src/jalview/viewmodel/annotationfilter/AnnotationFilterParameter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel.annotationfilter;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.List;
  25
  26 public class AnnotationFilterParameter
  27 {
  28   public enum ThresholdType
  29   {
  30     NO_THRESHOLD, BELOW_THRESHOLD, ABOVE_THRESHOLD;
  31   }
  32
  33   public enum SearchableAnnotationField
  34   {
  35     DISPLAY_STRING, DESCRIPTION;
  36   }
  37
  38   private ThresholdType thresholdType;
  39
  40   private float thresholdValue;
  41
  42   private boolean filterAlphaHelix = false;
  43
  44   private boolean filterBetaSheet = false;
  45
  46   private boolean filterTurn = false;
  47
  48   private String regexString;
  49
  50   private List<SearchableAnnotationField> regexSearchFields = new ArrayList<SearchableAnnotationField>();
  51
  52   public ThresholdType getThresholdType()
  53   {
  54     return thresholdType;
  55   }
  56
  57   public void setThresholdType(ThresholdType thresholdType)
  58   {
  59     this.thresholdType = thresholdType;
  60   }
  61
  62   public float getThresholdValue()
  63   {
  64     return thresholdValue;
  65   }
  66
  67   public void setThresholdValue(float thresholdValue)
  68   {
  69     this.thresholdValue = thresholdValue;
  70   }
  71
  72   public String getRegexString()
  73   {
  74     return regexString;
  75   }
  76
  77   public void setRegexString(String regexString)
  78   {
  79     this.regexString = regexString;
  80   }
  81
  82   public List<SearchableAnnotationField> getRegexSearchFields()
  83   {
  84     return regexSearchFields;
  85   }
  86
  87   public void addRegexSearchField(
  88           SearchableAnnotationField regexSearchField)
  89   {
  90     this.regexSearchFields.add(regexSearchField);
  91   }
  92
  93   public boolean isFilterAlphaHelix()
  94   {
  95     return filterAlphaHelix;
  96   }
  97
  98   public void setFilterAlphaHelix(boolean alphaHelix)
  99   {
 100     this.filterAlphaHelix = alphaHelix;
 101   }
 102
 103   public boolean isFilterBetaSheet()
 104   {
 105     return filterBetaSheet;
 106   }
 107
 108   public void setFilterBetaSheet(boolean betaSheet)
 109   {
 110     this.filterBetaSheet = betaSheet;
 111   }
 112
 113   public boolean isFilterTurn()
 114   {
 115     return filterTurn;
 116   }
 117
 118   public void setFilterTurn(boolean turn)
 119   {
 120     this.filterTurn = turn;
 121   }
 122
 123 }