src/jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.java

   1 package jalview.viewmodel.styles;
   2
   3 import jalview.api.ViewStyleI;
   4
   5 import java.awt.Color;
   6
   7 /**
   8  * A container for holding alignment view properties. View properties are
   9  * data-independent, which means they can be safely copied between views
  10  * involving different alignment data without causing exceptions in the
  11  * rendering system.
  12  *
  13  * @author jprocter
  14  *
  15  */
  16 public class ViewStyle implements ViewStyleI
  17 {
  18   private boolean abovePIDThreshold = false;
  19
  20   int charHeight;
  21
  22   int charWidth;
  23
  24   int idWidth = -1;
  25
  26   /**
  27    * gui state - changes to colour scheme propagated to all groups
  28    */
  29   private boolean colourAppliesToAllGroups;
  30
  31   /**
  32    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
  33    */
  34   boolean centreColumnLabels = false;
  35
  36   private boolean showdbrefs;
  37
  38   private boolean shownpfeats;
  39
  40   // --------END Structure Conservation
  41
  42   /**
  43    * colour according to the reference sequence defined on the alignment
  44    */
  45   private boolean colourByReferenceSeq = false;
  46
  47   boolean conservationColourSelected = false;
  48
  49   /**
  50    * show the reference sequence in the alignment view
  51    */
  52   private boolean displayReferenceSeq = false;
  53
  54   private int increment;
  55
  56   /**
  57    * display gap characters
  58    */
  59   boolean renderGaps = true;
  60
  61   private boolean rightAlignIds = false;
  62
  63   boolean scaleAboveWrapped = false;
  64
  65   boolean scaleLeftWrapped = true;
  66
  67   boolean scaleRightWrapped = true;
  68
  69   boolean seqNameItalics;
  70
  71   /**
  72    * show annotation tracks on the alignment
  73    */
  74   private boolean showAnnotation = true;
  75
  76   /**
  77    * render each residue in a coloured box
  78    */
  79   boolean showBoxes = true;
  80
  81   /**
  82    * Colour sequence text
  83    */
  84   boolean showColourText = false;
  85
  86   /**
  87    * show blue triangles
  88    */
  89   boolean showHiddenMarkers = true;
  90
  91   /**
  92    * show /start-end in ID panel
  93    */
  94   boolean showJVSuffix = true;
  95
  96   /**
  97    * scale features height according to score
  98    */
  99   boolean showSeqFeaturesHeight;
 100
 101   /**
 102    * display setting for showing/hiding sequence features on alignment view
 103    */
 104   boolean showSequenceFeatures = false;
 105
 106   /**
 107    * display sequence symbols
 108    */
 109   boolean showText = true;
 110
 111   /**
 112    * show non-conserved residues only
 113    */
 114   protected boolean showUnconserved = false;
 115
 116   Color textColour = Color.black;
 117
 118   Color textColour2 = Color.white;
 119
 120   /**
 121    * PID or consensus threshold
 122    */
 123   int threshold;
 124
 125   /**
 126    * threshold for switching between textColour & textColour2
 127    */
 128   int thresholdTextColour = 0;
 129
 130   /**
 131    * upper case characters in sequence are shown in bold
 132    */
 133   boolean upperCasebold = false;
 134
 135   /**
 136    * name of base font for view
 137    */
 138   private String fontName;
 139
 140   /**
 141    * size for base font
 142    */
 143   private int fontSize;
 144
 145   /*
 146    * If true, scale protein residues to 3 times width of cDNA bases (in
 147    * SplitFrame views only)
 148    */
 149   private boolean scaleProteinAsCdna = true;
 150
 151   /**
 152    * Copy constructor
 153    *
 154    * @param vs
 155    */
 156   public ViewStyle(ViewStyleI vs)
 157   {
 158     setAbovePIDThreshold(vs.getAbovePIDThreshold());
 159     setCentreColumnLabels(vs.isCentreColumnLabels());
 160     setCharHeight(vs.getCharHeight());
 161     setCharWidth(vs.getCharWidth());
 162     setColourAppliesToAllGroups(vs.getColourAppliesToAllGroups());
 163     setColourByReferenceSeq(vs.isColourByReferenceSeq());
 164     setColourText(vs.getColourText());
