src/jalview/ws/MsaWSThread.java

   1 package jalview.ws;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;
   5 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
   6 import jalview.gui.WebserviceInfo;
   7 import jalview.analysis.AlignSeq;
   8 import jalview.bin.Cache;
   9 import jalview.gui.AlignFrame;
  10 import javax.swing.JOptionPane;
  11
  12 import vamsas.objects.simple.MsaResult;
  13 import vamsas.objects.simple.Result;
  14 import jalview.datamodel.Alignment;
  15 import jalview.datamodel.SeqCigar;
  16 import jalview.gui.Desktop;
  17 import jalview.datamodel.SequenceI;
  18 import java.util.Hashtable;
  19 import java.util.Vector;
  20
  21 /**
  22  * <p>
  23  * Title:
  24  * </p>
  25  *
  26  * <p>
  27  * Description:
  28  * </p>
  29  *
  30  * <p>
  31  * Copyright: Copyright (c) 2004
  32  * </p>
  33  *
  34  * <p>
  35  * Company: Dundee University
  36  * </p>
  37  *
  38  * @author not attributable
  39  * @version 1.0
  40  */
  41 class MsaWSThread extends Thread implements WSClientI {
  42   jalview.gui.AlignFrame alignFrame;
  43
  44   WebserviceInfo wsInfo = null;
  45
  46   String WebServiceName = null;
  47
  48   String OutputHeader;
  49   AlignmentView input;
  50   boolean submitGaps = false; // pass sequences including gaps to alignment
  51
  52   // service
  53
  54   boolean preserveOrder = true; // and always store and recover sequence
  55
  56   // order
  57
  58   class MsaWSJob {
  59     int jobnum = 0; // WebServiceInfo pane for this job
  60
  61     String jobId; // ws job ticket
  62
  63     vamsas.objects.simple.MsaResult result = null;
  64
  65     vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();
  66
  67     /**
  68      * MsaWSJob
  69      *
  70      * @param jobNum
  71      *            int
  72      * @param jobId
  73      *            String
  74      */
  75     public MsaWSJob(int jobNum, SequenceI[] inSeqs) {
  76       this.jobnum = jobNum;
  77       prepareInput(inSeqs);
  78     }
  79
  80     int allowedServerExceptions = 3; // thread dies if too many
  81
  82     // exceptions.
  83     boolean submitted=false;
  84     boolean subjobComplete = false;
  85
  86     Hashtable SeqNames = new Hashtable();
  87     Vector emptySeqs = new Vector();
  88     private void prepareInput(SequenceI[] seqs) {
  89       int nseqs = 0;
  90       for (int i = 0; i < seqs.length; i++) {
  91         if (seqs[i].getStart() < seqs[i].getEnd()) {
  92           nseqs++;
  93         }
  94       }
  95       vamsas.objects.simple.Sequence[] seqarray =
  96         (nseqs>0)
  97         ? new vamsas.objects.simple.Sequence[nseqs]
  98                                              :null;
  99         for (int i = 0, n = 0; i < seqs.length; i++) {
 100
 101           String newname = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name(i); // same
 102           // for
 103           // any
 104           // subjob
 105           SeqNames.put(newname, jalview.analysis.SeqsetUtils
 106               .SeqCharacterHash(seqs[i]));
 107           if (seqs[i].getStart() < seqs[i].getEnd()) {
 108             seqarray[n] = new vamsas.objects.simple.Sequence();
 109             seqarray[n].setId(newname);
 110             seqarray[n++].setSeq((submitGaps) ? seqs[i].getSequence()
 111                 : AlignSeq.extractGaps(
 112                     jalview.util.Comparison.GapChars, seqs[i]
 113                                                            .getSequence()));
 114           } else {
 115             emptySeqs.add(newname);
 116           }
 117         }
 118         this.seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();
 119         this.seqs.setSeqs(seqarray);
 120     }
 121     public Object[] getAlignment() {
 122
 123       if (result!=null) {
 124         SequenceI[] alseqs=null;
 125         char alseq_gapchar='-';
 126         int alseq_l=0;
 127         if (result.getMsa() != null) {
 128           alseqs = getVamsasAlignment(result.getMsa());
 129           alseq_gapchar=result.getMsa().getGapchar().charAt(0);
 130           alseq_l = alseqs.length;
 131         }
 132         if (emptySeqs.size()>0) {
 133           SequenceI[] t_alseqs = new SequenceI[alseq_l+emptySeqs.size()];
 134           // get width
 135           int i,w=0;
 136           if (alseq_l>0) {
 137             for (i=0,w=alseqs[0].getLength(); i<alseq_l; i++) {
 138               if (w<alseqs[i].getLength())
 139                 w=alseqs[i].getLength();
 140               t_alseqs[i] = alseqs[i];
 141               alseqs[i] = null;
 142             }
 143           }
 144           // make a gapped string.
