src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.dm;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24 import jalview.ws.api.ServiceWithParameters;
  25 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  26 import jalview.ws.jws2.JabaPreset;
  27 import jalview.ws.jws2.ParameterUtils;
  28 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  29 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  30 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  31
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.List;
  34
  35 import compbio.metadata.Argument;
  36 import compbio.metadata.Option;
  37
  38 /**
  39  * preferences for running AACon service
  40  *
  41  * @author jprocter TODO: refactor to a generic 'last job and service run'
  42  *         container ?
  43  */
  44 public class AAConSettings extends jalview.ws.params.AutoCalcSetting
  45 {
  46   ServiceWithParameters service;
  47
  48   public AAConSettings(boolean autoUpdate, ServiceWithParameters service2,
  49           WsParamSetI preset, List<ArgumentI> jobArgset)
  50   {
  51     super(preset, jobArgset, autoUpdate);
  52     this.service = service2;
  53   }
  54
  55   public ServiceWithParameters getService()
  56   {
  57     return service;
  58   }
  59
  60   public void setService(Jws2Instance service)
  61   {
  62     this.service = service;
  63     if (preset != null)
  64     {
  65       // migrate preset to new service
  66       for (String url : preset.getApplicableUrls())
  67       {
  68         if (url.equals(service.getUri()))
  69         {
  70           return;
  71         }
  72       }
  73       WsParamSetI pr = service.getParamStore().getPreset(preset.getName());
  74       if (pr instanceof JabaPreset && preset instanceof JabaPreset)
  75       {
  76         // easy - Presets are identical (we assume)
  77         preset = pr;
  78         return;
  79       }
  80       List<ArgumentI> oldargs = new ArrayList<>(),
  81               newargs = new ArrayList<>();
  82       oldargs.addAll(preset.getArguments());
  83       // need to compare parameters
  84       for (ArgumentI newparg : pr.getArguments())
  85       {
  86         if (!oldargs.remove(newparg))
  87         {
  88           newargs.add(newparg);
  89         }
  90       }
  91       if (oldargs.size() == 0 && newargs.size() == 0)
  92       {
  93         // exact match.
  94         preset = pr;
  95         return;
  96       }
  97       // Try even harder to migrate arguments.
  98       throw new Error(MessageManager
  99               .getString("error.parameter_migration_not_implemented_yet"));
 100     }
 101   }
 102
 103   public List<Argument> getJobArgset()
 104   {
 105     return jobArgset == null ? null
 106             : JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 107   }
 108
 109   public void setJobArgset(List<Argument> jobArgset)
 110   {
 111     // TODO: test if parameters valid for service
 112     this.jobArgset = jobArgset == null ? null
 113             : JabaParamStore.getJwsArgsfromJaba(jobArgset);
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public String getWsParamFile()
 118   {
 119     List<Option> opts = null;
 120     if (jobArgset != null)
 121     {
 122       opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 123     }
 124     else
 125     {
 126       if (preset != null)
 127       {
 128         opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(preset.getArguments());
 129       }
 130     }
 131     if (opts == null || opts.size() == 0)
 132     {
 133       return "";
 134     }
 135     StringBuffer pset = new StringBuffer();
 136     for (String ps : ParameterUtils.writeParameterSet(opts, " "))
 137     {
 138       pset.append(ps);
 139       pset.append("\n");
 140     }
 141     return pset.toString();
 142   }
 143
 144   @Override
 145   public String getServiceURI()
 146   {
 147     return service.getNameURI();
 148   }
 149
 150   @Override
 151   public String[] getServiceURLs()
 152   {
 153     return new String[] { service.getUri() };
 154   }
 155 }