391   /**
 392    * @param b
 393    * @see jalview.api.ViewStyleI#setShowJVSuffix(boolean)
 394    */
 395   @Override
 396   public void setShowJVSuffix(boolean b)
 397   {
 398     viewStyle.setShowJVSuffix(b);
 399   }
 400
 401   /**
 402    * @param state
 403    * @see jalview.api.ViewStyleI#setWrapAlignment(boolean)
 404    */
 405   @Override
 406   public void setWrapAlignment(boolean state)
 407   {
 408     viewStyle.setWrapAlignment(state);
 409     ranges.setWrappedMode(state);
 410   }
 411
 412   /**
 413    * @param state
 414    * @see jalview.api.ViewStyleI#setShowText(boolean)
 415    */
 416   @Override
 417   public void setShowText(boolean state)
 418   {
 419     viewStyle.setShowText(state);
 420   }
 421
 422   /**
 423    * @param state
 424    * @see jalview.api.ViewStyleI#setRenderGaps(boolean)
 425    */
 426   @Override
 427   public void setRenderGaps(boolean state)
 428   {
 429     viewStyle.setRenderGaps(state);
 430   }
 431
 432   /**
 433    * @return
 434    * @see jalview.api.ViewStyleI#getColourText()
 435    */
 436   @Override
 437   public boolean getColourText()
 438   {
 439     return viewStyle.getColourText();
 440   }
 441
 442   /**
 443    * @param state
 444    * @see jalview.api.ViewStyleI#setColourText(boolean)
 445    */
 446   @Override
 447   public void setColourText(boolean state)
 448   {
 449     viewStyle.setColourText(state);
 450   }
 451
 452   /**
 453    * @return
 454    * @see jalview.api.ViewStyleI#getWrapAlignment()
 455    */
 456   @Override
 457   public boolean getWrapAlignment()
 458   {
 459     return viewStyle.getWrapAlignment();
 460   }
 461
 462   /**
 463    * @return
 464    * @see jalview.api.ViewStyleI#getShowText()
 465    */
 466   @Override
 467   public boolean getShowText()
 468   {
 469     return viewStyle.getShowText();
 470   }
 471
 472   /**
 473    * @return
 474    * @see jalview.api.ViewStyleI#getWrappedWidth()
 475    */
 476   @Override
 477   public int getWrappedWidth()
 478   {
 479     return viewStyle.getWrappedWidth();
 480   }
 481
 482   /**
 483    * @param w
 484    * @see jalview.api.ViewStyleI#setWrappedWidth(int)
 485    */
 486   @Override
 487   public void setWrappedWidth(int w)
 488   {
 489     viewStyle.setWrappedWidth(w);
 490   }
 491
 492   /**
 493    * @return
 494    * @see jalview.api.ViewStyleI#getCharHeight()
 495    */
 496   @Override
 497   public int getCharHeight()
 498   {
 499     return viewStyle.getCharHeight();
 500   }
 501
 502   /**
 503    * @param h
 504    * @see jalview.api.ViewStyleI#setCharHeight(int)
 505    */
 506   @Override
 507   public void setCharHeight(int h)
 508   {
 509     viewStyle.setCharHeight(h);
 510   }
 511
 512   /**
 513    * @return
 514    * @see jalview.api.ViewStyleI#getCharWidth()
 515    */
 516   @Override
 517   public int getCharWidth()
 518   {
 519     return viewStyle.getCharWidth();
 520   }
 521
 522   /**
 523    * @param w
 524    * @see jalview.api.ViewStyleI#setCharWidth(int)
 525    */
 526   @Override
 527   public void setCharWidth(int w)
 528   {
 529     viewStyle.setCharWidth(w);
 530   }
 531
 532   /**
 533    * @return
 534    * @see jalview.api.ViewStyleI#getShowBoxes()
 535    */
 536   @Override
 537   public boolean getShowBoxes()
 538   {
 539     return viewStyle.getShowBoxes();
 540   }
 541
 542   /**
 543    * @return
 544    * @see jalview.api.ViewStyleI#getShowUnconserved()
 545    */
 546   @Override
 547   public boolean getShowUnconserved()
 548   {
 549     return viewStyle.getShowUnconserved();
 550   }
 551
 552   /**
 553    * @param showunconserved
 554    * @see jalview.api.ViewStyleI#setShowUnconserved(boolean)
 555    */
 556   @Override
 557   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 558   {
 559     viewStyle.setShowUnconserved(showunconserved);
 560   }
 561
 562   /**
 563    * @param default1
 564    * @see jalview.api.ViewStyleI#setSeqNameItalics(boolean)
 565    */
 566   @Override
 567   public void setSeqNameItalics(boolean default1)
 568   {
 569     viewStyle.setSeqNameItalics(default1);
 570   }
 571
 572   @Override
 573   public AlignmentI getAlignment()
 574   {
 575     return alignment;
 576   }
 577
 578   @Override
 579   public char getGapCharacter()
 580   {
 581     return alignment.getGapCharacter();
 582   }
 583
 584   protected String sequenceSetID;
 585
 586   /**
 587    * probably unused indicator that view is of a dataset rather than an
 588    * alignment
 589    */
 590   protected boolean isDataset = false;
 591
 592   public void setDataset(boolean b)
 593   {
 594     isDataset = b;
 595   }
 596
 597   public boolean isDataset()
 598   {
 599     return isDataset;
 600   }
 601
 602   private Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences;
 603
 604   protected ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();
 605
 606   public boolean autoCalculateConsensus = true;
 607
 608   protected boolean autoCalculateStrucConsensus = true;
 609
 610   protected boolean ignoreGapsInConsensusCalculation = false;
 611
 612   protected ResidueShaderI residueShading = new ResidueShader();
 613
 614   @Override
 615   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)
 616   {
 617     // TODO: logic refactored from AlignFrame changeColour -
 618     // TODO: autorecalc stuff should be changed to rely on the worker system
 619     // check to see if we should implement a changeColour(cs) method rather than
 620     // put the logic in here
 621     // - means that caller decides if they want to just modify state and defer
 622     // calculation till later or to do all calculations in thread.
 623     // via changecolour
 624
 625     /*
 626      * only instantiate alignment colouring once, thereafter update it;
 627      * this means that any conservation or PID threshold settings
 628      * persist when the alignment colour scheme is changed
 629      */
 630     if (residueShading == null)
 631     {
 632       residueShading = new ResidueShader(viewStyle);
 633     }
 634     residueShading.setColourScheme(cs);
 635
 636     // TODO: do threshold and increment belong in ViewStyle or ResidueShader?
 637     // ...problem: groups need these, but do not currently have a ViewStyle
 638
 639     if (cs != null)
 640     {
 641       if (getConservationSelected())
 642       {
 643         residueShading.setConservation(hconservation);
 644       }
 645       /*
 646        * reset conservation flag in case just set to false if
 647        * Conservation was null (calculation still in progress)
 648        */
 649       residueShading.setConservationApplied(getConservationSelected());
 650       residueShading.alignmentChanged(alignment, hiddenRepSequences);
 651     }
 652
 653     /*
 654      * if 'apply colour to all groups' is selected... do so
 655      * (but don't transfer any colour threshold settings to groups)
 656      */
 657     if (getColourAppliesToAllGroups())
 658     {
 659       for (SequenceGroup sg : getAlignment().getGroups())
 660       {
 661         /*
 662          * retain any colour thresholds per group while
 663          * changing choice of colour scheme (JAL-2386)
 664          */
 665         sg.setColourScheme(
 666                 cs == null ? null : cs.getInstance(this, sg));
 667         if (cs != null)
 668         {
 669           sg.getGroupColourScheme().alignmentChanged(sg,
 670                   hiddenRepSequences);
 671         }
 672       }
 673     }
 674   }
 675
 676   @Override
 677   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()
 678   {
 679     return residueShading == null ? null : residueShading.getColourScheme();
 680   }
 681
 682   @Override
 683   public ResidueShaderI getResidueShading()
 684   {
 685     return residueShading;
 686   }
 687
 688   protected AlignmentAnnotation consensus;
 689
 690   protected AlignmentAnnotation complementConsensus;
 691
 692   protected AlignmentAnnotation gapcounts;
 693
 694   protected AlignmentAnnotation strucConsensus;
 695
 696   protected AlignmentAnnotation conservation;
 697
 698   protected AlignmentAnnotation quality;
 699
 700   protected AlignmentAnnotation[] groupConsensus;
 701
 702   protected AlignmentAnnotation[] groupConservation;
 703
 704   /**
 705    * results of alignment consensus analysis for visible portion of view
 706    */
 707   protected ProfilesI hconsensus = null;
 708
 709   /**
 710    * results of cDNA complement consensus visible portion of view
 711    */
 712   protected Hashtable[] hcomplementConsensus = null;
 713
 714   /**
 715    * results of secondary structure base pair consensus for visible portion of
 716    * view
 717    */
 718   protected Hashtable[] hStrucConsensus = null;
 719
 720   protected Conservation hconservation = null;
 721
 722   @Override
 723   public void setConservation(Conservation cons)
 724   {
 725     hconservation = cons;
 726   }
 727
 728   /**
 729    * percentage gaps allowed in a column before all amino acid properties should
 730    * be considered unconserved
 731    */
 732   int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a scalable property!
