src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25 import jalview.util.Platform;
  26
  27 import com.stevesoft.pat.Regex;
  28
  29 public class EmblCdsSource extends EmblXmlSource
  30 {
  31   private Regex ACCESSION_REGEX = null;
  32
  33   public EmblCdsSource()
  34   {
  35     super();
  36   }
  37
  38   @Override
  39   public String getAccessionSeparator()
  40   {
  41     return null;
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public Regex getAccessionValidator()
  46   {
  47     if (ACCESSION_REGEX == null)
  48     {
  49       ACCESSION_REGEX = Platform.newRegex("^[A-Z]+[0-9]+");
  50     }
  51     return ACCESSION_REGEX;
  52   }
  53
  54
  55   @Override
  56   public String getDbSource()
  57   {
  58     return DBRefSource.EMBLCDS;
  59   }
  60
  61   @Override
  62   public String getDbVersion()
  63   {
  64     return "0"; // TODO : this is dynamically set for a returned record - not
  65     // tied to proxy
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  70   {
  71     if (queries.indexOf(".") > -1)
  72     {
  73       queries = queries.substring(0, queries.indexOf("."));
  74     }
  75     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBLCDS, queries);
  76   }
  77
  78   @Override
  79   public boolean isValidReference(String accession)
  80   {
  81     // most embl CDS refs look like ..
  82     // TODO: improve EMBLCDS regex
  83     return (accession == null || accession.length() < 2) ? false
  84             : getAccessionValidator().search(accession);
  85   }
  86
  87   /**
  88    * cDNA for LDHA_CHICK swissprot sequence
  89    */
  90   @Override
  91   public String getTestQuery()
  92   {
  93     return "CAA37824";
  94   }
  95
  96   @Override
  97   public String getDbName()
  98   {
  99     return "EMBL (CDS)";
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public int getTier()
 104   {
 105     return 0;
 106   }
 107
 108 }