src/jalview/ws/jws2/MsaWSThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.ws.jws2;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import compbio.data.msa.MsaWS;
  23 import compbio.data.sequence.AlignmentMetadata;
  24 import compbio.data.sequence.Program;
  25 import compbio.metadata.Argument;
  26 import compbio.metadata.ChunkHolder;
  27 import compbio.metadata.JobStatus;
  28 import compbio.metadata.Preset;
  29
  30 import jalview.analysis.*;
  31 import jalview.bin.*;
  32 import jalview.datamodel.*;
  33 import jalview.gui.*;
  34 import jalview.ws.AWsJob;
  35 import jalview.ws.WSClientI;
  36 import jalview.ws.JobStateSummary;
  37
  38 /**
  39  * <p>
  40  * Title:
  41  * </p>
  42  *
  43  * <p>
  44  * Description:
  45  * </p>
  46  *
  47  * <p>
  48  * Copyright: Copyright (c) 2004
  49  * </p>
  50  *
  51  * <p>
  52  * Company: Dundee University
  53  * </p>
  54  *
  55  * @author not attributable
  56  * @version 1.0
  57  */
  58 class MsaWSThread extends AWS2Thread implements WSClientI
  59 {
  60   boolean submitGaps = false; // pass sequences including gaps to alignment
  61
  62   // service
  63
  64   boolean preserveOrder = true; // and always store and recover sequence
  65
  66   // order
  67
  68   class MsaWSJob extends JWs2Job
  69   {
  70     long lastChunk=0;
  71     Preset preset=null;
  72     List<Argument> arguments =  null;
  73     /**
  74      * input
  75      */
  76     ArrayList<compbio.data.sequence.FastaSequence> seqs = new ArrayList<compbio.data.sequence.FastaSequence>();
  77     /**
  78      * output
  79      */
  80     compbio.data.sequence.Alignment alignment;
  81     // set if the job didn't get run - then the input is simply returned to the user
  82     private boolean returnInput=false;
  83
  84     /**
  85      * MsaWSJob
  86      *
  87      * @param jobNum
  88      *          int
  89      * @param jobId
  90      *          String
  91      */
  92     public MsaWSJob(int jobNum, SequenceI[] inSeqs)
  93     {
  94       this.jobnum = jobNum;
  95       if (!prepareInput(inSeqs, 2))
  96       {
  97         submitted = true;
  98         subjobComplete = true;
  99         returnInput = true;
 100       }
 101
 102     }
 103
 104     Hashtable<String,Map> SeqNames = new Hashtable();
 105
 106     Vector<String[]> emptySeqs = new Vector();
 107
 108     /**
 109      * prepare input sequences for MsaWS service
 110      *
 111      * @param seqs
 112      *          jalview sequences to be prepared
 113      * @param minlen
 114      *          minimum number of residues required for this MsaWS service
 115      * @return true if seqs contains sequences to be submitted to service.
 116      */
 117     // TODO: return compbio.seqs list or nothing to indicate validity.
 118     private boolean prepareInput(SequenceI[] seqs, int minlen)
 119     {
 120       int nseqs = 0;
 121       if (minlen < 0)
 122       {
 123         throw new Error(
 124                 "Implementation error: minlen must be zero or more.");
 125       }
 126       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 127       {
 128         if (seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)
 129         {
 130           nseqs++;
 131         }
 132       }
 133       boolean valid = nseqs > 1; // need at least two seqs
 134       compbio.data.sequence.FastaSequence seq;
 135       for (int i = 0, n = 0; i < seqs.length; i++)
 136       {
 137
 138         String newname = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name(i); // same
 139         // for
 140         // any
 141         // subjob
 142         SeqNames.put(newname, jalview.analysis.SeqsetUtils
 143                 .SeqCharacterHash(seqs[i]));
 144         if (valid && seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)
 145         {
 146           // make new input sequence with or without gaps
 147           seq = new compbio.data.sequence.FastaSequence(newname,
 148                   (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString()
 149                   : AlignSeq.extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars,
 150                           seqs[i].getSequenceAsString()));
 151           this.seqs.add(seq);
 152         }
 153         else
 154         {
 155           String empty = null;
 156           if (seqs[i].getEnd() >= seqs[i].getStart())
 157           {
 158             empty = (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString() : AlignSeq
 159                     .extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars, seqs[i]
 160                             .getSequenceAsString());
 161           }
 162           emptySeqs.add(new String[]
 163           { newname, empty });
 164         }
 165       }
 166       return valid;
 167     }
 168
 169     /**
 170      *
 171      * @return true if getAlignment will return a valid alignment result.
