src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel;
  22
  23 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  24 import jalview.analysis.Conservation;
  25 import jalview.analysis.Profile;
  26 import jalview.api.AlignCalcManagerI;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  29 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  30 import jalview.api.ViewStyleI;
  31 import jalview.commands.CommandI;
  32 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  36 import jalview.datamodel.Annotation;
  37 import jalview.datamodel.CigarArray;
  38 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  39 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  40 import jalview.datamodel.SearchResults;
  41 import jalview.datamodel.Sequence;
  42 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  43 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  44 import jalview.datamodel.SequenceI;
  45 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  46 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  47 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  48 import jalview.structure.CommandListener;
  49 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  50 import jalview.structure.VamsasSource;
  51 import jalview.util.Comparison;
  52 import jalview.util.MapList;
  53 import jalview.util.MappingUtils;
  54 import jalview.viewmodel.styles.ViewStyle;
  55 import jalview.workers.AlignCalcManager;
  56 import jalview.workers.ComplementConsensusThread;
  57 import jalview.workers.ConsensusThread;
  58 import jalview.workers.StrucConsensusThread;
  59
  60 import java.awt.Color;
  61 import java.beans.PropertyChangeSupport;
  62 import java.util.ArrayDeque;
  63 import java.util.ArrayList;
  64 import java.util.BitSet;
  65 import java.util.Deque;
  66 import java.util.HashMap;
  67 import java.util.Hashtable;
  68 import java.util.List;
  69 import java.util.Map;
  70
  71 /**
  72  * base class holding visualization and analysis attributes and common logic for
  73  * an active alignment view displayed in the GUI
  74  *
  75  * @author jimp
  76  *
  77  */
  78 public abstract class AlignmentViewport implements AlignViewportI,
  79         CommandListener, VamsasSource
  80 {
  81   protected ViewStyleI viewStyle = new ViewStyle();
  82
  83   /**
  84    * A viewport that hosts the cDna view of this (protein), or vice versa (if
  85    * set).
  86    */
  87   AlignViewportI codingComplement = null;
  88
  89   FeaturesDisplayedI featuresDisplayed = null;
  90
  91   protected Deque<CommandI> historyList = new ArrayDeque<CommandI>();
  92
  93   protected Deque<CommandI> redoList = new ArrayDeque<CommandI>();
  94
  95   /**
  96    * @param name
  97    * @see jalview.api.ViewStyleI#setFontName(java.lang.String)
  98    */
  99   @Override
 100   public void setFontName(String name)
 101   {
 102     viewStyle.setFontName(name);
 103   }
 104
 105   /**
 106    * @param style
 107    * @see jalview.api.ViewStyleI#setFontStyle(int)
 108    */
 109   @Override
 110   public void setFontStyle(int style)
 111   {
 112     viewStyle.setFontStyle(style);
 113   }
 114
 115   /**
 116    * @param size
 117    * @see jalview.api.ViewStyleI#setFontSize(int)
 118    */
 119   @Override
 120   public void setFontSize(int size)
 121   {
 122     viewStyle.setFontSize(size);
 123   }
 124
 125   /**
 126    * @return
 127    * @see jalview.api.ViewStyleI#getFontStyle()
 128    */
 129   @Override
 130   public int getFontStyle()
 131   {
 132     return viewStyle.getFontStyle();
 133   }
 134
 135   /**
 136    * @return
 137    * @see jalview.api.ViewStyleI#getFontName()
 138    */
 139   @Override
 140   public String getFontName()
 141   {
 142     return viewStyle.getFontName();
 143   }
 144
 145   /**
 146    * @return
 147    * @see jalview.api.ViewStyleI#getFontSize()
 148    */
 149   @Override
 150   public int getFontSize()
 151   {
 152     return viewStyle.getFontSize();
 153   }
 154
 155   /**
 156    * @param upperCasebold
 157    * @see jalview.api.ViewStyleI#setUpperCasebold(boolean)
 158    */
 159   @Override
 160   public void setUpperCasebold(boolean upperCasebold)
 161   {
 162     viewStyle.setUpperCasebold(upperCasebold);
 163   }
 164
 165   /**
 166    * @return
 167    * @see jalview.api.ViewStyleI#isUpperCasebold()
 168    */
 169   @Override
 170   public boolean isUpperCasebold()
 171   {
 172     return viewStyle.isUpperCasebold();
 173   }
 174
 175   /**
 176    * @return
 177    * @see jalview.api.ViewStyleI#isSeqNameItalics()
 178    */
 179   @Override
 180   public boolean isSeqNameItalics()
 181   {
 182     return viewStyle.isSeqNameItalics();
 183   }
 184
 185   /**
 186    * @param colourByReferenceSeq
 187    * @see jalview.api.ViewStyleI#setColourByReferenceSeq(boolean)
 188    */
 189   @Override
 190   public void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq)
 191   {
 192     viewStyle.setColourByReferenceSeq(colourByReferenceSeq);
 193   }
 194
 195   /**
 196    * @param b
 197    * @see jalview.api.ViewStyleI#setColourAppliesToAllGroups(boolean)
 198    */
 199   @Override
 200   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
 201   {
 202     viewStyle.setColourAppliesToAllGroups(b);
 203   }
 204
 205   /**
 206    * @return
 207    * @see jalview.api.ViewStyleI#getColourAppliesToAllGroups()
 208    */
 209   @Override
 210   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
 211   {
 212     return viewStyle.getColourAppliesToAllGroups();
 213   }
 214
 215   /**
 216    * @return
 217    * @see jalview.api.ViewStyleI#getAbovePIDThreshold()
 218    */
 219   @Override
 220   public boolean getAbovePIDThreshold()
 221   {
 222     return viewStyle.getAbovePIDThreshold();
 223   }
 224
 225   /**
 226    * @param inc
 227    * @see jalview.api.ViewStyleI#setIncrement(int)
 228    */
 229   @Override
 230   public void setIncrement(int inc)
 231   {
 232     viewStyle.setIncrement(inc);
 233   }
 234
 235   /**
 236    * @return
 237    * @see jalview.api.ViewStyleI#getIncrement()
 238    */
 239   @Override
 240   public int getIncrement()
 241   {
 242     return viewStyle.getIncrement();
 243   }
 244
 245   /**
 246    * @param b
 247    * @see jalview.api.ViewStyleI#setConservationSelected(boolean)
 248    */
 249   @Override
 250   public void setConservationSelected(boolean b)
 251   {
 252     viewStyle.setConservationSelected(b);
 253   }
 254
 255   /**
 256    * @param show
 257    * @see jalview.api.ViewStyleI#setShowHiddenMarkers(boolean)
 258    */
 259   @Override
 260   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
 261   {
 262     viewStyle.setShowHiddenMarkers(show);
 263   }
 264
 265   /**
 266    * @return
 267    * @see jalview.api.ViewStyleI#getShowHiddenMarkers()
 268    */
 269   @Override
 270   public boolean getShowHiddenMarkers()
 271   {
 272     return viewStyle.getShowHiddenMarkers();
 273   }
 274
 275   /**
 276    * @param b
 277    * @see jalview.api.ViewStyleI#setScaleRightWrapped(boolean)
 278    */
 279   @Override
 280   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
 281   {
 282     viewStyle.setScaleRightWrapped(b);
 283   }
 284
 285   /**
 286    * @param b
 287    * @see jalview.api.ViewStyleI#setScaleLeftWrapped(boolean)
 288    */
 289   @Override
 290   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
 291   {
 292     viewStyle.setScaleLeftWrapped(b);
 293   }
 294
 295   /**
 296    * @param b
 297    * @see jalview.api.ViewStyleI#setScaleAboveWrapped(boolean)
 298    */
 299   @Override
 300   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
 301   {
 302     viewStyle.setScaleAboveWrapped(b);
 303   }
 304
 305   /**
 306    * @return
 307    * @see jalview.api.ViewStyleI#getScaleLeftWrapped()
 308    */
 309   @Override
 310   public boolean getScaleLeftWrapped()
 311   {
 312     return viewStyle.getScaleLeftWrapped();
 313   }
 314
 315   /**
 316    * @return
 317    * @see jalview.api.ViewStyleI#getScaleAboveWrapped()
 318    */
 319   @Override
 320   public boolean getScaleAboveWrapped()
 321   {
 322     return viewStyle.getScaleAboveWrapped();
 323   }
 324
 325   /**
 326    * @return
 327    * @see jalview.api.ViewStyleI#getScaleRightWrapped()
 328    */
 329   @Override
 330   public boolean getScaleRightWrapped()
 331   {
 332     return viewStyle.getScaleRightWrapped();
 333   }
 334
 335   /**
 336    * @param b
 337    * @see jalview.api.ViewStyleI#setAbovePIDThreshold(boolean)
 338    */
 339   @Override
 340   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 341   {
 342     viewStyle.setAbovePIDThreshold(b);
 343   }
 344
 345   /**
 346    * @param thresh
 347    * @see jalview.api.ViewStyleI#setThreshold(int)
 348    */
 349   @Override
 350   public void setThreshold(int thresh)
 351   {
 352     viewStyle.setThreshold(thresh);
 353   }
 354
 355   /**
 356    * @return
 357    * @see jalview.api.ViewStyleI#getThreshold()
 358    */
 359   @Override
 360   public int getThreshold()
 361   {
 362     return viewStyle.getThreshold();
 363   }
 364
 365   /**
 366    * @return
 367    * @see jalview.api.ViewStyleI#getShowJVSuffix()
 368    */
 369   @Override
 370   public boolean getShowJVSuffix()
 371   {
 372     return viewStyle.getShowJVSuffix();
 373   }
 374
