src/jalview/ws/jws2/JabawsCalcWorker.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.datamodel.Annotation;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignFrame;
  27 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  28 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  29
  30 import java.util.Iterator;
  31 import java.util.List;
  32
  33 import compbio.data.msa.SequenceAnnotation;
  34 import compbio.data.sequence.Score;
  35 import compbio.data.sequence.ScoreManager;
  36 import compbio.metadata.Argument;
  37 import compbio.metadata.ChunkHolder;
  38 import compbio.metadata.JobStatus;
  39 import compbio.metadata.JobSubmissionException;
  40 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;
  41 import compbio.metadata.WrongParameterException;
  42
  43 public abstract class JabawsCalcWorker extends AbstractJabaCalcWorker
  44 {
  45
  46   @SuppressWarnings("unchecked")
  47   protected SequenceAnnotation aaservice;
  48
  49   protected ScoreManager scoremanager;
  50
  51   public JabawsCalcWorker(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  52           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  53   {
  54     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  55     aaservice = (SequenceAnnotation) service.service;
  56   }
  57
  58   @Override
  59   ChunkHolder pullExecStatistics(String rslt, long rpos)
  60   {
  61     return aaservice.pullExecStatistics(rslt, rpos);
  62   }
  63
  64   @Override
  65   boolean collectAnnotationResultsFor(String rslt)
  66           throws ResultNotAvailableException
  67   {
  68     scoremanager = aaservice.getAnnotation(rslt);
  69     if (scoremanager != null)
  70     {
  71       return true;
  72     }
  73     return false;
  74   }
  75
  76   @Override
  77   boolean cancelJob(String rslt) throws Exception
  78   {
  79     return aaservice.cancelJob(rslt);
  80   }
  81
  82   @Override
  83   protected JobStatus getJobStatus(String rslt) throws Exception
  84   {
  85     return aaservice.getJobStatus(rslt);
  86   }
  87
  88   @Override
  89   boolean hasService()
  90   {
  91     return aaservice != null;
  92   }
  93
  94   @Override
  95   protected boolean isInteractiveUpdate()
  96   {
  97     return this instanceof AAConClient;
  98   }
  99
 100   @Override
 101   protected String submitToService(
 102           List<compbio.data.sequence.FastaSequence> seqs)
 103           throws JobSubmissionException
 104   {
 105     String rslt;
 106     if (preset == null && arguments == null)
 107     {
 108       rslt = aaservice.analize(seqs);
 109     }
 110     else
 111     {
 112       try
 113       {
 114         rslt = aaservice.customAnalize(seqs, getJabaArguments());
 115       } catch (WrongParameterException x)
 116       {
 117         throw new JobSubmissionException(
 118                 "Invalid parameter set. Check Jalview implementation.", x);
 119
 120       }
 121     }
 122     return rslt;
 123   }
 124
 125   protected void createAnnotationRowsForScores(
 126           List<AlignmentAnnotation> ourAnnot, String calcId, int alWidth,
 127           Score scr)
 128   {
 129     // simple annotation row
 130     AlignmentAnnotation annotation = alignViewport.getAlignment()
 131             .findOrCreateAnnotation(scr.getMethod(), calcId, true, null,
 132                     null);
 133     if (alWidth == gapMap.length) // scr.getScores().size())
 134     {
 135       constructAnnotationFromScore(annotation, 0, alWidth, scr);
 136       ourAnnot.add(annotation);
 137     }
 138   }
 139
 140   protected AlignmentAnnotation createAnnotationRowsForScores(
 141           List<AlignmentAnnotation> ourAnnot, String typeName,
 142           String calcId, SequenceI dseq, int base, Score scr)
 143   {
 144     System.out.println("Creating annotation on dseq:" + dseq.getStart()
 145             + " base is " + base + " and length=" + dseq.getLength()
 146             + " == " + scr.getScores().size());
 147     // AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 148     // scr.getMethod(), typeName, new Annotation[]
 149     // {}, 0, -1, AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH);
 150     // annotation.setCalcId(calcId);
 151     AlignmentAnnotation annotation = alignViewport.getAlignment()
 152             .findOrCreateAnnotation(typeName, calcId, false, dseq, null);
 153     constructAnnotationFromScore(annotation, 0, dseq.getLength(), scr);
 154     annotation.createSequenceMapping(dseq, base, false);
 155     annotation.adjustForAlignment();
 156     dseq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 157     ourAnnot.add(annotation);
 158     return annotation;
 159   }
 160
 161   private void constructAnnotationFromScore(AlignmentAnnotation annotation,
 162           int base, int alWidth, Score scr)
 163   {
 164     Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
 165     Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator();
 166     float m = 0f, x = 0f;
 167     for (int i = 0; vals.hasNext(); i++)
 168     {
 169       float val = vals.next().floatValue();
 170       if (i == 0)
 171       {
 172         m = val;
 173         x = val;
 174       }
 175       else
 176       {
 177         if (m > val)
 178         {
 179           m = val;
 180         }
 181         ;
 182         if (x < val)
 183         {
 184           x = val;
 185         }
 186       }
 187       // if we're at a gapped column then skip to next ungapped position
 188       if (gapMap != null && gapMap.length > 0)
 189       {
 190         while (!gapMap[i])
 191         {
 192           elm[i++] = new Annotation("", "", ' ', Float.NaN);
 193         }
 194       }
 195       elm[i] = new Annotation("", "" + val, ' ', val);
 196     }
 197
 198     annotation.annotations = elm;
 199     annotation.belowAlignment = true;
 200     if (x < 0)
 201     {
 202       x = 0;
 203     }
 204     x += (x - m) * 0.1;
 205     annotation.graphMax = x;
 206     annotation.graphMin = m;
 207     annotation.validateRangeAndDisplay();
 208   }
 209
 210 }