 172      */
 173     public boolean hasResults()
 174     {
 175       if (subjobComplete && isFinished() && (alignment!=null || (emptySeqs!=null && emptySeqs.size()>0)))
 176       {
 177         return true;
 178       }
 179       return false;
 180     }
 181
 182     /**
 183      *
 184      * get the alignment including any empty sequences in the original order with original ids. Caller must access the alignment.getMetadata() object to annotate the final result passsed to the user.
 185      * @return { SequenceI[], AlignmentOrder }
 186      */
 187     public Object[] getAlignment()
 188     {
 189       // is this a generic subjob or a Jws2 specific Object[] return signature
 190       if (hasResults())
 191       {
 192         SequenceI[] alseqs = null;
 193         char alseq_gapchar = '-';
 194         int alseq_l = 0;
 195         if (alignment.getSequences().size()>0)
 196         {
 197           alseqs = new SequenceI[alignment.getSequences().size()];
 198           for (compbio.data.sequence.FastaSequence seq: alignment.getSequences())
 199           {
 200             alseqs[alseq_l++] = new Sequence(seq.getId(),seq.getSequence());
 201           }
 202           alseq_gapchar = alignment.getMetadata().getGapchar();
 203
 204         }
 205         // add in the empty seqs.
 206         if (emptySeqs.size() > 0)
 207         {
 208           SequenceI[] t_alseqs = new SequenceI[alseq_l + emptySeqs.size()];
 209           // get width
 210           int i, w = 0;
 211           if (alseq_l > 0)
 212           {
 213             for (i = 0, w = alseqs[0].getLength(); i < alseq_l; i++)
 214             {
 215               if (w < alseqs[i].getLength())
 216               {
 217                 w = alseqs[i].getLength();
 218               }
 219               t_alseqs[i] = alseqs[i];
 220               alseqs[i] = null;
 221             }
 222           }
 223           // check that aligned width is at least as wide as emptySeqs width.
 224           int ow = w, nw = w;
 225           for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)
 226           {
 227             String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);
 228             if (es != null && es[1] != null)
 229             {
 230               int sw = es[1].length();
 231               if (nw < sw)
 232               {
 233                 nw = sw;
 234               }
 235             }
 236           }
 237           // make a gapped string.
 238           StringBuffer insbuff = new StringBuffer(w);
 239           for (i = 0; i < nw; i++)
 240           {
 241             insbuff.append(alseq_gapchar);
 242           }
 243           if (ow < nw)
 244           {
 245             for (i = 0; i < alseq_l; i++)
 246             {
 247               int sw = t_alseqs[i].getLength();
 248               if (nw > sw)
 249               {
 250                 // pad at end
 251                 alseqs[i].setSequence(t_alseqs[i].getSequenceAsString()
 252                         + insbuff.substring(0, sw - nw));
 253               }
 254             }
 255           }
 256           for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)
 257           {
 258             String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);
 259             if (es[1] == null)
 260             {
 261               t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(es[0],
 262                       insbuff.toString(), 1, 0);
 263             }
 264             else
 265             {
 266               if (es[1].length() < nw)
 267               {
 268                 t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(
 269                         es[0],
 270                         es[1] + insbuff.substring(0, nw - es[1].length()),
 271                         1, 1 + es[1].length());
 272               }
 273               else
 274               {
 275                 t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(
 276                         es[0], es[1]);
 277               }
 278             }
 279           }
 280           alseqs = t_alseqs;
 281         }
 282         AlignmentOrder msaorder = new AlignmentOrder(alseqs);
 283         // always recover the order - makes parseResult()'s life easier.
