git://source.jalview.org / jalview.git / blob
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
history | raw | HEAD
JAL-4090 JAL-1551 spotlessApply
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / JalviewModel.java
1 //
2 // This file was generated by the Eclipse Implementation of JAXB, v2.3.3 
3 // See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
4 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema. 
5 // Generated on: 2023.11.01 at 07:03:09 PM GMT 
6 //
7
8 package jalview.xml.binding.jalview;
9
10 import java.util.ArrayList;
11 import java.util.List;
12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
16 import javax.xml.bind.annotation.XmlID;
17 import javax.xml.bind.annotation.XmlSchemaType;
18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
19 import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
20 import javax.xml.bind.annotation.adapters.CollapsedStringAdapter;
21 import javax.xml.bind.annotation.adapters.XmlJavaTypeAdapter;
22 import javax.xml.datatype.XMLGregorianCalendar;
23
24 /**
25  * <p>Java class for JalviewModel complex type.
26  * 
27  * <p>The following schema fragment specifies the expected content
28  * contained within this class.
29  * 
30  * <pre> <complexType name="JalviewModel">
31  * <complexContent> <restriction
32  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
33  * <sequence> <element name="creationDate"
34  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}dateTime"/> <element
35  * name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
36  * <element name="vamsasModel"
37  * type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}VAMSAS"/>
38  * <sequence> <element name="JSeq" maxOccurs="unbounded"
39  * minOccurs="0"> <complexType>
40  * <complexContent> <restriction
41  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
42  * <sequence> <element name="features"
43  * type="{www.jalview.org}feature" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
44  * <element name="pdbids" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
45  * <complexType> <complexContent> <extension
46  * base="{www.jalview.org}pdbentry"> <sequence>
47  * <element name="structureState" maxOccurs="unbounded"
48  * minOccurs="0"> <complexType>
49  * <simpleContent> <extension
50  * base="<http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
51  * <attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
52  * <attribute name="visible"
53  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
54  * name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
55  * <attribute name="alignwithAlignPanel"
56  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
57  * <attribute name="colourwithAlignPanel"
58  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
59  * <attribute name="colourByJmol"
60  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
61  * <attribute name="type" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
62  * /> </extension> </simpleContent>
63  * </complexType> </element>
64  * </sequence> </extension>
65  * </complexContent> </complexType>
66  * </element> <element name="hiddenSequences"
67  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" maxOccurs="unbounded"
68  * minOccurs="0"/> <element name="rnaViewer" maxOccurs="unbounded"
69  * minOccurs="0"> <complexType>
70  * <complexContent> <restriction
71  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
72  * <sequence> <element name="secondaryStructure"
73  * maxOccurs="unbounded"> <complexType>
74  * <complexContent> <restriction
75  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attribute
76  * name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
77  * <attribute name="annotationId" use="required"
78  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
79  * name="gapped" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
80  * <attribute name="viewerState"
81  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
82  * </restriction> </complexContent>
83  * </complexType> </element>
84  * </sequence> <attGroup
85  * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/> <attribute name="title"
86  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
87  * name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
88  * <attribute name="dividerLocation"
89  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
90  * name="selectedRna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
91  * </restriction> </complexContent>
92  * </complexType> </element>
93  * </sequence> <attribute name="colour"
94  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
95  * name="start" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
96  * /> <attribute name="end" use="required"
97  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
98  * name="id" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
99  * /> <attribute name="hidden"
100  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
101  * name="viewreference" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
102  * /> </restriction> </complexContent>
103  * </complexType> </element> <element
104  * name="JGroup" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
105  * <complexType> <complexContent>
106  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
107  * <sequence> <element name="seq"
108  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
109  * maxOccurs="unbounded"/> <element name="annotationColours"
110  * type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
111  * </sequence> <attribute name="start"
112  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
113  * name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
114  * <attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
115  * /> <attribute name="colour"
116  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
117  * name="consThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
118  * <attribute name="pidThreshold"
119  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
120  * name="outlineColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
121  * <attribute name="displayBoxes"
122  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
123  * name="displayText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
124  * <attribute name="colourText"
125  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
126  * name="textCol1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
127  * <attribute name="textCol2"
128  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
129  * name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
130  * /> <attribute name="showUnconserved"
131  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
132  * name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
133  * default="true" /> <attribute name="showConsensusHistogram"
134  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
135  * <attribute name="showSequenceLogo"
136  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
137  * <attribute name="normaliseSequenceLogo"
138  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
139  * <attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
140  * /> </restriction> </complexContent>
141  * </complexType> </element> <element
142  * name="Viewport" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
143  * <complexType> <complexContent>
144  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
145  * <sequence> <element name="AnnotationColours"
146  * type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
147  * <element name="hiddenColumns" maxOccurs="unbounded"
148  * minOccurs="0"> <complexType>
149  * <complexContent> <restriction
150  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attribute
151  * name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
152  * <attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
153  * /> </restriction> </complexContent>
154  * </complexType> </element> <element
155  * name="calcIdParam" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
156  * <complexType> <complexContent> <extension
157  * base="{www.jalview.org/xml/wsparamset}WebServiceParameterSet">
158  * <attribute name="calcId" use="required"
159  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
160  * name="needsUpdate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
161  * default="false" /> <attribute name="autoUpdate" use="required"
162  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
163  * </extension> </complexContent>
164  * </complexType> </element> <element
165  * name="overview" minOccurs="0"> <complexType>
166  * <complexContent> <restriction
167  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attGroup
168  * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/> <attribute
169  * name="showHidden" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
170  * <attribute name="residueColour"
171  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
172  * name="gapColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
173  * <attribute name="hiddenColour"
174  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
175  * name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
