src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java

   1 //
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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import java.math.BigInteger;
  12 import java.util.ArrayList;
  13 import java.util.List;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  19 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  20
  21
  22 /**
  23  * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
  24  *
  25  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  26  *
  27  * &lt;pre&gt;
  28  * &amp;lt;complexType&amp;gt;
  29  *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  30  *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  31  *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
  32  *         &amp;lt;element name="alcodon" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
  33  *           &amp;lt;complexType&amp;gt;
  34  *             &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  35  *               &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  36  *                 &amp;lt;attribute name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
  37  *                 &amp;lt;attribute name="pos2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
  38  *                 &amp;lt;attribute name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
  39  *               &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  40  *             &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  41  *           &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  42  *         &amp;lt;/element&amp;gt;
  43  *         &amp;lt;element name="alcodMap" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
  44  *           &amp;lt;complexType&amp;gt;
  45  *             &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  46  *               &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  47  *                 &amp;lt;sequence&amp;gt;
  48  *                   &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/&amp;gt;
  49  *                 &amp;lt;/sequence&amp;gt;
  50  *                 &amp;lt;attribute name="dnasq" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  51  *               &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  52  *             &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  53  *           &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  54  *         &amp;lt;/element&amp;gt;
  55  *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
  56  *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  57  *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  58  * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  59  * &lt;/pre&gt;
  60  *
  61  *
  62  */
  63 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  64 @XmlType(name = "", propOrder = {
  65     "alcodon",
  66     "alcodMap"
  67 })
  68 @XmlRootElement(name = "AlcodonFrame")
  69 public class AlcodonFrame {
  70
  71     protected List<AlcodonFrame.Alcodon> alcodon;
  72     protected List<AlcodonFrame.AlcodMap> alcodMap;
  73
  74     /**
  75      * Gets the value of the alcodon property.
  76      *
  77      * &lt;p&gt;
  78      * This accessor method returns a reference to the live list,
  79      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
  80      * returned list will be present inside the JAXB object.
  81      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodon property.
  82      *
  83      * &lt;p&gt;
  84      * For example, to add a new item, do as follows:
  85      * &lt;pre&gt;
  86      *    getAlcodon().add(newItem);
  87      * &lt;/pre&gt;
  88      *
  89      *
  90      * &lt;p&gt;
  91      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
  92      * {@link AlcodonFrame.Alcodon }
  93      *
  94      *
  95      */
  96     public List<AlcodonFrame.Alcodon> getAlcodon() {
  97         if (alcodon == null) {
  98             alcodon = new ArrayList<AlcodonFrame.Alcodon>();
  99         }
 100         return this.alcodon;
 101     }
 102
 103     /**
 104      * Gets the value of the alcodMap property.
 105      *
 106      * &lt;p&gt;
 107      * This accessor method returns a reference to the live list,
 108      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 109      * returned list will be present inside the JAXB object.
 110      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodMap property.
 111      *
 112      * &lt;p&gt;
 113      * For example, to add a new item, do as follows:
 114      * &lt;pre&gt;
 115      *    getAlcodMap().add(newItem);
 116      * &lt;/pre&gt;
 117      *
 118      *
 119      * &lt;p&gt;
 120      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 121      * {@link AlcodonFrame.AlcodMap }
 122      *
 123      *
 124      */
 125     public List<AlcodonFrame.AlcodMap> getAlcodMap() {
 126         if (alcodMap == null) {
 127             alcodMap = new ArrayList<AlcodonFrame.AlcodMap>();
 128         }
 129         return this.alcodMap;
 130     }
 131
 132
 133     /**
 134      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
 135      *
 136      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 137      *
 138      * &lt;pre&gt;
 139      * &amp;lt;complexType&amp;gt;
 140      *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
 141      *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
 142      *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
 143      *         &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/&amp;gt;
 144      *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
 145      *       &amp;lt;attribute name="dnasq" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
 146      *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
 147      *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
 148      * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
 149      * &lt;/pre&gt;
 150      *
 151      *
 152      */
 153     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 154     @XmlType(name = "", propOrder = {
 155         "mapping"
 156     })
 157     public static class AlcodMap {
 158
 159         @XmlElement(name = "Mapping", required = true)
 160         protected Mapping mapping;
 161         @XmlAttribute(name = "dnasq", required = true)
 162         protected String dnasq;
 163
 164         /**
 165          *
 166          *                                                                              a Mapping entry and an associated protein
 167          *                                                                              sequence
 168          *
 169          *
 170          * @return
 171          *     possible object is
 172          *     {@link Mapping }
 173          *
 174          */
 175         public Mapping getMapping() {
 176             return mapping;
 177         }
 178
 179         /**
 180          * Sets the value of the mapping property.