 165     setConservationColourSelected(vs.isConservationColourSelected());
 166     setConservationSelected(vs.getConservationSelected());
 167     setDisplayReferenceSeq(vs.isDisplayReferenceSeq());
 168     setFontName(vs.getFontName());
 169     setFontSize(vs.getFontSize());
 170     setFontStyle(vs.getFontStyle());
 171     setIdWidth(vs.getIdWidth());
 172     setIncrement(vs.getIncrement());
 173     setRenderGaps(vs.isRenderGaps());
 174     setRightAlignIds(vs.isRightAlignIds());
 175     setScaleAboveWrapped(vs.getScaleAboveWrapped());
 176     setScaleLeftWrapped(vs.getScaleLeftWrapped());
 177     setScaleProteinAsCdna(vs.isScaleProteinAsCdna());
 178     setScaleRightWrapped(vs.getScaleRightWrapped());
 179     setSeqNameItalics(vs.isSeqNameItalics());
 180     setShowAnnotation(vs.isShowAnnotation());
 181     setShowBoxes(vs.getShowBoxes());
 182     setShowColourText(vs.isShowColourText());
 183     setShowDBRefs(vs.isShowDBRefs());
 184     setShowHiddenMarkers(vs.getShowHiddenMarkers());
 185     setShowJVSuffix(vs.getShowJVSuffix());
 186     setShowNPFeats(vs.isShowNPFeats());
 187     setShowSequenceFeaturesHeight(vs.isShowSequenceFeaturesHeight());
 188     setShowSequenceFeatures(vs.isShowSequenceFeatures());
 189     setShowText(vs.getShowText());
 190     setShowUnconserved(vs.getShowUnconserved());
 191     setTextColour(vs.getTextColour());
 192     setTextColour2(vs.getTextColour2());
 193     setThreshold(vs.getThreshold());
 194     setThresholdTextColour(vs.getThresholdTextColour());
 195     setUpperCasebold(vs.isUpperCasebold());
 196     setWrapAlignment(vs.getWrapAlignment());
 197     setWrappedWidth(vs.getWrappedWidth());
 198     // ViewStyle.configureFrom(this, viewStyle);
 199   }
 200
 201   public ViewStyle()
 202   {
 203   }
 204
 205   /**
 206    * Returns true if all attributes of the ViewStyles have the same value
 207    */
 208   @Override
 209   public boolean equals(Object other)
 210   {
 211     if (other == null || !(other instanceof ViewStyle))
 212     {
 213       return false;
 214     }
 215     ViewStyle vs = (ViewStyle) other;
 216
 217     boolean match = (getAbovePIDThreshold() == vs.getAbovePIDThreshold()
 218             && isCentreColumnLabels() == vs.isCentreColumnLabels()
 219             && getCharHeight() == vs.getCharHeight()
 220             && getCharWidth() == vs.getCharWidth()
 221             && getColourAppliesToAllGroups() == vs
 222                     .getColourAppliesToAllGroups()
 223             && isColourByReferenceSeq() == vs.isColourByReferenceSeq()
 224             && getColourText() == vs.getColourText()
 225             && isConservationColourSelected() == vs
 226                     .isConservationColourSelected()
 227             && getConservationSelected() == vs.getConservationSelected()
 228             && isDisplayReferenceSeq() == vs.isDisplayReferenceSeq()
 229             && getFontSize() == vs.getFontSize()
 230             && getFontStyle() == vs.getFontStyle()
 231             && getIdWidth() == vs.getIdWidth()
 232             && getIncrement() == vs.getIncrement()
 233             && isRenderGaps() == vs.isRenderGaps()
 234             && isRightAlignIds() == vs.isRightAlignIds()
 235             && getScaleAboveWrapped() == vs.getScaleAboveWrapped()
 236             && getScaleLeftWrapped() == vs.getScaleLeftWrapped()
 237             && isScaleProteinAsCdna() == vs.isScaleProteinAsCdna()
 238             && getScaleRightWrapped() == vs.getScaleRightWrapped()
 239             && isSeqNameItalics() == vs.isSeqNameItalics()
 240             && isShowAnnotation() == vs.isShowAnnotation()
 241             && getShowBoxes() == vs.getShowBoxes()
 242             && isShowColourText() == vs.isShowColourText()
 243             && isShowDBRefs() == vs.isShowDBRefs()
 244             && getShowHiddenMarkers() == vs.getShowHiddenMarkers()
 245             && getShowJVSuffix() == vs.getShowJVSuffix()
 246             && isShowNPFeats() == vs.isShowNPFeats()
 247             && isShowSequenceFeaturesHeight() == vs
 248                     .isShowSequenceFeaturesHeight()
 249             && isShowSequenceFeatures() == vs.isShowSequenceFeatures()
