src/jalview/ws/slivkaws/SlivkaJPredServiceInstance.java

   1 package jalview.ws.slivkaws;
   2
   3 import java.io.IOError;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.util.Collection;
   6 import java.util.List;
   7
   8 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   9 import jalview.datamodel.SequenceI;
  10 import jalview.io.DataSourceType;
  11 import jalview.io.JPredFile;
  12 import jalview.ws.api.JPredServiceI;
  13 import jalview.ws.api.JobId;
  14 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  15 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.RemoteFile;
  16 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.SlivkaClient;
  17 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.SlivkaService;
  18
  19 public class SlivkaJPredServiceInstance extends SlivkaWSInstance
  20     implements JPredServiceI
  21 {
  22
  23   private class InputFormatParameter implements ArgumentI
  24   {
  25     String value = "";
  26
  27     @Override
  28     public String getName()
  29     {
  30       return "format";
  31     }
  32
  33     @Override
  34     public String getValue()
  35     {
  36       return value;
  37     }
  38
  39     @Override
  40     public void setValue(String selectedItem)
  41     {
  42       value = selectedItem;
  43     }
  44   }
  45
  46
  47   public SlivkaJPredServiceInstance(SlivkaClient client,
  48       SlivkaService service, String action)
  49   {
  50     super(client, service, action);
  51     style = ServiceClient.JPREDWSCLIENT;
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public JobId predict(List<SequenceI> sequences, boolean msa) throws Throwable
  56   {
  57     // Hack allowing to send both single and msa jobs
  58     // until msa and single sequence services are separated.
  59     var arg = new InputFormatParameter();
  60     arg.setValue(msa ? "fasta" : "seq");
  61     return super.submit(sequences, null, List.of(arg));
  62   }
  63
  64   @Override
  65   public AlignmentI getAlignment(JobId jobId) throws Exception
  66   {
  67     Collection<RemoteFile> files;
  68     try {
  69       var job = client.getJob(jobId.getJobId());
  70       files = job.getResults();
  71       for (RemoteFile f : files) {
  72         var alignment = readAlignment(f);
  73         if (alignment != null)
  74         {
  75           return alignment;
  76         }
  77       }
  78     }
  79     catch (IOException e) {
  80       throw new IOError(e);
  81     }
  82     return null;
  83   }
  84
  85   @Override
  86   public JPredFile getPrediction(JobId jobId) throws Exception
  87   {
  88     Collection<RemoteFile> files = client.getJob(jobId.getJobId()).getResults();
  89     for (RemoteFile f : files)
  90     {
  91       if (f.getLabel().equals("concise"))
  92       {
  93         return new JPredFile(f.getContentUrl(), DataSourceType.URL);
  94       }
  95     }
  96     return null;
  97   }
  98 }