 375   /**
 376    * @param b
 377    * @see jalview.api.ViewStyleI#setShowJVSuffix(boolean)
 378    */
 379   @Override
 380   public void setShowJVSuffix(boolean b)
 381   {
 382     viewStyle.setShowJVSuffix(b);
 383   }
 384
 385   /**
 386    * @param state
 387    * @see jalview.api.ViewStyleI#setWrapAlignment(boolean)
 388    */
 389   @Override
 390   public void setWrapAlignment(boolean state)
 391   {
 392     viewStyle.setWrapAlignment(state);
 393   }
 394
 395   /**
 396    * @param state
 397    * @see jalview.api.ViewStyleI#setShowText(boolean)
 398    */
 399   @Override
 400   public void setShowText(boolean state)
 401   {
 402     viewStyle.setShowText(state);
 403   }
 404
 405   /**
 406    * @param state
 407    * @see jalview.api.ViewStyleI#setRenderGaps(boolean)
 408    */
 409   @Override
 410   public void setRenderGaps(boolean state)
 411   {
 412     viewStyle.setRenderGaps(state);
 413   }
 414
 415   /**
 416    * @return
 417    * @see jalview.api.ViewStyleI#getColourText()
 418    */
 419   @Override
 420   public boolean getColourText()
 421   {
 422     return viewStyle.getColourText();
 423   }
 424
 425   /**
 426    * @param state
 427    * @see jalview.api.ViewStyleI#setColourText(boolean)
 428    */
 429   @Override
 430   public void setColourText(boolean state)
 431   {
 432     viewStyle.setColourText(state);
 433   }
 434
 435   /**
 436    * @return
 437    * @see jalview.api.ViewStyleI#getWrapAlignment()
 438    */
 439   @Override
 440   public boolean getWrapAlignment()
 441   {
 442     return viewStyle.getWrapAlignment();
 443   }
 444
 445   /**
 446    * @return
 447    * @see jalview.api.ViewStyleI#getShowText()
 448    */
 449   @Override
 450   public boolean getShowText()
 451   {
 452     return viewStyle.getShowText();
 453   }
 454
 455   /**
 456    * @return
 457    * @see jalview.api.ViewStyleI#getWrappedWidth()
 458    */
 459   @Override
 460   public int getWrappedWidth()
 461   {
 462     return viewStyle.getWrappedWidth();
 463   }
 464
 465   /**
 466    * @param w
 467    * @see jalview.api.ViewStyleI#setWrappedWidth(int)
 468    */
 469   @Override
 470   public void setWrappedWidth(int w)
 471   {
 472     viewStyle.setWrappedWidth(w);
 473   }
 474
 475   /**
 476    * @return
 477    * @see jalview.api.ViewStyleI#getCharHeight()
 478    */
 479   @Override
 480   public int getCharHeight()
 481   {
 482     return viewStyle.getCharHeight();
 483   }
 484
 485   /**
 486    * @param h
 487    * @see jalview.api.ViewStyleI#setCharHeight(int)
 488    */
 489   @Override
 490   public void setCharHeight(int h)
 491   {
 492     viewStyle.setCharHeight(h);
 493   }
 494
 495   /**
 496    * @return
 497    * @see jalview.api.ViewStyleI#getCharWidth()
 498    */
 499   @Override
 500   public int getCharWidth()
 501   {
 502     return viewStyle.getCharWidth();
 503   }
 504
 505   /**
 506    * @param w
 507    * @see jalview.api.ViewStyleI#setCharWidth(int)
 508    */
 509   @Override
 510   public void setCharWidth(int w)
 511   {
 512     viewStyle.setCharWidth(w);
 513   }
 514
 515   /**
 516    * @return
 517    * @see jalview.api.ViewStyleI#getShowBoxes()
 518    */
 519   @Override
 520   public boolean getShowBoxes()
 521   {
 522     return viewStyle.getShowBoxes();
 523   }
 524
 525   /**
 526    * @return
 527    * @see jalview.api.ViewStyleI#getShowUnconserved()
 528    */
 529   @Override
 530   public boolean getShowUnconserved()
 531   {
 532     return viewStyle.getShowUnconserved();
 533   }
 534
 535   /**
 536    * @param showunconserved
 537    * @see jalview.api.ViewStyleI#setShowUnconserved(boolean)
 538    */
 539   @Override
 540   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 541   {
 542     viewStyle.setShowUnconserved(showunconserved);
 543   }
 544
 545   /**
 546    * @param default1
 547    * @see jalview.api.ViewStyleI#setSeqNameItalics(boolean)
 548    */
 549   @Override
 550   public void setSeqNameItalics(boolean default1)
 551   {
 552     viewStyle.setSeqNameItalics(default1);
 553   }
 554
 555   /**
 556    * alignment displayed in the viewport. Please use get/setter
 557    */
 558   protected AlignmentI alignment;
 559
 560   @Override
 561   public AlignmentI getAlignment()
 562   {
 563     return alignment;
 564   }
 565
 566   @Override
 567   public char getGapCharacter()
 568   {
 569     return alignment.getGapCharacter();
 570   }
 571
 572   protected String sequenceSetID;
 573
 574   /**
 575    * probably unused indicator that view is of a dataset rather than an
 576    * alignment
 577    */
 578   protected boolean isDataset = false;
 579
 580   public void setDataset(boolean b)
 581   {
 582     isDataset = b;
 583   }
 584
 585   public boolean isDataset()
 586   {
 587     return isDataset;
 588   }
 589
 590   private Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences;
 591
 592   protected ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();
 593
 594   public boolean autoCalculateConsensus = true;
 595
 596   protected boolean autoCalculateStrucConsensus = true;
 597
 598   protected boolean ignoreGapsInConsensusCalculation = false;
 599
 600   protected ColourSchemeI globalColourScheme = null;
 601
 602   @Override
 603   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)
 604   {
 605     // TODO: logic refactored from AlignFrame changeColour -
 606     // TODO: autorecalc stuff should be changed to rely on the worker system
 607     // check to see if we should implement a changeColour(cs) method rather than
 608     // put th logic in here
 609     // - means that caller decides if they want to just modify state and defer
 610     // calculation till later or to do all calculations in thread.
 611     // via changecolour
 612     globalColourScheme = cs;
 613     boolean recalc = false;
 614     if (cs != null)
 615     {
 616       cs.setConservationApplied(recalc = getConservationSelected());
 617       if (getAbovePIDThreshold() || cs instanceof PIDColourScheme
 618               || cs instanceof Blosum62ColourScheme)
 619       {
 620         recalc = true;
 621         cs.setThreshold(viewStyle.getThreshold(),
 622                 ignoreGapsInConsensusCalculation);
 623       }
 624       else
 625       {
 626         cs.setThreshold(0, ignoreGapsInConsensusCalculation);
 627       }
 628       if (recalc)
 629       {
 630         cs.setConsensus(hconsensus);
 631         cs.setConservation(hconservation);
 632       }
 633       cs.alignmentChanged(alignment, hiddenRepSequences);
 634     }
 635     if (getColourAppliesToAllGroups())
 636     {
 637       for (SequenceGroup sg : getAlignment().getGroups())
 638       {
 639         if (cs == null)
 640         {
 641           sg.cs = null;
 642           continue;
 643         }
 644         sg.cs = cs.applyTo(sg, getHiddenRepSequences());
 645         sg.setConsPercGaps(ConsPercGaps);
 646         if (getAbovePIDThreshold() || cs instanceof PIDColourScheme
 647                 || cs instanceof Blosum62ColourScheme)
 648         {
 649           sg.cs.setThreshold(viewStyle.getThreshold(),
 650                   isIgnoreGapsConsensus());
 651           recalc = true;
 652         }
 653         else
 654         {
 655           sg.cs.setThreshold(0, isIgnoreGapsConsensus());
 656         }
 657
 658         if (getConservationSelected())
 659         {
 660           sg.cs.setConservationApplied(true);
 661           recalc = true;
 662         }
 663         else
 664         {
 665           sg.cs.setConservation(null);
 666           // sg.cs.setThreshold(0, getIgnoreGapsConsensus());
 667         }
 668         if (recalc)
 669         {
 670           sg.recalcConservation();
 671         }
 672         else
 673         {
 674           sg.cs.alignmentChanged(sg, hiddenRepSequences);
 675         }
 676       }
 677     }
 678   }
 679
 680   @Override
 681   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()
 682   {
 683     return globalColourScheme;
 684   }
 685
 686   protected AlignmentAnnotation consensus;
 687
 688   protected AlignmentAnnotation complementConsensus;
 689
 690   protected AlignmentAnnotation strucConsensus;
 691
 692   protected AlignmentAnnotation conservation;
 693
 694   protected AlignmentAnnotation quality;
 695
 696   protected AlignmentAnnotation[] groupConsensus;
 697
 698   protected AlignmentAnnotation[] groupConservation;
 699
 700   /**
 701    * results of alignment consensus analysis for visible portion of view
 702    */
 703   protected Profile[] hconsensus = null;
 704
 705   /**
 706    * results of cDNA complement consensus visible portion of view
 707    */
 708   protected Hashtable[] hcomplementConsensus = null;
 709
 710   /**
 711    * results of secondary structure base pair consensus for visible portion of
 712    * view
 713    */
 714   protected Hashtable[] hStrucConsensus = null;
 715
 716   protected Conservation hconservation = null;
 717
 718   @Override
 719   public void setConservation(Conservation cons)
 720   {
 721     hconservation = cons;
 722   }
 723
 724   /**
 725    * percentage gaps allowed in a column before all amino acid properties should
 726    * be considered unconserved
 727    */
 728   int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a scalable property!