 145           StringBuffer insbuff=new StringBuffer(w);
 146           for (i=0; i<w; i++)
 147             insbuff.append(alseq_gapchar);
 148           for (i=0, w=emptySeqs.size(); i<w; i++) {
 149             t_alseqs[i+alseqs.length] = new jalview.datamodel.Sequence((String)emptySeqs.get(i), insbuff.toString());
 150           }
 151           alseqs = t_alseqs;
 152         }
 153         AlignmentOrder msaorder = new AlignmentOrder(alseqs);
 154         // always recover the order - makes parseResult()'s life easier.
 155         jalview.analysis.AlignmentSorter.recoverOrder(alseqs);
 156         // account for any missing sequences
 157         jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs);
 158         return new Object[] { alseqs, msaorder};
 159       }
 160       return null;
 161     }
 162   }
 163   MsaWSJob jobs[] = null;
 164
 165   String alTitle; // name which will be used to form new alignment window.
 166
 167   boolean jobComplete = false;
 168
 169   Alignment dataset; // dataset to which the new alignment will be
 170
 171   // associated.
 172
 173   ext.vamsas.MuscleWS server = null;
 174
 175   String WsUrl = null;
 176
 177   /**
 178    * set basic options for this (group) of Msa jobs
 179    *
 180    * @param subgaps
 181    *            boolean
 182    * @param presorder
 183    *            boolean
 184    */
 185   MsaWSThread(ext.vamsas.MuscleWS server, String wsUrl,
 186       WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame, AlignmentView alview,
 187       String wsname, boolean subgaps, boolean presorder) {
 188     this.server = server;
 189     this.WsUrl = wsUrl;
 190     this.wsInfo = wsinfo;
 191     this.WebServiceName = wsname;
 192     this.input = alview;
 193     this.submitGaps = subgaps;
 194     this.preserveOrder = presorder;
 195     this.alignFrame = alFrame;
 196   }
 197
 198   /**
 199    * create one or more Msa jobs to align visible seuqences in _msa
 200    *
 201    * @param title
 202    *            String
 203    * @param _msa
 204    *            AlignmentView
 205    * @param subgaps
 206    *            boolean
 207    * @param presorder
 208    *            boolean
 209    * @param seqset
 210    *            Alignment
 211    */
 212   MsaWSThread(ext.vamsas.MuscleWS server, String wsUrl,
 213       WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,
 214       String wsname, String title, AlignmentView _msa, boolean subgaps,
 215       boolean presorder, Alignment seqset) {
 216     this(server, wsUrl, wsinfo, alFrame, _msa, wsname, subgaps, presorder);
 217     OutputHeader = wsInfo.getProgressText();
 218     alTitle = title;
 219     dataset = seqset;
 220     SeqCigar[] msa = _msa.getSequences();
 221     int[] contigs = _msa.getContigs();
 222     int njobs=1;
 223     if (contigs != null && contigs.length > 0) {
 224       int start = 0;
 225       njobs=0;
 226       int width = _msa.getWidth();
 227       for (int contig = 0; contig < contigs.length; contig += 3) {
 228         if ((contigs[contig+1] - start) > 0) {
 229           njobs++;
 230         }
 231         width+=contigs[contig+2];// end up with full region width (including hidden regions)
 232         start = contigs[contig+1] + contigs[contig + 2];
 233       }
 234       if (start<width) {
 235         njobs++;
 236       }
 237       jobs = new MsaWSJob[njobs];
 238       start=0;
 239       int j=0;
 240       for (int contig = 0; contig < contigs.length; contig += 3) {
 241         if (contigs[contig+1] - start > 0) {
 242           SequenceI mseq[] = new SequenceI[msa.length];
 243           for (int s = 0; s < mseq.length; s++) {
 244             mseq[s] = msa[s].getSeq('-').getSubSequence(start,
 245                 contigs[contig+1]);
 246           }
 247           if (j!=0) {
 248             jobs[j] = new MsaWSJob(wsinfo.addJobPane(), mseq);
 249           } else {
 250             jobs[j] = new MsaWSJob(0, mseq);
 251           }
 252           wsinfo.setProgressName("region "+jobs[j].jobnum,jobs[j].jobnum);
 253           wsinfo.setProgressText(jobs[j].jobnum, OutputHeader);
 254           j++;
 255         }
 256         start = contigs[contig+1] + contigs[contig + 2];
 257       }
 258       if (start<width) {
 259         SequenceI mseq[] = new SequenceI[msa.length];
 260         for (int s = 0; s < mseq.length; s++) {
 261           mseq[s] = msa[s].getSeq('-').getSubSequence(start,
 262               width+1);
 263         }
 264         if (j!=0) {
 265           jobs[j] = new MsaWSJob(wsinfo.addJobPane(), mseq);
 266         } else {
