src/jalview/ws/jws2/JPredClient.java

   1 package jalview.ws.jws2;
   2
   3 import javax.swing.JMenuItem;
   4
   5 import jalview.analysis.SeqsetUtils;
   6 import jalview.bin.Cache;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9 import jalview.gui.AlignFrame;
  10 import jalview.ws.WSClient;
  11 import jalview.ws.WSMenuEntryProviderI;
  12 import jalview.ws.api.JPredMutlipleAlignmentServiceI;
  13 import jalview.ws.api.ServiceWithParameters;
  14
  15 public class JPredClient extends WSClient
  16 {
  17   JPredMutlipleAlignmentServiceI server;
  18
  19   public JPredClient(ServiceWithParameters sh, String title,
  20       AlignmentView alView, AlignFrame alFrame, boolean viewOnly)
  21   {
  22     server = (JPredMutlipleAlignmentServiceI) sh.getEndpoint();
  23     wsInfo = setWebService(sh, false);
  24     startClient(title, alView, alFrame, viewOnly);
  25   }
  26
  27   private void startClient(String title, AlignmentView view,
  28       AlignFrame frame, boolean viewOnly)
  29   {
  30     var msf = view.getSequences();
  31     var seq = msf[0].getSeq('-');
  32     if (msf.length <= 1)
  33       throw new RuntimeException("You need more than one sequence.");
  34     var aln = new SequenceI[msf.length];
  35     for (int i = 0; i < msf.length; i++)
  36     {
  37       aln[i] = msf[i].getSeq('-');
  38     }
  39     int[] delMap = viewOnly ?
  40       view.getVisibleContigMapFor(seq.gapMap()) : null;
  41     var sequenceInfo = SeqsetUtils.uniquify(aln, true);
  42     var thread = new JPredThread(wsInfo, title, server, sequenceInfo, aln,
  43         delMap, view, frame, WsURL);
  44     wsInfo.setthisService(thread);
  45     wsInfo.setVisible(true);
  46     thread.start();
  47   }
  48
  49   // sh parameter should be moved to the WSMenuEntryProvider interface
  50   public static WSMenuEntryProviderI getMenuEntryProvider(ServiceWithParameters sh)
  51   {
  52     return (menu, frame) -> {
  53       final JMenuItem mi = new JMenuItem(sh.getName());
  54       mi.setToolTipText(sh.getHostURL());
  55       mi.addActionListener((event) -> {
  56         var view = frame.gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();
  57         if (view.getSequences().length > 1)
  58         {
  59           new JPredClient(sh, frame.getTitle(), view, frame, true);
  60         }
  61         else
  62         {
  63           Cache.log.error("Single sequence not supported");
  64         }
  65       });
  66       menu.add(mi);
  67     };
  68   }
  69 }