 250             && getShowText() == vs.getShowText()
 251             && getShowUnconserved() == vs.getShowUnconserved()
 252             && getThreshold() == vs.getThreshold()
 253             && getThresholdTextColour() == vs.getThresholdTextColour()
 254             && isUpperCasebold() == vs.isUpperCasebold()
 255             && getWrapAlignment() == vs.getWrapAlignment() && getWrappedWidth() == vs
 256             .getWrappedWidth());
 257     /*
 258      * and compare non-primitive types; syntax below will match null with null
 259      * values
 260      */
 261     match = match
 262             && String.valueOf(getFontName()).equals(
 263                     String.valueOf(vs.getFontName()));
 264     match = match
 265             && String.valueOf(getTextColour()).equals(
 266                     String.valueOf(vs.getTextColour()));
 267     match = match
 268             && String.valueOf(getTextColour2()).equals(
 269                     String.valueOf(vs.getTextColour2()));
 270     return match;
 271     // return equivalent(this, (ViewStyle) other);
 272   }
 273
 274   /**
 275    * Overridden to ensure that whenever vs1.equals(vs2) then vs1.hashCode() ==
 276    * vs2.hashCode()
 277    */
 278   @Override
 279   public int hashCode()
 280   {
 281     /*
 282      * No need to include all properties, just a selection...
 283      */
 284     int hash = 0;
 285     int m = 1;
 286     // Boolean.hashCode returns 1231 or 1237
 287     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.abovePIDThreshold).hashCode();
 288     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.centreColumnLabels).hashCode();
 289     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.colourAppliesToAllGroups).hashCode();
 290     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.displayReferenceSeq).hashCode();
 291     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.renderGaps).hashCode();
 292     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.rightAlignIds).hashCode();
 293     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleProteinAsCdna).hashCode();
 294     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleRightWrapped).hashCode();
 295     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.seqNameItalics).hashCode();
 296     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showAnnotation).hashCode();
 297     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showBoxes).hashCode();
 298     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showdbrefs).hashCode();
 299     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showJVSuffix).hashCode();
 300     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showSequenceFeatures).hashCode();
 301     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showUnconserved).hashCode();
 302     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.wrapAlignment).hashCode();
 303     hash += m++ * this.charHeight;
 304     hash += m++ * this.charWidth;
 305     hash += m++ * fontSize;
 306     hash += m++ * fontStyle;
 307     hash += m++ * idWidth;
 308     hash += String.valueOf(this.fontName).hashCode();
 309     return hash;
 310   }
 311
 312   /**
 313    * @return the upperCasebold
 314    */
 315   @Override
 316   public boolean isUpperCasebold()
 317   {
 318     return upperCasebold;
 319   }
 320
 321   /**
 322    * @param upperCasebold
 323    *          the upperCasebold to set
 324    */
 325   @Override
 326   public void setUpperCasebold(boolean upperCasebold)
 327   {
 328     this.upperCasebold = upperCasebold;
 329   }
 330
 331   /**
 332    * flag for wrapping
 333    */
 334   boolean wrapAlignment = false;
 335
 336   /**
 337    * number columns in wrapped alignment
 338    */
 339   int wrappedWidth;
 340
 341   private int fontStyle;
 342
 343   /**
 344    * GUI state
 345    *
 346    * @return true if percent identity threshold is applied to shading
 347    */
 348   @Override
 349   public boolean getAbovePIDThreshold()
 350   {
 351     return abovePIDThreshold;
 352   }
 353
 354   /**
 355    * DOCUMENT ME!