 729
 730   @Override
 731   public int getConsPercGaps()
 732   {
 733     return ConsPercGaps;
 734   }
 735
 736   @Override
 737   public void setSequenceConsensusHash(Profile[] hconsensus)
 738   {
 739     this.hconsensus = hconsensus;
 740   }
 741
 742   @Override
 743   public void setComplementConsensusHash(Hashtable[] hconsensus)
 744   {
 745     this.hcomplementConsensus = hconsensus;
 746   }
 747
 748   @Override
 749   public Profile[] getSequenceConsensusHash()
 750   {
 751     return hconsensus;
 752   }
 753
 754   @Override
 755   public Hashtable[] getComplementConsensusHash()
 756   {
 757     return hcomplementConsensus;
 758   }
 759
 760   @Override
 761   public Hashtable[] getRnaStructureConsensusHash()
 762   {
 763     return hStrucConsensus;
 764   }
 765
 766   @Override
 767   public void setRnaStructureConsensusHash(Hashtable[] hStrucConsensus)
 768   {
 769     this.hStrucConsensus = hStrucConsensus;
 770
 771   }
 772
 773   @Override
 774   public AlignmentAnnotation getAlignmentQualityAnnot()
 775   {
 776     return quality;
 777   }
 778
 779   @Override
 780   public AlignmentAnnotation getAlignmentConservationAnnotation()
 781   {
 782     return conservation;
 783   }
 784
 785   @Override
 786   public AlignmentAnnotation getAlignmentConsensusAnnotation()
 787   {
 788     return consensus;
 789   }
 790
 791   @Override
 792   public AlignmentAnnotation getComplementConsensusAnnotation()
 793   {
 794     return complementConsensus;
 795   }
 796
 797   @Override
 798   public AlignmentAnnotation getAlignmentStrucConsensusAnnotation()
 799   {
 800     return strucConsensus;
 801   }
 802
 803   protected AlignCalcManagerI calculator = new AlignCalcManager();
 804
 805   /**
 806    * trigger update of conservation annotation
 807    */
 808   public void updateConservation(final AlignmentViewPanel ap)
 809   {
 810     // see note in mantis : issue number 8585
 811     if (alignment.isNucleotide()
 812             || (conservation == null && quality == null)
 813             || !autoCalculateConsensus)
 814     {
 815       return;
 816     }
 817     if (calculator
 818             .getRegisteredWorkersOfClass(jalview.workers.ConservationThread.class) == null)
 819     {
 820       calculator.registerWorker(new jalview.workers.ConservationThread(
 821               this, ap));
 822     }
 823   }
 824
 825   /**
 826    * trigger update of consensus annotation
 827    */
 828   public void updateConsensus(final AlignmentViewPanel ap)
 829   {
 830     // see note in mantis : issue number 8585
 831     if (consensus == null || !autoCalculateConsensus)
 832     {
 833       return;
 834     }
 835     if (calculator.getRegisteredWorkersOfClass(ConsensusThread.class) == null)
 836     {
 837       calculator.registerWorker(new ConsensusThread(this, ap));
 838     }
 839
 840     /*
 841      * A separate thread to compute cDNA consensus for a protein alignment
 842      * which has mapping to cDNA
 843      */
 844     final AlignmentI al = this.getAlignment();
 845     if (!al.isNucleotide() && al.getCodonFrames() != null
 846             && !al.getCodonFrames().isEmpty())
 847     {
 848       /*
 849        * fudge - check first for protein-to-nucleotide mappings
 850        * (we don't want to do this for protein-to-protein)
 851        */
 852       boolean doConsensus = false;
 853       for (AlignedCodonFrame mapping : al.getCodonFrames())
 854       {
 855         // TODO hold mapping type e.g. dna-to-protein in AlignedCodonFrame?
 856         MapList[] mapLists = mapping.getdnaToProt();
 857         // mapLists can be empty if project load has not finished resolving seqs
 858         if (mapLists.length > 0 && mapLists[0].getFromRatio() == 3)
 859         {
 860           doConsensus = true;
 861           break;
 862         }
 863       }
 864       if (doConsensus)
 865       {
 866         if (calculator
 867                 .getRegisteredWorkersOfClass(ComplementConsensusThread.class) == null)
 868         {
 869           calculator
 870                   .registerWorker(new ComplementConsensusThread(this, ap));
 871         }
 872       }
 873     }
 874   }
 875
 876   // --------START Structure Conservation
 877   public void updateStrucConsensus(final AlignmentViewPanel ap)
 878   {
 879     if (autoCalculateStrucConsensus && strucConsensus == null
 880             && alignment.isNucleotide() && alignment.hasRNAStructure())
 881     {
 882       // secondary structure has been added - so init the consensus line
 883       initRNAStructure();
 884     }
 885
 886     // see note in mantis : issue number 8585
 887     if (strucConsensus == null || !autoCalculateStrucConsensus)
 888     {
 889       return;
 890     }
 891     if (calculator.getRegisteredWorkersOfClass(StrucConsensusThread.class) == null)
 892     {
 893       calculator.registerWorker(new StrucConsensusThread(this, ap));
 894     }
 895   }
 896
 897   public boolean isCalcInProgress()
 898   {
 899     return calculator.isWorking();
 900   }
 901
 902   @Override
 903   public boolean isCalculationInProgress(
 904           AlignmentAnnotation alignmentAnnotation)
 905   {
 906     if (!alignmentAnnotation.autoCalculated)
 907     {
 908       return false;
 909     }
 910     if (calculator.workingInvolvedWith(alignmentAnnotation))
 911     {
 912       // System.err.println("grey out ("+alignmentAnnotation.label+")");
 913       return true;
 914     }
 915     return false;
 916   }
 917
 918   public void setAlignment(AlignmentI align)
 919   {
 920     this.alignment = align;
 921   }
 922
 923   /**
 924    * Clean up references when this viewport is closed
 925    */
 926   @Override
 927   public void dispose()
 928   {
 929     /*
 930      * defensively null out references to large objects in case
 931      * this object is not garbage collected (as if!)
 932      */
 933     consensus = null;
 934     complementConsensus = null;
 935     strucConsensus = null;
 936     conservation = null;
 937     quality = null;
 938     groupConsensus = null;
 939     groupConservation = null;
 940     hconsensus = null;
 941     hcomplementConsensus = null;
 942     // TODO removed listeners from changeSupport?
 943     changeSupport = null;
 944     setAlignment(null);
 945   }
 946
 947   @Override
 948   public boolean isClosed()
 949   {
 950     // TODO: check that this isClosed is only true after panel is closed, not
 951     // before it is fully constructed.
 952     return alignment == null;
 953   }
 954
 955   @Override
 956   public AlignCalcManagerI getCalcManager()
 957   {
 958     return calculator;
 959   }
 960
 961   /**
 962    * should conservation rows be shown for groups
 963    */
 964   protected boolean showGroupConservation = false;
 965
 966   /**
 967    * should consensus rows be shown for groups
 968    */
 969   protected boolean showGroupConsensus = false;
 970
 971   /**
 972    * should consensus profile be rendered by default
 973    */
 974   protected boolean showSequenceLogo = false;
 975
 976   /**
 977    * should consensus profile be rendered normalised to row height
 978    */
 979   protected boolean normaliseSequenceLogo = false;
 980
 981   /**
 982    * should consensus histograms be rendered by default
 983    */
 984   protected boolean showConsensusHistogram = true;
 985
 986   /**
 987    * @return the showConsensusProfile
 988    */
 989   @Override
 990   public boolean isShowSequenceLogo()
 991   {
 992     return showSequenceLogo;
 993   }
 994
 995   /**
 996    * @param showSequenceLogo
 997    *          the new value
 998    */
 999   public void setShowSequenceLogo(boolean showSequenceLogo)
1000   {
1001     if (showSequenceLogo != this.showSequenceLogo)
1002     {
1003       // TODO: decouple settings setting from calculation when refactoring
1004       // annotation update method from alignframe to viewport
1005       this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1006       calculator.updateAnnotationFor(ConsensusThread.class);
1007       calculator.updateAnnotationFor(ComplementConsensusThread.class);
1008       calculator.updateAnnotationFor(StrucConsensusThread.class);
1009     }
1010     this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
1011   }
1012
1013   /**
1014    * @param showConsensusHistogram
1015    *          the showConsensusHistogram to set
1016    */
1017   public void setShowConsensusHistogram(boolean showConsensusHistogram)
1018   {
1019     this.showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
1020   }
1021
1022   /**
1023    * @return the showGroupConservation
1024    */
1025   public boolean isShowGroupConservation()
1026   {
1027     return showGroupConservation;
1028   }
1029
1030   /**
1031    * @param showGroupConservation
1032    *          the showGroupConservation to set
1033    */
1034   public void setShowGroupConservation(boolean showGroupConservation)
1035   {
1036     this.showGroupConservation = showGroupConservation;
1037   }
1038
1039   /**
1040    * @return the showGroupConsensus
1041    */
1042   public boolean isShowGroupConsensus()
1043   {
1044     return showGroupConsensus;
1045   }
1046
1047   /**
1048    * @param showGroupConsensus
1049    *          the showGroupConsensus to set
1050    */
1051   public void setShowGroupConsensus(boolean showGroupConsensus)
1052   {
1053     this.showGroupConsensus = showGroupConsensus;
1054   }
1055
1056   /**
1057    *
1058    * @return flag to indicate if the consensus histogram should be rendered by
1059    *         default
1060    */
1061   @Override
1062   public boolean isShowConsensusHistogram()
1063   {
1064     return this.showConsensusHistogram;
1065   }
1066
1067   /**
1068    * when set, updateAlignment will always ensure sequences are of equal length
1069    */
1070   private boolean padGaps = false;
1071
1072   /**
1073    * when set, alignment should be reordered according to a newly opened tree
1074    */
1075   public boolean sortByTree = false;
1076
1077   /**
1078    *
1079    *
1080    * @return null or the currently selected sequence region
1081    */
1082   @Override
1083   public SequenceGroup getSelectionGroup()
1084   {
1085     return selectionGroup;
1086   }
1087
1088   /**
1089    * Set the selection group for this window.
