src/jalview/ws/EnfinEnvision2OneWay.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.ws;
  19
  20 import jalview.bin.Cache;
  21 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  22 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.gui.AlignFrame;
  25 import jalview.gui.Desktop;
  26 import jalview.gui.JvSwingUtils;
  27 import jalview.util.GroupUrlLink;
  28 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  29
  30 import java.awt.Component;
  31 import java.awt.Cursor;
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.ActionListener;
  34 import java.awt.event.ItemEvent;
  35 import java.awt.event.ItemListener;
  36 import java.io.BufferedReader;
  37 import java.io.InputStreamReader;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.Vector;
  42
  43 import javax.swing.JMenu;
  44 import javax.swing.JMenuItem;
  45 import javax.swing.JOptionPane;
  46 import javax.swing.event.MenuEvent;
  47 import javax.swing.event.MenuListener;
  48 import javax.xml.parsers.SAXParser;
  49 import javax.xml.parsers.SAXParserFactory;
  50
  51 import org.xml.sax.Attributes;
  52 import org.xml.sax.SAXException;
  53 import org.xml.sax.helpers.DefaultHandler;
  54
  55 /**
  56  * Lightweight runnable to discover dynamic 'one way' group URL services
  57  *
  58  * @author JimP
  59  *
  60  */
  61 public class EnfinEnvision2OneWay extends DefaultHandler implements
  62         Runnable, WSMenuEntryProviderI
  63 {
  64   private static EnfinEnvision2OneWay groupURLLinksGatherer = null;
  65
  66   public static EnfinEnvision2OneWay getInstance()
  67   {
  68     if (groupURLLinksGatherer == null)
  69     {
  70       groupURLLinksGatherer = new EnfinEnvision2OneWay();
  71     }
  72     return groupURLLinksGatherer;
  73   }
  74
  75   private void waitForCompletion()
  76   {
  77     if (groupURLLinksGatherer.isRunning())
  78     {
  79       // wait around and show a visual delay indicator
  80       Cursor oldCursor = Desktop.instance.getCursor();
  81       Desktop.instance.setCursor(new Cursor(Cursor.WAIT_CURSOR));
  82       while (groupURLLinksGatherer.isRunning())
  83       {
  84         try
  85         {
  86           Thread.sleep(100);
  87         } catch (InterruptedException e)
  88         {
  89         }
  90         ;
  91       }
  92       Desktop.instance.setCursor(oldCursor);
  93     }
  94   }
  95
  96   public Vector getEnvisionServiceGroupURLS()
  97   {
  98     waitForCompletion();
  99     return groupURLLinks;
 100   }
 101
 102   /**
 103    * indicate if
 104    */
 105   private static String BACKGROUND = "BACKGROUNDPARAM";
 106
 107   /**
 108    * contains null strings or one of the above constants - indicate if this URL
 109    * is a special case.
 110    */
 111   private Vector additionalPar = new Vector();
 112
 113   /**
 114    * the enfin service URL
 115    */
 116   private String enfinService = null;
 117
 118   private String description = null;
 119
 120   private String wfname;
 121
 122   /*
 123    * (non-Javadoc)
 124    *
 125    * @see org.xml.sax.helpers.DefaultHandler#endElement(java.lang.String,
 126    * java.lang.String, java.lang.String)
 127    */
 128   public void endElement(String uri, String localName, String qName)
 129           throws SAXException
 130   {
 131
 132     // System.err.println("End element: : '"+uri+" "+localName+" "+qName);
 133     if (qName.equalsIgnoreCase("workflow") && description != null
 134             && description.length() > 0)
 135     {
 136       // groupURLLinks.addElement("UNIPROT|EnVision2|http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2/pages/linkin.jsf?tool=Jalview&workflow=Default&datasetName=JalviewIDs$DATASETID$&input=$SEQUENCEIDS$&inputType=0|,");
