src/jalview/ws/jws2/dm/AAConSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.dm;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24 import jalview.ws.jws2.JabaParamStore;
  25 import jalview.ws.jws2.JabaPreset;
  26 import jalview.ws.jws2.ParameterUtils;
  27 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  28 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  29 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  30
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.List;
  33
  34 import compbio.metadata.Argument;
  35 import compbio.metadata.Option;
  36
  37 /**
  38  * preferences for running AACon service
  39  *
  40  * @author jprocter TODO: refactor to a generic 'last job and service run'
  41  *         container ?
  42  */
  43 public class AAConSettings extends jalview.ws.params.AutoCalcSetting
  44 {
  45   Jws2Instance service;
  46
  47   public AAConSettings(boolean autoUpdate, Jws2Instance service,
  48           WsParamSetI preset, List<ArgumentI> jobArgset)
  49   {
  50     super(preset, jobArgset, autoUpdate);
  51     this.service = service;
  52   }
  53
  54   public Jws2Instance getService()
  55   {
  56     return service;
  57   }
  58
  59   public void setService(Jws2Instance service)
  60   {
  61     this.service = service;
  62     if (preset != null)
  63     {
  64       // migrate preset to new service
  65       for (String url : preset.getApplicableUrls())
  66       {
  67         if (url.equals(service.getUri()))
  68         {
  69           return;
  70         }
  71       }
  72       WsParamSetI pr = service.getParamStore().getPreset(preset.getName());
  73       if (pr instanceof JabaPreset && preset instanceof JabaPreset)
  74       {
  75         // easy - Presets are identical (we assume)
  76         preset = pr;
  77         return;
  78       }
  79       List<ArgumentI> oldargs = new ArrayList<>(),
  80               newargs = new ArrayList<>();
  81       oldargs.addAll(preset.getArguments());
  82       // need to compare parameters
  83       for (ArgumentI newparg : pr.getArguments())
  84       {
  85         if (!oldargs.remove(newparg))
  86         {
  87           newargs.add(newparg);
  88         }
  89       }
  90       if (oldargs.size() == 0 && newargs.size() == 0)
  91       {
  92         // exact match.
  93         preset = pr;
  94         return;
  95       }
  96       // Try even harder to migrate arguments.
  97       throw new Error(MessageManager
  98               .getString("error.parameter_migration_not_implemented_yet"));
  99     }
 100   }
 101
 102   public List<Argument> getJobArgset()
 103   {
 104     return jobArgset == null ? null
 105             : JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 106   }
 107
 108   public void setJobArgset(List<Argument> jobArgset)
 109   {
 110     // TODO: test if parameters valid for service
 111     this.jobArgset = jobArgset == null ? null
 112             : JabaParamStore.getJwsArgsfromJaba(jobArgset);
 113   }
 114
 115   @Override
 116   public String getWsParamFile()
 117   {
 118     List<Option> opts = null;
 119     if (jobArgset != null)
 120     {
 121       opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(jobArgset);
 122     }
 123     else
 124     {
 125       if (preset != null)
 126       {
 127         opts = JabaParamStore.getJabafromJwsArgs(preset.getArguments());
 128       }
 129     }
 130     if (opts == null || opts.size() == 0)
 131     {
 132       return "";
 133     }
 134     StringBuffer pset = new StringBuffer();
 135     for (String ps : ParameterUtils.writeParameterSet(opts, " "))
 136     {
 137       pset.append(ps);
 138       pset.append("\n");
 139     }
 140     return pset.toString();
 141   }
 142
 143   @Override
 144   public String getServiceURI()
 145   {
 146     return service.getNameURI();
 147   }
 148
 149   @Override
 150   public String[] getServiceURLs()
 151   {
 152     return new String[] { service.getUri() };
 153   }
 154 }