 733
 734   @Override
 735   public int getConsPercGaps()
 736   {
 737     return ConsPercGaps;
 738   }
 739
 740   @Override
 741   public void setSequenceConsensusHash(ProfilesI hconsensus)
 742   {
 743     this.hconsensus = hconsensus;
 744   }
 745
 746   @Override
 747   public void setComplementConsensusHash(Hashtable[] hconsensus)
 748   {
 749     this.hcomplementConsensus = hconsensus;
 750   }
 751
 752   @Override
 753   public ProfilesI getSequenceConsensusHash()
 754   {
 755     return hconsensus;
 756   }
 757
 758   @Override
 759   public Hashtable[] getComplementConsensusHash()
 760   {
 761     return hcomplementConsensus;
 762   }
 763
 764   @Override
 765   public Hashtable[] getRnaStructureConsensusHash()
 766   {
 767     return hStrucConsensus;
 768   }
 769
 770   @Override
 771   public void setRnaStructureConsensusHash(Hashtable[] hStrucConsensus)
 772   {
 773     this.hStrucConsensus = hStrucConsensus;
 774
 775   }
 776
 777   @Override
 778   public AlignmentAnnotation getAlignmentQualityAnnot()
 779   {
 780     return quality;
 781   }
 782
 783   @Override
 784   public AlignmentAnnotation getAlignmentConservationAnnotation()
 785   {
 786     return conservation;
 787   }
 788
 789   @Override
 790   public AlignmentAnnotation getAlignmentConsensusAnnotation()
 791   {
 792     return consensus;
 793   }
 794
 795   @Override
 796   public AlignmentAnnotation getAlignmentGapAnnotation()
 797   {
 798     return gapcounts;
 799   }
 800
 801   @Override
 802   public AlignmentAnnotation getComplementConsensusAnnotation()
 803   {
 804     return complementConsensus;
 805   }
 806
 807   @Override
 808   public AlignmentAnnotation getAlignmentStrucConsensusAnnotation()
 809   {
 810     return strucConsensus;
 811   }
 812
 813   protected AlignCalcManagerI calculator = new AlignCalcManager();
 814
 815   /**
 816    * trigger update of conservation annotation
 817    */
 818   public void updateConservation(final AlignmentViewPanel ap)
 819   {
 820     // see note in mantis : issue number 8585
 821     if (alignment.isNucleotide()
 822             || (conservation == null && quality == null)
 823             || !autoCalculateConsensus)
 824     {
 825       return;
 826     }
 827     if (calculator.getRegisteredWorkersOfClass(
 828             jalview.workers.ConservationThread.class) == null)
 829     {
 830       calculator.registerWorker(
 831               new jalview.workers.ConservationThread(this, ap));
 832     }
 833   }
 834
 835   /**
 836    * trigger update of consensus annotation
 837    */
 838   public void updateConsensus(final AlignmentViewPanel ap)
 839   {
 840     // see note in mantis : issue number 8585
 841     if (consensus == null || !autoCalculateConsensus)
 842     {
 843       return;
 844     }
 845     if (calculator
 846             .getRegisteredWorkersOfClass(ConsensusThread.class) == null)
 847     {
 848       calculator.registerWorker(new ConsensusThread(this, ap));
 849     }
 850
 851     /*
 852      * A separate thread to compute cDNA consensus for a protein alignment
 853      * which has mapping to cDNA
 854      */
 855     final AlignmentI al = this.getAlignment();
 856     if (!al.isNucleotide() && al.getCodonFrames() != null
 857             && !al.getCodonFrames().isEmpty())
 858     {
 859       /*
 860        * fudge - check first for protein-to-nucleotide mappings
 861        * (we don't want to do this for protein-to-protein)
 862        */
 863       boolean doConsensus = false;
 864       for (AlignedCodonFrame mapping : al.getCodonFrames())
 865       {
 866         // TODO hold mapping type e.g. dna-to-protein in AlignedCodonFrame?
 867         MapList[] mapLists = mapping.getdnaToProt();
 868         // mapLists can be empty if project load has not finished resolving seqs
 869         if (mapLists.length > 0 && mapLists[0].getFromRatio() == 3)
 870         {
 871           doConsensus = true;
 872           break;
 873         }
 874       }
 875       if (doConsensus)
 876       {
 877         if (calculator.getRegisteredWorkersOfClass(
 878                 ComplementConsensusThread.class) == null)
 879         {
 880           calculator
 881                   .registerWorker(new ComplementConsensusThread(this, ap));
 882         }
 883       }
 884     }
 885   }
 886
 887   // --------START Structure Conservation
 888   public void updateStrucConsensus(final AlignmentViewPanel ap)
 889   {
 890     if (autoCalculateStrucConsensus && strucConsensus == null
 891             && alignment.isNucleotide() && alignment.hasRNAStructure())
 892     {
 893       // secondary structure has been added - so init the consensus line
 894       initRNAStructure();
 895     }
 896
 897     // see note in mantis : issue number 8585
 898     if (strucConsensus == null || !autoCalculateStrucConsensus)
 899     {
 900       return;
 901     }
 902     if (calculator.getRegisteredWorkersOfClass(
 903             StrucConsensusThread.class) == null)
 904     {
 905       calculator.registerWorker(new StrucConsensusThread(this, ap));
 906     }
 907   }
 908
 909   public boolean isCalcInProgress()
 910   {
 911     return calculator.isWorking();
 912   }
 913
 914   @Override
 915   public boolean isCalculationInProgress(
 916           AlignmentAnnotation alignmentAnnotation)
 917   {
 918     if (!alignmentAnnotation.autoCalculated)
 919     {
 920       return false;
 921     }
 922     if (calculator.workingInvolvedWith(alignmentAnnotation))
 923     {
 924       // System.err.println("grey out ("+alignmentAnnotation.label+")");
 925       return true;
 926     }
 927     return false;
 928   }
 929
 930   public void setAlignment(AlignmentI align)
 931   {
 932     this.alignment = align;
 933   }
 934
 935   /**
 936    * Clean up references when this viewport is closed
 937    */
 938   @Override
 939   public void dispose()
 940   {
 941     /*
 942      * defensively null out references to large objects in case
 943      * this object is not garbage collected (as if!)
 944      */
 945     consensus = null;
 946     complementConsensus = null;
 947     strucConsensus = null;
 948     conservation = null;
 949     quality = null;
 950     groupConsensus = null;
 951     groupConservation = null;
 952     hconsensus = null;
 953     hconservation = null;
 954     hcomplementConsensus = null;
 955     gapcounts = null;
 956     calculator = null;
 957     residueShading = null; // may hold a reference to Consensus
 958     changeSupport = null;
 959     ranges = null;
 960     currentTree = null;
 961     selectionGroup = null;
 962     setAlignment(null);
 963   }
 964
 965   @Override
 966   public boolean isClosed()
 967   {
 968     // TODO: check that this isClosed is only true after panel is closed, not
 969     // before it is fully constructed.
 970     return alignment == null;
 971   }
 972
 973   @Override
 974   public AlignCalcManagerI getCalcManager()
 975   {
 976     return calculator;
 977   }
 978
 979   /**
 980    * should conservation rows be shown for groups
 981    */
 982   protected boolean showGroupConservation = false;
 983
 984   /**
 985    * should consensus rows be shown for groups
 986    */
 987   protected boolean showGroupConsensus = false;
 988
 989   /**
 990    * should consensus profile be rendered by default
 991    */
 992   protected boolean showSequenceLogo = false;
 993
 994   /**
 995    * should consensus profile be rendered normalised to row height
 996    */
 997   protected boolean normaliseSequenceLogo = false;
 998
 999   /**
1000    * should consensus histograms be rendered by default
1001    */
1002   protected boolean showConsensusHistogram = true;
1003
1004   /**
1005    * @return the showConsensusProfile
1006    */
1007   @Override
1008   public boolean isShowSequenceLogo()
1009   {
1010     return showSequenceLogo;
1011   }
1012
1013   /**
1014    * @param showSequenceLogo
1015    *          the new value
1016    */
1017   public void setShowSequenceLogo(boolean showSequenceLogo)
1018   {
1019     if (showSequenceLogo != this.showSequenceLogo)
1020     {
1021       // TODO: decouple settings setting from calculation when refactoring
1022       // annotation update method from alignframe to viewport
1023       this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1024       calculator.updateAnnotationFor(ConsensusThread.class);
1025       calculator.updateAnnotationFor(ComplementConsensusThread.class);
1026       calculator.updateAnnotationFor(StrucConsensusThread.class);
1027     }
1028     this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1029   }
1030
1031   /**
1032    * @param showConsensusHistogram
1033    *          the showConsensusHistogram to set
1034    */
1035   public void setShowConsensusHistogram(boolean showConsensusHistogram)
1036   {
1037     this.showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
1038   }
1039
1040   /**
1041    * @return the showGroupConservation
1042    */
1043   public boolean isShowGroupConservation()
1044   {
1045     return showGroupConservation;
1046   }
1047
1048   /**
1049    * @param showGroupConservation
1050    *          the showGroupConservation to set
1051    */
1052   public void setShowGroupConservation(boolean showGroupConservation)
1053   {
1054     this.showGroupConservation = showGroupConservation;
1055   }
1056
1057   /**
1058    * @return the showGroupConsensus
1059    */
1060   public boolean isShowGroupConsensus()
1061   {
1062     return showGroupConsensus;
1063   }
1064
1065   /**
1066    * @param showGroupConsensus
1067    *          the showGroupConsensus to set
1068    */
1069   public void setShowGroupConsensus(boolean showGroupConsensus)
1070   {
1071     this.showGroupConsensus = showGroupConsensus;
1072   }
1073
1074   /**
1075    *
1076    * @return flag to indicate if the consensus histogram should be rendered by
1077    *         default
1078    */
1079   @Override
1080   public boolean isShowConsensusHistogram()
1081   {
1082     return this.showConsensusHistogram;
1083   }
1084
1085   /**
1086    * when set, updateAlignment will always ensure sequences are of equal length
1087    */
1088   private boolean padGaps = false;
1089
1090   /**
1091    * when set, alignment should be reordered according to a newly opened tree
1092    */
1093   public boolean sortByTree = false;
1094
1095   /**
1096    *
1097    *
1098    * @return null or the currently selected sequence region
1099    */
1100   @Override
1101   public SequenceGroup getSelectionGroup()
1102   {
1103     return selectionGroup;
1104   }
1105
1106   /**
1107    * Set the selection group for this window. Also sets the current alignment as
1108    * the context for the group, if it does not already have one.
