src/jalview/ws/dbsources/Pdb.java

   1
   2 /*
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  */
  22 package jalview.ws.dbsources;
  23
  24 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  28 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  29 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  30 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.io.DataSourceType;
  33 import jalview.io.FileFormat;
  34 import jalview.io.FileFormatI;
  35 import jalview.io.FormatAdapter;
  36 import jalview.io.PDBFeatureSettings;
  37 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  40
  41 import java.io.File;
  42 import java.util.ArrayList;
  43 import java.util.List;
  44
  45 import com.stevesoft.pat.Regex;
  46
  47 /**
  48  * @author JimP
  49  *
  50  */
  51 public class Pdb extends EbiFileRetrievedProxy
  52 {
  53   private static final String SEPARATOR = "|";
  54
  55   private static final String COLON = ":";
  56
  57   private static final int PDB_ID_LENGTH = 4;
  58
  59   public Pdb()
  60   {
  61     super();
  62   }
  63
  64   /*
  65    * (non-Javadoc)
  66    *
  67    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  68    */
  69   @Override
  70   public String getAccessionSeparator()
  71   {
  72     return null;
  73   }
  74
  75   /*
  76    * (non-Javadoc)
  77    *
  78    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  79    */
  80   @Override
  81   public Regex getAccessionValidator()
  82   {
  83     return new Regex("([1-9][0-9A-Za-z]{3}):?([ _A-Za-z0-9]?)");
  84   }
  85
  86   /*
  87    * (non-Javadoc)
  88    *
  89    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  90    */
  91   @Override
  92   public String getDbSource()
  93   {
  94     return DBRefSource.PDB;
  95   }
  96
  97   /*
  98    * (non-Javadoc)
  99    *
 100    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
 101    */
 102   @Override
 103   public String getDbVersion()
 104   {
 105     return "0";
 106   }
 107
 108   /*
 109    * (non-Javadoc)
 110    *
 111    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
 112    */
 113   @Override
 114   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
 115   {
 116     AlignmentI pdbAlignment = null;
 117     String chain = null;
 118     String id = null;
 119     if (queries.indexOf(COLON) > -1)
 120     {
 121       chain = queries.substring(queries.indexOf(COLON) + 1);
 122       id = queries.substring(0, queries.indexOf(COLON));
 123     }
 124     else
 125     {
 126       id = queries;
 127     }
 128
 129     /*
 130      * extract chain code if it is appended to the id and we
 131      * don't already have one
 132      */
 133     if (queries.length() > PDB_ID_LENGTH && chain == null)
 134     {
 135       chain = queries.substring(PDB_ID_LENGTH, PDB_ID_LENGTH + 1);
 136       id = queries.substring(0, PDB_ID_LENGTH);
 137     }
 138
 139     if (!isValidReference(id))
 140     {
 141       System.err.println("Ignoring invalid pdb query: '" + id + "'");
 142       stopQuery();
 143       return null;
 144     }
 145
 146     /*
 147      * ensure that an mmCIF format structure file is saved with extension.cif,
 148      * because the Chimera "open" command recognises this extension
 149      */
 150     Type pdbFileFormat = StructureImportSettings
 151             .getDefaultStructureFileFormat();
 152     String ext = pdbFileFormat.getExtension();
 153     String fetchFormat = pdbFileFormat.getFormat();
 154
 155     EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 156     File tmpFile = ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, fetchFormat, ext);
 157     file = tmpFile.getAbsolutePath();
 158     stopQuery();
 159     if (file == null)
 160     {
 161       return null;
 162     }
 163     try
 164     {
 165       // todo get rid of Type and use FileFormatI instead?
