src/jalview/xml/binding/jalview/Annotation.java

   1 //
   2 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802
   3 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a>
   4 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema.
   5 // Generated on: 2023.03.17 at 05:31:44 PM GMT
   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  18
  19 /**
  20  * <p>
  21  * Java class for anonymous complex type.
  22  *
  23  * <p>
  24  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  25  * this class.
  26  *
  27  * <pre>
  28  * &lt;complexType>
  29  *   &lt;complexContent>
  30  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  31  *       &lt;sequence>
  32  *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}annotationElement" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  33  *         &lt;element name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
  34  *         &lt;element name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
  35  *         &lt;element name="thresholdLine" minOccurs="0">
  36  *           &lt;complexType>
  37  *             &lt;complexContent>
  38  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  39  *                 &lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  40  *                 &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
  41  *                 &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  42  *               &lt;/restriction>
  43  *             &lt;/complexContent>
  44  *           &lt;/complexType>
  45  *         &lt;/element>
  46  *         &lt;element name="contactmatrix" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}MatrixType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  47  *         &lt;element name="property" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}property" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  48  *       &lt;/sequence>
  49  *       &lt;attribute name="graph" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  50  *       &lt;attribute name="graphType" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  51  *       &lt;attribute name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  52  *       &lt;attribute name="groupRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  53  *       &lt;attribute name="graphColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  54  *       &lt;attribute name="graphGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  55  *       &lt;attribute name="graphHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  56  *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  57  *       &lt;attribute name="scoreOnly" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
  58  *       &lt;attribute name="score" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" />
  59  *       &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  60  *       &lt;attribute name="centreColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  61  *       &lt;attribute name="scaleColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  62  *       &lt;attribute name="showAllColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  63  *       &lt;attribute name="autoCalculated" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
  64  *       &lt;attribute name="belowAlignment" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
  65  *       &lt;attribute name="calcId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  66  *     &lt;/restriction>
  67  *   &lt;/complexContent>
  68  * &lt;/complexType>
  69  * </pre>
  70  *
  71  *
  72  */
  73 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  74 @XmlType(
  75   name = "",
  76   propOrder =
  77   { "annotationElement", "label", "description", "thresholdLine",
  78       "contactmatrix", "property" })
  79 @XmlRootElement(name = "Annotation")
  80 public class Annotation
  81 {
  82
  83   protected List<AnnotationElement> annotationElement;
  84
  85   @XmlElement(required = true)
  86   protected String label;
  87
  88   protected String description;
  89
  90   protected Annotation.ThresholdLine thresholdLine;
  91
  92   protected List<MatrixType> contactmatrix;
  93
  94   protected List<Property> property;
  95
  96   @XmlAttribute(name = "graph", required = true)
  97   protected boolean graph;
  98
  99   @XmlAttribute(name = "graphType")
 100   protected Integer graphType;
 101
 102   @XmlAttribute(name = "sequenceRef")
 103   protected String sequenceRef;
 104
 105   @XmlAttribute(name = "groupRef")
 106   protected String groupRef;
 107
 108   @XmlAttribute(name = "graphColour")
 109   protected Integer graphColour;
 110
 111   @XmlAttribute(name = "graphGroup")
 112   protected Integer graphGroup;
 113
 114   @XmlAttribute(name = "graphHeight")
 115   protected Integer graphHeight;
 116
 117   @XmlAttribute(name = "id")
 118   protected String id;
 119
 120   @XmlAttribute(name = "scoreOnly")
 121   protected Boolean scoreOnly;
 122
 123   @XmlAttribute(name = "score")
 124   protected Double score;
 125
 126   @XmlAttribute(name = "visible")
 127   protected Boolean visible;
 128
 129   @XmlAttribute(name = "centreColLabels")
 130   protected Boolean centreColLabels;
 131
 132   @XmlAttribute(name = "scaleColLabels")
 133   protected Boolean scaleColLabels;
 134
 135   @XmlAttribute(name = "showAllColLabels")
 136   protected Boolean showAllColLabels;
 137
 138   @XmlAttribute(name = "autoCalculated")
 139   protected Boolean autoCalculated;
 140
 141   @XmlAttribute(name = "belowAlignment")
 142   protected Boolean belowAlignment;
 143
 144   @XmlAttribute(name = "calcId")
 145   protected String calcId;
 146
 147   /**
 148    * Gets the value of the annotationElement property.
 149    *
 150    * <p>
 151    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 152    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 153    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 154    * for the annotationElement property.