1109    *
1110    * @param sg
1111    *          - group holding references to sequences in this alignment view
1112    *
1113    */
1114   @Override
1115   public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)
1116   {
1117     selectionGroup = sg;
1118     if (sg != null && sg.getContext() == null)
1119     {
1120       sg.setContext(alignment);
1121     }
1122   }
1123
1124   public void setHiddenColumns(HiddenColumns hidden)
1125   {
1126     this.alignment.setHiddenColumns(hidden);
1127   }
1128
1129   @Override
1130   public ColumnSelection getColumnSelection()
1131   {
1132     return colSel;
1133   }
1134
1135   @Override
1136   public void setColumnSelection(ColumnSelection colSel)
1137   {
1138     this.colSel = colSel;
1139     if (colSel != null)
1140     {
1141       updateHiddenColumns();
1142     }
1143     isColSelChanged(true);
1144   }
1145
1146   /**
1147    *
1148    * @return
1149    */
1150   @Override
1151   public Map<SequenceI, SequenceCollectionI> getHiddenRepSequences()
1152   {
1153     return hiddenRepSequences;
1154   }
1155
1156   @Override
1157   public void setHiddenRepSequences(
1158           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
1159   {
1160     this.hiddenRepSequences = hiddenRepSequences;
1161   }
1162
1163   @Override
1164   public boolean hasSelectedColumns()
1165   {
1166     ColumnSelection columnSelection = getColumnSelection();
1167     return columnSelection != null && columnSelection.hasSelectedColumns();
1168   }
1169
1170   @Override
1171   public boolean hasHiddenColumns()
1172   {
1173     return alignment.getHiddenColumns() != null
1174             && alignment.getHiddenColumns().hasHiddenColumns();
1175   }
1176
1177   public void updateHiddenColumns()
1178   {
1179     // this method doesn't really do anything now. But - it could, since a
1180     // column Selection could be in the process of modification
1181     // hasHiddenColumns = colSel.hasHiddenColumns();
1182   }
1183
1184   @Override
1185   public boolean hasHiddenRows()
1186   {
1187     return alignment.getHiddenSequences().getSize() > 0;
1188   }
1189
1190   protected SequenceGroup selectionGroup;
1191
1192   public void setSequenceSetId(String newid)
1193   {
1194     if (sequenceSetID != null)
1195     {
1196       System.err.println(
1197               "Warning - overwriting a sequenceSetId for a viewport!");
1198     }
1199     sequenceSetID = new String(newid);
1200   }
1201
1202   @Override
1203   public String getSequenceSetId()
1204   {
1205     if (sequenceSetID == null)
1206     {
1207       sequenceSetID = alignment.hashCode() + "";
1208     }
1209
1210     return sequenceSetID;
1211   }
1212
1213   /**
1214    * unique viewId for synchronizing state (e.g. with stored Jalview Project)
1215    *
1216    */
1217   protected String viewId = null;
1218
1219   @Override
1220   public String getViewId()
1221   {
1222     if (viewId == null)
1223     {
1224       viewId = this.getSequenceSetId() + "." + this.hashCode() + "";
1225     }
1226     return viewId;
1227   }
1228
1229   public void setIgnoreGapsConsensus(boolean b, AlignmentViewPanel ap)
1230   {
1231     ignoreGapsInConsensusCalculation = b;
1232     if (ap != null)
1233     {
1234       updateConsensus(ap);
1235       if (residueShading != null)
1236       {
1237         residueShading.setThreshold(residueShading.getThreshold(),
1238                 ignoreGapsInConsensusCalculation);
1239       }
1240     }
1241
1242   }
1243
1244   private long sgrouphash = -1, colselhash = -1;
1245
1246   /**
1247    * checks current SelectionGroup against record of last hash value, and
1248    * updates record.
1249    *
1250    * @param b
1251    *          update the record of last hash value
1252    *
1253    * @return true if SelectionGroup changed since last call (when b is true)
1254    */
1255   public boolean isSelectionGroupChanged(boolean b)
1256   {
1257     int hc = (selectionGroup == null || selectionGroup.getSize() == 0) ? -1
1258             : selectionGroup.hashCode();
1259     if (hc != -1 && hc != sgrouphash)
1260     {
1261       if (b)
1262       {
1263         sgrouphash = hc;
1264       }
1265       return true;
1266     }
1267     return false;
1268   }
1269
1270   /**
1271    * checks current colsel against record of last hash value, and optionally
1272    * updates record.
1273    *
1274    * @param b
1275    *          update the record of last hash value
1276    * @return true if colsel changed since last call (when b is true)
1277    */
1278   public boolean isColSelChanged(boolean b)
1279   {
1280     int hc = (colSel == null || colSel.isEmpty()) ? -1 : colSel.hashCode();
1281     if (hc != -1 && hc != colselhash)
1282     {
1283       if (b)
1284       {
1285         colselhash = hc;
1286       }
1287       return true;
1288     }
1289     return false;
1290   }
1291
1292   @Override
1293   public boolean isIgnoreGapsConsensus()
1294   {
1295     return ignoreGapsInConsensusCalculation;
1296   }
1297
1298   // property change stuff
1299   // JBPNote Prolly only need this in the applet version.
1300   private PropertyChangeSupport changeSupport = new PropertyChangeSupport(
1301           this);
1302
1303   protected boolean showConservation = true;
1304
1305   protected boolean showQuality = true;
1306
1307   protected boolean showConsensus = true;
1308
1309   protected boolean showOccupancy = true;
1310
1311   private Map<SequenceI, Color> sequenceColours = new HashMap<>();
1312
1313   protected SequenceAnnotationOrder sortAnnotationsBy = null;
1314
1315   protected boolean showAutocalculatedAbove;
1316
1317   /**
1318    * when set, view will scroll to show the highlighted position
1319    */
1320   private boolean followHighlight = true;
1321
1322   /**
1323    * Property change listener for changes in alignment
1324    *
1325    * @param listener
1326    *          DOCUMENT ME!
1327    */
1328   public void addPropertyChangeListener(
1329           java.beans.PropertyChangeListener listener)
1330   {
1331     changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);
1332   }
1333
1334   /**
1335    * DOCUMENT ME!
1336    *
1337    * @param listener
1338    *          DOCUMENT ME!
1339    */
1340   public void removePropertyChangeListener(
1341           java.beans.PropertyChangeListener listener)
1342   {
1343     if (changeSupport != null)
1344     {
1345       changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);
1346     }
1347   }
1348
1349   /**
1350    * Property change listener for changes in alignment
1351    *
1352    * @param prop
1353    *          DOCUMENT ME!
1354    * @param oldvalue
1355    *          DOCUMENT ME!
1356    * @param newvalue
1357    *          DOCUMENT ME!
