src/jalview/ws/rest/RestClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.rest;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  25 import jalview.gui.AlignFrame;
  26 import jalview.gui.AlignViewport;
  27 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  28 import jalview.gui.Desktop;
  29 import jalview.gui.JvOptionPane;
  30 import jalview.gui.WebserviceInfo;
  31 import jalview.io.packed.DataProvider.JvDataType;
  32 import jalview.util.MessageManager;
  33 import jalview.ws.WSClient;
  34 import jalview.ws.WSClientI;
  35 import jalview.ws.WSMenuEntryProviderI;
  36
  37 import java.awt.event.ActionEvent;
  38 import java.awt.event.ActionListener;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Vector;
  41
  42 import javax.swing.JMenu;
  43 import javax.swing.JMenuItem;
  44 import javax.swing.event.MenuEvent;
  45 import javax.swing.event.MenuListener;
  46
  47 /**
  48  * @author JimP
  49  *
  50  */
  51 public class RestClient extends WSClient implements WSClientI,
  52         WSMenuEntryProviderI
  53 {
  54   RestServiceDescription service;
  55
  56   public RestClient(RestServiceDescription rsd)
  57   {
  58     service = rsd;
  59   }
  60
  61   /**
  62    * parent alignframe for this job
  63    */
  64   AlignFrame af;
  65
  66   /**
  67    * alignment view which provides data for job.
  68    */
  69   AlignViewport av;
  70
  71   /**
  72    * get the alignFrame for the associated input data if it exists.
  73    *
  74    * @return
  75    */
  76   protected AlignFrame recoverAlignFrameForView()
  77   {
  78     return jalview.gui.Desktop.getAlignFrameFor(av);
  79   }
  80
  81   public RestClient(RestServiceDescription service2, AlignFrame alignFrame)
  82   {
  83     this(service2, alignFrame, false);
  84   }
  85
  86   boolean headless = false;
  87
  88   public RestClient(RestServiceDescription service2, AlignFrame alignFrame,
  89           boolean nogui)
  90   {
  91     service = service2;
  92     af = alignFrame;
  93     av = alignFrame.getViewport();
  94     headless = nogui;
  95     constructJob();
  96   }
  97
  98   public void setWebserviceInfo(boolean headless)
  99   {
 100     WebServiceJobTitle = MessageManager.formatMessage(
 101             "label.webservice_job_title", new String[] {
 102                 service.details.Action, service.details.Name });
 103     WebServiceName = service.details.Name;
 104     WebServiceReference = "No reference - go to url for more info";
 105     if (service.details.description != null)
 106     {
 107       WebServiceReference = service.details.description;
 108     }
 109     if (!headless)
 110     {
 111       wsInfo = new WebserviceInfo(WebServiceJobTitle, WebServiceName + "\n"
 112               + WebServiceReference, true);
 113       wsInfo.setRenderAsHtml(true);
 114     }
 115
 116   }
 117
 118   @Override
 119   public boolean isCancellable()
 120   {
 121     // TODO define process for cancelling rsbws jobs
 122     return false;
 123   }
 124
 125   @Override
 126   public boolean canMergeResults()
 127   {
 128     // TODO process service definition to identify if the results might be
 129     // mergeable
 130     // TODO: change comparison for annotation merge
 131     return false;
 132   }
 133
 134   @Override
 135   public void cancelJob()
 136   {
 137     System.err.println("Cannot cancel this job type: " + service);
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public void attachWSMenuEntry(final JMenu wsmenu,
 142           final AlignFrame alignFrame)
 143   {
 144     JMenuItem submit = new JMenuItem(service.details.Name);
 145     submit.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
 146             "label.rest_client_submit", new String[] {
 147                 service.details.Action, service.details.Name }));
 148     submit.addActionListener(new ActionListener()
 149     {
 150
 151       @Override
 152       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 153       {
 154         new RestClient(service, alignFrame);
 155       }
 156
 157     });
 158     wsmenu.add(submit);
 159     // TODO: menu listener should enable/disable entry depending upon selection
 160     // state of the alignment
 161     wsmenu.addMenuListener(new MenuListener()
 162     {
 163
 164       @Override
 165       public void menuSelected(MenuEvent e)
 166       {
 167         // TODO Auto-generated method stub
 168
 169       }
 170
 171       @Override
 172       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 173       {
 174         // TODO Auto-generated method stub
 175
 176       }
 177
 178       @Override
 179       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 180       {
 181         // TODO Auto-generated method stub
 182
 183       }
 184
 185     });
 186
 187   }
 188
 189   /**
 190    * record of initial undoredo hash for the alignFrame providing data for this
 191    * job.
 192    */
 193   long[] undoredo = null;
 194
 195   /**
 196    * Compare the original input data to the data currently presented to the
 197    * user. // LOGIC: compare undo/redo - if same, merge regardless (coping with
 198    * any changes in hidden columns as normal) // if different undo/redo then
 199    * compare region that was submitted // if same, then merge as before, if
 200    * different then prompt user to open a new window.