 284         jalview.analysis.AlignmentSorter.recoverOrder(alseqs);
 285         // account for any missing sequences
 286         jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs);
 287         return new Object[]
 288         { alseqs, msaorder };
 289       }
 290       return null;
 291     }
 292
 293     /**
 294      * mark subjob as cancelled and set result object appropriatly
 295      */
 296     void cancel()
 297     {
 298       cancelled = true;
 299       subjobComplete = true;
 300       alignment = null;
 301     }
 302
 303     /**
 304      *
 305      * @return boolean true if job can be submitted.
 306      */
 307     public boolean hasValidInput()
 308     {
 309       // TODO: get attributes for this MsaWS instance to check if it can do two sequence alignment.
 310       if (seqs != null && seqs.size()>=2) // two or more sequences is valid ?
 311       {
 312         return true;
 313       }
 314       return false;
 315     }
 316     StringBuffer jobProgress=new StringBuffer();
 317     public void setStatus(String string)
 318     {
 319       jobProgress.setLength(0);
 320       jobProgress.append(string);
 321     }
 322
 323     @Override
 324     public String getStatus()
 325     {
 326       return jobProgress.toString();
 327     }
 328
 329     @Override
 330     public boolean hasStatus()
 331     {
 332       return jobProgress!=null;
 333     }
 334
 335     /**
 336      * @return the lastChunk
 337      */
 338     public long getLastChunk()
 339     {
 340       return lastChunk;
 341     }
 342
 343     /**
 344      * @param lastChunk the lastChunk to set
 345      */
 346     public void setLastChunk(long lastChunk)
 347     {
 348       this.lastChunk = lastChunk;
 349     }
 350
 351     String alignmentProgram=null;
 352     public String getAlignmentProgram()
 353     {
 354       return alignmentProgram;
 355     }
 356
 357   }
 358
 359   String alTitle; // name which will be used to form new alignment window.
 360
 361   Alignment dataset; // dataset to which the new alignment will be
 362
 363   // associated.
 364
 365   @SuppressWarnings("unchecked")
 366   MsaWS server = null;
 367
 368   /**
 369    * set basic options for this (group) of Msa jobs
 370    *
 371    * @param subgaps
 372    *          boolean
 373    * @param presorder
 374    *          boolean
 375    */
 376   MsaWSThread(MsaWS server, String wsUrl,
 377           WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,
 378           AlignmentView alview, String wsname, boolean subgaps,
 379           boolean presorder)
 380   {
 381     super(alFrame, wsinfo, alview, wsname, wsUrl);
 382     this.server = server;
 383     this.submitGaps = subgaps;
 384     this.preserveOrder = presorder;
 385   }
 386
 387   /**
 388    * create one or more Msa jobs to align visible seuqences in _msa
 389    *
 390    * @param title
 391    *          String
 392    * @param _msa
 393    *          AlignmentView
 394    * @param subgaps
 395    *          boolean
 396    * @param presorder
 397    *          boolean
 398    * @param seqset
 399    *          Alignment
 400    */
 401   MsaWSThread(MsaWS server2, Preset preset, List<Argument> paramset, String wsUrl,
 402           WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,
 403           String wsname, String title, AlignmentView _msa, boolean subgaps,
 404           boolean presorder, Alignment seqset)
 405   {
 406     this(server2,wsUrl, wsinfo, alFrame, _msa, wsname, subgaps, presorder);
 407     OutputHeader = wsInfo.getProgressText();
 408     alTitle = title;
 409     dataset = seqset;
 410
 411     SequenceI[][] conmsa = _msa.getVisibleContigs('-');
 412     if (conmsa != null)
 413     {
 414       int njobs = conmsa.length;
 415       jobs = new MsaWSJob[njobs];
 416       for (int j = 0; j < njobs; j++)
 417       {
 418         if (j != 0)
 419         {
 420           jobs[j] = new MsaWSJob(wsinfo.addJobPane(), conmsa[j]);
 421         }
 422         else
 423         {
 424           jobs[j] = new MsaWSJob(0, conmsa[j]);
 425         }
 426         ((MsaWSJob) jobs[j]).preset = preset;
 427         ((MsaWSJob) jobs[j]).arguments = paramset;
 428         ((MsaWSJob) jobs[j]).alignmentProgram = wsname;
 429         if (njobs > 0)
 430         {
 431           wsinfo