1358    */
1359   public void firePropertyChange(String prop, Object oldvalue,
1360           Object newvalue)
1361   {
1362     changeSupport.firePropertyChange(prop, oldvalue, newvalue);
1363   }
1364
1365   // common hide/show column stuff
1366
1367   public void hideSelectedColumns()
1368   {
1369     if (colSel.isEmpty())
1370     {
1371       return;
1372     }
1373
1374     colSel.hideSelectedColumns(alignment);
1375     setSelectionGroup(null);
1376     isColSelChanged(true);
1377   }
1378
1379   public void hideColumns(int start, int end)
1380   {
1381     if (start == end)
1382     {
1383       colSel.hideSelectedColumns(start, alignment.getHiddenColumns());
1384     }
1385     else
1386     {
1387       alignment.getHiddenColumns().hideColumns(start, end);
1388     }
1389     isColSelChanged(true);
1390   }
1391
1392   public void showColumn(int col)
1393   {
1394     alignment.getHiddenColumns().revealHiddenColumns(col, colSel);
1395     isColSelChanged(true);
1396   }
1397
1398   public void showAllHiddenColumns()
1399   {
1400     alignment.getHiddenColumns().revealAllHiddenColumns(colSel);
1401     isColSelChanged(true);
1402   }
1403
1404   // common hide/show seq stuff
1405   public void showAllHiddenSeqs()
1406   {
1407     int startSeq = ranges.getStartSeq();
1408     int endSeq = ranges.getEndSeq();
1409
1410     if (alignment.getHiddenSequences().getSize() > 0)
1411     {
1412       if (selectionGroup == null)
1413       {
1414         selectionGroup = new SequenceGroup();
1415         selectionGroup.setEndRes(alignment.getWidth() - 1);
1416       }
1417       List<SequenceI> tmp = alignment.getHiddenSequences()
1418               .showAll(hiddenRepSequences);
1419       for (SequenceI seq : tmp)
1420       {
1421         selectionGroup.addSequence(seq, false);
1422         setSequenceAnnotationsVisible(seq, true);
1423       }
1424
1425       hiddenRepSequences = null;
1426
1427       ranges.setStartEndSeq(startSeq, endSeq + tmp.size());
1428
1429       firePropertyChange("alignment", null, alignment.getSequences());
1430       // used to set hasHiddenRows/hiddenRepSequences here, after the property
1431       // changed event
1432       sendSelection();
1433     }
1434   }
1435
1436   public void showSequence(int index)
1437   {
1438     int startSeq = ranges.getStartSeq();
1439     int endSeq = ranges.getEndSeq();
1440
1441     List<SequenceI> tmp = alignment.getHiddenSequences().showSequence(index,
1442             hiddenRepSequences);
1443     if (tmp.size() > 0)
1444     {
1445       if (selectionGroup == null)
1446       {
1447         selectionGroup = new SequenceGroup();
1448         selectionGroup.setEndRes(alignment.getWidth() - 1);
1449       }
1450
1451       for (SequenceI seq : tmp)
1452       {
1453         selectionGroup.addSequence(seq, false);
1454         setSequenceAnnotationsVisible(seq, true);
1455       }
1456
1457       ranges.setStartEndSeq(startSeq, endSeq + tmp.size());
1458
1459       firePropertyChange("alignment", null, alignment.getSequences());
1460       sendSelection();
1461     }
1462   }
1463
1464   public void hideAllSelectedSeqs()
1465   {
1466     if (selectionGroup == null || selectionGroup.getSize() < 1)
1467     {
1468       return;
1469     }
1470
1471     SequenceI[] seqs = selectionGroup.getSequencesInOrder(alignment);
1472
1473     hideSequence(seqs);
1474
1475     setSelectionGroup(null);
1476   }
1477
1478   public void hideSequence(SequenceI[] seq)
1479   {
1480     /*
1481      * cache offset to first visible sequence
1482      */
1483     int startSeq = ranges.getStartSeq();
1484
1485     if (seq != null)
1486     {
1487       for (int i = 0; i < seq.length; i++)
1488       {
1489         alignment.getHiddenSequences().hideSequence(seq[i]);
1490         setSequenceAnnotationsVisible(seq[i], false);
1491       }
1492       ranges.setStartSeq(startSeq);
1493       firePropertyChange("alignment", null, alignment.getSequences());
1494     }
1495   }
1496
1497   /**
1498    * Hides the specified sequence, or the sequences it represents
1499    *
1500    * @param sequence
1501    *          the sequence to hide, or keep as representative
1502    * @param representGroup
1503    *          if true, hide the current selection group except for the
1504    *          representative sequence
1505    */
1506   public void hideSequences(SequenceI sequence, boolean representGroup)
1507   {
1508     if (selectionGroup == null || selectionGroup.getSize() < 1)
1509     {
1510       hideSequence(new SequenceI[] { sequence });
1511       return;
1512     }
1513
1514     if (representGroup)
1515     {
1516       hideRepSequences(sequence, selectionGroup);
1517       setSelectionGroup(null);
1518       return;
1519     }
1520
1521     int gsize = selectionGroup.getSize();
1522     SequenceI[] hseqs = selectionGroup.getSequences()
1523             .toArray(new SequenceI[gsize]);
1524
1525     hideSequence(hseqs);
1526     setSelectionGroup(null);
1527     sendSelection();
1528   }
1529
1530   /**
1531    * Set visibility for any annotations for the given sequence.
1532    *
1533    * @param sequenceI
1534    */
1535   protected void setSequenceAnnotationsVisible(SequenceI sequenceI,
1536           boolean visible)
1537   {
1538     AlignmentAnnotation[] anns = alignment.getAlignmentAnnotation();
1539     if (anns != null)
1540     {
1541       for (AlignmentAnnotation ann : anns)
1542       {
1543         if (ann.sequenceRef == sequenceI)
1544         {
1545           ann.visible = visible;
1546         }
1547       }
1548     }
1549   }
1550
1551   public void hideRepSequences(SequenceI repSequence, SequenceGroup sg)
1552   {
1553     int sSize = sg.getSize();
1554     if (sSize < 2)
1555     {
1556       return;
1557     }
1558
1559     if (hiddenRepSequences == null)
1560     {
1561       hiddenRepSequences = new Hashtable<>();
1562     }
1563
1564     hiddenRepSequences.put(repSequence, sg);
1565
1566     // Hide all sequences except the repSequence
1567     SequenceI[] seqs = new SequenceI[sSize - 1];
1568     int index = 0;
1569     for (int i = 0; i < sSize; i++)
1570     {
1571       if (sg.getSequenceAt(i) != repSequence)
1572       {
1573         if (index == sSize - 1)
1574         {
1575           return;
1576         }
1577
1578         seqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1579       }
1580     }
1581     sg.setSeqrep(repSequence); // note: not done in 2.7applet
1582     sg.setHidereps(true); // note: not done in 2.7applet
1583     hideSequence(seqs);
1584
1585   }
1586
1587   /**
1588    *
1589    * @return null or the current reference sequence
1590    */
1591   public SequenceI getReferenceSeq()
1592   {
1593     return alignment.getSeqrep();
1594   }
1595
1596   /**
1597    * @param seq
1598    * @return true iff seq is the reference for the alignment
1599    */
1600   public boolean isReferenceSeq(SequenceI seq)
1601   {
1602     return alignment.getSeqrep() == seq;
1603   }
1604
1605   /**
1606    *
1607    * @param seq
1608    * @return true if there are sequences represented by this sequence that are
1609    *         currently hidden
1610    */
1611   public boolean isHiddenRepSequence(SequenceI seq)
1612   {
1613     return (hiddenRepSequences != null
1614             && hiddenRepSequences.containsKey(seq));
1615   }
1616
1617   /**
1618    *
1619    * @param seq
1620    * @return null or a sequence group containing the sequences that seq
1621    *         represents
1622    */
1623   public SequenceGroup getRepresentedSequences(SequenceI seq)
1624   {
1625     return (SequenceGroup) (hiddenRepSequences == null ? null
1626             : hiddenRepSequences.get(seq));
1627   }
1628
1629   @Override
1630   public int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex)
1631   {
1632     return alignment.getHiddenSequences()
1633             .adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex);
1634   }
1635
1636   @Override
1637   public void invertColumnSelection()
1638   {
1639     colSel.invertColumnSelection(0, alignment.getWidth(), alignment);
1640     isColSelChanged(true);
1641   }
1642
1643   @Override
1644   public SequenceI[] getSelectionAsNewSequence()
1645   {
1646     SequenceI[] sequences;
1647     // JBPNote: Need to test jalviewLite.getSelectedSequencesAsAlignmentFrom -
1648     // this was the only caller in the applet for this method
1649     // JBPNote: in applet, this method returned references to the alignment
1650     // sequences, and it did not honour the presence/absence of annotation
1651     // attached to the alignment (probably!)