 267           jobs[j] = new MsaWSJob(0, mseq);
 268         }
 269         wsinfo.setProgressName("region "+jobs[j].jobnum,jobs[j].jobnum);
 270         wsinfo.setProgressText(jobs[j].jobnum, OutputHeader);
 271         j++;
 272       }
 273     } else {
 274       SequenceI mseq[] = new SequenceI[msa.length];
 275       for (int s = 0; s < mseq.length; s++) {
 276         mseq[s] = msa[s].getSeq('-');
 277       }
 278       jobs = new MsaWSJob[1];
 279       wsinfo.setProgressText(OutputHeader); // ensures default text
 280       jobs[0] = new MsaWSJob(0, mseq);
 281     }
 282   }
 283
 284   public boolean isCancellable() {
 285     return true;
 286   }
 287
 288   public void cancelJob() {
 289     if (!jobComplete && jobs != null) {
 290       boolean cancelled = true;
 291       for (int job = 0; job < jobs.length; job++) {
 292         if (jobs[job].submitted && !jobs[job].subjobComplete)
 293         {
 294           String cancelledMessage = "";
 295           try {
 296             vamsas.objects.simple.WsJobId cancelledJob = server
 297             .cancel(jobs[job].jobId);
 298             if (cancelledJob.getStatus() == 2) {
 299               // CANCELLED_JOB
 300               cancelledMessage = "Job cancelled.";
 301               jobs[job].subjobComplete = true;
 302               jobs[job].result = null;
 303               wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum, WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 304             } else if (cancelledJob.getStatus() == 3) {
 305               // VALID UNSTOPPABLE JOB
 306               cancelledMessage += "Server cannot cancel this job. just close the window.\n";
 307               cancelled = false;
 308               wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum, WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 309             }
 310
 311             if (cancelledJob.getJobId() != null) {
 312               cancelledMessage += ("[" + cancelledJob.getJobId() + "]");
 313             }
 314
 315             cancelledMessage += "\n";
 316           } catch (Exception exc) {
 317             cancelledMessage += ("\nProblems cancelling the job : Exception received...\n"
 318                 + exc + "\n");
 319             exc.printStackTrace();
 320           }
 321           wsInfo.setProgressText(jobs[job].jobnum, OutputHeader
 322               + cancelledMessage + "\n");
 323         }
 324       }
 325       if (cancelled) {
 326         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 327         jobComplete = true;
 328       }
 329     } else {
 330       if (!jobComplete) {
 331         wsInfo
 332         .setProgressText(OutputHeader
 333             + "Server cannot cancel this job because it has not been submitted properly. just close the window.\n");
 334       }
 335     }
 336   }
 337
 338   public void run() {
 339
 340     while (!jobComplete) {
 341       int running=0;
 342       int queuing=0;
 343       int finished=0;
 344       int error=0;
 345       int serror=0;
 346       for (int j=0; j<jobs.length; j++) {
 347
 348         if (!jobs[j].submitted && jobs[j].seqs.getSeqs()!=null)
 349           StartJob(jobs[j]);
 350
 351         if (jobs[j].submitted && !jobs[j].subjobComplete) {
 352           try {
 353             if ((jobs[j].result = server.getResult(jobs[j].jobId)) == null) {
 354               throw (new Exception(
 355               "Timed out when communicating with server\nTry again later.\n"));
 356             }
 357             jalview.bin.Cache.log.debug("Job "+j+" Result state " + jobs[j].result.getState()
 358                 + "(ServerError=" + jobs[j].result.isServerError() + ")");
 359           } catch (Exception ex) {
 360             // Deal with Transaction exceptions
 361             wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum, "\n" + WebServiceName
 362                 + " Server exception!\n" + ex.getMessage());
 363             Cache.log.warn(WebServiceName + " job(" + jobs[j].jobnum
 364                 + ") Server exception: " + ex.getMessage());
 365
 366             if (jobs[j].allowedServerExceptions > 0) {
 367               jobs[j].allowedServerExceptions--;
 368               Cache.log.debug("Sleeping after a server exception.");
 369               try {
 370                 Thread.sleep(5000);
 371               }
 372               catch (InterruptedException ex1) {
 373               }
 374             } else {
 375               Cache.log.warn("Dropping job "+j+" "+jobs[j].jobId);
 376               jobs[j].subjobComplete=true;
