src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws.dbsources;\r
  20 \r
  21 import java.io.File;\r
  22 import java.util.Hashtable;\r
  23 import java.util.Iterator;\r
  24 import java.util.StringTokenizer;\r
  25 \r
  26 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  30 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  32 import jalview.datamodel.xdb.embl.EmblEntry;\r
  33 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;\r
  34 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  35 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;\r
  36 \r
  37 /**\r
  38  * Test class for accessing GeneDB - not yet finished.\r
  39  * @author JimP\r
  40  *\r
  41  */\r
  42 public class GeneDbSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy\r
  43 {\r
  44 \r
  45   public GeneDbSource() {\r
  46     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);\r
  47     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);\r
  48   }\r
  49   \r
  50   /* (non-Javadoc)\r
  51    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()\r
  52    */\r
  53   public String getAccessionSeparator()\r
  54   {\r
  55     // TODO Auto-generated method stub\r
  56     return null;\r
  57   }\r
  58 \r
  59   /* (non-Javadoc)\r
  60    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()\r
  61    */\r
  62   public Regex getAccessionValidator()\r
  63   {\r
  64     // TODO Auto-generated method stub\r
  65     return null;\r
  66   }\r
  67 \r
  68   /* (non-Javadoc)\r
  69    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()\r
  70    */\r
  71   public String getDbSource()\r
  72   {\r
  73     return DBRefSource.GENEDB;\r
  74   }\r
  75   /* (non-Javadoc)\r
  76    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()\r
  77    */\r
  78   public String getDbVersion()\r
  79   {\r
  80     // TODO Auto-generated method stub\r
  81     return "0";\r
  82   }\r
  83 \r
  84   /* (non-Javadoc)\r
  85    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])\r
  86    */\r
  87   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception\r
  88   {\r
  89     // query of form http://www.genedb.org/genedb/ArtemisFormHandler?id=&dest=EMBL\r
  90     // \r
  91     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.GENEDB, queries);\r
  92   }\r
  93   /* (non-Javadoc)\r
  94    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)\r
  95    */\r
  96   public boolean isValidReference(String accession)\r
  97   {\r
  98     // TODO Auto-generated method stub\r
  99     return false;\r
 100   }\r
 101 \r
 102   /**\r
 103    * return T.Brucei Mannosyl-Transferase TbPIG-M \r
 104    */\r
 105   public String getTestQuery()\r
 106   {\r
 107     return "Tb927.6.3300";\r
 108   }\r
 109 \r
 110   public String getDbName()\r
 111   {\r
 112     return "GeneDB"; // getDbSource();\r
 113   }\r
 114 }\r