 201    *
 202    * @return
 203    */
 204   protected boolean isAlignmentModified()
 205   {
 206     if (undoredo == null || av == null || av.getAlignment() == null)
 207     {
 208       // always return modified if we don't have access to live GUI elements
 209       // anymore.
 210       return true;
 211     }
 212     if (av.isUndoRedoHashModified(undoredo))
 213     {
 214       // alignment has been modified in some way.
 215       return true;
 216     }
 217     // TODO: look deeper into modification of selection state, etc that may
 218     // affect RestJobThread.realiseResults(boolean merge);
 219     return false;
 220
 221   }
 222
 223   /**
 224    * TODO: combine to form a dataset+alignment+annotation context
 225    */
 226   AlignmentView _input;
 227
 228   /**
 229    * input data context
 230    */
 231   jalview.io.packed.JalviewDataset jds;
 232
 233   /**
 234    * informative name for results
 235    */
 236   public String viewTitle;
 237
 238   protected void constructJob()
 239   {
 240     service.setInvolvesFlags();
 241     // record all aspects of alignment view so we can merge back or recreate
 242     // later
 243     undoredo = av.getUndoRedoHash();
 244     /**
 245      * delete ? Vector sgs = av.getAlignment().getGroups(); if (sgs!=null) {
 246      * _sgs = new SequenceGroup[sgs.size()]; sgs.copyInto(_sgs); } else { _sgs =
 247      * new SequenceGroup[0]; }
 248      */
 249     boolean selExists = (av.getSelectionGroup() != null)
 250             && (av.getSelectionGroup().getSize() > 1);
 251     // TODO: JAL-715: refactor to alignViewport methods and revise to full
 252     // focus+context+dataset input data staging model
 253     if (selExists)
 254     {
 255       if (service.partitiondata)
 256       {
 257         if (av.getAlignment().getGroups() != null
 258                 && av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 259         {
 260           // intersect groups with selected region
 261           _input = new AlignmentView(av.getAlignment(),
 262  av.getAlignment()
 263                   .getHiddenColumns(), av.getSelectionGroup(),
 264                   av.hasHiddenColumns(), true, true);
 265           viewTitle = MessageManager.formatMessage(
 266                   "label.select_visible_region_of",
 267                   new String[] {
 268                       (av.hasHiddenColumns() ? MessageManager
 269                               .getString("label.visible") : ""),
 270                       af.getTitle() });
 271         }
 272         else
 273         {
 274           // use selected region to partition alignment
 275           _input = new AlignmentView(av.getAlignment(),
 276  av.getAlignment()
 277                   .getHiddenColumns(), av.getSelectionGroup(),
 278                   av.hasHiddenColumns(), false, true);
 279         }
 280         viewTitle = MessageManager.formatMessage(
 281                 "label.select_unselect_visible_regions_from",
 282                 new String[] {
 283                     (av.hasHiddenColumns() ? MessageManager
 284                             .getString("label.visible") : ""),
 285                     af.getTitle() });
 286       }
 287       else
 288       {
 289         // just take selected region intersection
 290         _input = new AlignmentView(av.getAlignment(),
 291  av.getAlignment()
 292                 .getHiddenColumns(), av.getSelectionGroup(),
 293                 av.hasHiddenColumns(), true, true);
 294         viewTitle = MessageManager.formatMessage(
 295                 "label.select_visible_region_of",
 296                 new String[] {
 297                     (av.hasHiddenColumns() ? MessageManager
 298                             .getString("label.visible") : ""),
 299                     af.getTitle() });
 300       }
 301     }
 302     else
 303     {
 304       // standard alignment view without selection present
 305       _input = new AlignmentView(av.getAlignment(),
 306  av.getAlignment()
 307               .getHiddenColumns(), null, av.hasHiddenColumns(), false,
 308               true);
 309       viewTitle = ""
 310               + (av.hasHiddenColumns() ? (new StringBuffer(" ")
 311                       .append(MessageManager
 312                               .getString("label.visible_region_of"))
 313                       .toString()) : "") + af.getTitle();
 314     }
 315
 316     RestJobThread jobsthread = new RestJobThread(this);
 317
 318     if (jobsthread.isValid())
 319     {
 320       setWebserviceInfo(headless);
 321       if (!headless)
 322       {
 323         wsInfo.setthisService(this);
 324         jobsthread.setWebServiceInfo(wsInfo);
 325       }
 326       jobsthread.start();
 327     }
 328     else
 329     {
 330       // TODO: try to tell the user why the job couldn't be started.
