src/jalview/viewmodel/OverviewDimensionsHideHidden.java

   1 package jalview.viewmodel;
   2
   3 import jalview.api.AlignmentColsCollectionI;
   4 import jalview.api.AlignmentRowsCollectionI;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
   7 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
   8 import jalview.datamodel.VisibleColsCollection;
   9 import jalview.datamodel.VisibleRowsCollection;
  10
  11 public class OverviewDimensionsHideHidden extends OverviewDimensions
  12 {
  13   private ViewportRanges ranges;
  14
  15   public OverviewDimensionsHideHidden(ViewportRanges vpranges,
  16           boolean showAnnotationPanel)
  17   {
  18     super(vpranges, showAnnotationPanel);
  19     ranges = vpranges;
  20     resetAlignmentDims();
  21   }
  22
  23   @Override
  24   public void updateViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
  25           HiddenSequences hiddenSeqs, HiddenColumns hiddenCols)
  26   {
  27     resetAlignmentDims();
  28
  29     int x = mousex;
  30     int y = mousey;
  31
  32     if (x < 0)
  33     {
  34       x = 0;
  35     }
  36
  37     if (y < 0)
  38     {
  39       y = 0;
  40     }
  41
  42     //
  43     // Convert x value to residue position
  44     //
  45
  46     // need to determine where scrollCol should be, given x
  47     // to do this also need to know width of viewport, and some hidden column
  48     // correction
  49
  50     // convert x to residues - this is an absolute position
  51     int xAsRes = Math.round((float) x * alwidth / width);
  52
  53     // get viewport width in residues
  54     int vpwidth = ranges.getViewportWidth();
  55
  56     if (xAsRes + vpwidth > alwidth)
  57     {
  58       // went past the end of the alignment, adjust backwards
  59
  60       // if last position was before the end of the alignment, need to update
  61       if (ranges.getStartRes() < alwidth)
  62       {
  63         xAsRes = alwidth - vpwidth;
  64       }
  65       else
  66       {
  67         xAsRes = ranges.getStartRes();
  68       }
  69     }
  70
  71
  72     //
  73     // Convert y value to sequence position
  74     //
  75
  76     // convert y to residues
  77     int yAsSeq = Math.round((float) y * alheight / sequencesHeight);
  78
  79     // get viewport height in sequences
  80     // add 1 because height includes both endSeq and startSeq
  81     int vpheight = ranges.getViewportHeight();
  82
  83     if (yAsSeq + vpheight > alheight)
  84     {
  85       // went past the end of the alignment, adjust backwards
  86       if (ranges.getEndSeq() < alheight)
  87       {
  88         yAsSeq = alheight - vpheight;
  89       }
  90       else
  91       {
  92         yAsSeq = ranges.getStartSeq();
  93       }
  94     }
  95
  96     // update viewport
  97     ranges.setStartRes(xAsRes);
  98     ranges.setStartSeq(yAsSeq);
  99
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public void setBoxPosition(HiddenSequences hiddenSeqs,
 104           HiddenColumns hiddenCols)
 105   {
 106     setBoxPosition(ranges.getStartRes(), ranges.getStartSeq(),
 107             ranges.getViewportWidth(), ranges.getViewportHeight());
 108   }
 109
 110   @Override
 111   public AlignmentColsCollectionI getColumns(AlignmentI al)
 112   {
 113     return new VisibleColsCollection(0,
 114             ranges.getAbsoluteAlignmentWidth() - 1, al);
 115   }
 116
 117   @Override
 118   public AlignmentRowsCollectionI getRows(AlignmentI al)
 119   {
 120     return new VisibleRowsCollection(0,
 121             ranges.getAbsoluteAlignmentHeight() - 1, al);
 122   }
 123
 124   @Override
 125   protected void resetAlignmentDims()
 126   {
 127     alwidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
 128     alheight = ranges.getVisibleAlignmentHeight();
 129   }
 130 }