1652     if (selectionGroup == null || selectionGroup.getSize() == 0)
1653     {
1654       sequences = alignment.getSequencesArray();
1655       AlignmentAnnotation[] annots = alignment.getAlignmentAnnotation();
1656       for (int i = 0; i < sequences.length; i++)
1657       {
1658         // construct new sequence with subset of visible annotation
1659         sequences[i] = new Sequence(sequences[i], annots);
1660       }
1661     }
1662     else
1663     {
1664       sequences = selectionGroup.getSelectionAsNewSequences(alignment);
1665     }
1666
1667     return sequences;
1668   }
1669
1670   @Override
1671   public SequenceI[] getSequenceSelection()
1672   {
1673     SequenceI[] sequences = null;
1674     if (selectionGroup != null)
1675     {
1676       sequences = selectionGroup.getSequencesInOrder(alignment);
1677     }
1678     if (sequences == null)
1679     {
1680       sequences = alignment.getSequencesArray();
1681     }
1682     return sequences;
1683   }
1684
1685   @Override
1686   public jalview.datamodel.AlignmentView getAlignmentView(
1687           boolean selectedOnly)
1688   {
1689     return getAlignmentView(selectedOnly, false);
1690   }
1691
1692   @Override
1693   public jalview.datamodel.AlignmentView getAlignmentView(
1694           boolean selectedOnly, boolean markGroups)
1695   {
1696     return new AlignmentView(alignment, alignment.getHiddenColumns(),
1697             selectionGroup,
1698             alignment.getHiddenColumns() != null
1699                     && alignment.getHiddenColumns().hasHiddenColumns(),
1700             selectedOnly, markGroups);
1701   }
1702
1703   @Override
1704   public String[] getViewAsString(boolean selectedRegionOnly)
1705   {
1706     return getViewAsString(selectedRegionOnly, true);
1707   }
1708
1709   @Override
1710   public String[] getViewAsString(boolean selectedRegionOnly,
1711           boolean exportHiddenSeqs)
1712   {
1713     String[] selection = null;
1714     SequenceI[] seqs = null;
1715     int i, iSize;
1716     int start = 0, end = 0;
1717     if (selectedRegionOnly && selectionGroup != null)
1718     {
1719       iSize = selectionGroup.getSize();
1720       seqs = selectionGroup.getSequencesInOrder(alignment);
1721       start = selectionGroup.getStartRes();
1722       end = selectionGroup.getEndRes() + 1;
1723     }
1724     else
1725     {
1726       if (hasHiddenRows() && exportHiddenSeqs)
1727       {
1728         AlignmentI fullAlignment = alignment.getHiddenSequences()
1729                 .getFullAlignment();
1730         iSize = fullAlignment.getHeight();
1731         seqs = fullAlignment.getSequencesArray();
1732         end = fullAlignment.getWidth();
1733       }
1734       else
1735       {
1736         iSize = alignment.getHeight();
1737         seqs = alignment.getSequencesArray();
1738         end = alignment.getWidth();
1739       }
1740     }
1741
1742     selection = new String[iSize];
1743     if (alignment.getHiddenColumns() != null
1744             && alignment.getHiddenColumns().hasHiddenColumns())
1745     {
1746       for (i = 0; i < iSize; i++)
1747       {
1748         Iterator<int[]> blocks = alignment.getHiddenColumns()
1749                 .getVisContigsIterator(start, end + 1, false);
1750         selection[i] = seqs[i].getSequenceStringFromIterator(blocks);
1751       }
1752     }
1753     else
1754     {
1755       for (i = 0; i < iSize; i++)
1756       {
1757         selection[i] = seqs[i].getSequenceAsString(start, end);
1758       }
1759
1760     }
1761     return selection;
1762   }
1763
1764   @Override
1765   public List<int[]> getVisibleRegionBoundaries(int min, int max)
1766   {
1767     ArrayList<int[]> regions = new ArrayList<>();
1768     int start = min;
1769     int end = max;
1770
1771     do
1772     {
1773       HiddenColumns hidden = alignment.getHiddenColumns();
1774       if (hidden != null && hidden.hasHiddenColumns())
1775       {
1776         if (start == 0)
1777         {
1778           start = hidden.visibleToAbsoluteColumn(start);
1779         }
1780
1781         end = hidden.getNextHiddenBoundary(false, start);
1782         if (start == end)
1783         {
1784           end = max;
1785         }
1786         if (end > max)
1787         {
1788           end = max;
1789         }
1790       }
1791
1792       regions.add(new int[] { start, end });
1793
1794       if (hidden != null && hidden.hasHiddenColumns())
1795       {
1796         start = hidden.visibleToAbsoluteColumn(end);
1797         start = hidden.getNextHiddenBoundary(true, start) + 1;
1798       }
1799     } while (end < max);
1800
1801     int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
1802
1803     return regions;
1804   }
1805
1806   @Override
1807   public List<AlignmentAnnotation> getVisibleAlignmentAnnotation(
1808           boolean selectedOnly)
1809   {
1810     ArrayList<AlignmentAnnotation> ala = new ArrayList<>();
1811     AlignmentAnnotation[] aa;
1812     if ((aa = alignment.getAlignmentAnnotation()) != null)
1813     {
1814       for (AlignmentAnnotation annot : aa)
1815       {
1816         AlignmentAnnotation clone = new AlignmentAnnotation(annot);
1817         if (selectedOnly && selectionGroup != null)
1818         {
1819           clone.makeVisibleAnnotation(
1820                   selectionGroup.getStartRes(), selectionGroup.getEndRes(),
1821                   alignment.getHiddenColumns());
1822         }
1823         else
1824         {
1825           clone.makeVisibleAnnotation(alignment.getHiddenColumns());
1826         }
1827         ala.add(clone);
1828       }
1829     }
1830     return ala;
1831   }
1832
1833   @Override
1834   public boolean isPadGaps()
1835   {
1836     return padGaps;
1837   }
1838
1839   @Override
1840   public void setPadGaps(boolean padGaps)
1841   {
1842     this.padGaps = padGaps;
1843   }
1844
1845   /**
1846    * apply any post-edit constraints and trigger any calculations needed after
1847    * an edit has been performed on the alignment
1848    *
1849    * @param ap
1850    */
1851   @Override
1852   public void alignmentChanged(AlignmentViewPanel ap)
1853   {
1854     if (isPadGaps())
1855     {
1856       alignment.padGaps();
1857     }
1858     if (autoCalculateConsensus)
1859     {
1860       updateConsensus(ap);
1861     }
1862     if (hconsensus != null && autoCalculateConsensus)
1863     {
1864       updateConservation(ap);
1865     }
1866     if (autoCalculateStrucConsensus)
1867     {
1868       updateStrucConsensus(ap);
1869     }
1870
1871     // Reset endRes of groups if beyond alignment width
1872     int alWidth = alignment.getWidth();
1873     List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
1874     if (groups != null)
1875     {
1876       for (SequenceGroup sg : groups)
1877       {
1878         if (sg.getEndRes() > alWidth)
1879         {
1880           sg.setEndRes(alWidth - 1);
1881         }
1882       }
1883     }
1884
1885     if (selectionGroup != null && selectionGroup.getEndRes() > alWidth)
1886     {
1887       selectionGroup.setEndRes(alWidth - 1);
1888     }
1889
1890     updateAllColourSchemes();
1891     calculator.restartWorkers();
1892     // alignment.adjustSequenceAnnotations();
1893   }
1894
1895   /**
1896    * reset scope and do calculations for all applied colourschemes on alignment
1897    */
1898   void updateAllColourSchemes()
1899   {
1900     ResidueShaderI rs = residueShading;
1901     if (rs != null)
1902     {
1903       rs.alignmentChanged(alignment, hiddenRepSequences);
1904
1905       rs.setConsensus(hconsensus);
1906       if (rs.conservationApplied())
1907       {
1908         rs.setConservation(Conservation.calculateConservation("All",
1909                 alignment.getSequences(), 0, alignment.getWidth(), false,
1910                 getConsPercGaps(), false));
1911       }
1912     }
1913
1914     for (SequenceGroup sg : alignment.getGroups())
1915     {
1916       if (sg.cs != null)
1917       {
1918         sg.cs.alignmentChanged(sg, hiddenRepSequences);
1919       }
1920       sg.recalcConservation();
1921     }
1922   }
1923
1924   protected void initAutoAnnotation()
1925   {
1926     // TODO: add menu option action that nulls or creates consensus object
1927     // depending on if the user wants to see the annotation or not in a
1928     // specific alignment
1929
1930     if (hconsensus == null && !isDataset)
1931     {
1932       if (!alignment.isNucleotide())
1933       {
1934         initConservation();
1935         initQuality();
1936       }
1937       else
1938       {
1939         initRNAStructure();
1940       }
1941       consensus = new AlignmentAnnotation("Consensus",
1942               MessageManager.getString("label.consensus_descr"),
1943               new Annotation[1], 0f, 100f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1944       initConsensus(consensus);
1945       initGapCounts();
1946
1947       initComplementConsensus();
1948     }
1949   }
1950
1951   /**
1952    * If this is a protein alignment and there are mappings to cDNA, adds the
1953    * cDNA consensus annotation and returns true, else returns false.
1954    */
1955   public boolean initComplementConsensus()
1956   {
1957     if (!alignment.isNucleotide())
1958     {
1959       final List<AlignedCodonFrame> codonMappings = alignment
1960               .getCodonFrames();
1961       if (codonMappings != null && !codonMappings.isEmpty())
1962       {
1963         boolean doConsensus = false;
1964         for (AlignedCodonFrame mapping : codonMappings)
1965         {
1966           // TODO hold mapping type e.g. dna-to-protein in AlignedCodonFrame?
