src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
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  17  */
  18 package jalview.ws.jws2;
  19
  20 import jalview.api.AlignViewportI;
  21 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  22 import jalview.gui.AlignFrame;
  23 import jalview.workers.AlignCalcWorker;
  24 import jalview.ws.jws2.dm.AAConSettings;
  25 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  26 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import compbio.data.msa.SequenceAnnotation;
  31 import compbio.metadata.Argument;
  32
  33 public abstract class JabawsAlignCalcWorker extends JabawsCalcWorker
  34 {
  35
  36   public JabawsAlignCalcWorker(AlignViewportI alignViewport,
  37           AlignmentViewPanel alignPanel)
  38   {
  39     super(alignViewport, alignPanel);
  40   }
  41
  42
  43
  44
  45   public JabawsAlignCalcWorker(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  46           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  47   {
  48     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  49   }
  50
  51
  52
  53
  54   /**
  55    * Recover any existing parameters for this service
  56    */
  57   protected void initViewportParams()
  58   {
  59     ((jalview.gui.AlignViewport) alignViewport).setCalcIdSettingsFor(
  60             getCalcId(),
  61             new AAConSettings(true, service, this.preset,
  62                     (arguments != null) ? JabaParamStore
  63                             .getJwsArgsfromJaba(arguments) : null), true);
  64   }
  65
  66   /**
  67    *
  68    * @return
  69    */
  70   public abstract String getCalcId();
  71
  72
  73
  74
  75   @Override
  76   public void updateParameters(WsParamSetI newpreset, java.util.List<Argument> newarguments)
  77   {
  78     super.updateParameters(newpreset, newarguments);
  79     initViewportParams();
  80   }
  81 }