 155    *
 156    * <p>
 157    * For example, to add a new item, do as follows:
 158    *
 159    * <pre>
 160    * getAnnotationElement().add(newItem);
 161    * </pre>
 162    *
 163    *
 164    * <p>
 165    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 166    * {@link AnnotationElement }
 167    *
 168    *
 169    */
 170   public List<AnnotationElement> getAnnotationElement()
 171   {
 172     if (annotationElement == null)
 173     {
 174       annotationElement = new ArrayList<AnnotationElement>();
 175     }
 176     return this.annotationElement;
 177   }
 178
 179   /**
 180    * Gets the value of the label property.
 181    *
 182    * @return possible object is {@link String }
 183    *
 184    */
 185   public String getLabel()
 186   {
 187     return label;
 188   }
 189
 190   /**
 191    * Sets the value of the label property.
 192    *
 193    * @param value
 194    *          allowed object is {@link String }
 195    *
 196    */
 197   public void setLabel(String value)
 198   {
 199     this.label = value;
 200   }
 201
 202   /**
 203    * Gets the value of the description property.
 204    *
 205    * @return possible object is {@link String }
 206    *
 207    */
 208   public String getDescription()
 209   {
 210     return description;
 211   }
 212
 213   /**
 214    * Sets the value of the description property.
 215    *
 216    * @param value
 217    *          allowed object is {@link String }
 218    *
 219    */
 220   public void setDescription(String value)
 221   {
 222     this.description = value;
 223   }
 224
 225   /**
 226    * Gets the value of the thresholdLine property.
 227    *
 228    * @return possible object is {@link Annotation.ThresholdLine }
 229    *
 230    */
 231   public Annotation.ThresholdLine getThresholdLine()
 232   {
 233     return thresholdLine;
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Sets the value of the thresholdLine property.
 238    *
 239    * @param value
 240    *          allowed object is {@link Annotation.ThresholdLine }
 241    *
 242    */
 243   public void setThresholdLine(Annotation.ThresholdLine value)
 244   {
 245     this.thresholdLine = value;
 246   }
 247
 248   /**
 249    * Gets the value of the contactmatrix property.
 250    *
 251    * <p>
 252    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 253    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 254    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 255    * for the contactmatrix property.
 256    *
 257    * <p>
 258    * For example, to add a new item, do as follows:
 259    *
 260    * <pre>
 261    * getContactmatrix().add(newItem);
 262    * </pre>
 263    *
 264    *
 265    * <p>
 266    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link MatrixType
 267    * }
 268    *
 269    *
 270    */
 271   public List<MatrixType> getContactmatrix()
 272   {
 273     if (contactmatrix == null)
 274     {
 275       contactmatrix = new ArrayList<MatrixType>();
 276     }
 277     return this.contactmatrix;
 278   }
 279
 280   /**
 281    * Gets the value of the property property.
 282    *
 283    * <p>
 284    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 285    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 286    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 287    * for the property property.
 288    *
 289    * <p>
 290    * For example, to add a new item, do as follows:
 291    *
 292    * <pre>
 293    * getProperty().add(newItem);
 294    * </pre>
 295    *
 296    *
 297    * <p>
 298    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Property }
 299    *
 300    *
 301    */
 302   public List<Property> getProperty()
 303   {
 304     if (property == null)
 305     {
 306       property = new ArrayList<Property>();
 307     }
 308     return this.property;
 309   }
 310
 311   /**
 312    * Gets the value of the graph property.
 313    *
 314    */
 315   public boolean isGraph()
 316   {
 317     return graph;
 318   }
 319
 320   /**
 321    * Sets the value of the graph property.
 322    *
 323    */
 324   public void setGraph(boolean value)
 325   {
 326     this.graph = value;
 327   }
 328
 329   /**
 330    * Gets the value of the graphType property.
 331    *
 332    * @return possible object is {@link Integer }
 333    *
 334    */
 335   public Integer getGraphType()
 336   {
 337     return graphType;
 338   }
 339
 340   /**
 341    * Sets the value of the graphType property.
 342    *
 343    * @param value
 344    *          allowed object is {@link Integer }
 345    *
 346    */
 347   public void setGraphType(Integer value)
 348   {
 349     this.graphType = value;
 350   }
 351
 352   /**
 353    * Gets the value of the sequenceRef property.
 354    *
 355    * @return possible object is {@link String }
 356    *
 357    */
 358   public String getSequenceRef()
 359   {
 360     return sequenceRef;
 361   }
 362
 363   /**
 364    * Sets the value of the sequenceRef property.
 365    *
 366    * @param value
 367    *          allowed object is {@link String }
 368    *
 369    */
 370   public void setSequenceRef(String value)
 371   {
 372     this.sequenceRef = value;
 373   }
 374
 375   /**
 376    * Gets the value of the groupRef property.
 377    *
 378    * @return possible object is {@link String }
 379    *
 380    */
 381   public String getGroupRef()
 382   {
 383     return groupRef;
 384   }
 385
 386   /**
 387    * Sets the value of the groupRef property.