 137       // groupURLLinks.addElement("Seqs|EnVision2|http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2/pages/linkin.jsf?tool=Jalview&workflow=Default&datasetName=JalviewSeqs$DATASETID$&input=$SEQUENCES=/([A-Za-z]+)+/=$&inputType=1|,");
 138       System.err.println("Adding entry for " + wfname + " " + description);
 139       if (wfname.toLowerCase().indexOf("funcnet") == -1)
 140       {
 141         groupURLdescr.addElement(description);
 142         groupURLdescr.addElement(description);
 143         groupURLLinks
 144                 .addElement(wfname
 145                         + "|"
 146                         + "http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2/pages/linkin.jsf?tool=Jalview&workflow="
 147                         + wfname
 148                         + "&datasetName=JalviewSeqs$DATASETID$&input=$SEQUENCEIDS$&inputType=0|,"); // #"+description+"#");
 149         groupURLLinks
 150                 .addElement(wfname
 151                         + "|"
 152                         + "http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2/pages/linkin.jsf?tool=Jalview&workflow="
 153                         + wfname
 154                         + "&datasetName=JalviewSeqs$DATASETID$&input=$SEQUENCES=/([A-Za-z]+)+/=$&inputType=1|,"); // #"+description+"#");
 155       }
 156     }
 157   }
 158
 159   /*
 160    * (non-Javadoc)
 161    *
 162    * @see org.xml.sax.helpers.DefaultHandler#characters(char[], int, int)
 163    */
 164   public void characters(char[] ch, int start, int length)
 165           throws SAXException
 166   {
 167     if (description != null)
 168     {
 169       for (int i = start; i < start + length; i++)
 170       {
 171         description += ch[i];
 172       }
 173     }
 174   }
 175
 176   /*
 177    * (non-Javadoc)
 178    *
 179    * @see org.xml.sax.helpers.DefaultHandler#startElement(java.lang.String,
 180    * java.lang.String, java.lang.String, org.xml.sax.Attributes)
 181    */
 182   public void startElement(String uri, String localName, String qName,
 183           Attributes attributes) throws SAXException
 184   {
 185     if (qName.equalsIgnoreCase("workflow"))
 186     {
 187       description = null;
 188       wfname = attributes.getValue("name");
 189     }
 190     if (qName.equalsIgnoreCase("description"))
 191     {
 192       description = "";
 193     }
 194
 195     // System.err.println("Start element: : '"+uri+" "+localName+" "+qName+" attributes"+attributes);
 196     // super.startElement(uri,localName,qname,attributes);
 197   }
 198
 199   private boolean started = false;
 200
 201   private boolean running = false;
 202
 203   private Vector groupURLLinks = null;
 204
 205   private Vector groupURLdescr = null;
 206
 207   private static String[] allowedDb = new String[]
 208   { "UNIPROT", "EMBL", "PDB" };
 209
 210   public EnfinEnvision2OneWay()
 211   {
 212     groupURLLinks = new Vector();
 213     groupURLdescr = new Vector();
 214
 215     enfinService = Cache.getDefault("ENVISION2_WORKFLOWSERVICE",
 216             "http://www.ebi.ac.uk/enfin-srv/envision2/pages/workflows.xml");
 217     new Thread(this).start();
 218   }
 219
 220   public void run()
 221   {
 222     started = true;
 223     running = true;
 224     try
 225     {
 226       SAXParserFactory spf = SAXParserFactory.newInstance();
 227       SAXParser sp = spf.newSAXParser();
 228       sp.parse(new URL(enfinService).openStream(), this);
 229     } catch (Exception e)
 230     {
 231       Cache.log.warn("Exception when discovering One Way services: ", e);
 232     } catch (Error e)
 233     {
 234       Cache.log.warn("Error when discovering One Way services: ", e);
 235     }
 236     running = false;
 237     Cache.log.debug("Finished running.");
 238   }
 239
 240   /**
 241    * have we finished running yet ?
 242    *
 243    * @return false if we have been run.