 377               wsInfo.setStatus(jobs[j].jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 378             }
 379           }
 380           catch (OutOfMemoryError er) {
 381             jobComplete = true;
 382             jobs[j].subjobComplete=true;
 383             jobs[j].result=null; // may contain out of date result object
 384             wsInfo.setStatus(jobs[j].jobnum,
 385                 WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 386             JOptionPane
 387             .showInternalMessageDialog(
 388                 Desktop.desktop,
 389                 "Out of memory handling result for job !!"
 390                 + "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.",
 391                 "Out of memory", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 392             Cache.log.error("Out of memory when retrieving Job "+j+" id:" + WsUrl+"/"+jobs[j].jobId, er);
 393             System.gc();
 394           }
 395         }
 396         if (jobs[j].result!=null) {
 397           String progheader="";
 398           // Parse state of job[j]
 399           if (jobs[j].result.isRunning()) {
 400             running++;
 401             wsInfo.setStatus(jobs[j].jobnum,WebserviceInfo.STATE_RUNNING);
 402           } else if (jobs[j].result.isQueued()) {
 403             queuing++;
 404             wsInfo.setStatus(jobs[j].jobnum,WebserviceInfo.STATE_QUEUING);
 405           } else if (jobs[j].result.isFinished()) {
 406             finished++;
 407             jobs[j].subjobComplete = true;
 408             wsInfo.setStatus(jobs[j].jobnum,WebserviceInfo.STATE_STOPPED_OK);
 409           } else if (jobs[j].result.isFailed()) {
 410             progheader += "Job failed.\n";
 411             jobs[j].subjobComplete=true;
 412             wsInfo.setStatus(jobs[j].jobnum,WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 413             error++;
 414           } else if (jobs[j].result.isServerError()) {
 415             serror++;
 416             jobs[j].subjobComplete = true;
 417             wsInfo.setStatus(jobs[j].jobnum,WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 418           } else if (jobs[j].result.isBroken() || jobs[j].result.isFailed()) {
 419             error++;
 420             jobs[j].subjobComplete=true;
 421             wsInfo.setStatus(jobs[j].jobnum,WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 422           }
 423           // and pass on any sub-job messages to the user
 424           wsInfo.setProgressText(jobs[j].jobnum, OutputHeader);
 425           wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum, progheader);
 426           if (jobs[j].result.getStatus() != null) {
 427             wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum, jobs[j].result.getStatus());
 428           }
 429         } else {
 430           if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete) {
 431             if (jobs[j].allowedServerExceptions==0) {
 432               serror++;
 433             } else if (jobs[j].result==null) {
 434               error++;
 435             }
 436           }
 437         }
 438       }
 439       // Decide on overall state based on collected jobs[] states
 440       if (running>0) {
 441         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_RUNNING);
 442       } else if (queuing>0) {
 443         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_QUEUING);
 444       } else {
 445         jobComplete=true;
 446         if (finished>0) {
 447           wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_OK);
 448         } else if (error>0) {
 449           wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 450         } else if (serror>0) {
 451           wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 452         }
 453       }
 454       if (!jobComplete) {
 455         try {
 456           Thread.sleep(5000);
 457         }
 458         catch (InterruptedException e) {
 459           Cache.log.debug("Interrupted sleep waiting for next job poll.",e);
 460         }
 461         // System.out.println("I'm alive "+alTitle);
 462       }
 463     }
 464     if (jobComplete) {
 465       parseResult(); // tidy up and make results available to user
 466     }
 467   }
 468
 469   void StartJob(MsaWSJob j) {
 470     if (j.submitted) {
 471       if (Cache.log.isDebugEnabled()) {
 472         Cache.log.debug("Tried to submit an already submitted job "+j.jobId);
 473       }
 474       return;
 475     }
 476     if (j.seqs.getSeqs()==null) {
 477       // special case - selection consisted entirely of empty sequences...