 166       FileFormatI fileFormat = (pdbFileFormat == Type.PDB) ? FileFormat.PDB
 167               : FileFormat.MMCif;
 168       pdbAlignment = new FormatAdapter().readFile(file,
 169               DataSourceType.FILE, fileFormat);
 170       if (pdbAlignment != null)
 171       {
 172         List<SequenceI> toremove = new ArrayList<SequenceI>();
 173         for (SequenceI pdbcs : pdbAlignment.getSequences())
 174         {
 175           String chid = null;
 176           // Mapping map=null;
 177           for (PDBEntry pid : pdbcs.getAllPDBEntries())
 178           {
 179             if (pid.getFile() == file)
 180             {
 181               chid = pid.getChainCode();
 182
 183             }
 184           }
 185           if (chain == null
 186                   || (chid != null && (chid.equals(chain)
 187                           || chid.trim().equals(chain.trim()) || (chain
 188                           .trim().length() == 0 && chid.equals("_")))))
 189           {
 190             // FIXME seems to result in 'PDB|1QIP|1qip|A' - 1QIP is redundant.
 191             // TODO: suggest simplify naming to 1qip|A as default name defined
 192             pdbcs.setName(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB + SEPARATOR
 193                     + id + SEPARATOR + pdbcs.getName());
 194             // Might need to add more metadata to the PDBEntry object
 195             // like below
 196             /*
 197              * PDBEntry entry = new PDBEntry(); // Construct the PDBEntry
 198              * entry.setId(id); if (entry.getProperty() == null)
 199              * entry.setProperty(new Hashtable());
 200              * entry.getProperty().put("chains", pdbchain.id + "=" +
 201              * sq.getStart() + "-" + sq.getEnd());
 202              * sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
 203              */
 204             // Add PDB DB Refs
 205             // We make a DBRefEtntry because we have obtained the PDB file from
 206             // a
 207             // verifiable source
 208             // JBPNote - PDB DBRefEntry should also carry the chain and mapping
 209             // information
 210             DBRefEntry dbentry = new DBRefEntry(getDbSource(),
 211                     getDbVersion(), (chid == null ? id : id + chid));
 212             // dbentry.setMap()
 213             pdbcs.addDBRef(dbentry);
 214           }
 215           else
 216           {
 217             // mark this sequence to be removed from the alignment
 218             // - since it's not from the right chain
 219             toremove.add(pdbcs);
 220           }
 221         }
 222         // now remove marked sequences
 223         for (SequenceI pdbcs : toremove)
 224         {
 225           pdbAlignment.deleteSequence(pdbcs);
 226           if (pdbcs.getAnnotation() != null)
 227           {
 228             for (AlignmentAnnotation aa : pdbcs.getAnnotation())
 229             {
 230               pdbAlignment.deleteAnnotation(aa);
 231             }
 232           }
 233         }
 234       }
 235
 236       if (pdbAlignment == null || pdbAlignment.getHeight() < 1)
 237       {
 238         throw new Exception(MessageManager.formatMessage(
 239                 "exception.no_pdb_records_for_chain", new String[] { id,
 240                     ((chain == null) ? "' '" : chain) }));
 241       }
 242
 243     } catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file
 244     {
 245       stopQuery();
 246       throw (ex);
 247     }
 248     return pdbAlignment;
 249   }
 250
 251   /*
 252    * (non-Javadoc)
 253    *
 254    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
 255    */
 256   @Override
 257   public boolean isValidReference(String accession)
 258   {
 259     Regex r = getAccessionValidator();
 260     return r.search(accession.trim());
 261   }
 262
 263   /**
 264    * human glyoxalase
 265    */
 266   @Override
 267   public String getTestQuery()
 268   {
 269     return "1QIP";
 270   }
 271
 272   @Override
 273   public String getDbName()
 274   {
 275     return "PDB"; // getDbSource();
 276   }
 277
 278   @Override
 279   public int getTier()
 280   {
 281     return 0;
 282   }
 283
 284   /**
 285    * Returns a descriptor for suitable feature display settings with
 286    * <ul>
 287    * <li>ResNums or insertions features visible</li>
 288    * <li>insertions features coloured red</li>
 289    * <li>ResNum features coloured by label</li>
 290    * <li>Insertions displayed above (on top of) ResNums</li>
 291    * </ul>
 292    */
 293   @Override
 294   public FeatureSettingsModelI getFeatureColourScheme()
 295   {
 296     return new PDBFeatureSettings();
 297   }
 298 }