1090    *
1091    * @param sg
1092    *          - group holding references to sequences in this alignment view
1093    *
1094    */
1095   @Override
1096   public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)
1097   {
1098     selectionGroup = sg;
1099   }
1100
1101   public void setHiddenColumns(ColumnSelection colsel)
1102   {
1103     this.colSel = colsel;
1104   }
1105
1106   @Override
1107   public ColumnSelection getColumnSelection()
1108   {
1109     return colSel;
1110   }
1111
1112   @Override
1113   public void setColumnSelection(ColumnSelection colSel)
1114   {
1115     this.colSel = colSel;
1116     if (colSel != null)
1117     {
1118       updateHiddenColumns();
1119     }
1120     isColSelChanged(true);
1121   }
1122
1123   /**
1124    *
1125    * @return
1126    */
1127   @Override
1128   public Map<SequenceI, SequenceCollectionI> getHiddenRepSequences()
1129   {
1130     return hiddenRepSequences;
1131   }
1132
1133   @Override
1134   public void setHiddenRepSequences(
1135           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
1136   {
1137     this.hiddenRepSequences = hiddenRepSequences;
1138   }
1139
1140   @Override
1141   public boolean hasSelectedColumns()
1142   {
1143     ColumnSelection columnSelection = getColumnSelection();
1144     return columnSelection != null && columnSelection.hasSelectedColumns();
1145   }
1146
1147   @Override
1148   public boolean hasHiddenColumns()
1149   {
1150     return colSel != null && colSel.hasHiddenColumns();
1151   }
1152
1153   public void updateHiddenColumns()
1154   {
1155     // this method doesn't really do anything now. But - it could, since a
1156     // column Selection could be in the process of modification
1157     // hasHiddenColumns = colSel.hasHiddenColumns();
1158   }
1159
1160   @Override
1161   public boolean hasHiddenRows()
1162   {
1163     return alignment.getHiddenSequences().getSize() > 0;
1164   }
1165
1166   protected SequenceGroup selectionGroup;
1167
1168   public void setSequenceSetId(String newid)
1169   {
1170     if (sequenceSetID != null)
1171     {
1172       System.err
1173               .println("Warning - overwriting a sequenceSetId for a viewport!");
1174     }
1175     sequenceSetID = new String(newid);
1176   }
1177
1178   @Override
1179   public String getSequenceSetId()
1180   {
1181     if (sequenceSetID == null)
1182     {
1183       sequenceSetID = alignment.hashCode() + "";
1184     }
1185
1186     return sequenceSetID;
1187   }
1188
1189   /**
1190    * unique viewId for synchronizing state (e.g. with stored Jalview Project)
1191    *
1192    */
1193   protected String viewId = null;
1194
1195   @Override
1196   public String getViewId()
1197   {
1198     if (viewId == null)
1199     {
1200       viewId = this.getSequenceSetId() + "." + this.hashCode() + "";
1201     }
1202     return viewId;
1203   }
1204
1205   public void setIgnoreGapsConsensus(boolean b, AlignmentViewPanel ap)
1206   {
1207     ignoreGapsInConsensusCalculation = b;
1208     if (ap != null)
1209     {
1210       updateConsensus(ap);
1211       if (globalColourScheme != null)
1212       {
1213         globalColourScheme.setThreshold(globalColourScheme.getThreshold(),
1214                 ignoreGapsInConsensusCalculation);
1215       }
1216     }
1217
1218   }
1219
1220   private long sgrouphash = -1, colselhash = -1;
1221
1222   /**
1223    * checks current SelectionGroup against record of last hash value, and
1224    * updates record.
1225    *
1226    * @param b
1227    *          update the record of last hash value
1228    *
1229    * @return true if SelectionGroup changed since last call (when b is true)
1230    */
1231   public boolean isSelectionGroupChanged(boolean b)
1232   {
1233     int hc = (selectionGroup == null || selectionGroup.getSize() == 0) ? -1
1234             : selectionGroup.hashCode();
1235     if (hc != -1 && hc != sgrouphash)
1236     {
1237       if (b)
1238       {
1239         sgrouphash = hc;
1240       }
1241       return true;
1242     }
1243     return false;
1244   }
1245
1246   /**
1247    * checks current colsel against record of last hash value, and optionally
1248    * updates record.
1249    *
1250    * @param b
1251    *          update the record of last hash value
1252    * @return true if colsel changed since last call (when b is true)
1253    */
1254   public boolean isColSelChanged(boolean b)
1255   {
1256     int hc = (colSel == null || colSel.isEmpty()) ? -1 : colSel.hashCode();
1257     if (hc != -1 && hc != colselhash)
1258     {
1259       if (b)
1260       {
1261         colselhash = hc;
1262       }
1263       return true;
1264     }
1265     return false;
1266   }
1267
1268   @Override
1269   public boolean isIgnoreGapsConsensus()
1270   {
1271     return ignoreGapsInConsensusCalculation;
1272   }
1273
1274   // property change stuff
1275   // JBPNote Prolly only need this in the applet version.
1276   private PropertyChangeSupport changeSupport = new PropertyChangeSupport(
1277           this);
1278
1279   protected boolean showConservation = true;
1280
1281   protected boolean showQuality = true;
1282
1283   protected boolean showConsensus = true;
1284
1285   private Map<SequenceI, Color> sequenceColours = new HashMap<SequenceI, Color>();
1286
1287   protected SequenceAnnotationOrder sortAnnotationsBy = null;
1288
1289   protected boolean showAutocalculatedAbove;
1290
1291   /**
1292    * when set, view will scroll to show the highlighted position
1293    */
1294   private boolean followHighlight = true;
1295
1296   // TODO private with getters and setters?
1297   public int startRes;
1298
1299   public int endRes;
1300
1301   public int startSeq;
1302
1303   public int endSeq;
1304
1305   /**
1306    * Property change listener for changes in alignment
1307    *
1308    * @param listener
1309    *          DOCUMENT ME!
1310    */
1311   public void addPropertyChangeListener(
1312           java.beans.PropertyChangeListener listener)
1313   {
1314     changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);
1315   }
1316
1317   /**
1318    * DOCUMENT ME!
1319    *
1320    * @param listener
1321    *          DOCUMENT ME!
1322    */
1323   public void removePropertyChangeListener(
1324           java.beans.PropertyChangeListener listener)
1325   {
1326     changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);
1327   }
1328
1329   /**
1330    * Property change listener for changes in alignment
1331    *
1332    * @param prop
1333    *          DOCUMENT ME!
1334    * @param oldvalue
1335    *          DOCUMENT ME!
1336    * @param newvalue
1337    *          DOCUMENT ME!
1338    */
1339   public void firePropertyChange(String prop, Object oldvalue,
1340           Object newvalue)
1341   {
1342     changeSupport.firePropertyChange(prop, oldvalue, newvalue);
1343   }
1344
1345   // common hide/show column stuff
1346
1347   public void hideSelectedColumns()
1348   {
1349     if (colSel.isEmpty())
1350     {
1351       return;
1352     }
1353
1354     colSel.hideSelectedColumns();
1355     setSelectionGroup(null);
1356     isColSelChanged(true);
1357   }
1358
1359   public void hideColumns(int start, int end)
1360   {
1361     if (start == end)
1362     {
1363       colSel.hideColumns(start);
1364     }
1365     else
1366     {
1367       colSel.hideColumns(start, end);
1368     }
1369     isColSelChanged(true);
1370   }
1371
1372   public void showColumn(int col)
1373   {
1374     colSel.revealHiddenColumns(col);
1375     isColSelChanged(true);
1376   }
1377
1378   public void showAllHiddenColumns()
1379   {
1380     colSel.revealAllHiddenColumns();
1381     isColSelChanged(true);
1382   }
1383
1384   // common hide/show seq stuff
1385   public void showAllHiddenSeqs()
1386   {
1387     if (alignment.getHiddenSequences().getSize() > 0)
1388     {
1389       if (selectionGroup == null)
1390       {
1391         selectionGroup = new SequenceGroup();
1392         selectionGroup.setEndRes(alignment.getWidth() - 1);
1393       }
1394       List<SequenceI> tmp = alignment.getHiddenSequences().showAll(
1395               hiddenRepSequences);
1396       for (SequenceI seq : tmp)
1397       {
1398         selectionGroup.addSequence(seq, false);
1399         setSequenceAnnotationsVisible(seq, true);
1400       }
1401
1402       hiddenRepSequences = null;
1403
1404       firePropertyChange("alignment", null, alignment.getSequences());
1405       // used to set hasHiddenRows/hiddenRepSequences here, after the property
1406       // changed event
1407       sendSelection();
1408     }
1409   }
1410
1411   public void showSequence(int index)
1412   {
1413     List<SequenceI> tmp = alignment.getHiddenSequences().showSequence(
1414             index, hiddenRepSequences);
1415     if (tmp.size() > 0)
1416     {
1417       if (selectionGroup == null)
1418       {
1419         selectionGroup = new SequenceGroup();
1420         selectionGroup.setEndRes(alignment.getWidth() - 1);
1421       }
1422
1423       for (SequenceI seq : tmp)
1424       {
1425         selectionGroup.addSequence(seq, false);
1426         setSequenceAnnotationsVisible(seq, true);
1427       }
1428       firePropertyChange("alignment", null, alignment.getSequences());
1429       sendSelection();
1430     }
1431   }
1432
1433   public void hideAllSelectedSeqs()
1434   {
1435     if (selectionGroup == null || selectionGroup.getSize() < 1)
1436     {
1437       return;
1438     }
1439
1440     SequenceI[] seqs = selectionGroup.getSequencesInOrder(alignment);
1441
1442     hideSequence(seqs);
1443
1444     setSelectionGroup(null);
1445   }
1446
1447   public void hideSequence(SequenceI[] seq)
1448   {
1449     if (seq != null)
1450     {
1451       for (int i = 0; i < seq.length; i++)
1452       {
1453         alignment.getHiddenSequences().hideSequence(seq[i]);
1454         setSequenceAnnotationsVisible(seq[i], false);
1455       }
1456       firePropertyChange("alignment", null, alignment.getSequences());
1457     }
1458   }
1459
1460   /**
1461    * Hides the specified sequence, or the sequences it represents
1462    *
1463    * @param sequence
1464    *          the sequence to hide, or keep as representative
1465    * @param representGroup
1466    *          if true, hide the current selection group except for the
1467    *          representative sequence
1468    */
1469   public void hideSequences(SequenceI sequence, boolean representGroup)
1470   {
1471     if (selectionGroup == null || selectionGroup.getSize() < 1)
1472     {
1473       hideSequence(new SequenceI[] { sequence });
1474       return;
1475     }
1476
1477     if (representGroup)
1478     {
1479       hideRepSequences(sequence, selectionGroup);
1480       setSelectionGroup(null);
1481       return;
1482     }
1483
1484     int gsize = selectionGroup.getSize();
1485     SequenceI[] hseqs = selectionGroup.getSequences().toArray(
1486             new SequenceI[gsize]);
1487
1488     hideSequence(hseqs);
1489     setSelectionGroup(null);
1490     sendSelection();
1491   }
1492
1493   /**
1494    * Set visibility for any annotations for the given sequence.
