src/jalview/ws/slivkaws/SlivkaJPredServiceInstance.java

   1 package jalview.ws.slivkaws;
   2
   3 import java.io.IOError;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.util.List;
   6
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9 import jalview.io.DataSourceType;
  10 import jalview.io.JPredFile;
  11 import jalview.ws.api.JPredServiceI;
  12 import jalview.ws.api.JobId;
  13 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  14 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.RemoteFile;
  15 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.SlivkaClient;
  16 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.SlivkaService;
  17
  18 public class SlivkaJPredServiceInstance extends SlivkaWSInstance
  19     implements JPredServiceI
  20 {
  21
  22   private class InputFormatParameter implements ArgumentI
  23   {
  24     String value = "";
  25
  26     @Override
  27     public String getName()
  28     {
  29       return "format";
  30     }
  31
  32     @Override
  33     public String getValue()
  34     {
  35       return value;
  36     }
  37
  38     @Override
  39     public void setValue(String selectedItem)
  40     {
  41       value = selectedItem;
  42     }
  43   }
  44
  45
  46   public SlivkaJPredServiceInstance(SlivkaClient client,
  47       SlivkaService service, String action)
  48   {
  49     super(client, service, action);
  50     style = ServiceClient.JPREDWSCLIENT;
  51   }
  52
  53   @Override
  54   public JobId predict(List<SequenceI> sequences, boolean msa) throws Throwable
  55   {
  56     // Hack allowing to send both single and msa jobs
  57     // until msa and single sequence services are separated.
  58     var arg = new InputFormatParameter();
  59     arg.setValue(msa ? "fasta" : "seq");
  60     return super.submit(sequences, null, List.of(arg));
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public AlignmentI getAlignment(JobId jobId) throws Exception
  65   {
  66     List<RemoteFile> files;
  67     try {
  68       files = client.getJobResults(jobId.getJobId());
  69       for (RemoteFile f : files) {
  70         var alignment = readAlignment(f);
  71         if (alignment != null)
  72         {
  73           return alignment;
  74         }
  75       }
  76     }
  77     catch (IOException e) {
  78       throw new IOError(e);
  79     }
  80     return null;
  81   }
  82
  83   @Override
  84   public JPredFile getPrediction(JobId jobId) throws Exception
  85   {
  86     List<RemoteFile> files = client.getJobResults(jobId.getJobId());
  87     for (RemoteFile f : files)
  88     {
  89       if (f.getLabel().equals("concise"))
  90       {
  91         return new JPredFile(f.getURL(), DataSourceType.URL);
  92       }
  93     }
  94     return null;
  95   }
  96 }