 356    *
 357    * @return DOCUMENT ME!
 358    */
 359   @Override
 360   public int getCharHeight()
 361   {
 362     return charHeight;
 363   }
 364
 365   /**
 366    * DOCUMENT ME!
 367    *
 368    * @return DOCUMENT ME!
 369    */
 370   @Override
 371   public int getCharWidth()
 372   {
 373     return charWidth;
 374   }
 375
 376   /**
 377    *
 378    *
 379    * @return flag indicating if colourchanges propagated to all groups
 380    */
 381   @Override
 382   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
 383   {
 384     return colourAppliesToAllGroups;
 385   }
 386
 387   /**
 388    * DOCUMENT ME!
 389    *
 390    * @return DOCUMENT ME!
 391    */
 392   @Override
 393   public boolean getColourText()
 394   {
 395     return showColourText;
 396   }
 397
 398   /**
 399    * GUI state
 400    *
 401    * @return true if conservation based shading is enabled
 402    */
 403   @Override
 404   public boolean getConservationSelected()
 405   {
 406     return conservationColourSelected;
 407   }
 408
 409   /**
 410    * GUI State
 411    *
 412    * @return get scalar for bleaching colourschemes by conservation
 413    */
 414   @Override
 415   public int getIncrement()
 416   {
 417     return increment;
 418   }
 419
 420   /**
 421    * DOCUMENT ME!
 422    *
 423    * @return DOCUMENT ME!
 424    */
 425   @Override
 426   public boolean getScaleAboveWrapped()
 427   {
 428     return scaleAboveWrapped;
 429   }
 430
 431   /**
 432    * DOCUMENT ME!
 433    *
 434    * @return DOCUMENT ME!
 435    */
 436   @Override
 437   public boolean getScaleLeftWrapped()
 438   {
 439     return scaleLeftWrapped;
 440   }
 441
 442   /**
 443    * DOCUMENT ME!
 444    *
 445    * @return DOCUMENT ME!
 446    */
 447   @Override
 448   public boolean getScaleRightWrapped()
 449   {
 450     return scaleRightWrapped;
 451   }
 452
 453   /**
 454    * DOCUMENT ME!
 455    *
 456    * @return DOCUMENT ME!
 457    */
 458   @Override
 459   public boolean getShowBoxes()
 460   {
 461     return showBoxes;
 462   }
 463
 464   @Override
 465   public boolean getShowHiddenMarkers()
 466   {
 467     return showHiddenMarkers;
 468   }
 469
 470   /**
 471    * DOCUMENT ME!
 472    *
 473    * @return DOCUMENT ME!
 474    */
 475   @Override
 476   public boolean getShowJVSuffix()
 477   {
 478     return showJVSuffix;
 479   }
 480
 481   /**
 482    * DOCUMENT ME!
 483    *
 484    * @return DOCUMENT ME!
 485    */
 486   @Override
 487   public boolean getShowText()
 488   {
 489     return showText;
 490   }
 491
 492   @Override
 493   public boolean getShowUnconserved()
 494   {
 495     return showUnconserved;
 496   }
 497
 498   /**
 499    * @return the textColour
 500    */
 501   @Override
 502   public Color getTextColour()
 503   {
 504     return textColour;
 505   }
 506
 507   /**
 508    * @return the textColour2
 509    */
 510   @Override
 511   public Color getTextColour2()
 512   {
 513     return textColour2;
 514   }
 515
 516   /**
 517    * DOCUMENT ME!
 518    *
 519    * @return DOCUMENT ME!