1495    *
1496    * @param sequenceI
1497    */
1498   protected void setSequenceAnnotationsVisible(SequenceI sequenceI,
1499           boolean visible)
1500   {
1501     AlignmentAnnotation[] anns = alignment.getAlignmentAnnotation();
1502     if (anns != null)
1503     {
1504       for (AlignmentAnnotation ann : anns)
1505       {
1506         if (ann.sequenceRef == sequenceI)
1507         {
1508           ann.visible = visible;
1509         }
1510       }
1511     }
1512   }
1513
1514   public void hideRepSequences(SequenceI repSequence, SequenceGroup sg)
1515   {
1516     int sSize = sg.getSize();
1517     if (sSize < 2)
1518     {
1519       return;
1520     }
1521
1522     if (hiddenRepSequences == null)
1523     {
1524       hiddenRepSequences = new Hashtable<SequenceI, SequenceCollectionI>();
1525     }
1526
1527     hiddenRepSequences.put(repSequence, sg);
1528
1529     // Hide all sequences except the repSequence
1530     SequenceI[] seqs = new SequenceI[sSize - 1];
1531     int index = 0;
1532     for (int i = 0; i < sSize; i++)
1533     {
1534       if (sg.getSequenceAt(i) != repSequence)
1535       {
1536         if (index == sSize - 1)
1537         {
1538           return;
1539         }
1540
1541         seqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1542       }
1543     }
1544     sg.setSeqrep(repSequence); // note: not done in 2.7applet
1545     sg.setHidereps(true); // note: not done in 2.7applet
1546     hideSequence(seqs);
1547
1548   }
1549
1550   /**
1551    *
1552    * @return null or the current reference sequence
1553    */
1554   public SequenceI getReferenceSeq()
1555   {
1556     return alignment.getSeqrep();
1557   }
1558
1559   /**
1560    * @param seq
1561    * @return true iff seq is the reference for the alignment
1562    */
1563   public boolean isReferenceSeq(SequenceI seq)
1564   {
1565     return alignment.getSeqrep() == seq;
1566   }
1567
1568   /**
1569    *
1570    * @param seq
1571    * @return true if there are sequences represented by this sequence that are
1572    *         currently hidden
1573    */
1574   public boolean isHiddenRepSequence(SequenceI seq)
1575   {
1576     return (hiddenRepSequences != null && hiddenRepSequences
1577             .containsKey(seq));
1578   }
1579
1580   /**
1581    *
1582    * @param seq
1583    * @return null or a sequence group containing the sequences that seq
1584    *         represents
1585    */
1586   public SequenceGroup getRepresentedSequences(SequenceI seq)
1587   {
1588     return (SequenceGroup) (hiddenRepSequences == null ? null
1589             : hiddenRepSequences.get(seq));
1590   }
1591
1592   @Override
1593   public int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex)
1594   {
1595     return alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(
1596             alignmentIndex);
1597   }
1598
1599   @Override
1600   public void invertColumnSelection()
1601   {
1602     colSel.invertColumnSelection(0, alignment.getWidth());
1603   }
1604
1605   @Override
1606   public SequenceI[] getSelectionAsNewSequence()
1607   {
1608     SequenceI[] sequences;
1609     // JBPNote: Need to test jalviewLite.getSelectedSequencesAsAlignmentFrom -
1610     // this was the only caller in the applet for this method
1611     // JBPNote: in applet, this method returned references to the alignment
1612     // sequences, and it did not honour the presence/absence of annotation
1613     // attached to the alignment (probably!)
1614     if (selectionGroup == null || selectionGroup.getSize() == 0)
1615     {
1616       sequences = alignment.getSequencesArray();
1617       AlignmentAnnotation[] annots = alignment.getAlignmentAnnotation();
1618       for (int i = 0; i < sequences.length; i++)
1619       {
1620         // construct new sequence with subset of visible annotation
1621         sequences[i] = new Sequence(sequences[i], annots);
1622       }
1623     }
1624     else
1625     {
1626       sequences = selectionGroup.getSelectionAsNewSequences(alignment);
1627     }
1628
1629     return sequences;
1630   }
1631
1632   @Override
1633   public SequenceI[] getSequenceSelection()
1634   {
1635     SequenceI[] sequences = null;
1636     if (selectionGroup != null)
1637     {
1638       sequences = selectionGroup.getSequencesInOrder(alignment);
1639     }
1640     if (sequences == null)
1641     {
1642       sequences = alignment.getSequencesArray();
1643     }
1644     return sequences;
1645   }
1646
1647   @Override
1648   public CigarArray getViewAsCigars(boolean selectedRegionOnly)
1649   {
1650     return new CigarArray(alignment, colSel,
1651             (selectedRegionOnly ? selectionGroup : null));
1652   }
1653
1654   @Override
1655   public jalview.datamodel.AlignmentView getAlignmentView(
1656           boolean selectedOnly)
1657   {
1658     return getAlignmentView(selectedOnly, false);
1659   }
1660
1661   @Override
1662   public jalview.datamodel.AlignmentView getAlignmentView(
1663           boolean selectedOnly, boolean markGroups)
1664   {
1665     return new AlignmentView(alignment, colSel, selectionGroup,
1666             colSel != null && colSel.hasHiddenColumns(), selectedOnly,
1667             markGroups);
1668   }
1669
1670   @Override
1671   public String[] getViewAsString(boolean selectedRegionOnly)
1672   {
1673     return getViewAsString(selectedRegionOnly, true);
1674   }
1675
1676   @Override
1677   public String[] getViewAsString(boolean selectedRegionOnly,
1678           boolean exportHiddenSeqs)
1679   {
1680     String[] selection = null;
1681     SequenceI[] seqs = null;
1682     int i, iSize;
1683     int start = 0, end = 0;
1684     if (selectedRegionOnly && selectionGroup != null)
1685     {
1686       iSize = selectionGroup.getSize();
1687       seqs = selectionGroup.getSequencesInOrder(alignment);
1688       start = selectionGroup.getStartRes();
1689       end = selectionGroup.getEndRes() + 1;
1690     }
1691     else
1692     {
1693       if (hasHiddenRows() && exportHiddenSeqs)
1694       {
1695         AlignmentI fullAlignment = alignment.getHiddenSequences()
1696                 .getFullAlignment();
1697         iSize = fullAlignment.getHeight();
1698         seqs = fullAlignment.getSequencesArray();
1699         end = fullAlignment.getWidth();
1700       }
1701       else
1702       {
1703         iSize = alignment.getHeight();
1704         seqs = alignment.getSequencesArray();
1705         end = alignment.getWidth();
1706       }
1707     }
1708
1709     selection = new String[iSize];
1710     if (colSel != null && colSel.hasHiddenColumns())
1711     {
1712       selection = colSel.getVisibleSequenceStrings(start, end, seqs);
1713     }
1714     else
1715     {
1716       for (i = 0; i < iSize; i++)
1717       {
1718         selection[i] = seqs[i].getSequenceAsString(start, end);
1719       }
1720
1721     }
1722     return selection;
1723   }
1724
1725   @Override
1726   public List<int[]> getVisibleRegionBoundaries(int min, int max)
1727   {
1728     ArrayList<int[]> regions = new ArrayList<int[]>();
1729     int start = min;
1730     int end = max;
1731
1732     do
1733     {
1734       if (colSel != null && colSel.hasHiddenColumns())
1735       {
1736         if (start == 0)
1737         {
1738           start = colSel.adjustForHiddenColumns(start);
1739         }
1740
1741         end = colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
1742         if (start == end)
1743         {
1744           end = max;
1745         }
1746         if (end > max)
1747         {
1748           end = max;
1749         }
1750       }
1751
1752       regions.add(new int[] { start, end });
1753
1754       if (colSel != null && colSel.hasHiddenColumns())
1755       {
1756         start = colSel.adjustForHiddenColumns(end);
1757         start = colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
1758       }
1759     } while (end < max);
1760
1761     int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
1762
1763     return regions;
1764   }
1765
1766   @Override
1767   public List<AlignmentAnnotation> getVisibleAlignmentAnnotation(
1768           boolean selectedOnly)
1769   {
1770     ArrayList<AlignmentAnnotation> ala = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
1771     AlignmentAnnotation[] aa;
1772     if ((aa = alignment.getAlignmentAnnotation()) != null)
1773     {
1774       for (AlignmentAnnotation annot : aa)
1775       {
1776         AlignmentAnnotation clone = new AlignmentAnnotation(annot);
1777         if (selectedOnly && selectionGroup != null)
1778         {
1779           colSel.makeVisibleAnnotation(selectionGroup.getStartRes(),
1780                   selectionGroup.getEndRes(), clone);
1781         }
1782         else
1783         {
1784           colSel.makeVisibleAnnotation(clone);
1785         }
1786         ala.add(clone);
1787       }
1788     }
1789     return ala;
1790   }
1791
1792   @Override
1793   public boolean isPadGaps()
1794   {
1795     return padGaps;
1796   }
1797
1798   @Override
1799   public void setPadGaps(boolean padGaps)
1800   {
1801     this.padGaps = padGaps;
1802   }
1803
1804   /**
1805    * apply any post-edit constraints and trigger any calculations needed after
1806    * an edit has been performed on the alignment
1807    *
1808    * @param ap
1809    */
1810   @Override
1811   public void alignmentChanged(AlignmentViewPanel ap)
1812   {
1813     if (isPadGaps())
1814     {
1815       alignment.padGaps();
1816     }
1817     if (autoCalculateConsensus)
1818     {
1819       updateConsensus(ap);
1820     }
1821     if (hconsensus != null && autoCalculateConsensus)
1822     {
1823       updateConservation(ap);
1824     }
1825     if (autoCalculateStrucConsensus)
1826     {
1827       updateStrucConsensus(ap);
1828     }
1829
1830     // Reset endRes of groups if beyond alignment width
1831     int alWidth = alignment.getWidth();
1832     List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
1833     if (groups != null)
1834     {
1835       for (SequenceGroup sg : groups)
1836       {
1837         if (sg.getEndRes() > alWidth)
1838         {
1839           sg.setEndRes(alWidth - 1);
1840         }
1841       }
1842     }
1843
1844     if (selectionGroup != null && selectionGroup.getEndRes() > alWidth)
1845     {
1846       selectionGroup.setEndRes(alWidth - 1);
1847     }
1848
1849     resetAllColourSchemes();
1850     calculator.restartWorkers();
1851     // alignment.adjustSequenceAnnotations();
1852   }
1853
1854   /**
1855    * reset scope and do calculations for all applied colourschemes on alignment