 432                   .setProgressName("region " + jobs[j].getJobnum(),
 433                           jobs[j].getJobnum());
 434         }
 435         wsinfo.setProgressText(jobs[j].getJobnum(), OutputHeader);
 436       }
 437     }
 438   }
 439
 440   public boolean isCancellable()
 441   {
 442     return true;
 443   }
 444
 445   public void cancelJob()
 446   {
 447     if (!jobComplete && jobs != null)
 448     {
 449       boolean cancelled = true;
 450       for (int job = 0; job < jobs.length; job++)
 451       {
 452         if (jobs[job].isSubmitted() && !jobs[job].isSubjobComplete())
 453         {
 454           String cancelledMessage = "";
 455           try
 456           {
 457             boolean cancelledJob = server
 458                     .cancelJob(jobs[job].getJobId());
 459             if (cancelledJob)
 460             {
 461               // CANCELLED_JOB
 462               cancelledMessage = "Job cancelled.";
 463               ((MsaWSJob) jobs[job]).cancel(); // TODO: refactor to avoid this ugliness -
 464               wsInfo.setStatus(jobs[job].getJobnum(),
 465                       WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 466             }
 467             else
 468             {
 469               // VALID UNSTOPPABLE JOB
 470               cancelledMessage += "Server cannot cancel this job. just close the window.\n";
 471               cancelled = false;
 472               // wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,
 473               // WebserviceInfo.STATE_RUNNING);
 474             }
 475           } catch (Exception exc)
 476           {
 477             cancelledMessage += ("\nProblems cancelling the job : Exception received...\n"
 478                     + exc + "\n");
 479             Cache.log.warn(
 480                     "Exception whilst cancelling " + jobs[job].getJobId(), exc);
 481           }
 482           wsInfo.setProgressText(jobs[job].getJobnum(), OutputHeader
 483                   + cancelledMessage + "\n");
 484         }
 485       }
 486       if (cancelled)
 487       {
 488         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 489         jobComplete = true;
 490       }
 491       this.interrupt(); // kick thread to update job states.
 492     }
 493     else
 494     {
 495       if (!jobComplete)
 496       {
 497         wsInfo
 498                 .setProgressText(OutputHeader
 499                         + "Server cannot cancel this job because it has not been submitted properly. just close the window.\n");
 500       }
 501     }
 502   }
 503
 504   public void pollJob(AWsJob job) throws Exception
 505   {
 506     // TODO: investigate if we still need to cast here in J1.6
 507     MsaWSJob j=((MsaWSJob) job);
 508     // this is standard code, but since the interface doesn't comprise of a basic one that implements (getJobStatus, pullExecStatistics) we have to repeat the code for all jw2s services.
 509     j.setjobStatus(server.getJobStatus(job.getJobId()));
 510     updateJobProgress(j);
 511   }
 512   protected void updateJobProgress(MsaWSJob j) throws Exception {
 513     StringBuffer response = j.jobProgress;
 514     long lastchunk = j.getLastChunk();
 515     do {
 516       j.setLastChunk(lastchunk);
 517       ChunkHolder chunk = server.pullExecStatistics(j.getJobId(), lastchunk);
 518       if (chunk!=null) {
 519         response.append(chunk.getChunk());
 520         lastchunk = chunk.getNextPosition();
 521       };
 522     } while (lastchunk>=0 && j.getLastChunk()!=lastchunk);
 523   }
 524
 525   public void StartJob(AWsJob job)
 526   {
 527     // boiler plate template
 528     if (!(job instanceof MsaWSJob))
 529     {
 530       throw new Error("StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance "
 531               + job.getClass());
 532     }
 533     MsaWSJob j = (MsaWSJob) job;
 534     if (j.isSubmitted())
 535     {
 536       if (Cache.log.isDebugEnabled())
 537       {
 538         Cache.log.debug("Tried to submit an already submitted job "
 539                 + j.getJobId());
 540       }
 541       return;
 542     }
 543     // end boilerplate
 544
 545     if (j.seqs == null || j.seqs.size()==0)
 546     {
 547       // special case - selection consisted entirely of empty sequences...