1967           MapList[] mapLists = mapping.getdnaToProt();
1968           // mapLists can be empty if project load has not finished resolving
1969           // seqs
1970           if (mapLists.length > 0 && mapLists[0].getFromRatio() == 3)
1971           {
1972             doConsensus = true;
1973             break;
1974           }
1975         }
1976         if (doConsensus)
1977         {
1978           complementConsensus = new AlignmentAnnotation("cDNA Consensus",
1979                   MessageManager
1980                           .getString("label.complement_consensus_descr"),
1981                   new Annotation[1], 0f, 100f,
1982                   AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1983           initConsensus(complementConsensus);
1984           return true;
1985         }
1986       }
1987     }
1988     return false;
1989   }
1990
1991   private void initConsensus(AlignmentAnnotation aa)
1992   {
1993     aa.hasText = true;
1994     aa.autoCalculated = true;
1995
1996     if (showConsensus)
1997     {
1998       alignment.addAnnotation(aa);
1999     }
2000   }
2001
2002   // these should be extracted from the view model - style and settings for
2003   // derived annotation
2004   private void initGapCounts()
2005   {
2006     if (showOccupancy)
2007     {
2008       gapcounts = new AlignmentAnnotation("Occupancy",
2009               MessageManager.getString("label.occupancy_descr"),
2010               new Annotation[1], 0f, alignment.getHeight(),
2011               AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
2012       gapcounts.hasText = true;
2013       gapcounts.autoCalculated = true;
2014       gapcounts.scaleColLabel = true;
2015       gapcounts.graph = AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH;
2016
2017       alignment.addAnnotation(gapcounts);
2018     }
2019   }
2020
2021   private void initConservation()
2022   {
2023     if (showConservation)
2024     {
2025       if (conservation == null)
2026       {
2027         conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",
2028                 MessageManager.formatMessage("label.conservation_descr",
2029                         getConsPercGaps()),
2030                 new Annotation[1], 0f, 11f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
2031         conservation.hasText = true;
2032         conservation.autoCalculated = true;
2033         alignment.addAnnotation(conservation);
2034       }
2035     }
2036   }
2037
2038   private void initQuality()
2039   {
2040     if (showQuality)
2041     {
2042       if (quality == null)
2043       {
2044         quality = new AlignmentAnnotation("Quality",
2045                 MessageManager.getString("label.quality_descr"),
2046                 new Annotation[1], 0f, 11f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
2047         quality.hasText = true;
2048         quality.autoCalculated = true;
2049         alignment.addAnnotation(quality);
2050       }
2051     }
2052   }
2053
2054   private void initRNAStructure()
2055   {
2056     if (alignment.hasRNAStructure() && strucConsensus == null)
2057     {
2058       strucConsensus = new AlignmentAnnotation("StrucConsensus",
2059               MessageManager.getString("label.strucconsensus_descr"),
2060               new Annotation[1], 0f, 100f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
2061       strucConsensus.hasText = true;
2062       strucConsensus.autoCalculated = true;
2063
2064       if (showConsensus)
2065       {
2066         alignment.addAnnotation(strucConsensus);
2067       }
2068     }
2069   }
2070
2071   /*
2072    * (non-Javadoc)
2073    *
2074    * @see jalview.api.AlignViewportI#calcPanelHeight()
2075    */
2076   @Override
2077   public int calcPanelHeight()
2078   {
2079     // setHeight of panels
2080     AlignmentAnnotation[] anns = getAlignment().getAlignmentAnnotation();
2081     int height = 0;
2082     int charHeight = getCharHeight();
2083     if (anns != null)
2084     {
2085       BitSet graphgrp = new BitSet();
2086       for (AlignmentAnnotation aa : anns)
2087       {
2088         if (aa == null)
2089         {
2090           System.err.println("Null annotation row: ignoring.");
2091           continue;
2092         }
2093         if (!aa.visible)
2094         {
2095           continue;
2096         }
2097         if (aa.graphGroup > -1)
2098         {
2099           if (graphgrp.get(aa.graphGroup))
2100           {
2101             continue;
2102           }
2103           else
2104           {
2105             graphgrp.set(aa.graphGroup);
2106           }
2107         }
2108         aa.height = 0;
2109
2110         if (aa.hasText)
2111         {
2112           aa.height += charHeight;
2113         }
2114
2115         if (aa.hasIcons)
2116         {
2117           aa.height += 16;
2118         }
2119
2120         if (aa.graph > 0)
2121         {
2122           aa.height += aa.graphHeight;
2123         }
2124
2125         if (aa.height == 0)
2126         {
2127           aa.height = 20;
2128         }
2129
2130         height += aa.height;
2131       }
2132     }
2133     if (height == 0)
2134     {
2135       // set minimum
2136       height = 20;
2137     }
2138     return height;
2139   }
2140
2141   @Override
2142   public void updateGroupAnnotationSettings(boolean applyGlobalSettings,
2143           boolean preserveNewGroupSettings)
2144   {
2145     boolean updateCalcs = false;
2146     boolean conv = isShowGroupConservation();
2147     boolean cons = isShowGroupConsensus();
2148     boolean showprf = isShowSequenceLogo();
2149     boolean showConsHist = isShowConsensusHistogram();
2150     boolean normLogo = isNormaliseSequenceLogo();
2151
2152     /**
2153      * TODO reorder the annotation rows according to group/sequence ordering on
2154      * alignment
2155      */
2156     boolean sortg = true;
2157
2158     // remove old automatic annotation
2159     // add any new annotation
2160
2161     // intersect alignment annotation with alignment groups
2162
2163     AlignmentAnnotation[] aan = alignment.getAlignmentAnnotation();
2164     List<SequenceGroup> oldrfs = new ArrayList<>();
2165     if (aan != null)
2166     {
2167       for (int an = 0; an < aan.length; an++)
2168       {
2169         if (aan[an].autoCalculated && aan[an].groupRef != null)
2170         {
2171           oldrfs.add(aan[an].groupRef);
2172           alignment.deleteAnnotation(aan[an], false);
2173         }
2174       }
2175     }
2176     if (alignment.getGroups() != null)
2177     {
2178       for (SequenceGroup sg : alignment.getGroups())
2179       {
2180         updateCalcs = false;
2181         if (applyGlobalSettings
2182                 || (!preserveNewGroupSettings && !oldrfs.contains(sg)))
2183         {
2184           // set defaults for this group's conservation/consensus
2185           sg.setshowSequenceLogo(showprf);
2186           sg.setShowConsensusHistogram(showConsHist);
2187           sg.setNormaliseSequenceLogo(normLogo);
2188         }
2189         if (conv)
2190         {
2191           updateCalcs = true;
2192           alignment.addAnnotation(sg.getConservationRow(), 0);
2193         }
2194         if (cons)
2195         {
2196           updateCalcs = true;
2197           alignment.addAnnotation(sg.getConsensus(), 0);
2198         }
2199         // refresh the annotation rows
2200         if (updateCalcs)
2201         {
2202           sg.recalcConservation();
2203         }
2204       }
2205     }
2206     oldrfs.clear();
2207   }
2208
2209   @Override
2210   public boolean isDisplayReferenceSeq()
2211   {
2212     return alignment.hasSeqrep() && viewStyle.isDisplayReferenceSeq();
2213   }
2214
2215   @Override
2216   public void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq)
2217   {
2218     viewStyle.setDisplayReferenceSeq(displayReferenceSeq);
2219   }
2220
2221   @Override
2222   public boolean isColourByReferenceSeq()
2223   {
2224     return alignment.hasSeqrep() && viewStyle.isColourByReferenceSeq();
2225   }
2226
2227   @Override
2228   public Color getSequenceColour(SequenceI seq)
2229   {
2230     Color sqc = sequenceColours.get(seq);
2231     return (sqc == null ? Color.white : sqc);
2232   }
2233
2234   @Override
2235   public void setSequenceColour(SequenceI seq, Color col)
2236   {
2237     if (col == null)
2238     {
2239       sequenceColours.remove(seq);
2240     }
2241     else
2242     {
2243       sequenceColours.put(seq, col);
2244     }
2245   }
2246
2247   @Override
2248   public void updateSequenceIdColours()
2249   {
2250     for (SequenceGroup sg : alignment.getGroups())
2251     {
2252       if (sg.idColour != null)
2253       {
2254         for (SequenceI s : sg.getSequences(getHiddenRepSequences()))
2255         {
2256           sequenceColours.put(s, sg.idColour);
2257         }
2258       }
2259     }
2260   }
2261
2262   @Override
2263   public void clearSequenceColours()
2264   {
2265     sequenceColours.clear();
2266   };
2267
2268   @Override
2269   public AlignViewportI getCodingComplement()
2270   {
2271     return this.codingComplement;
2272   }
2273
2274   /**
2275    * Set this as the (cDna/protein) complement of the given viewport. Also
2276    * ensures the reverse relationship is set on the given viewport.
2277    */
2278   @Override
2279   public void setCodingComplement(AlignViewportI av)
2280   {
2281     if (this == av)
2282     {
2283       System.err.println("Ignoring recursive setCodingComplement request");
2284     }
2285     else
2286     {
2287       this.codingComplement = av;
2288       // avoid infinite recursion!
