src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java

   1 /**\r
   2  * \r
   3  */\r
   4 package jalview.ws.dbsources;\r
   5 \r
   6 import java.io.File;\r
   7 import java.io.IOException;\r
   8 import java.util.Enumeration;\r
   9 import java.util.Hashtable;\r
  10 import java.util.Vector;\r
  11 \r
  12 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
  13 \r
  14 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  15 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  16 import jalview.datamodel.DBRefEntry;\r
  17 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  18 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  19 import jalview.datamodel.SequenceFeature;\r
  20 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  21 import jalview.datamodel.UniprotEntry;\r
  22 import jalview.io.FormatAdapter;\r
  23 import jalview.io.IdentifyFile;\r
  24 import jalview.ws.DBRefFetcher;\r
  25 import jalview.ws.EBIFetchClient;\r
  26 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  27 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;\r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * @author JimP\r
  31  * \r
  32  */\r
  33 public class Uniprot extends DbSourceProxyImpl implements DbSourceProxy\r
  34 {\r
  35   public Uniprot() {\r
  36     super();\r
  37     addDbSourceProperty(DBRefSource.SEQDB, DBRefSource.SEQDB);\r
  38     addDbSourceProperty(DBRefSource.PROTSEQDB);\r
  39     addDbSourceProperty(DBRefSource.MULTIACC);\r
  40   }\r
  41 \r
  42   /*\r
  43    * (non-Javadoc)\r
  44    * \r
  45    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()\r
  46    */\r
  47   public String getAccessionSeparator()\r
  48   {\r
  49     return ";";\r
  50   }\r
  51 \r
  52   /*\r
  53    * (non-Javadoc)\r
  54    * \r
  55    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()\r
  56    */\r
  57   public Regex getAccessionValidator()\r
  58   {\r
  59     return null;\r
  60   }\r
  61 \r
  62   /*\r
  63    * (non-Javadoc)\r
  64    * \r
  65    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()\r
  66    */\r
  67   public String getDbSource()\r
  68   {\r
  69     return DBRefSource.UNIPROT;\r
  70   }\r
  71 \r
  72   /*\r
  73    * (non-Javadoc)\r
  74    * \r
  75    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()\r
  76    */\r
  77   public String getDbVersion()\r
  78   {\r
  79     return "0"; // we really don't know what version we're on.\r
  80   }\r
  81 \r
  82   private EBIFetchClient ebi = null;\r
  83 \r
  84   /*\r
  85    * (non-Javadoc)\r
  86    * \r
  87    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])\r
  88    */\r
  89   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception\r
  90   {\r
  91     startQuery();\r
  92     try\r
  93     {\r
  94       Alignment al=null;\r
  95       ebi = new EBIFetchClient();\r
  96       StringBuffer result=new StringBuffer();\r
  97       File file = ebi.fetchDataAsFile("uniprot:" + queries, "xml", null);\r
  98       DBRefFetcher dbref = new DBRefFetcher();\r
  99       Vector entries = dbref.getUniprotEntries(file);\r
 100 \r
 101       if (entries != null)\r
 102       {\r
 103         // First, make the new sequences\r
 104         Enumeration en = entries.elements();\r
 105         while (en.hasMoreElements())\r
 106         {\r
 107           UniprotEntry entry = (UniprotEntry) en.nextElement();\r
 108 \r
 109           StringBuffer name = new StringBuffer(">UniProt/Swiss-Prot");\r
 110           Enumeration en2 = entry.getAccession().elements();\r
 111           while (en2.hasMoreElements())\r
 112           {\r
 113             name.append("|");\r
 114             name.append(en2.nextElement());\r
 115           }\r
 116           en2 = entry.getName().elements();\r
 117           while (en2.hasMoreElements())\r
 118           {\r
 119             name.append("|");\r
 120             name.append(en2.nextElement());\r
 121           }\r
 122 \r
 123           if (entry.getProtein() != null)\r
 124           {\r
 125             name.append(" " + entry.getProtein().getName().elementAt(0));\r
 126           }\r
 127 \r
 128           result.append(name + "\n"\r
 129                   + entry.getUniprotSequence().getContent() + "\n");\r
 130 \r
 131         }\r
 132 \r
 133         // Then read in the features and apply them to the dataset\r
 134         al = parseResult(result.toString());\r
 135         if (al!=null)\r
 136         {\r
 137           // Decorate the alignment with database entries.\r
 138           addUniprotXrefs(al, entries);\r
 139         } else {\r
 140           results = result;\r
 141         }\r
 142       }\r
 143       stopQuery();\r
 144       return al;\r
 145     } catch (Exception e)\r
 146     {\r
 147       stopQuery();\r
 148       throw(e);\r
 149     }\r
 150   }\r
 151 \r
 152   /**\r
 153    * add an ordered set of UniprotEntry objects to an ordered set of seuqences.\r
 154    * \r
 155    * @param al -\r
 156    *          a sequence of n sequences\r
 157    * @param entries\r
 158    *          a seuqence of n uniprot entries to be analysed.\r
 159    */\r
 160   public void addUniprotXrefs(Alignment al, Vector entries)\r
 161   {\r
 162     for (int i = 0; i < entries.size(); i++)\r
 163     {\r
 164       UniprotEntry entry = (UniprotEntry) entries.elementAt(i);\r
 165       Enumeration e = entry.getDbReference().elements();\r
 166       Vector onlyPdbEntries = new Vector();\r
 167       while (e.hasMoreElements())\r
 168       {\r
 169         PDBEntry pdb = (PDBEntry) e.nextElement();\r
 170         if (!pdb.getType().equals("PDB"))\r
 171         {\r
 172           continue;\r
 173         }\r
 174 \r
 175         onlyPdbEntries.addElement(pdb);\r
 176       }\r
 177       SequenceI sq = al.getSequenceAt(i);\r
 178       while (sq.getDatasetSequence()!=null)\r
 179       {\r
 180         sq = sq.getDatasetSequence();\r
 181       }\r
 182 \r
 183       Enumeration en2 = entry.getAccession().elements();\r
 184       while (en2.hasMoreElements())\r
 185       {\r
 186         sq.addDBRef(\r
 187                 new DBRefEntry(getDbSource(), getDbVersion(), en2.nextElement()\r
 188                         .toString()));\r
 189       }\r
 190       sq.setPDBId(onlyPdbEntries);\r
 191       if (entry.getFeature() != null)\r
 192       {\r
 193         e = entry.getFeature().elements();\r
 194         while (e.hasMoreElements())\r
 195         {\r
 196           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 197           sf.setFeatureGroup("Uniprot");\r
 198           sq.addSequenceFeature(sf);\r
 199         }\r
 200       }\r
 201     }\r
 202   }\r
 203 \r
 204   /*\r
 205    * (non-Javadoc)\r
 206    * \r
 207    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)\r
 208    */\r
 209   public boolean isValidReference(String accession)\r
 210   {\r
 211     return true;\r
 212   }\r
 213   /**\r
 214    * return LDHA_CHICK uniprot entry\r
 215    */\r
 216   public String getTestQuery()\r
 217   {\r
 218     return "P00340";\r
 219   }\r
 220 }\r