 388    *
 389    * @param value
 390    *          allowed object is {@link String }
 391    *
 392    */
 393   public void setGroupRef(String value)
 394   {
 395     this.groupRef = value;
 396   }
 397
 398   /**
 399    * Gets the value of the graphColour property.
 400    *
 401    * @return possible object is {@link Integer }
 402    *
 403    */
 404   public Integer getGraphColour()
 405   {
 406     return graphColour;
 407   }
 408
 409   /**
 410    * Sets the value of the graphColour property.
 411    *
 412    * @param value
 413    *          allowed object is {@link Integer }
 414    *
 415    */
 416   public void setGraphColour(Integer value)
 417   {
 418     this.graphColour = value;
 419   }
 420
 421   /**
 422    * Gets the value of the graphGroup property.
 423    *
 424    * @return possible object is {@link Integer }
 425    *
 426    */
 427   public Integer getGraphGroup()
 428   {
 429     return graphGroup;
 430   }
 431
 432   /**
 433    * Sets the value of the graphGroup property.
 434    *
 435    * @param value
 436    *          allowed object is {@link Integer }
 437    *
 438    */
 439   public void setGraphGroup(Integer value)
 440   {
 441     this.graphGroup = value;
 442   }
 443
 444   /**
 445    * Gets the value of the graphHeight property.
 446    *
 447    * @return possible object is {@link Integer }
 448    *
 449    */
 450   public Integer getGraphHeight()
 451   {
 452     return graphHeight;
 453   }
 454
 455   /**
 456    * Sets the value of the graphHeight property.
 457    *
 458    * @param value
 459    *          allowed object is {@link Integer }
 460    *
 461    */
 462   public void setGraphHeight(Integer value)
 463   {
 464     this.graphHeight = value;
 465   }
 466
 467   /**
 468    * Gets the value of the id property.
 469    *
 470    * @return possible object is {@link String }
 471    *
 472    */
 473   public String getId()
 474   {
 475     return id;
 476   }
 477
 478   /**
 479    * Sets the value of the id property.
 480    *
 481    * @param value
 482    *          allowed object is {@link String }
 483    *
 484    */
 485   public void setId(String value)
 486   {
 487     this.id = value;
 488   }
 489
 490   /**
 491    * Gets the value of the scoreOnly property.
 492    *
 493    * @return possible object is {@link Boolean }
 494    *
 495    */
 496   public boolean isScoreOnly()
 497   {
 498     if (scoreOnly == null)
 499     {
 500       return false;
 501     }
 502     else
 503     {
 504       return scoreOnly;
 505     }
 506   }
 507
 508   /**
 509    * Sets the value of the scoreOnly property.
 510    *
 511    * @param value
 512    *          allowed object is {@link Boolean }
 513    *
 514    */
 515   public void setScoreOnly(Boolean value)
 516   {
 517     this.scoreOnly = value;
 518   }
 519
 520   /**
 521    * Gets the value of the score property.
 522    *
 523    * @return possible object is {@link Double }
 524    *
 525    */
 526   public Double getScore()
 527   {
 528     return score;
 529   }
 530
 531   /**
 532    * Sets the value of the score property.
 533    *
 534    * @param value
 535    *          allowed object is {@link Double }
 536    *
 537    */
 538   public void setScore(Double value)
 539   {
 540     this.score = value;
 541   }
 542
 543   /**
 544    * Gets the value of the visible property.
 545    *
 546    * @return possible object is {@link Boolean }
 547    *
 548    */
 549   public Boolean isVisible()
 550   {
 551     return visible;
 552   }
 553
 554   /**
 555    * Sets the value of the visible property.
 556    *
 557    * @param value
 558    *          allowed object is {@link Boolean }
 559    *
 560    */
 561   public void setVisible(Boolean value)
 562   {
 563     this.visible = value;
 564   }
 565
 566   /**
 567    * Gets the value of the centreColLabels property.
 568    *
 569    * @return possible object is {@link Boolean }
 570    *
 571    */
 572   public Boolean isCentreColLabels()
 573   {
 574     return centreColLabels;
 575   }
 576
 577   /**
 578    * Sets the value of the centreColLabels property.
 579    *
 580    * @param value
 581    *          allowed object is {@link Boolean }
 582    *
 583    */
 584   public void setCentreColLabels(Boolean value)
 585   {
 586     this.centreColLabels = value;
 587   }
 588
 589   /**
 590    * Gets the value of the scaleColLabels property.
 591    *
 592    * @return possible object is {@link Boolean }
 593    *
 594    */
 595   public Boolean isScaleColLabels()
 596   {
 597     return scaleColLabels;
 598   }
 599
 600   /**
 601    * Sets the value of the scaleColLabels property.