2289       if (av.getCodingComplement() != this)
2290       {
2291         av.setCodingComplement(this);
2292       }
2293     }
2294   }
2295
2296   @Override
2297   public boolean isNucleotide()
2298   {
2299     return getAlignment() == null ? false : getAlignment().isNucleotide();
2300   }
2301
2302   @Override
2303   public FeaturesDisplayedI getFeaturesDisplayed()
2304   {
2305     return featuresDisplayed;
2306   }
2307
2308   @Override
2309   public void setFeaturesDisplayed(FeaturesDisplayedI featuresDisplayedI)
2310   {
2311     featuresDisplayed = featuresDisplayedI;
2312   }
2313
2314   @Override
2315   public boolean areFeaturesDisplayed()
2316   {
2317     return featuresDisplayed != null
2318             && featuresDisplayed.getRegisteredFeaturesCount() > 0;
2319   }
2320
2321   /**
2322    * set the flag
2323    *
2324    * @param b
2325    *          features are displayed if true
2326    */
2327   @Override
2328   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
2329   {
2330     viewStyle.setShowSequenceFeatures(b);
2331   }
2332
2333   @Override
2334   public boolean isShowSequenceFeatures()
2335   {
2336     return viewStyle.isShowSequenceFeatures();
2337   }
2338
2339   @Override
2340   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
2341   {
2342     viewStyle.setShowSequenceFeaturesHeight(selected);
2343   }
2344
2345   @Override
2346   public boolean isShowSequenceFeaturesHeight()
2347   {
2348     return viewStyle.isShowSequenceFeaturesHeight();
2349   }
2350
2351   @Override
2352   public void setShowAnnotation(boolean b)
2353   {
2354     viewStyle.setShowAnnotation(b);
2355   }
2356
2357   @Override
2358   public boolean isShowAnnotation()
2359   {
2360     return viewStyle.isShowAnnotation();
2361   }
2362
2363   @Override
2364   public boolean isRightAlignIds()
2365   {
2366     return viewStyle.isRightAlignIds();
2367   }
2368
2369   @Override
2370   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)
2371   {
2372     viewStyle.setRightAlignIds(rightAlignIds);
2373   }
2374
2375   @Override
2376   public boolean getConservationSelected()
2377   {
2378     return viewStyle.getConservationSelected();
2379   }
2380
2381   @Override
2382   public void setShowBoxes(boolean state)
2383   {
2384     viewStyle.setShowBoxes(state);
2385   }
2386
2387   /**
2388    * @return
2389    * @see jalview.api.ViewStyleI#getTextColour()
2390    */
2391   @Override
2392   public Color getTextColour()
2393   {
2394     return viewStyle.getTextColour();
2395   }
2396
2397   /**
2398    * @return
2399    * @see jalview.api.ViewStyleI#getTextColour2()
2400    */
2401   @Override
2402   public Color getTextColour2()
2403   {
2404     return viewStyle.getTextColour2();
2405   }
2406
2407   /**
2408    * @return
2409    * @see jalview.api.ViewStyleI#getThresholdTextColour()
2410    */
2411   @Override
2412   public int getThresholdTextColour()
2413   {
2414     return viewStyle.getThresholdTextColour();
2415   }
2416
2417   /**
2418    * @return
2419    * @see jalview.api.ViewStyleI#isConservationColourSelected()
2420    */
2421   @Override
2422   public boolean isConservationColourSelected()
2423   {
2424     return viewStyle.isConservationColourSelected();
2425   }
2426
2427   /**
2428    * @return
2429    * @see jalview.api.ViewStyleI#isRenderGaps()
2430    */
2431   @Override
2432   public boolean isRenderGaps()
2433   {
2434     return viewStyle.isRenderGaps();
2435   }
2436
2437   /**
2438    * @return
2439    * @see jalview.api.ViewStyleI#isShowColourText()
2440    */
2441   @Override
2442   public boolean isShowColourText()
2443   {
2444     return viewStyle.isShowColourText();
2445   }
2446
2447   /**
2448    * @param conservationColourSelected
2449    * @see jalview.api.ViewStyleI#setConservationColourSelected(boolean)
2450    */
2451   @Override
2452   public void setConservationColourSelected(
2453           boolean conservationColourSelected)
2454   {
2455     viewStyle.setConservationColourSelected(conservationColourSelected);
2456   }
2457
2458   /**
2459    * @param showColourText
2460    * @see jalview.api.ViewStyleI#setShowColourText(boolean)
2461    */
2462   @Override
2463   public void setShowColourText(boolean showColourText)
2464   {
2465     viewStyle.setShowColourText(showColourText);
2466   }
2467
2468   /**
2469    * @param textColour
2470    * @see jalview.api.ViewStyleI#setTextColour(java.awt.Color)
2471    */
2472   @Override
2473   public void setTextColour(Color textColour)
2474   {
2475     viewStyle.setTextColour(textColour);
2476   }
2477
2478   /**
2479    * @param thresholdTextColour
2480    * @see jalview.api.ViewStyleI#setThresholdTextColour(int)
2481    */
2482   @Override
2483   public void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour)
2484   {
2485     viewStyle.setThresholdTextColour(thresholdTextColour);
2486   }
2487
2488   /**
2489    * @param textColour2
2490    * @see jalview.api.ViewStyleI#setTextColour2(java.awt.Color)
2491    */
2492   @Override
2493   public void setTextColour2(Color textColour2)
2494   {
2495     viewStyle.setTextColour2(textColour2);
2496   }
2497
2498   @Override
2499   public ViewStyleI getViewStyle()
2500   {
2501     return new ViewStyle(viewStyle);
2502   }
2503
2504   @Override
2505   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView)
2506   {
2507     viewStyle = new ViewStyle(settingsForView);
2508     if (residueShading != null)
2509     {
2510       residueShading.setConservationApplied(
2511               settingsForView.isConservationColourSelected());
2512     }
2513   }
2514
2515   @Override
2516   public boolean sameStyle(ViewStyleI them)
2517   {
2518     return viewStyle.sameStyle(them);
2519   }
2520
2521   /**
2522    * @return
2523    * @see jalview.api.ViewStyleI#getIdWidth()
2524    */
2525   @Override
2526   public int getIdWidth()
2527   {
2528     return viewStyle.getIdWidth();
2529   }
2530
2531   /**
2532    * @param i
2533    * @see jalview.api.ViewStyleI#setIdWidth(int)
2534    */
2535   @Override
2536   public void setIdWidth(int i)
2537   {
2538     viewStyle.setIdWidth(i);
2539   }
2540
2541   /**
2542    * @return
2543    * @see jalview.api.ViewStyleI#isCentreColumnLabels()
2544    */
2545   @Override
2546   public boolean isCentreColumnLabels()
2547   {
2548     return viewStyle.isCentreColumnLabels();
2549   }
2550
2551   /**
2552    * @param centreColumnLabels
2553    * @see jalview.api.ViewStyleI#setCentreColumnLabels(boolean)
2554    */
2555   @Override
2556   public void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels)
2557   {
2558     viewStyle.setCentreColumnLabels(centreColumnLabels);
2559   }
2560
2561   /**
2562    * @param showdbrefs
2563    * @see jalview.api.ViewStyleI#setShowDBRefs(boolean)
2564    */
2565   @Override
2566   public void setShowDBRefs(boolean showdbrefs)
2567   {
2568     viewStyle.setShowDBRefs(showdbrefs);
2569   }
2570
2571   /**
2572    * @return
2573    * @see jalview.api.ViewStyleI#isShowDBRefs()
2574    */
2575   @Override
2576   public boolean isShowDBRefs()
2577   {
2578     return viewStyle.isShowDBRefs();
2579   }
2580
2581   /**
2582    * @return
2583    * @see jalview.api.ViewStyleI#isShowNPFeats()
2584    */
2585   @Override
2586   public boolean isShowNPFeats()
2587   {
2588     return viewStyle.isShowNPFeats();
2589   }
2590
2591   /**
2592    * @param shownpfeats
2593    * @see jalview.api.ViewStyleI#setShowNPFeats(boolean)
2594    */
2595   @Override
2596   public void setShowNPFeats(boolean shownpfeats)
2597   {
2598     viewStyle.setShowNPFeats(shownpfeats);
2599   }
2600
2601   public abstract StructureSelectionManager getStructureSelectionManager();
2602
2603   /**
2604    * Add one command to the command history list.
2605    *
2606    * @param command
2607    */
2608   public void addToHistoryList(CommandI command)
2609   {
2610     if (this.historyList != null)
2611     {
2612       this.historyList.push(command);
2613       broadcastCommand(command, false);
2614     }
2615   }
2616
2617   protected void broadcastCommand(CommandI command, boolean undo)
2618   {
2619     getStructureSelectionManager().commandPerformed(command, undo,
2620             getVamsasSource());
2621   }
2622
2623   /**
2624    * Add one command to the command redo list.
2625    *
2626    * @param command
2627    */
2628   public void addToRedoList(CommandI command)
2629   {
2630     if (this.redoList != null)
2631     {
2632       this.redoList.push(command);
2633     }
2634     broadcastCommand(command, true);
2635   }
2636
2637   /**
2638    * Clear the command redo list.
2639    */
2640   public void clearRedoList()
2641   {
2642     if (this.redoList != null)
2643     {
2644       this.redoList.clear();
2645     }
2646   }
2647
2648   public void setHistoryList(Deque<CommandI> list)
2649   {
2650     this.historyList = list;
2651   }
2652
2653   public Deque<CommandI> getHistoryList()
2654   {
2655     return this.historyList;
2656   }
2657
2658   public void setRedoList(Deque<CommandI> list)
2659   {
2660     this.redoList = list;
2661   }
2662
2663   public Deque<CommandI> getRedoList()
2664   {
2665     return this.redoList;
2666   }
2667
2668   @Override
2669   public VamsasSource getVamsasSource()
2670   {
2671     return this;
2672   }
2673
2674   public SequenceAnnotationOrder getSortAnnotationsBy()
2675   {
2676     return sortAnnotationsBy;
2677   }
2678
2679   public void setSortAnnotationsBy(
2680           SequenceAnnotationOrder sortAnnotationsBy)
2681   {
2682     this.sortAnnotationsBy = sortAnnotationsBy;
2683   }
2684
2685   public boolean isShowAutocalculatedAbove()
2686   {
2687     return showAutocalculatedAbove;
2688   }
2689
2690   public void setShowAutocalculatedAbove(boolean showAutocalculatedAbove)
2691   {
2692     this.showAutocalculatedAbove = showAutocalculatedAbove;
2693   }
2694
2695   @Override
2696   public boolean isScaleProteinAsCdna()
2697   {
2698     return viewStyle.isScaleProteinAsCdna();
2699   }
2700
2701   @Override
2702   public void setScaleProteinAsCdna(boolean b)
2703   {
2704     viewStyle.setScaleProteinAsCdna(b);
2705   }
2706
2707   @Override
2708   public boolean isProteinFontAsCdna()
2709   {
2710     return viewStyle.isProteinFontAsCdna();
2711   }
2712
2713   @Override
2714   public void setProteinFontAsCdna(boolean b)
2715   {
2716     viewStyle.setProteinFontAsCdna(b);
2717   }
2718
2719   /**
2720    * @return true if view should scroll to show the highlighted region of a
2721    *         sequence
2722    * @return
2723    */
2724   @Override
2725   public final boolean isFollowHighlight()
2726   {
2727     return followHighlight;
2728   }
2729
2730   @Override
2731   public final void setFollowHighlight(boolean b)
2732   {
2733     this.followHighlight = b;
2734   }
2735
2736   @Override
2737   public ViewportRanges getRanges()
2738   {
2739     return ranges;
2740   }
2741
2742   /**
2743    * Helper method to populate the SearchResults with the location in the
2744    * complementary alignment to scroll to, in order to match this one.
