src/jalview/ws/jws2/JPredClient.java

   1 package jalview.ws.jws2;
   2
   3 import javax.swing.JMenuItem;
   4
   5 import jalview.analysis.SeqsetUtils;
   6 import jalview.bin.Cache;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9 import jalview.gui.AlignFrame;
  10 import jalview.ws.WSClient;
  11 import jalview.ws.WSMenuEntryProviderI;
  12 import jalview.ws.api.JPredServiceI;
  13 import jalview.ws.api.ServiceWithParameters;
  14
  15 public class JPredClient extends WSClient
  16 {
  17   JPredServiceI server;
  18
  19   public JPredClient(ServiceWithParameters sh, String title,
  20       AlignmentView alView, AlignFrame alFrame, boolean viewOnly)
  21   {
  22     server = (JPredServiceI) sh.getEndpoint();
  23     wsInfo = setWebService(sh, false);
  24     startClient(title, alView, alFrame, viewOnly);
  25   }
  26
  27   private void startClient(String title, AlignmentView view,
  28       AlignFrame frame, boolean viewOnly)
  29   {
  30     var msf = view.getSequences();
  31     var seq = msf[0].getSeq('-');
  32     int[] delMap = null;
  33     if (viewOnly)
  34       delMap = view.getVisibleContigMapFor(seq.gapMap());
  35     var aln = new SequenceI[msf.length];
  36     for (int i = 0; i < msf.length; i++)
  37     {
  38       aln[i] = msf[i].getSeq('-');
  39     }
  40     var sequenceInfo = msf.length > 1 ? SeqsetUtils.uniquify(aln, true)
  41             : SeqsetUtils.SeqCharacterHash(seq);
  42     if (viewOnly)
  43     {
  44       String seqs[] = view.getSequenceStrings('-');
  45       for (int i = 0; i < msf.length; i++)
  46         aln[i].setSequence(seqs[i]);
  47       seq.setSequence(seqs[0]);
  48     }
  49     var thread = new JPredThread(wsInfo, title, server, sequenceInfo, aln,
  50         delMap, view, frame, WsURL);
  51     wsInfo.setthisService(thread);
  52     wsInfo.setVisible(true);
  53     thread.start();
  54   }
  55
  56   // sh parameter should be moved to the WSMenuEntryProvider interface
  57   public static WSMenuEntryProviderI getMenuEntryProvider(ServiceWithParameters sh)
  58   {
  59     return (menu, frame) -> {
  60       final JMenuItem mi = new JMenuItem(sh.getName());
  61       mi.setToolTipText(sh.getHostURL());
  62       mi.addActionListener((event) -> {
  63         var view = frame.gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();
  64         new JPredClient(sh, frame.getTitle(), view, frame, true);
  65       });
  66       menu.add(mi);
  67     };
  68   }
  69 }