 520    */
 521   @Override
 522   public int getThreshold()
 523   {
 524     return threshold;
 525   }
 526
 527   /**
 528    * @return the thresholdTextColour
 529    */
 530   @Override
 531   public int getThresholdTextColour()
 532   {
 533     return thresholdTextColour;
 534   }
 535
 536   /**
 537    * DOCUMENT ME!
 538    *
 539    * @return DOCUMENT ME!
 540    */
 541   @Override
 542   public boolean getWrapAlignment()
 543   {
 544     return wrapAlignment;
 545   }
 546
 547   /**
 548    * DOCUMENT ME!
 549    *
 550    * @return DOCUMENT ME!
 551    */
 552   @Override
 553   public int getWrappedWidth()
 554   {
 555     return wrappedWidth;
 556   }
 557
 558   @Override
 559   public boolean isColourByReferenceSeq()
 560   {
 561     return colourByReferenceSeq;
 562   }
 563
 564   /**
 565    * @return the conservationColourSelected
 566    */
 567   @Override
 568   public boolean isConservationColourSelected()
 569   {
 570     return conservationColourSelected;
 571   }
 572
 573   @Override
 574   public boolean isDisplayReferenceSeq()
 575   {
 576     return displayReferenceSeq;
 577   }
 578
 579   /**
 580    * @return the renderGaps
 581    */
 582   @Override
 583   public boolean isRenderGaps()
 584   {
 585     return renderGaps;
 586   }
 587
 588   @Override
 589   public boolean isRightAlignIds()
 590   {
 591     return rightAlignIds;
 592   }
 593
 594   /**
 595    * @return the seqNameItalics
 596    */
 597   @Override
 598   public boolean isSeqNameItalics()
 599   {
 600     return seqNameItalics;
 601   }
 602
 603   @Override
 604   public boolean isShowAnnotation()
 605   {
 606     return showAnnotation;
 607   }
 608
 609   /**
 610    * @return the showColourText
 611    */
 612   @Override
 613   public boolean isShowColourText()
 614   {
 615     return showColourText;
 616   }
 617
 618   /**
 619    * @return the showSeqFeaturesHeight
 620    */
 621   @Override
 622   public boolean isShowSequenceFeaturesHeight()
 623   {
 624     return showSeqFeaturesHeight;
 625   }
 626
 627   @Override
 628   public boolean isShowSequenceFeatures()
 629   {
 630     return showSequenceFeatures;
 631   }
 632
 633   /**
 634    * GUI state
 635    *
 636    *
 637    * @param b
 638    *          indicate if percent identity threshold is applied to shading
 639    */
 640   @Override
 641   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 642   {
 643     abovePIDThreshold = b;
 644   }
 645
 646   /**
 647    * DOCUMENT ME!
 648    *
 649    * @param h
 650    *          DOCUMENT ME!
 651    */
 652   @Override
 653   public void setCharHeight(int h)
 654   {
 655     this.charHeight = h;
 656   }
 657
 658   /**
 659    * DOCUMENT ME!
 660    *
 661    * @param w
 662    *          DOCUMENT ME!
 663    */
 664   @Override
 665   public void setCharWidth(int w)
 666   {
 667     this.charWidth = w;
 668   }
 669
 670   /**
 671    * @param value
 672    *          indicating if subsequent colourscheme changes will be propagated
 673    *          to all groups
 674    */
 675   @Override
 676   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
 677   {
 678     colourAppliesToAllGroups = b;
 679   }
 680
 681   @Override
 682   public void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq)
 683   {
 684     this.colourByReferenceSeq = colourByReferenceSeq;
 685   }
 686
 687   /**
 688    * DOCUMENT ME!
 689    *
 690    * @param state
 691    *          DOCUMENT ME!
