src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.jabaws2;
  22
  23 import jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText;
  24
  25 import java.util.HashMap;
  26 import java.util.HashSet;
  27
  28 import compbio.data.msa.JABAService;
  29
  30 public class Jws2InstanceFactory
  31 {
  32   private static HashMap<String, AlignAnalysisUIText> aaConGUI;
  33
  34   private static HashSet<String> ignoreGUI;
  35
  36   private static String category_rewrite(String cat_name)
  37   {
  38     return (cat_name != null && cat_name.equals("Prediction"))
  39             ? "Secondary Structure Prediction"
  40             : cat_name;
  41   }
  42
  43   private static void init()
  44   {
  45     if (aaConGUI == null)
  46     {
  47       aaConGUI = new HashMap<>();
  48       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.AAConWS.toString(),
  49               AAConClient.getAlignAnalysisUIText());
  50       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.RNAalifoldWS.toString(),
  51               RNAalifoldClient.getAlignAnalysisUIText());
  52       // ignore list for JABAWS services not supported in jalview ...
  53       ignoreGUI = new HashSet<>();
  54     }
  55   }
  56
  57   /**
  58    * exclusion list to avoid creating GUI elements for services we don't fully
  59    * support
  60    *
  61    * @param serviceType
  62    * @return
  63    */
  64   public static boolean ignoreService(String serviceType)
  65   {
  66     init();
  67     return (ignoreGUI.contains(serviceType.toString()));
  68   }
  69
  70   /**
  71    * construct a service instance and configure it with any additional
  72    * properties needed so Jalview can access it correctly
  73    *
  74    * @param jwsservers
  75    * @param serviceType
  76    * @param name
  77    * @param description
  78    * @param service
  79    * @return
  80    */
  81   public static Jws2Instance newJws2Instance(String jwsservers,
  82           String serviceType, String name, String description,
  83           JABAService service)
  84   {
  85     init();
  86     Jws2Instance svc = new Jws2Instance(jwsservers, serviceType,
  87             category_rewrite(name), description, service);
  88     svc.setAlignAnalysisUI(aaConGUI.get(serviceType.toString()));
  89     return svc;
  90   }
  91
  92 }