 244    */
 245   public boolean isRunning()
 246   {
 247
 248     // TODO Auto-generated method stub
 249     return !started || running;
 250   }
 251
 252   public static void main(String[] args)
 253   {
 254     Cache.initLogger();
 255     EnfinEnvision2OneWay ow = new EnfinEnvision2OneWay();
 256     while (ow.isRunning())
 257     {
 258       try
 259       {
 260         Thread.sleep(50);
 261       } catch (Exception e)
 262       {
 263       }
 264       ;
 265
 266     }
 267     for (int i = 0; i < ow.groupURLLinks.size(); i++)
 268     {
 269       System.err.println("Description" + ow.groupURLdescr.elementAt(i)
 270               + "Service URL: " + ow.groupURLLinks.elementAt(i));
 271     }
 272   }
 273
 274   // / Copied from jalview.gui.PopupMenu
 275   /**
 276    * add a late bound URL service item to the given menu
 277    *
 278    * @param linkMenu
 279    * @param label
 280    *          - menu label string
 281    * @param urlgenerator
 282    *          GroupURLLink used to generate URL
 283    * @param urlstub
 284    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 285    */
 286   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label, String descr,
 287           String dbname, final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
 288   {
 289     Component[] jmi = linkMenu.getMenuComponents();
 290     for (int i = 0; i < jmi.length; i++)
 291     {
 292       if (jmi[i] instanceof JMenuItem
 293               && ((JMenuItem) jmi[i]).getText().equalsIgnoreCase(label))
 294       {
 295         // don't add this - its a repeat of an existing URL.
 296         return;
 297       }
 298     }
 299     boolean seqsorids = (urlgenerator.getGroupURLType() & urlgenerator.SEQUENCEIDS) == 0;
 300     int i = urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub);
 301     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 302     //
 303     if (dbname==null || dbname.trim().length()==0)
 304     {
 305       dbname = "";
 306     }
 307     item.setToolTipText("<html>"
 308             + JvSwingUtils.wrapTooltip("Submit " + i + " " +
 309                     dbname +" "
 310                     + (seqsorids ? "sequence" : "sequence id") + (i > 1 ? "s" : "")
 311
 312             + " to<br/>" + descr) + "</html>");
 313     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 314     {
 315       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 316       {
 317         new Thread(new Runnable()
 318         {
 319
 320           public void run()
 321           {
 322             try {
 323               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 324             } catch (UrlStringTooLongException ex)
 325             {
 326               Cache.log.warn("Not showing link: URL is too long!", ex);
 327             }
 328           }
 329
 330         }).start();
 331       }
 332     });
 333
 334     linkMenu.add(item);
 335   }
 336
 337   /**
 338    * open the given link in a new browser window
 339    *
 340    * @param url
 341    */
 342   public void showLink(String url)
 343   {
 344     try
 345     {
 346       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 347     } catch (Exception ex)
 348     {
 349       JOptionPane
 350               .showInternalMessageDialog(
 351                       Desktop.desktop,
 352                       "Unixers: Couldn't find default web browser."
 353                               + "\nAdd the full path to your browser in Preferences.",
 354                       "Web browser not found", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 355
 356       ex.printStackTrace();
 357     }
 358   }
 359
 360   /**
 361    * called by a web service menu instance when it is opened.
 362    *
 363    * @param enfinServiceMenu
 364    * @param alignFrame
 365    */
 366   private void buildGroupLinkMenu(JMenu enfinServiceMenu,
 367           AlignFrame alignFrame)
 368   {
 369     SequenceI[] seqs = alignFrame.getViewport().getSelectionAsNewSequence();
 370     SequenceGroup sg = alignFrame.getViewport().getSelectionGroup();
 371     if (sg == null)
 372     {
 373       // consider visible regions here/
 374     }
 375     enfinServiceMenu.removeAll();
 376     JMenu entries = buildGroupURLMenu(seqs, sg);
 377     if (entries != null)
 378     {
 379       for (int i = 0, iSize = entries.getMenuComponentCount(); i < iSize; i++)
 380       {
 381         // transfer - menu component is removed from entries automatically
 382         enfinServiceMenu.add(entries.getMenuComponent(0));
 383       }
 384       // entries.removeAll();
 385       enfinServiceMenu.setEnabled(true);
 386     }
 387     else
 388     {
 389       enfinServiceMenu.setEnabled(false);
 390     }
 391   }
 392
 393   /**
 394    * construct a dynamic enfin services menu given a sequence selection
 395    *
 396    * @param seqs
 397    * @param sg
 398    * @param groupLinks
 399    * @return
 400    */
 401   private JMenu buildGroupURLMenu(SequenceI[] seqs, SequenceGroup sg)
 402   {
 403
 404     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
 405     // menu appears asap
 406     // sequence only URLs
 407     // ID/regex match URLs
 408     JMenu groupLinksMenu = new JMenu("Group Link");
 409     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
 410     Hashtable commonDbrefs = new Hashtable();
 411     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
 412     {
 413
 414       int start, end;
 415       if (sg != null)
 416       {
 417         start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes());
 418         end = seqs[sq].findPosition(sg.getEndRes());
 419       }
 420       else
 421       {
 422         // get total width of alignment.