 692    */
 693   @Override
 694   public void setColourText(boolean state)
 695   {
 696     showColourText = state;
 697   }
 698
 699   /**
 700    * @param conservationColourSelected
 701    *          the conservationColourSelected to set
 702    */
 703   @Override
 704   public void setConservationColourSelected(
 705           boolean conservationColourSelected)
 706   {
 707     this.conservationColourSelected = conservationColourSelected;
 708   }
 709
 710   /**
 711    * GUI state
 712    *
 713    * @param b
 714    *          enable conservation based shading
 715    */
 716   @Override
 717   public void setConservationSelected(boolean b)
 718   {
 719     conservationColourSelected = b;
 720   }
 721
 722   @Override
 723   public void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq)
 724   {
 725     this.displayReferenceSeq = displayReferenceSeq;
 726   }
 727
 728   /**
 729    *
 730    * @param inc
 731    *          set the scalar for bleaching colourschemes according to degree of
 732    *          conservation
 733    */
 734   @Override
 735   public void setIncrement(int inc)
 736   {
 737     increment = inc;
 738   }
 739
 740   /**
 741    * DOCUMENT ME!
 742    *
 743    * @param state
 744    *          DOCUMENT ME!
 745    */
 746   @Override
 747   public void setRenderGaps(boolean state)
 748   {
 749     renderGaps = state;
 750   }
 751
 752   @Override
 753   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)
 754   {
 755     this.rightAlignIds = rightAlignIds;
 756   }
 757
 758   /**
 759    * DOCUMENT ME!
 760    *
 761    * @param b
 762    *          DOCUMENT ME!
 763    */
 764   @Override
 765   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
 766   {
 767     scaleAboveWrapped = b;
 768   }
 769
 770   /**
 771    * DOCUMENT ME!
 772    *
 773    * @param b
 774    *          DOCUMENT ME!
 775    */
 776   @Override
 777   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
 778   {
 779     scaleLeftWrapped = b;
 780   }
 781
 782   /**
 783    *
 784    *
 785    * @param scaleRightWrapped
 786    *          - true or false
 787    */
 788
 789   @Override
 790   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
 791   {
 792     scaleRightWrapped = b;
 793   }
 794
 795   @Override
 796   public void setSeqNameItalics(boolean italics)
 797   {
 798     seqNameItalics = italics;
 799   }
 800
 801   @Override
 802   public void setShowAnnotation(boolean b)
 803   {
 804     showAnnotation = b;
 805   }
 806
 807   /**
 808    * DOCUMENT ME!
 809    *
 810    * @param state
 811    *          DOCUMENT ME!
 812    */
 813   @Override
 814   public void setShowBoxes(boolean state)
 815   {
 816     showBoxes = state;
 817   }
 818
 819   /**
 820    * @param showColourText
 821    *          the showColourText to set
 822    */
 823   @Override
 824   public void setShowColourText(boolean showColourText)
 825   {
 826     this.showColourText = showColourText;
 827   }
 828
 829   @Override
 830   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
 831   {
 832     showHiddenMarkers = show;
 833   }
 834
 835   /**
 836    * DOCUMENT ME!
 837    *
 838    * @param b
 839    *          DOCUMENT ME!
 840    */
 841   @Override
 842   public void setShowJVSuffix(boolean b)
 843   {
 844     showJVSuffix = b;
 845   }
 846
 847   @Override
 848   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
 849   {
 850     showSeqFeaturesHeight = selected;
 851
 852   }
 853
 854   /**
 855    * set the flag
 856    *
 857    * @param b
 858    *          features are displayed if true
 859    */
 860   @Override
 861   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
 862   {
 863     showSequenceFeatures = b;
 864   }
 865
 866   /**
 867    * DOCUMENT ME!
 868    *
 869    * @param state
 870    *          DOCUMENT ME!
 871    */
 872   @Override
 873   public void setShowText(boolean state)
 874   {
 875     showText = state;
 876   }
 877
 878   @Override
 879   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 880   {
 881     showUnconserved = showunconserved;
 882   }
 883
 884   /**
 885    * @param textColour
 886    *          the textColour to set
 887    */
 888   @Override
 889   public void setTextColour(Color textColour)
 890   {
 891     this.textColour = textColour;
 892   }
 893
 894   /**
 895    * @param textColour2
 896    *          the textColour2 to set
 897    */
 898   @Override
 899   public void setTextColour2(Color textColour2)
 900   {
 901     this.textColour2 = textColour2;
 902   }
 903
 904   /**
 905    * DOCUMENT ME!