 548       j.setjobStatus(JobStatus.FINISHED);
 549       j.setStatus("Empty Alignment Job");
 550     }
 551     try
 552     {
 553       // TODO: get the parameters (if any) for this job and submit the job
 554       if (j.arguments!=null && j.arguments.size()>0)
 555       {
 556         StringBuffer pset = new StringBuffer();
 557         for (Argument arg: j.arguments) {
 558           pset.append(arg.getName()+" "+arg.getDefaultValue()+"\n");
 559         }
 560         j.setStatus("Custom Parameters:\n"+pset.toString()+"\nJob Output:\n");
 561         j.setJobId(server.customAlign(j.seqs, j.arguments));
 562       } else
 563         if (j.preset!=null)
 564         {
 565           j.setJobId(server.presetAlign(j.seqs, j.preset));
 566         } else {
 567                 j.setJobId(server.align(j.seqs));
 568         }
 569
 570       if (j.getJobId()!= null)
 571       {
 572         j.setSubmitted(true);
 573         j.setSubjobComplete(false);
 574         // System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");
 575       }
 576       else
 577       {
 578         throw new Exception(
 579                   "Server at "
 580                           + WsUrl
 581                           + " returned null string for job id, it probably cannot be contacted. Try again later ?");
 582         }
 583     } catch (Exception e)
 584     {
 585       // Boilerplate code here
 586       // TODO: JBPNote catch timeout or other fault types explicitly
 587       // For unexpected errors
 588       System.err
 589               .println(WebServiceName
 590                       + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"
 591                       + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n");
 592       e.printStackTrace(System.err);
 593       j.setAllowedServerExceptions(0);
 594       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 595       wsInfo.setStatus(j.getJobnum(), WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 596       wsInfo
 597               .appendProgressText(
 598                       j.getJobnum(),
 599                       "Failed to submit sequences for alignment.\n"
 600                               + "It is most likely that there is a problem with the server.\n"
 601                               + "Just close the window\n");
 602
 603       // e.printStackTrace(); // TODO: JBPNote DEBUG
 604     }
 605   }
 606
 607
 608   public void parseResult()
 609   {
 610     int results = 0; // number of result sets received
 611     JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();
 612     try
 613     {
 614       for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
 615       {
 616         MsaWSJob msjob = ((MsaWSJob) jobs[j]);
 617         if (jobs[j].isFinished() && msjob.alignment==null)
 618         {
 619           try {
 620             updateJobProgress(msjob);
 621           } catch (Exception e)
 622           {
 623             Cache.log.warn("Exception when retrieving remaining Job progress data for job "+msjob.getJobId()+" on server "+WsUrl);
 624             e.printStackTrace();
 625           }
 626           if (Cache.log.isDebugEnabled())
 627           {
 628             System.out.println("Job Execution file for job: "+msjob.getJobId()+" on server "+WsUrl);
 629             System.out.println(msjob.getStatus());
 630             System.out.println("*** End of status");
 631
 632           }
 633           try {
 634             msjob.alignment = server.getResult(msjob.getJobId());
 635           }
 636           catch (Exception e)
 637           {
 638             Cache.log.error("Couldn't get Alignment for job.",e);
 639           }
 640         }
 641         finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);
 642         if (jobs[j].isSubmitted() && jobs[j].isSubjobComplete()
 643                 && jobs[j].hasResults())
 644         {
 645           results++;
 646           compbio.data.sequence.Alignment alignment = ((MsaWSJob) jobs[j]).alignment;
 647           if (alignment != null)
 648           {
 649             wsInfo.appendProgressText(jobs[j].getJobnum(),
 650                     "\nAlignment Object Method Notes\n");
 651             wsInfo.appendProgressText(jobs[j].getJobnum(), "Calculated with "+alignment.getMetadata().getProgram().toString());
 652             // JBPNote The returned files from a webservice could be
 653             // hidden behind icons in the monitor window that,
 654             // when clicked, pop up their corresponding data
 655           }
 656         }
 657       }
 658     } catch (Exception ex)
 659     {
 660
 661       Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for "
 662               + alTitle, ex);
 663       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 664     }
 665     if (results > 0)
 666     {
 667       wsInfo.showResultsNewFrame
 668               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 669               {