 181          *
 182          * @param value
 183          *     allowed object is
 184          *     {@link Mapping }
 185          *
 186          */
 187         public void setMapping(Mapping value) {
 188             this.mapping = value;
 189         }
 190
 191         /**
 192          * Gets the value of the dnasq property.
 193          *
 194          * @return
 195          *     possible object is
 196          *     {@link String }
 197          *
 198          */
 199         public String getDnasq() {
 200             return dnasq;
 201         }
 202
 203         /**
 204          * Sets the value of the dnasq property.
 205          *
 206          * @param value
 207          *     allowed object is
 208          *     {@link String }
 209          *
 210          */
 211         public void setDnasq(String value) {
 212             this.dnasq = value;
 213         }
 214
 215     }
 216
 217
 218     /**
 219      *
 220      *                                                          specifies a series of aligned codons from an
 221      *                                                          associated DNA sequence alignment that when translated
 222      *                                                          correspond to columns of a peptide alignment.
 223      *                                                          Element may have
 224      *                                                          either all pos1,2,3 attributes specified, or none at all
 225      *                                                          (indicating a gapped column with no translated peptide).
 226      *
 227      *
 228      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
 229      *
 230      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 231      *
 232      * &lt;pre&gt;
 233      * &amp;lt;complexType&amp;gt;
 234      *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
 235      *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
 236      *       &amp;lt;attribute name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
 237      *       &amp;lt;attribute name="pos2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
 238      *       &amp;lt;attribute name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
 239      *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
 240      *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
 241      * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
 242      * &lt;/pre&gt;
 243      *
 244      *
 245      */
 246     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 247     @XmlType(name = "")
 248     public static class Alcodon {
 249
 250         @XmlAttribute(name = "pos1")
 251         protected BigInteger pos1;
 252         @XmlAttribute(name = "pos2")
 253         protected BigInteger pos2;
 254         @XmlAttribute(name = "pos3")
 255         protected BigInteger pos3;
 256
 257         /**
 258          * Gets the value of the pos1 property.
 259          *
 260          * @return
 261          *     possible object is
 262          *     {@link BigInteger }
 263          *
 264          */
 265         public BigInteger getPos1() {
 266             return pos1;
 267         }
 268
 269         /**
 270          * Sets the value of the pos1 property.
 271          *
 272          * @param value
 273          *     allowed object is
 274          *     {@link BigInteger }
 275          *
 276          */
 277         public void setPos1(BigInteger value) {
 278             this.pos1 = value;
 279         }
 280
 281         /**
 282          * Gets the value of the pos2 property.
 283          *
 284          * @return
 285          *     possible object is
 286          *     {@link BigInteger }
 287          *
 288          */
 289         public BigInteger getPos2() {
 290             return pos2;
 291         }
 292
 293         /**
 294          * Sets the value of the pos2 property.
 295          *
 296          * @param value
 297          *     allowed object is
 298          *     {@link BigInteger }
 299          *
 300          */
 301         public void setPos2(BigInteger value) {
 302             this.pos2 = value;
 303         }
 304
 305         /**
 306          * Gets the value of the pos3 property.
 307          *
 308          * @return
 309          *     possible object is
 310          *     {@link BigInteger }
 311          *
 312          */
 313         public BigInteger getPos3() {
 314             return pos3;
 315         }
 316
 317         /**
 318          * Sets the value of the pos3 property.
 319          *
 320          * @param value
 321          *     allowed object is
 322          *     {@link BigInteger }
 323          *
 324          */
 325         public void setPos3(BigInteger value) {
 326             this.pos3 = value;
 327         }
 328
 329     }
 330
 331 }