1856    */
1857   void resetAllColourSchemes()
1858   {
1859     ColourSchemeI cs = globalColourScheme;
1860     if (cs != null)
1861     {
1862       cs.alignmentChanged(alignment, hiddenRepSequences);
1863
1864       cs.setConsensus(hconsensus);
1865       if (cs.conservationApplied())
1866       {
1867         cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("All", 3,
1868                 alignment.getSequences(), 0, alignment.getWidth(), false,
1869                 getConsPercGaps(), false));
1870       }
1871     }
1872
1873     for (SequenceGroup sg : alignment.getGroups())
1874     {
1875       if (sg.cs != null)
1876       {
1877         sg.cs.alignmentChanged(sg, hiddenRepSequences);
1878       }
1879       sg.recalcConservation();
1880     }
1881   }
1882
1883   protected void initAutoAnnotation()
1884   {
1885     // TODO: add menu option action that nulls or creates consensus object
1886     // depending on if the user wants to see the annotation or not in a
1887     // specific alignment
1888
1889     if (hconsensus == null && !isDataset)
1890     {
1891       if (!alignment.isNucleotide())
1892       {
1893         initConservation();
1894         initQuality();
1895       }
1896       else
1897       {
1898         initRNAStructure();
1899       }
1900       consensus = new AlignmentAnnotation("Consensus", "PID",
1901               new Annotation[1], 0f, 100f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1902       initConsensus(consensus);
1903
1904       initComplementConsensus();
1905     }
1906   }
1907
1908   /**
1909    * If this is a protein alignment and there are mappings to cDNA, add the cDNA
1910    * consensus annotation.
1911    */
1912   public void initComplementConsensus()
1913   {
1914     if (!alignment.isNucleotide())
1915     {
1916       final List<AlignedCodonFrame> codonMappings = alignment
1917               .getCodonFrames();
1918       if (codonMappings != null && !codonMappings.isEmpty())
1919       {
1920         boolean doConsensus = false;
1921         for (AlignedCodonFrame mapping : codonMappings)
1922         {
1923           // TODO hold mapping type e.g. dna-to-protein in AlignedCodonFrame?
1924           MapList[] mapLists = mapping.getdnaToProt();
1925           // mapLists can be empty if project load has not finished resolving
1926           // seqs
1927           if (mapLists.length > 0 && mapLists[0].getFromRatio() == 3)
1928           {
1929             doConsensus = true;
1930             break;
1931           }
1932         }
1933         if (doConsensus)
1934         {
1935           complementConsensus = new AlignmentAnnotation("cDNA Consensus",
1936                   "PID for cDNA", new Annotation[1], 0f, 100f,
1937                   AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1938           initConsensus(complementConsensus);
1939         }
1940       }
1941     }
1942   }
1943
1944   private void initConsensus(AlignmentAnnotation aa)
1945   {
1946     aa.hasText = true;
1947     aa.autoCalculated = true;
1948
1949     if (showConsensus)
1950     {
1951       alignment.addAnnotation(aa);
1952     }
1953   }
1954
1955   private void initConservation()
1956   {
1957     if (showConservation)
1958     {
1959       if (conservation == null)
1960       {
1961         conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",
1962                 "Conservation of total alignment less than "
1963                         + getConsPercGaps() + "% gaps", new Annotation[1],
1964                 0f, 11f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1965         conservation.hasText = true;
1966         conservation.autoCalculated = true;
1967         alignment.addAnnotation(conservation);
1968       }
1969     }
1970   }
1971
1972   private void initQuality()
1973   {
1974     if (showQuality)
1975     {
1976       if (quality == null)
1977       {
1978         quality = new AlignmentAnnotation("Quality",
1979                 "Alignment Quality based on Blosum62 scores",
1980                 new Annotation[1], 0f, 11f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1981         quality.hasText = true;
1982         quality.autoCalculated = true;
1983         alignment.addAnnotation(quality);
1984       }
1985     }
1986   }
1987
1988   private void initRNAStructure()
1989   {
1990     if (alignment.hasRNAStructure() && strucConsensus == null)
1991     {
1992       strucConsensus = new AlignmentAnnotation("StrucConsensus", "PID",
1993               new Annotation[1], 0f, 100f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1994       strucConsensus.hasText = true;
1995       strucConsensus.autoCalculated = true;
1996
1997       if (showConsensus)
1998       {
1999         alignment.addAnnotation(strucConsensus);
2000       }
2001     }
2002   }
2003
2004   /*
2005    * (non-Javadoc)
2006    *
2007    * @see jalview.api.AlignViewportI#calcPanelHeight()
2008    */
2009   @Override
2010   public int calcPanelHeight()
2011   {
2012     // setHeight of panels
2013     AlignmentAnnotation[] anns = getAlignment().getAlignmentAnnotation();
2014     int height = 0;
2015     int charHeight = getCharHeight();
2016     if (anns != null)
2017     {
2018       BitSet graphgrp = new BitSet();
2019       for (AlignmentAnnotation aa : anns)
2020       {
2021         if (aa == null)
2022         {
2023           System.err.println("Null annotation row: ignoring.");
2024           continue;
2025         }
2026         if (!aa.visible)
2027         {
2028           continue;
2029         }
2030         if (aa.graphGroup > -1)
2031         {
2032           if (graphgrp.get(aa.graphGroup))
2033           {
2034             continue;
2035           }
2036           else
2037           {
2038             graphgrp.set(aa.graphGroup);
2039           }
2040         }
2041         aa.height = 0;
2042
2043         if (aa.hasText)
2044         {
2045           aa.height += charHeight;
2046         }
2047
2048         if (aa.hasIcons)
2049         {
2050           aa.height += 16;
2051         }
2052
2053         if (aa.graph > 0)
2054         {
2055           aa.height += aa.graphHeight;
2056         }
2057
2058         if (aa.height == 0)
2059         {
2060           aa.height = 20;
2061         }
2062
2063         height += aa.height;
2064       }
2065     }
2066     if (height == 0)
2067     {
2068       // set minimum
2069       height = 20;
2070     }
2071     return height;
2072   }
2073
2074   @Override
2075   public void updateGroupAnnotationSettings(boolean applyGlobalSettings,
2076           boolean preserveNewGroupSettings)
2077   {
2078     boolean updateCalcs = false;
2079     boolean conv = isShowGroupConservation();
2080     boolean cons = isShowGroupConsensus();
2081     boolean showprf = isShowSequenceLogo();
2082     boolean showConsHist = isShowConsensusHistogram();
2083     boolean normLogo = isNormaliseSequenceLogo();
2084
2085     /**
2086      * TODO reorder the annotation rows according to group/sequence ordering on
2087      * alignment
2088      */
2089     boolean sortg = true;
2090
2091     // remove old automatic annotation
2092     // add any new annotation
2093
2094     // intersect alignment annotation with alignment groups
2095
2096     AlignmentAnnotation[] aan = alignment.getAlignmentAnnotation();
2097     List<SequenceGroup> oldrfs = new ArrayList<SequenceGroup>();
2098     if (aan != null)
2099     {
2100       for (int an = 0; an < aan.length; an++)
2101       {
2102         if (aan[an].autoCalculated && aan[an].groupRef != null)
2103         {
2104           oldrfs.add(aan[an].groupRef);
2105           alignment.deleteAnnotation(aan[an], false);
2106         }
2107       }
2108     }
2109     if (alignment.getGroups() != null)
2110     {
2111       for (SequenceGroup sg : alignment.getGroups())
2112       {
2113         updateCalcs = false;
2114         if (applyGlobalSettings
2115                 || (!preserveNewGroupSettings && !oldrfs.contains(sg)))
2116         {
2117           // set defaults for this group's conservation/consensus
2118           sg.setshowSequenceLogo(showprf);
2119           sg.setShowConsensusHistogram(showConsHist);
2120           sg.setNormaliseSequenceLogo(normLogo);
2121         }
2122         if (conv)
2123         {
2124           updateCalcs = true;
2125           alignment.addAnnotation(sg.getConservationRow(), 0);
2126         }
2127         if (cons)
2128         {
2129           updateCalcs = true;
2130           alignment.addAnnotation(sg.getConsensus(), 0);
2131         }
2132         // refresh the annotation rows
2133         if (updateCalcs)
2134         {
2135           sg.recalcConservation();
2136         }
2137       }
2138     }
2139     oldrfs.clear();
2140   }
2141
2142   @Override
2143   public boolean isDisplayReferenceSeq()
2144   {
2145     return alignment.hasSeqrep() && viewStyle.isDisplayReferenceSeq();
2146   }
2147
2148   @Override
2149   public void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq)
2150   {
2151     viewStyle.setDisplayReferenceSeq(displayReferenceSeq);
2152   }
2153
2154   @Override
2155   public boolean isColourByReferenceSeq()
2156   {
2157     return alignment.hasSeqrep() && viewStyle.isColourByReferenceSeq();
2158   }
2159
2160   @Override
2161   public Color getSequenceColour(SequenceI seq)
2162   {
2163     Color sqc = sequenceColours.get(seq);
2164     return (sqc == null ? Color.white : sqc);
2165   }
2166
2167   @Override
2168   public void setSequenceColour(SequenceI seq, Color col)
2169   {
2170     if (col == null)
2171     {
2172       sequenceColours.remove(seq);
2173     }
2174     else
2175     {
2176       sequenceColours.put(seq, col);
2177     }
2178   }
2179
2180   @Override
2181   public void updateSequenceIdColours()
2182   {
2183     for (SequenceGroup sg : alignment.getGroups())
2184     {
2185       if (sg.idColour != null)
2186       {
2187         for (SequenceI s : sg.getSequences(getHiddenRepSequences()))
2188         {
2189           sequenceColours.put(s, sg.idColour);
2190         }
2191       }
2192     }
2193   }
2194
2195   @Override
2196   public void clearSequenceColours()
2197   {
2198     sequenceColours.clear();
2199   };
2200
2201   @Override
2202   public AlignViewportI getCodingComplement()
2203   {
2204     return this.codingComplement;
2205   }
2206
2207   /**
2208    * Set this as the (cDna/protein) complement of the given viewport. Also
2209    * ensures the reverse relationship is set on the given viewport.