 602    *
 603    * @param value
 604    *          allowed object is {@link Boolean }
 605    *
 606    */
 607   public void setScaleColLabels(Boolean value)
 608   {
 609     this.scaleColLabels = value;
 610   }
 611
 612   /**
 613    * Gets the value of the showAllColLabels property.
 614    *
 615    * @return possible object is {@link Boolean }
 616    *
 617    */
 618   public Boolean isShowAllColLabels()
 619   {
 620     return showAllColLabels;
 621   }
 622
 623   /**
 624    * Sets the value of the showAllColLabels property.
 625    *
 626    * @param value
 627    *          allowed object is {@link Boolean }
 628    *
 629    */
 630   public void setShowAllColLabels(Boolean value)
 631   {
 632     this.showAllColLabels = value;
 633   }
 634
 635   /**
 636    * Gets the value of the autoCalculated property.
 637    *
 638    * @return possible object is {@link Boolean }
 639    *
 640    */
 641   public boolean isAutoCalculated()
 642   {
 643     if (autoCalculated == null)
 644     {
 645       return false;
 646     }
 647     else
 648     {
 649       return autoCalculated;
 650     }
 651   }
 652
 653   /**
 654    * Sets the value of the autoCalculated property.
 655    *
 656    * @param value
 657    *          allowed object is {@link Boolean }
 658    *
 659    */
 660   public void setAutoCalculated(Boolean value)
 661   {
 662     this.autoCalculated = value;
 663   }
 664
 665   /**
 666    * Gets the value of the belowAlignment property.
 667    *
 668    * @return possible object is {@link Boolean }
 669    *
 670    */
 671   public boolean isBelowAlignment()
 672   {
 673     if (belowAlignment == null)
 674     {
 675       return true;
 676     }
 677     else
 678     {
 679       return belowAlignment;
 680     }
 681   }
 682
 683   /**
 684    * Sets the value of the belowAlignment property.
 685    *
 686    * @param value
 687    *          allowed object is {@link Boolean }
 688    *
 689    */
 690   public void setBelowAlignment(Boolean value)
 691   {
 692     this.belowAlignment = value;
 693   }
 694
 695   /**
 696    * Gets the value of the calcId property.
 697    *
 698    * @return possible object is {@link String }
 699    *
 700    */
 701   public String getCalcId()
 702   {
 703     return calcId;
 704   }
 705
 706   /**
 707    * Sets the value of the calcId property.
 708    *
 709    * @param value
 710    *          allowed object is {@link String }
 711    *
 712    */
 713   public void setCalcId(String value)
 714   {
 715     this.calcId = value;
 716   }
 717
 718   /**
 719    * <p>
 720    * Java class for anonymous complex type.
 721    *
 722    * <p>
 723    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 724    * within this class.
 725    *
 726    * <pre>
 727    * &lt;complexType>
 728    *   &lt;complexContent>
 729    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 730    *       &lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 731    *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 732    *       &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 733    *     &lt;/restriction>
 734    *   &lt;/complexContent>
 735    * &lt;/complexType>
 736    * </pre>
 737    *
 738    *
 739    */
 740   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 741   @XmlType(name = "")
 742   public static class ThresholdLine
 743   {
 744
 745     @XmlAttribute(name = "label")
 746     protected String label;
 747
 748     @XmlAttribute(name = "value")
 749     protected Float value;
 750
 751     @XmlAttribute(name = "colour")
 752     protected Integer colour;
 753
 754     /**
 755      * Gets the value of the label property.
 756      *
 757      * @return possible object is {@link String }
 758      *
 759      */
 760     public String getLabel()
 761     {
 762       return label;
 763     }
 764
 765     /**
 766      * Sets the value of the label property.
 767      *
 768      * @param value
 769      *          allowed object is {@link String }
 770      *
 771      */
 772     public void setLabel(String value)
 773     {
 774       this.label = value;
 775     }
 776
 777     /**
 778      * Gets the value of the value property.
 779      *
 780      * @return possible object is {@link Float }
 781      *
 782      */
 783     public Float getValue()
 784     {
 785       return value;
 786     }
 787
 788     /**
 789      * Sets the value of the value property.
 790      *
 791      * @param value
 792      *          allowed object is {@link Float }
 793      *
 794      */
 795     public void setValue(Float value)
 796     {
 797       this.value = value;
 798     }
 799
 800     /**
 801      * Gets the value of the colour property.
 802      *
 803      * @return possible object is {@link Integer }
 804      *
 805      */
 806     public Integer getColour()
 807     {
 808       return colour;
 809     }
 810
 811     /**
 812      * Sets the value of the colour property.
 813      *
 814      * @param value
 815      *          allowed object is {@link Integer }
 816      *
 817      */
 818     public void setColour(Integer value)
 819     {
 820       this.colour = value;
 821     }
 822
 823   }
 824
 825 }