 423         start = seqs[sq].getStart();
 424         end = seqs[sq].findPosition(seqs[sq].getLength());
 425       }
 426       // we skip sequences which do not have any non-gaps in the region of
 427       // interest
 428       if (start > end)
 429       {
 430         continue;
 431       }
 432       // just collect ids from dataset sequence
 433       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
 434       // current selection, too
 435       SequenceI sqi = seqs[sq];
 436       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
 437       {
 438         sqi = sqi.getDatasetSequence();
 439       }
 440       DBRefEntry[] dbr = sqi.getDBRef();
 441       if (dbr != null && dbr.length > 0)
 442       {
 443         for (int d = 0; d < dbr.length; d++)
 444         {
 445           String src = dbr[d].getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase();
 446           Object[] sarray = (Object[]) commonDbrefs.get(src);
 447           if (sarray == null)
 448           {
 449             sarray = new Object[2];
 450             sarray[0] = new int[]
 451             { 0 };
 452             sarray[1] = new String[seqs.length];
 453
 454             commonDbrefs.put(src, sarray);
 455           }
 456
 457           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
 458           {
 459             if (!dbr[d].hasMap()
 460                     || (dbr[d].getMap().locateMappedRange(start, end) != null))
 461             {
 462               ((String[]) sarray[1])[sq] = dbr[d].getAccessionId();
 463               ((int[]) sarray[0])[0]++;
 464             }
 465           }
 466         }
 467       }
 468     }
 469     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
 470     Hashtable<String, JMenu[]> gurlMenus = new Hashtable<String, JMenu[]>();
 471     /**
 472      * last number of sequences where URL generation failed
 473      */
 474     int[] nsqtype = new int[] { 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0};
 475     for (int i = 0; i < groupURLLinks.size(); i++)
 476     {
 477       String link = groupURLLinks.elementAt(i).toString();
 478       String descr = groupURLdescr.elementAt(i).toString();
 479
 480       // boolean specialCase =
 481       // additionalPar.elementAt(i).toString().equals(BACKGROUND);
 482       GroupUrlLink urlLink = null;
 483       try
 484       {
 485         urlLink = new GroupUrlLink(link);
 486       } catch (Exception foo)
 487       {
 488         jalview.bin.Cache.log.error("Exception for GroupURLLink '" + link
 489                 + "'", foo);
 490         continue;
 491       }
 492       ;
 493       if (!urlLink.isValid())
 494       {
 495         jalview.bin.Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 496         continue;
 497       }
 498       final String label = urlLink.getLabel();
 499       // create/recover the sub menus that might be populated for this link.
 500       JMenu[] wflinkMenus = gurlMenus.get(label);
 501       if (wflinkMenus == null)
 502       {
 503         // three types of url that might be
 504         // created.
 505         wflinkMenus = new JMenu[]
 506         { null, new JMenu("IDS"), new JMenu("Sequences"),
 507             new JMenu("IDS and Sequences") };
 508         gurlMenus.put(label, wflinkMenus);
 509       }
 510
 511       boolean usingNames = false;
 512       // Now see which parts of the group apply for this URL
 513       String ltarget;
 514       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
 515       for (int t = 0; t < allowedDb.length; t++)
 516       {
 517         ltarget = allowedDb[t]; // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
 518         Object[] idset = (Object[]) commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase());
 519         if (idset != null)
 520         {
 521           int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
 522           String[] allids = ((String[]) idset[1]);
 523           seqstr = new String[numinput];
 524           ids = new String[numinput];
 525           if (nsqtype[urlLink.getGroupURLType()]>0 && numinput>=nsqtype[urlLink.getGroupURLType()])
 526           {
 527             continue;
 528           }
 529           for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
 530           {
 531             if (allids[sq] != null)
 532             {
 533               ids[idcount] = allids[sq];
 534               seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
 535             }
 536           }
 537           try {createAndAddLinks(wflinkMenus, false, urlLink, ltarget, null,
 538                   descr, ids, seqstr);
 539           } catch (UrlStringTooLongException ex)
 540           {
 541             nsqtype[urlLink.getGroupURLType()] = numinput;
 542           }
 543         }
 544       }
 545       // also do names only.