2210    */
2211   @Override
2212   public void setCodingComplement(AlignViewportI av)
2213   {
2214     if (this == av)
2215     {
2216       System.err.println("Ignoring recursive setCodingComplement request");
2217     }
2218     else
2219     {
2220       this.codingComplement = av;
2221       // avoid infinite recursion!
2222       if (av.getCodingComplement() != this)
2223       {
2224         av.setCodingComplement(this);
2225       }
2226     }
2227   }
2228
2229   @Override
2230   public boolean isNucleotide()
2231   {
2232     return getAlignment() == null ? false : getAlignment().isNucleotide();
2233   }
2234
2235   @Override
2236   public FeaturesDisplayedI getFeaturesDisplayed()
2237   {
2238     return featuresDisplayed;
2239   }
2240
2241   @Override
2242   public void setFeaturesDisplayed(FeaturesDisplayedI featuresDisplayedI)
2243   {
2244     featuresDisplayed = featuresDisplayedI;
2245   }
2246
2247   @Override
2248   public boolean areFeaturesDisplayed()
2249   {
2250     return featuresDisplayed != null
2251             && featuresDisplayed.getRegisteredFeaturesCount() > 0;
2252   }
2253
2254   /**
2255    * set the flag
2256    *
2257    * @param b
2258    *          features are displayed if true
2259    */
2260   @Override
2261   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
2262   {
2263     viewStyle.setShowSequenceFeatures(b);
2264   }
2265
2266   @Override
2267   public boolean isShowSequenceFeatures()
2268   {
2269     return viewStyle.isShowSequenceFeatures();
2270   }
2271
2272   @Override
2273   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
2274   {
2275     viewStyle.setShowSequenceFeaturesHeight(selected);
2276   }
2277
2278   @Override
2279   public boolean isShowSequenceFeaturesHeight()
2280   {
2281     return viewStyle.isShowSequenceFeaturesHeight();
2282   }
2283
2284   @Override
2285   public void setShowAnnotation(boolean b)
2286   {
2287     viewStyle.setShowAnnotation(b);
2288   }
2289
2290   @Override
2291   public boolean isShowAnnotation()
2292   {
2293     return viewStyle.isShowAnnotation();
2294   }
2295
2296   @Override
2297   public boolean isRightAlignIds()
2298   {
2299     return viewStyle.isRightAlignIds();
2300   }
2301
2302   @Override
2303   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)
2304   {
2305     viewStyle.setRightAlignIds(rightAlignIds);
2306   }
2307
2308   @Override
2309   public boolean getConservationSelected()
2310   {
2311     return viewStyle.getConservationSelected();
2312   }
2313
2314   @Override
2315   public void setShowBoxes(boolean state)
2316   {
2317     viewStyle.setShowBoxes(state);
2318   }
2319
2320   /**
2321    * @return
2322    * @see jalview.api.ViewStyleI#getTextColour()
2323    */
2324   @Override
2325   public Color getTextColour()
2326   {
2327     return viewStyle.getTextColour();
2328   }
2329
2330   /**
2331    * @return
2332    * @see jalview.api.ViewStyleI#getTextColour2()
2333    */
2334   @Override
2335   public Color getTextColour2()
2336   {
2337     return viewStyle.getTextColour2();
2338   }
2339
2340   /**
2341    * @return
2342    * @see jalview.api.ViewStyleI#getThresholdTextColour()
2343    */
2344   @Override
2345   public int getThresholdTextColour()
2346   {
2347     return viewStyle.getThresholdTextColour();
2348   }
2349
2350   /**
2351    * @return
2352    * @see jalview.api.ViewStyleI#isConservationColourSelected()
2353    */
2354   @Override
2355   public boolean isConservationColourSelected()
2356   {
2357     return viewStyle.isConservationColourSelected();
2358   }
2359
2360   /**
2361    * @return
2362    * @see jalview.api.ViewStyleI#isRenderGaps()
2363    */
2364   @Override
2365   public boolean isRenderGaps()
2366   {
2367     return viewStyle.isRenderGaps();
2368   }
2369
2370   /**
2371    * @return
2372    * @see jalview.api.ViewStyleI#isShowColourText()
2373    */
2374   @Override
2375   public boolean isShowColourText()
2376   {
2377     return viewStyle.isShowColourText();
2378   }
2379
2380   /**
2381    * @param conservationColourSelected
2382    * @see jalview.api.ViewStyleI#setConservationColourSelected(boolean)
2383    */
2384   @Override
2385   public void setConservationColourSelected(
2386           boolean conservationColourSelected)
2387   {
2388     viewStyle.setConservationColourSelected(conservationColourSelected);
2389   }
2390
2391   /**
2392    * @param showColourText
2393    * @see jalview.api.ViewStyleI#setShowColourText(boolean)
2394    */
2395   @Override
2396   public void setShowColourText(boolean showColourText)
2397   {
2398     viewStyle.setShowColourText(showColourText);
2399   }
2400
2401   /**
2402    * @param textColour
2403    * @see jalview.api.ViewStyleI#setTextColour(java.awt.Color)
2404    */
2405   @Override
2406   public void setTextColour(Color textColour)
2407   {
2408     viewStyle.setTextColour(textColour);
2409   }
2410
2411   /**
2412    * @param thresholdTextColour
2413    * @see jalview.api.ViewStyleI#setThresholdTextColour(int)
2414    */
2415   @Override
2416   public void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour)
2417   {
2418     viewStyle.setThresholdTextColour(thresholdTextColour);
2419   }
2420
2421   /**
2422    * @param textColour2
2423    * @see jalview.api.ViewStyleI#setTextColour2(java.awt.Color)
2424    */
2425   @Override
2426   public void setTextColour2(Color textColour2)
2427   {
2428     viewStyle.setTextColour2(textColour2);
2429   }
2430
2431   @Override
2432   public ViewStyleI getViewStyle()
2433   {
2434     return new ViewStyle(viewStyle);
2435   }
2436
2437   @Override
2438   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView)
2439   {
2440     viewStyle = new ViewStyle(settingsForView);
2441   }
2442
2443   @Override
2444   public boolean sameStyle(ViewStyleI them)
2445   {
2446     return viewStyle.sameStyle(them);
2447   }
2448
2449   /**
2450    * @return
2451    * @see jalview.api.ViewStyleI#getIdWidth()
2452    */
2453   @Override
2454   public int getIdWidth()
2455   {
2456     return viewStyle.getIdWidth();
2457   }
2458
2459   /**
2460    * @param i
2461    * @see jalview.api.ViewStyleI#setIdWidth(int)
2462    */
2463   @Override
2464   public void setIdWidth(int i)
2465   {
2466     viewStyle.setIdWidth(i);
2467   }
2468
2469   /**
2470    * @return
2471    * @see jalview.api.ViewStyleI#isCentreColumnLabels()
2472    */
2473   @Override
2474   public boolean isCentreColumnLabels()
2475   {
2476     return viewStyle.isCentreColumnLabels();
2477   }
2478
2479   /**
2480    * @param centreColumnLabels
2481    * @see jalview.api.ViewStyleI#setCentreColumnLabels(boolean)
2482    */
2483   @Override
2484   public void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels)
2485   {
2486     viewStyle.setCentreColumnLabels(centreColumnLabels);
2487   }
2488
2489   /**
2490    * @param showdbrefs
2491    * @see jalview.api.ViewStyleI#setShowDBRefs(boolean)
2492    */
2493   @Override
2494   public void setShowDBRefs(boolean showdbrefs)
2495   {
2496     viewStyle.setShowDBRefs(showdbrefs);
2497   }
2498
2499   /**
2500    * @return
2501    * @see jalview.api.ViewStyleI#isShowDBRefs()
2502    */
2503   @Override
2504   public boolean isShowDBRefs()
2505   {
2506     return viewStyle.isShowDBRefs();
2507   }
2508
2509   /**
2510    * @return
2511    * @see jalview.api.ViewStyleI#isShowNPFeats()
2512    */
2513   @Override
2514   public boolean isShowNPFeats()
2515   {
2516     return viewStyle.isShowNPFeats();
2517   }
2518
2519   /**
2520    * @param shownpfeats
2521    * @see jalview.api.ViewStyleI#setShowNPFeats(boolean)
2522    */
2523   @Override
2524   public void setShowNPFeats(boolean shownpfeats)
2525   {
2526     viewStyle.setShowNPFeats(shownpfeats);
2527   }
2528
2529   public abstract StructureSelectionManager getStructureSelectionManager();
2530
2531   /**
2532    * Add one command to the command history list.