 478       j.submitted=true;
 479       j.result=new MsaResult();
 480       j.result.setFinished(true);
 481       j.result.setStatus("Empty Alignment Job");
 482       j.result.setMsa(null);
 483     }
 484     try {
 485       vamsas.objects.simple.WsJobId jobsubmit = server.align(j.seqs);
 486
 487       if ((jobsubmit != null) && (jobsubmit.getStatus() == 1)) {
 488         j.jobId = jobsubmit.getJobId();
 489         j.submitted=true;
 490         j.subjobComplete = false;
 491         // System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");
 492       } else {
 493         if (jobsubmit == null) {
 494           throw new Exception(
 495               "Server at "
 496               + WsUrl
 497               + " returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later ?");
 498         }
 499
 500         throw new Exception(jobsubmit.getJobId());
 501       }
 502     } catch (Exception e) {
 503       // TODO: JBPNote catch timeout or other fault types explicitly
 504       // For unexpected errors
 505       System.err
 506       .println(WebServiceName
 507           + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"
 508           + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n"
 509           + e.toString() + "\n");
 510       j.allowedServerExceptions = 0;
 511       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 512       wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 513       wsInfo
 514       .appendProgressText(
 515           j.jobnum,
 516           "Failed to submit sequences for alignment.\n"
 517           + "It is most likely that there is a problem with the server.\n"
 518           + "Just close the window\n");
 519
 520       // e.printStackTrace(); // TODO: JBPNote DEBUG
 521     }
 522   }
 523
 524   private jalview.datamodel.Sequence[] getVamsasAlignment(
 525       vamsas.objects.simple.Alignment valign) {
 526     vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs = valign.getSeqs().getSeqs();
 527     jalview.datamodel.Sequence[] msa = new jalview.datamodel.Sequence[seqs.length];
 528
 529     for (int i = 0, j = seqs.length; i < j; i++) {
 530       msa[i] = new jalview.datamodel.Sequence(seqs[i].getId(), seqs[i]
 531                                                                     .getSeq());
 532     }
 533
 534     return msa;
 535   }
 536
 537   void parseResult() {
 538     try {
 539       for (int j=0; j<jobs.length; j++) {
 540         if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete) {
 541           if (jobs[j].result!=null) {
 542             vamsas.objects.simple.Alignment valign = jobs[j].result.getMsa();
 543             if (valign!= null) {
 544               wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum,"\nAlignment Object Method Notes\n");
 545               String[] lines = valign.getMethod();
 546               for (int line = 0; line < lines.length; line++) {
 547                 wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum, lines[line] + "\n");
 548               }
 549               // JBPNote The returned files from a webservice could be
 550               //  hidden behind icons in the monitor window that,
 551               // when clicked, pop up their corresponding data
 552             }
 553           }
 554         }
 555       }
 556     }
 557     catch (Exception ex) {
 558
 559       Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for "+alTitle,ex);
 560       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 561     }
 562
 563     wsInfo.showResultsNewFrame
 564     .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener() {
 565       public void actionPerformed(
 566           java.awt.event.ActionEvent evt) {
 567         displayResults(true);
 568       }
 569     });
 570     wsInfo.mergeResults
 571     .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener() {
 572       public void actionPerformed(
 573           java.awt.event.ActionEvent evt) {
 574         displayResults(false);
 575       }
 576     });
 577     wsInfo.setResultsReady();
 578   }
 579   void displayResults(boolean newFrame) {
 580     int contigs[] = input.getContigs();
 581     SeqCigar[] seqs = input.getSequences();
 582     SequenceI[] alignment = new SequenceI[seqs.length];
 583     ColumnSelection columnselection = new ColumnSelection();
