src/jalview/ws/rest/params/SeqGroupIndexVector.java

   1 package jalview.ws.rest.params;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 import jalview.ws.rest.AlignmentProcessor;
   7 import jalview.ws.rest.InputType;
   8 import jalview.ws.rest.NoValidInputDataException;
   9 import jalview.ws.rest.RestJob;
  10 import jalview.ws.rest.InputType.molType;
  11
  12 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  13 import java.util.ArrayList;
  14 import java.util.Vector;
  15
  16 import org.apache.http.entity.mime.content.ContentBody;
  17 import org.apache.http.entity.mime.content.StringBody;
  18
  19 /**
  20  * Represents the partitions defined on the alignment as indices
  21  * e.g. for a partition (A,B,C),(D,E),(F)
  22  * The indices would be 3,2,1. Note, the alignment must be ordered so groups are contiguous before this input type can be used.
  23  * @author JimP
  24  *
  25  */
  26 public class SeqGroupIndexVector extends InputType implements AlignmentProcessor{
  27   public SeqGroupIndexVector()
  28   {
  29     super(new Class[] { AlignmentI.class} );
  30   }
  31   /**
  32    * separator for list of sequence Indices - default is ','
  33    */
  34   public String sep=",";
  35   molType type;
  36   /**
  37    * prepare the context alignment for this input
  38    * @param al - alignment to be processed
  39    * @return al or a new alignment with appropriate attributes/order for input
  40    */
  41   public AlignmentI prepareAlignment(AlignmentI al)
  42   {
  43     jalview.analysis.AlignmentSorter.sortByGroup(al);
  44     return al;
  45   }
  46   @Override
  47   public ContentBody formatForInput(RestJob rj) throws UnsupportedEncodingException, NoValidInputDataException
  48   {
  49     StringBuffer idvector = new StringBuffer();
  50     boolean list=false;
  51     AlignmentI al = rj.getAlignmentForInput(token, type);
  52     // assume that alignment is properly ordered so groups form consecutive blocks
  53     ArrayList<int[]> gl = new ArrayList<int[]>();
  54     for (SequenceGroup sg : (Vector<SequenceGroup>)al.getGroups())
  55     {
  56       // TODO: refactor to sequenceGroup for efficiency - getAlignmentRowInterval(AlignmentI al)
  57       int[] se=null;
  58       for (SequenceI sq: sg.getSequencesInOrder(al))
  59       {
  60         int p = al.findIndex(sq);
  61         if (se==null)
  62         {
  63           se=new int[] { p, p};
  64         }
  65         else {
  66           if (p<se[0])
  67             se[0]=p;
  68           if (p>se[1])
  69             se[1]=p;
  70         }
  71       }
  72       if (se!=null)
  73       {
  74         gl.add(se);
  75       }
  76     }
  77     int[][] vals = gl.toArray(new int[gl.size()][]);
  78     int[] srt = new int[gl.size()];
  79     for (int i=0;i<vals.length;i++)
  80       srt[i]=vals[i][0];
  81     jalview.util.QuickSort.sort(srt, vals);
  82     list=false;
  83     int last=vals[0][0]-1;
  84     for (int[] range:vals)
  85     {
  86       if (range[1]>last) {
  87         if (list)
  88       {
  89         idvector.append(sep);
  90       }
  91       idvector.append(range[1]-last);
  92       last=range[1];
  93       list=true;
  94       }
  95     }
  96     return new StringBody(idvector.toString());
  97   }
  98
  99 }