2533    *
2534    * @param command
2535    */
2536   public void addToHistoryList(CommandI command)
2537   {
2538     if (this.historyList != null)
2539     {
2540       this.historyList.push(command);
2541       broadcastCommand(command, false);
2542     }
2543   }
2544
2545   protected void broadcastCommand(CommandI command, boolean undo)
2546   {
2547     getStructureSelectionManager().commandPerformed(command, undo,
2548             getVamsasSource());
2549   }
2550
2551   /**
2552    * Add one command to the command redo list.
2553    *
2554    * @param command
2555    */
2556   public void addToRedoList(CommandI command)
2557   {
2558     if (this.redoList != null)
2559     {
2560       this.redoList.push(command);
2561     }
2562     broadcastCommand(command, true);
2563   }
2564
2565   /**
2566    * Clear the command redo list.
2567    */
2568   public void clearRedoList()
2569   {
2570     if (this.redoList != null)
2571     {
2572       this.redoList.clear();
2573     }
2574   }
2575
2576   public void setHistoryList(Deque<CommandI> list)
2577   {
2578     this.historyList = list;
2579   }
2580
2581   public Deque<CommandI> getHistoryList()
2582   {
2583     return this.historyList;
2584   }
2585
2586   public void setRedoList(Deque<CommandI> list)
2587   {
2588     this.redoList = list;
2589   }
2590
2591   public Deque<CommandI> getRedoList()
2592   {
2593     return this.redoList;
2594   }
2595
2596   @Override
2597   public VamsasSource getVamsasSource()
2598   {
2599     return this;
2600   }
2601
2602   public SequenceAnnotationOrder getSortAnnotationsBy()
2603   {
2604     return sortAnnotationsBy;
2605   }
2606
2607   public void setSortAnnotationsBy(SequenceAnnotationOrder sortAnnotationsBy)
2608   {
2609     this.sortAnnotationsBy = sortAnnotationsBy;
2610   }
2611
2612   public boolean isShowAutocalculatedAbove()
2613   {
2614     return showAutocalculatedAbove;
2615   }
2616
2617   public void setShowAutocalculatedAbove(boolean showAutocalculatedAbove)
2618   {
2619     this.showAutocalculatedAbove = showAutocalculatedAbove;
2620   }
2621
2622   @Override
2623   public boolean isScaleProteinAsCdna()
2624   {
2625     return viewStyle.isScaleProteinAsCdna();
2626   }
2627
2628   @Override
2629   public void setScaleProteinAsCdna(boolean b)
2630   {
2631     viewStyle.setScaleProteinAsCdna(b);
2632   }
2633
2634   /**
2635    * @return true if view should scroll to show the highlighted region of a
2636    *         sequence
2637    * @return
2638    */
2639   @Override
2640   public final boolean isFollowHighlight()
2641   {
2642     return followHighlight;
2643   }
2644
2645   @Override
2646   public final void setFollowHighlight(boolean b)
2647   {
2648     this.followHighlight = b;
2649   }
2650
2651   public int getStartRes()
2652   {
2653     return startRes;
2654   }
2655
2656   @Override
2657   public int getEndRes()
2658   {
2659     return endRes;
2660   }
2661
2662   public int getStartSeq()
2663   {
2664     return startSeq;
2665   }
2666
2667   public void setStartRes(int res)
2668   {
2669     this.startRes = res;
2670   }
2671
2672   public void setStartSeq(int seq)
2673   {
2674     this.startSeq = seq;
2675   }
2676
2677   public void setEndRes(int res)
2678   {
2679     if (res > alignment.getWidth() - 1)
2680     {
2681       // log.System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " +
2682       // (alignment.getWidth()-1));
2683       res = alignment.getWidth() - 1;
2684     }
2685     if (res < 0)
2686     {
2687       res = 0;
2688     }
2689     this.endRes = res;
2690   }
2691
2692   public void setEndSeq(int seq)
2693   {
2694     if (seq > alignment.getHeight())
2695     {
2696       seq = alignment.getHeight();
2697     }
2698     if (seq < 0)
2699     {
2700       seq = 0;
2701     }
2702     this.endSeq = seq;
2703   }
2704
2705   public int getEndSeq()
2706   {
2707     return endSeq;
2708   }
2709
2710   /**
2711    * Helper method to populate the SearchResults with the location in the
2712    * complementary alignment to scroll to, in order to match this one.
2713    *
2714    * @param sr
2715    *          the SearchResults to add to
2716    * @return the offset (below top of visible region) of the matched sequence
2717    */
2718   protected int findComplementScrollTarget(SearchResults sr)
2719   {
2720     final AlignViewportI complement = getCodingComplement();
2721     if (complement == null || !complement.isFollowHighlight())
2722     {
2723       return 0;
2724     }
2725     boolean iAmProtein = !getAlignment().isNucleotide();
2726     AlignmentI proteinAlignment = iAmProtein ? getAlignment() : complement
2727             .getAlignment();
2728     if (proteinAlignment == null)
2729     {
2730       return 0;
2731     }
2732     final List<AlignedCodonFrame> mappings = proteinAlignment
2733             .getCodonFrames();
2734
2735     /*
2736      * Heuristic: find the first mapped sequence (if any) with a non-gapped
2737      * residue in the middle column of the visible region. Scroll the
2738      * complementary alignment to line up the corresponding residue.
2739      */
2740     int seqOffset = 0;
2741     SequenceI sequence = null;
2742
2743     /*
2744      * locate 'middle' column (true middle if an odd number visible, left of
2745      * middle if an even number visible)
2746      */
2747     int middleColumn = getStartRes() + (getEndRes() - getStartRes()) / 2;
2748     final HiddenSequences hiddenSequences = getAlignment()
2749             .getHiddenSequences();
2750
2751     /*
2752      * searching to the bottom of the alignment gives smoother scrolling across
2753      * all gapped visible regions
2754      */
2755     int lastSeq = alignment.getHeight() - 1;
2756     List<AlignedCodonFrame> seqMappings = null;
2757     for (int seqNo = getStartSeq(); seqNo < lastSeq; seqNo++, seqOffset++)
2758     {
2759       sequence = getAlignment().getSequenceAt(seqNo);
2760       if (hiddenSequences != null && hiddenSequences.isHidden(sequence))
2761       {
2762         continue;
2763       }
2764       if (Comparison.isGap(sequence.getCharAt(middleColumn)))
2765       {
2766         continue;
2767       }
2768       seqMappings = MappingUtils
2769               .findMappingsForSequenceAndOthers(sequence, mappings,
2770                       getCodingComplement().getAlignment().getSequences());
2771       if (!seqMappings.isEmpty())
2772       {
2773         break;
2774       }
2775     }
2776
2777     if (sequence == null || seqMappings == null || seqMappings.isEmpty())
2778     {
2779       /*
2780        * No ungapped mapped sequence in middle column - do nothing
2781        */
2782       return 0;
2783     }
2784     MappingUtils.addSearchResults(sr, sequence,
2785             sequence.findPosition(middleColumn), seqMappings);
2786     return seqOffset;
2787   }
2788
2789   /**
2790    * synthesize a column selection if none exists so it covers the given
2791    * selection group. if wholewidth is false, no column selection is made if the
2792    * selection group covers the whole alignment width.
2793    *
2794    * @param sg
2795    * @param wholewidth
2796    */
2797   public void expandColSelection(SequenceGroup sg, boolean wholewidth)
2798   {
2799     int sgs, sge;
2800     if (sg != null && (sgs = sg.getStartRes()) >= 0
2801             && sg.getStartRes() <= (sge = sg.getEndRes())
2802             && !this.hasSelectedColumns())
2803     {
2804       if (!wholewidth && alignment.getWidth() == (1 + sge - sgs))
2805       {
2806         // do nothing
2807         return;
2808       }
2809       if (colSel == null)
2810       {
2811         colSel = new ColumnSelection();
2812       }
2813       for (int cspos = sg.getStartRes(); cspos <= sg.getEndRes(); cspos++)
2814       {
2815         colSel.addElement(cspos);
2816       }
2817     }
2818   }
2819
2820   /**
2821    * hold status of current selection group - defined on alignment or not.
2822    */
2823   private boolean selectionIsDefinedGroup = false;
2824
2825   @Override
2826   public boolean isSelectionDefinedGroup()
2827   {
2828     if (selectionGroup == null)
2829     {
2830       return false;
2831     }
2832     if (isSelectionGroupChanged(true))
2833     {
2834       selectionIsDefinedGroup = false;
2835       List<SequenceGroup> gps = alignment.getGroups();
2836       if (gps == null || gps.size() == 0)
2837       {
2838         selectionIsDefinedGroup = false;
2839       }
2840       else
2841       {
2842         selectionIsDefinedGroup = gps.contains(selectionGroup);
2843       }
2844     }
2845     return selectionGroup.getContext() == alignment
2846             || selectionIsDefinedGroup;
2847   }
2848 }