 546       seqstr = idandseqs[1];
 547       ids = idandseqs[0];
 548       if (nsqtype[urlLink.getGroupURLType()]>0 && idandseqs[0].length>=nsqtype[urlLink.getGroupURLType()])
 549       {
 550         continue;
 551       }
 552
 553       try {createAndAddLinks(wflinkMenus, true, urlLink, "Any", null, descr,
 554               ids, seqstr);
 555       }catch (UrlStringTooLongException ex)
 556       {
 557         nsqtype[urlLink.getGroupURLType()] = idandseqs[0].length;
 558       }
 559     }
 560     boolean anyadded = false; // indicates if there are any group links to give
 561     // to user
 562     for (Map.Entry<String, JMenu[]> menues : gurlMenus.entrySet())
 563     {
 564       JMenu grouplinkset = new JMenu(menues.getKey());
 565       JMenu[] wflinkMenus = menues.getValue();
 566       for (int m = 0; m < wflinkMenus.length; m++)
 567       {
 568         if (wflinkMenus[m] != null
 569                 && wflinkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
 570         {
 571           anyadded = true;
 572           grouplinkset.add(wflinkMenus[m]);
 573         }
 574       }
 575       groupLinksMenu.add(grouplinkset);
 576     }
 577     if (anyadded)
 578     {
 579       return groupLinksMenu;
 580     }
 581     return null;
 582   }
 583
 584   private boolean createAndAddLinks(JMenu[] linkMenus, boolean usingNames,
 585           GroupUrlLink urlLink, String label, String ltarget, String descr,
 586           String[] ids, String[] seqstr) throws UrlStringTooLongException
 587   {
 588     Object[] urlset= urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr, "FromJalview"
 589             + System.currentTimeMillis(), false);
 590
 591     if (urlset != null)
 592     {
 593       int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
 594       // System.out.println(urlLink.getGroupURLType()
 595       // +" "+((String[])urlset[3])[0]);
 596       // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
 597       // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
 598       addshowLink(
 599               linkMenus[type],
 600               label
 601                       + " "
 602                       + (ltarget == null ? (((type & 1) == 1 ? "ID"
 603                               : "Sequence") + (urlLink
 604                               .getNumberInvolved(urlset) > 1 ? "s" : ""))
 605                               : (usingNames ? (((type & 1) == 1) ? "(Names)"
 606                                       : "")
 607                                       : ("(" + ltarget + ")"))), descr,
 608               usingNames ? null : label, urlLink, urlset);
 609       return true;
 610     }
 611     return false;
 612   }
 613   // / end of stuff copied from popupmenu
 614   public void attachWSMenuEntry(final JMenu wsmenu,
 615           final AlignFrame alignFrame)
 616   {
 617     final JMenu enfinServiceMenu = new JMenu("Envision 2");
 618     wsmenu.add(enfinServiceMenu);
 619     enfinServiceMenu.setEnabled(false);
 620     wsmenu.addMenuListener(new MenuListener()
 621     {
 622       // this listener remembers when the menu was first selected, and
 623       // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 624       // reselected again.
 625       boolean refresh = true;
 626
 627       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 628       {
 629         refresh = true;
 630       }
 631
 632       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 633       {
 634         refresh = true;
 635       }
 636
 637       public void menuSelected(MenuEvent e)
 638       {
 639         if (refresh)
 640         {
 641           new Thread(new Runnable() {
 642             public void run() {
 643           try
 644           {
 645             buildGroupLinkMenu(enfinServiceMenu, alignFrame);
 646           } catch (OutOfMemoryError ex)
 647           {
 648             Cache.log.error(
 649                     "Out of memory when calculating the Envision2 links.",
 650                     ex);
 651             enfinServiceMenu.setEnabled(false);
 652           }
 653             }}).start();
 654           refresh = false;
 655         }
 656       }
 657     });
 658
 659   }
 660
 661 }