 584     Vector alorders=new Vector();
 585     if (contigs != null && contigs.length > 0) {
 586       int cshift=0;
 587       int start = 0;
 588       int nwidth = 0;
 589       int j=0;
 590       for (int contig = 0; contig < contigs.length; contig += 3) {
 591         if (cshift+contigs[contig] - start > 0) {
 592           Object[] subalg =  jobs[j++].getAlignment();
 593           alorders.add(subalg[1]);
 594           SequenceI mseq[] = (SequenceI[]) subalg[0];
 595           int width = mseq[0].getLength();
 596           for (int s = 0; s < mseq.length; s++) {
 597             if (alignment[s]==null) {
 598               alignment[s] = mseq[s];
 599             } else {
 600               alignment[s].setSequence(alignment[s].getSequence()+mseq[s].getSequence());
 601               if (alignment[s].getEnd()<mseq[s].getEnd())
 602                 alignment[s].setEnd(mseq[s].getEnd());
 603               ((AlignmentOrder) subalg[1]).updateSequence(mseq[s], alignment[s]);
 604             }
 605           }
 606           nwidth+=width;
 607         }
 608         // advance to begining of visible region
 609         start = cshift+contigs[contig] + contigs[contig + 2];
 610         // add hidden segment to right of next region
 611         for (int s=0; s<seqs.length; s++) {
 612           SequenceI hseq = seqs[s].getSeq('-').getSubSequence(cshift+contigs[contig], start);
 613           if (alignment[s]==null) {
 614             alignment[s] = hseq;
 615           } else {
 616             alignment[s].setSequence(alignment[s].getSequence()+hseq.getSequence());
 617             alignment[s].setEnd(hseq.getEnd());
 618           }
 619         }
 620         // mark hidden segment as hidden in the new alignment
 621         columnselection.hideColumns(nwidth, nwidth+contigs[contig+2]-1);
 622         nwidth+=contigs[contig+2];
 623         cshift+=contigs[contig+2];
 624       }
 625       // Do final job - if it exists
 626       if (j<jobs.length) {
 627         Object[] subalg =  jobs[j].getAlignment();
 628         alorders.add(subalg[1]);
 629         SequenceI mseq[] = (SequenceI[]) subalg[0];
 630         int width = mseq[0].getLength();
 631         for (int s = 0; s < mseq.length; s++) {
 632           if (alignment[s]==null) {
 633             alignment[s] = mseq[s];
 634           } else {
 635             alignment[s].setSequence(alignment[s].getSequence()+mseq[s].getSequence());
 636             alignment[s].setEnd(mseq[s].getEnd());
 637             ((AlignmentOrder) subalg[1]).updateSequence(mseq[s], alignment[s]);
 638           }
 639         }
 640         nwidth+=width;
 641       }
 642     } else {
 643       if (jobs[0].subjobComplete && jobs[0].result!=null) {
 644         Object[] alg = jobs[0].getAlignment();
 645         alignment = (SequenceI[]) alg[0];
 646         alorders.add(alg[1]);
 647       } else {
 648         alignment = SeqCigar.createAlignmentSequences(seqs, '-', columnselection,null);
 649       }
 650     }
 651     Alignment al = new Alignment(alignment);
 652     if (dataset != null) {
 653       al.setDataset(dataset);
 654     }
 655
 656     if (newFrame) {
 657       // TODO: JBPNote Should also rename the query sequence
 658       // sometime...
 659       AlignFrame af = new AlignFrame(al,columnselection);
 660
 661       // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 662       // found!!<<<
 663       af.getFeatureRenderer().transferSettings(
 664           alignFrame.getFeatureRenderer());
 665       if (alorders.size()>0) {
 666         if (alorders.size()==1) {
 667           af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName + " Ordering",
 668               (AlignmentOrder) alorders.get(0));
 669         } else {
 670           for (int i=0,l=alorders.size(); i<l; i++) {
 671             af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName + " Region "+i+" Ordering",
 672                 (AlignmentOrder) alorders.get(i));
 673           }
 674         }
 675       }
 676
 677       Desktop.addInternalFrame(af, alTitle,
 678           AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,
 679           AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);
 680
 681     } else {
 682       System.out.println("MERGE WITH OLD FRAME");
 683
 684     }
 685   }
 686 }