2745    *
2746    * @param sr
2747    *          the SearchResults to add to
2748    * @return the offset (below top of visible region) of the matched sequence
2749    */
2750   protected int findComplementScrollTarget(SearchResultsI sr)
2751   {
2752     final AlignViewportI complement = getCodingComplement();
2753     if (complement == null || !complement.isFollowHighlight())
2754     {
2755       return 0;
2756     }
2757     boolean iAmProtein = !getAlignment().isNucleotide();
2758     AlignmentI proteinAlignment = iAmProtein ? getAlignment()
2759             : complement.getAlignment();
2760     if (proteinAlignment == null)
2761     {
2762       return 0;
2763     }
2764     final List<AlignedCodonFrame> mappings = proteinAlignment
2765             .getCodonFrames();
2766
2767     /*
2768      * Heuristic: find the first mapped sequence (if any) with a non-gapped
2769      * residue in the middle column of the visible region. Scroll the
2770      * complementary alignment to line up the corresponding residue.
2771      */
2772     int seqOffset = 0;
2773     SequenceI sequence = null;
2774
2775     /*
2776      * locate 'middle' column (true middle if an odd number visible, left of
2777      * middle if an even number visible)
2778      */
2779     int middleColumn = ranges.getStartRes()
2780             + (ranges.getEndRes() - ranges.getStartRes()) / 2;
2781     final HiddenSequences hiddenSequences = getAlignment()
2782             .getHiddenSequences();
2783
2784     /*
2785      * searching to the bottom of the alignment gives smoother scrolling across
2786      * all gapped visible regions
2787      */
2788     int lastSeq = alignment.getHeight() - 1;
2789     List<AlignedCodonFrame> seqMappings = null;
2790     for (int seqNo = ranges
2791             .getStartSeq(); seqNo <= lastSeq; seqNo++, seqOffset++)
2792     {
2793       sequence = getAlignment().getSequenceAt(seqNo);
2794       if (hiddenSequences != null && hiddenSequences.isHidden(sequence))
2795       {
2796         continue;
2797       }
2798       if (Comparison.isGap(sequence.getCharAt(middleColumn)))
2799       {
2800         continue;
2801       }
2802       seqMappings = MappingUtils.findMappingsForSequenceAndOthers(sequence,
2803               mappings,
2804               getCodingComplement().getAlignment().getSequences());
2805       if (!seqMappings.isEmpty())
2806       {
2807         break;
2808       }
2809     }
2810
2811     if (sequence == null || seqMappings == null || seqMappings.isEmpty())
2812     {
2813       /*
2814        * No ungapped mapped sequence in middle column - do nothing
2815        */
2816       return 0;
2817     }
2818     MappingUtils.addSearchResults(sr, sequence,
2819             sequence.findPosition(middleColumn), seqMappings);
2820     return seqOffset;
2821   }
2822
2823   /**
2824    * synthesize a column selection if none exists so it covers the given
2825    * selection group. if wholewidth is false, no column selection is made if the
2826    * selection group covers the whole alignment width.
2827    *
2828    * @param sg
2829    * @param wholewidth
2830    */
2831   public void expandColSelection(SequenceGroup sg, boolean wholewidth)
2832   {
2833     int sgs, sge;
2834     if (sg != null && (sgs = sg.getStartRes()) >= 0
2835             && sg.getStartRes() <= (sge = sg.getEndRes())
2836             && !this.hasSelectedColumns())
2837     {
2838       if (!wholewidth && alignment.getWidth() == (1 + sge - sgs))
2839       {
2840         // do nothing
2841         return;
2842       }
2843       if (colSel == null)
2844       {
2845         colSel = new ColumnSelection();
2846       }
2847       for (int cspos = sg.getStartRes(); cspos <= sg.getEndRes(); cspos++)
2848       {
2849         colSel.addElement(cspos);
2850       }
2851     }
2852   }
2853
2854   /**
2855    * hold status of current selection group - defined on alignment or not.
2856    */
2857   private boolean selectionIsDefinedGroup = false;
2858
2859   @Override
2860   public boolean isSelectionDefinedGroup()
2861   {
2862     if (selectionGroup == null)
2863     {
2864       return false;
2865     }
2866     if (isSelectionGroupChanged(true))
2867     {
2868       selectionIsDefinedGroup = false;
2869       List<SequenceGroup> gps = alignment.getGroups();
2870       if (gps == null || gps.size() == 0)
2871       {
2872         selectionIsDefinedGroup = false;
2873       }
2874       else
2875       {
2876         selectionIsDefinedGroup = gps.contains(selectionGroup);
2877       }
2878     }
2879     return selectionGroup.isDefined() || selectionIsDefinedGroup;
2880   }
2881
2882   /**
2883    * null, or currently highlighted results on this view
2884    */
2885   private SearchResultsI searchResults = null;
2886
2887   protected TreeModel currentTree = null;
2888
2889   @Override
2890   public boolean hasSearchResults()
2891   {
2892     return searchResults != null;
2893   }
2894
2895   @Override
2896   public void setSearchResults(SearchResultsI results)
2897   {
2898     searchResults = results;
2899   }
2900
2901   @Override
2902   public SearchResultsI getSearchResults()
2903   {
2904     return searchResults;
2905   }
2906
2907   /**
2908    * get the consensus sequence as displayed under the PID consensus annotation
2909    * row.
2910    *
2911    * @return consensus sequence as a new sequence object
2912    */
2913   public SequenceI getConsensusSeq()
2914   {
2915     if (consensus == null)
2916     {
2917       updateConsensus(null);
2918     }
2919     if (consensus == null)
2920     {
2921       return null;
2922     }
2923     StringBuffer seqs = new StringBuffer();
2924     for (int i = 0; i < consensus.annotations.length; i++)
2925     {
2926       Annotation annotation = consensus.annotations[i];
2927       if (annotation != null)
2928       {
2929         String description = annotation.description;
2930         if (description != null && description.startsWith("["))
2931         {
2932           // consensus is a tie - just pick the first one
2933           seqs.append(description.charAt(1));
2934         }
2935         else
2936         {
2937           seqs.append(annotation.displayCharacter);
2938         }
2939       }
2940     }
2941
2942     SequenceI sq = new Sequence("Consensus", seqs.toString());
2943     sq.setDescription("Percentage Identity Consensus "
2944             + ((ignoreGapsInConsensusCalculation) ? " without gaps" : ""));
2945     return sq;
2946   }
2947
2948   @Override
2949   public void setCurrentTree(TreeModel tree)
2950   {
2951     currentTree = tree;
2952   }
2953
2954   @Override
2955   public TreeModel getCurrentTree()
2956   {
2957     return currentTree;
2958   }
2959
2960   /**
2961    * flag set to indicate if structure views might be out of sync with sequences
2962    * in the alignment
2963    */
2964
2965   private boolean needToUpdateStructureViews = false;
2966
2967   @Override
2968   public boolean isUpdateStructures()
2969   {
2970     return needToUpdateStructureViews;
2971   }
2972
2973   @Override
2974   public void setUpdateStructures(boolean update)
2975   {
2976     needToUpdateStructureViews = update;
2977   }
2978
2979   @Override
2980   public boolean needToUpdateStructureViews()
2981   {
2982     boolean update = needToUpdateStructureViews;
2983     needToUpdateStructureViews = false;
2984     return update;
2985   }
2986
2987   @Override
2988   public void addSequenceGroup(SequenceGroup sequenceGroup)
2989   {
2990     alignment.addGroup(sequenceGroup);
2991
2992     Color col = sequenceGroup.idColour;
2993     if (col != null)
2994     {
2995       col = col.brighter();
2996
2997       for (SequenceI sq : sequenceGroup.getSequences())
2998       {
2999         setSequenceColour(sq, col);
3000       }
3001     }
3002
3003     if (codingComplement != null)
3004     {
3005       SequenceGroup mappedGroup = MappingUtils
3006               .mapSequenceGroup(sequenceGroup, this, codingComplement);
3007       if (mappedGroup.getSequences().size() > 0)
3008       {
3009         codingComplement.getAlignment().addGroup(mappedGroup);
3010
3011         if (col != null)
3012         {
3013           for (SequenceI seq : mappedGroup.getSequences())
3014           {
3015             codingComplement.setSequenceColour(seq, col);
3016           }
3017         }
3018       }
3019       // propagate the structure view update flag according to our own setting
3020       codingComplement.setUpdateStructures(needToUpdateStructureViews);
3021     }
3022   }
3023 }