 331       JvOptionPane
 332               .showMessageDialog(
 333                       Desktop.desktop,
 334                       (jobsthread.hasWarnings() ? jobsthread.getWarnings()
 335                               : MessageManager
 336                                       .getString("label.job_couldnt_be_started_check_input")),
 337                       MessageManager
 338                               .getString("label.unable_start_web_service_analysis"),
 339                       JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 340     }
 341   }
 342
 343   public static RestClient makeShmmrRestClient()
 344   {
 345     String action = "Analysis", description = "Sequence Harmony and Multi-Relief (Brandt et al. 2010)", name = MessageManager
 346             .getString("label.multiharmony");
 347     Hashtable<String, InputType> iparams = new Hashtable<String, InputType>();
 348     jalview.ws.rest.params.JobConstant toolp;
 349     // toolp = new jalview.ws.rest.JobConstant("tool","jalview");
 350     // iparams.put(toolp.token, toolp);
 351     // toolp = new jalview.ws.rest.params.JobConstant("mbjob[method]","shmr");
 352     // iparams.put(toolp.token, toolp);
 353     // toolp = new
 354     // jalview.ws.rest.params.JobConstant("mbjob[description]","step 1");
 355     // iparams.put(toolp.token, toolp);
 356     // toolp = new jalview.ws.rest.params.JobConstant("start_search","1");
 357     // iparams.put(toolp.token, toolp);
 358     // toolp = new jalview.ws.rest.params.JobConstant("blast","0");
 359     // iparams.put(toolp.token, toolp);
 360
 361     jalview.ws.rest.params.Alignment aliinput = new jalview.ws.rest.params.Alignment();
 362     // SHMR server has a 65K limit for content pasted into the 'ali' parameter,
 363     // so we always upload our files.
 364     aliinput.token = "ali_file";
 365     aliinput.writeAsFile = true;
 366     iparams.put(aliinput.token, aliinput);
 367     jalview.ws.rest.params.SeqGroupIndexVector sgroups = new jalview.ws.rest.params.SeqGroupIndexVector();
 368     sgroups.setMinsize(2);
 369     sgroups.min = 2;// need at least two group defined to make a partition
 370     iparams.put("groups", sgroups);
 371     sgroups.token = "groups";
 372     sgroups.sep = " ";
 373     RestServiceDescription shmrService = new RestServiceDescription(
 374             action,
 375             description,
 376             name,
 377             "http://zeus.few.vu.nl/programs/shmrwww/index.php?tool=jalview",// ?tool=jalview&mbjob[method]=shmr&mbjob[description]=step1",
 378             "?tool=jalview", iparams, true, false, '-');
 379     // a priori knowledge of the data returned from the service
 380     shmrService.addResultDatatype(JvDataType.ANNOTATION);
 381     return new RestClient(shmrService);
 382   }
 383
 384   public AlignmentPanel recoverAlignPanelForView()
 385   {
 386     AlignmentPanel[] aps = Desktop
 387             .getAlignmentPanels(av.getSequenceSetId());
 388     for (AlignmentPanel alp : aps)
 389     {
 390       if (alp.av == av)
 391       {
 392         return alp;
 393       }
 394     }
 395     return null;
 396   }
 397
 398   public boolean isShowResultsInNewView()
 399   {
 400     // TODO make this a property of the service
 401     return true;
 402   }
 403
 404   protected static Vector<String> services = null;
 405
 406   public static final String RSBS_SERVICES = "RSBS_SERVICES";
 407
 408   public static RestClient[] getRestClients()
 409   {
 410     if (services == null)
 411     {
 412       services = new Vector<String>();
 413       try
 414       {
 415         for (RestServiceDescription descr : RestServiceDescription
 416                 .parseDescriptions(jalview.bin.Cache.getDefault(
 417                         RSBS_SERVICES,
 418                         makeShmmrRestClient().service.toString())))
 419         {
 420           services.add(descr.toString());
 421         }
 422       } catch (Exception ex)
 423       {
 424         System.err
 425                 .println("Serious - RSBS descriptions in user preferences are corrupt!");
 426         ex.printStackTrace();
 427       }
 428
 429     }
 430     RestClient[] lst = new RestClient[services.size()];
 431     int i = 0;
 432     for (String svc : services)
 433     {
 434       lst[i++] = new RestClient(new RestServiceDescription(svc));
 435     }
 436     return lst;
 437   }
 438
 439   public String getAction()
 440   {
 441     return service.details.Action;
 442   }
 443
 444   public RestServiceDescription getRestDescription()
 445   {
 446     return service;
 447   }
 448
 449   public static Vector<String> getRsbsDescriptions()
 450   {
 451     Vector<String> rsbsDescrs = new Vector<String>();
 452     for (RestClient rsbs : getRestClients())
 453     {
 454       rsbsDescrs.add(rsbs.getRestDescription().toString());
 455     }
 456     return rsbsDescrs;
 457   }
 458
 459   public static void setRsbsServices(Vector<String> rsbsUrls)
 460   {
 461     if (rsbsUrls != null)
 462     {
 463       // TODO: consider validating services ?
 464       services = new Vector<String>(rsbsUrls);
 465       StringBuffer sprop = new StringBuffer();
 466       for (String s : services)
 467       {
 468         sprop.append(s);
 469       }
 470       Cache.setProperty(RSBS_SERVICES, sprop.toString());
 471     }
 472     else
 473     {
 474       Cache.removeProperty(RSBS_SERVICES);
 475     }
 476   }
 477
 478 }