 906    *
 907    * @param thresh
 908    *          DOCUMENT ME!
 909    */
 910   @Override
 911   public void setThreshold(int thresh)
 912   {
 913     threshold = thresh;
 914   }
 915
 916   /**
 917    * @param thresholdTextColour
 918    *          the thresholdTextColour to set
 919    */
 920   @Override
 921   public void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour)
 922   {
 923     this.thresholdTextColour = thresholdTextColour;
 924   }
 925
 926   /**
 927    * DOCUMENT ME!
 928    *
 929    * @param state
 930    *          DOCUMENT ME!
 931    */
 932   @Override
 933   public void setWrapAlignment(boolean state)
 934   {
 935     wrapAlignment = state;
 936   }
 937
 938   /**
 939    * DOCUMENT ME!
 940    *
 941    * @param w
 942    *          DOCUMENT ME!
 943    */
 944   @Override
 945   public void setWrappedWidth(int w)
 946   {
 947     this.wrappedWidth = w;
 948   }
 949
 950   @Override
 951   public boolean sameStyle(ViewStyleI that)
 952   {
 953     return this.equals(that);
 954   }
 955
 956   @Override
 957   public String getFontName()
 958   {
 959     return fontName;
 960   }
 961
 962   @Override
 963   public int getFontSize()
 964   {
 965     return fontSize;
 966   }
 967
 968   @Override
 969   public int getFontStyle()
 970   {
 971     return fontStyle;
 972   }
 973
 974   @Override
 975   public void setFontName(String name)
 976   {
 977     fontName = name;
 978   }
 979
 980   @Override
 981   public void setFontSize(int size)
 982   {
 983     fontSize = size;
 984
 985   }
 986
 987   @Override
 988   public void setFontStyle(int style)
 989   {
 990     fontStyle = style;
 991   }
 992
 993   @Override
 994   public int getIdWidth()
 995   {
 996     return idWidth;
 997   }
 998
 999   /**
1000    * @param idWidth
1001    *          the idWidth to set
1002    */
1003   @Override
1004   public void setIdWidth(int idWidth)
1005   {
1006     this.idWidth = idWidth;
1007   }
1008
1009   /**
1010    * @return the centreColumnLabels
1011    */
1012   @Override
1013   public boolean isCentreColumnLabels()
1014   {
1015     return centreColumnLabels;
1016   }
1017
1018   /**
1019    * @param centreColumnLabels
1020    *          the centreColumnLabels to set
1021    */
1022   @Override
1023   public void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels)
1024   {
1025     this.centreColumnLabels = centreColumnLabels;
1026   }
1027
1028   /**
1029    * @return the showdbrefs
1030    */
1031   @Override
1032   public boolean isShowDBRefs()
1033   {
1034     return showdbrefs;
1035   }
1036
1037   /**
1038    * @param showdbrefs
1039    *          the showdbrefs to set
1040    */
1041   @Override
1042   public void setShowDBRefs(boolean showdbrefs)
1043   {
1044     this.showdbrefs = showdbrefs;
1045   }
1046
1047   /**
1048    * @return the shownpfeats
1049    */
1050   @Override
1051   public boolean isShowNPFeats()
1052   {
1053     return shownpfeats;
1054   }
1055
1056   /**
1057    * @param shownpfeats
1058    *          the shownpfeats to set
1059    */
1060   @Override
1061   public void setShowNPFeats(boolean shownpfeats)
1062   {
1063     this.shownpfeats = shownpfeats;
1064   }
1065
1066   @Override
1067   public boolean isScaleProteinAsCdna()
1068   {
1069     return this.scaleProteinAsCdna;
1070   }
1071
1072   @Override
1073   public void setScaleProteinAsCdna(boolean b)
1074   {
1075     this.scaleProteinAsCdna = b;
1076   }
1077 }