 670                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)
 671                 {
 672                   displayResults(true);
 673                 }
 674               });
 675       wsInfo.mergeResults
 676               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 677               {
 678                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)
 679                 {
 680                   displayResults(false);
 681                 }
 682               });
 683       wsInfo.setResultsReady();
 684     }
 685     else
 686     {
 687       wsInfo.setFinishedNoResults();
 688     }
 689   }
 690
 691   void displayResults(boolean newFrame)
 692   {
 693     // view input or result data for each block
 694     Vector alorders = new Vector();
 695     SequenceI[][] results = new SequenceI[jobs.length][];
 696     AlignmentOrder[] orders = new AlignmentOrder[jobs.length];
 697     String lastProgram = null;
 698     MsaWSJob msjob;
 699     for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
 700     {
 701       if (jobs[j].hasResults())
 702       {
 703         msjob = (MsaWSJob)jobs[j];
 704         Object[] res = msjob.getAlignment();
 705         lastProgram = msjob.getAlignmentProgram();
 706         alorders.add(res[1]);
 707         results[j] = (SequenceI[]) res[0];
 708         orders[j] = (AlignmentOrder) res[1];
 709
 710         // SequenceI[] alignment = input.getUpdated
 711       }
 712       else
 713       {
 714         results[j] = null;
 715       }
 716     }
 717     Object[] newview = input.getUpdatedView(results, orders, getGapChar());
 718     // trash references to original result data
 719     for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
 720     {
 721       results[j] = null;
 722       orders[j] = null;
 723     }
 724     SequenceI[] alignment = (SequenceI[]) newview[0];
 725     ColumnSelection columnselection = (ColumnSelection) newview[1];
 726     Alignment al = new Alignment(alignment);
 727     // TODO: add 'provenance' property to alignment from the method notes
 728     if (lastProgram!=null) {
 729       al.setProperty("Alignment Program", lastProgram);
 730     }
 731     // accompanying each subjob
 732     if (dataset != null)
 733     {
 734       al.setDataset(dataset);
 735     }
 736
 737     propagateDatasetMappings(al);
 738     // JBNote- TODO: warn user if a block is input rather than aligned data ?
 739
 740     if (newFrame)
 741     {
 742       AlignFrame af = new AlignFrame(al, columnselection,
 743               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 744
 745       // initialise with same renderer settings as in parent alignframe.
 746       af.getFeatureRenderer().transferSettings(this.featureSettings);
 747       // update orders
 748       if (alorders.size() > 0)
 749       {
 750         if (alorders.size() == 1)
 751         {
 752           af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName + " Ordering",
 753                   (AlignmentOrder) alorders.get(0));
 754         }
 755         else
 756         {
 757           // construct a non-redundant ordering set
 758           Vector names = new Vector();
 759           for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)
 760           {
 761             String orderName = new String(" Region " + i);
 762             int j = i + 1;
 763
 764             while (j < l)
 765             {
 766               if (((AlignmentOrder) alorders.get(i))
 767                       .equals(((AlignmentOrder) alorders.get(j))))
 768               {
 769                 alorders.remove(j);
 770                 l--;
 771                 orderName += "," + j;
 772               }
 773               else
 774               {
 775                 j++;
 776               }
 777             }
 778
 779             if (i == 0 && j == 1)
 780             {
 781               names.add(new String(""));
 782             }
 783             else
 784             {
 785               names.add(orderName);
 786             }
 787           }
 788           for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)
 789           {
 790             af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName
 791                     + ((String) names.get(i)) + " Ordering",
 792                     (AlignmentOrder) alorders.get(i));
 793           }
 794         }
 795       }
 796
 797       Desktop.addInternalFrame(af, alTitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 798               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 799
 800     }
 801     else
 802     {
 803       System.out.println("MERGE WITH OLD FRAME");
 804       // TODO: modify alignment in original frame, replacing old for new
 805       // alignment using the commands.EditCommand model to ensure the update can
 806       // be undone
 807     }
 808   }
 809
 810   public boolean canMergeResults()
 811   {
 812     return false;
 813   }
 814 }