176  * </restriction> </complexContent>
177  * </complexType> </element>
178  * </sequence> <attGroup
179  * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/> <attribute
180  * name="conservationSelected" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
181  * /> <attribute name="pidSelected"
182  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
183  * name="bgColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
184  * <attribute name="consThreshold"
185  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
186  * name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
187  * <attribute name="title"
188  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
189  * name="showFullId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
190  * <attribute name="rightAlignIds"
191  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
192  * name="showText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
193  * <attribute name="showColourText"
194  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
195  * name="showUnconserved" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
196  * default="false" /> <attribute name="showBoxes"
197  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
198  * name="wrapAlignment" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
199  * /> <attribute name="renderGaps"
200  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
201  * name="showSequenceFeatures" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
202  * /> <attribute name="showNPfeatureTooltip"
203  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
204  * name="showDbRefTooltip" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
205  * /> <attribute name="followHighlight"
206  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
207  * <attribute name="followSelection"
208  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
209  * <attribute name="showAnnotation"
210  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
211  * name="centreColumnLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
212  * default="false" /> <attribute name="showGroupConservation"
213  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
214  * <attribute name="showGroupConsensus"
215  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
216  * <attribute name="showConsensusHistogram"
217  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
218  * <attribute name="showSequenceLogo"
219  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
220  * <attribute name="normaliseSequenceLogo"
221  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
222  * <attribute name="ignoreGapsinConsensus"
223  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
224  * <attribute name="startRes"
225  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
226  * name="startSeq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
227  * <attribute name="charWidth"
228  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
229  * name="charHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
230  * <attribute name="fontName"
231  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
232  * name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
233  * <attribute name="fontStyle"
234  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
235  * name="idWidth" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
236  * <attribute name="idWidthManuallyAdjusted"
237  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
238  * name="scaleProteinAsCdna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
239  * default="true" /> <attribute name="viewName"
240  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
241  * name="sequenceSetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
242  * /> <attribute name="gatheredViews"
243  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
244  * name="textCol1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
245  * <attribute name="textCol2"
246  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
247  * name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
248  * /> <attribute name="id"
249  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" /> <attribute
250  * name="complementId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
251  * <attribute name="showComplementFeatures"
252  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
253  * <attribute name="showComplementFeaturesOnTop"
254  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
255  * </restriction> </complexContent>
256  * </complexType> </element> <element
257  * name="UserColours" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
258  * <complexType> <complexContent>
259  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
260  * <sequence> <element name="UserColourScheme"
261  * type="{www.jalview.org/colours}JalviewUserColours"/>
262  * </sequence> <attribute name="id"
263  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
264  * </restriction> </complexContent>
265  * </complexType> </element> <element
266  * name="tree" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
267  * <complexType> <complexContent>
268  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
269  * <sequence minOccurs="0"> <element name="title"
270  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/> <element
271  * name="newick" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
272  * </sequence> <attGroup
273  * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/> <attribute name="fontName"
274  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
275  * name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
276  * <attribute name="fontStyle"
277  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
278  * name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
279  * <attribute name="showBootstrap"
280  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
281  * name="showDistances" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
282  * /> <attribute name="markUnlinked"
283  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
284  * name="fitToWindow" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
285  * <attribute name="currentTree"
286  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
287  * name="columnWise" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
288  * default="false" /> <attribute name="columnReference"
289  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
290  * name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
291  * <attribute name="linkToAllViews"
292  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
293  * </restriction> </complexContent>
294  * </complexType> </element> <element
295  * name="PcaViewer" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
296  * <complexType> <complexContent>
297  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
298  * <sequence> <element name="sequencePoint"
299  * maxOccurs="unbounded"> <complexType>
300  * <complexContent> <restriction
301  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attGroup
302  * ref="{www.jalview.org}position"/> <attribute name="sequenceRef"
303  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
304  * </restriction> </complexContent>
305  * </complexType> </element> <element
306  * name="axis" maxOccurs="3" minOccurs="3"> <complexType>
307  * <complexContent> <restriction
308  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attGroup
309  * ref="{www.jalview.org}position"/> </restriction>
310  * </complexContent> </complexType>
311  * </element> <element name="seqPointMin">
312  * <complexType> <complexContent>
313  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
314  * <attGroup ref="{www.jalview.org}position"/>
315  * </restriction> </complexContent>
316  * </complexType> </element> <element
317  * name="seqPointMax"> <complexType>
318  * <complexContent> <restriction
319  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attGroup
320  * ref="{www.jalview.org}position"/> </restriction>
321  * </complexContent> </complexType>
322  * </element> <element name="pcaData"
323  * type="{www.jalview.org}PcaDataType"/> </sequence>
324  * <attGroup ref="{www.jalview.org}SimilarityParams"/>
325  * <attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
326  * <attribute name="title"
327  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
328  * name="scoreModelName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
329  * /> <attribute name="xDim"
330  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
331  * name="yDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
332  * <attribute name="zDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
333  * /> <attribute name="bgColour"
334  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
335  * name="scaleFactor" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
336  * <attribute name="showLabels"
337  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
338  * name="linkToAllViews" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
339  * /> </restriction> </complexContent>
340  * </complexType> </element> <element
341  * name="FeatureSettings" minOccurs="0"> <complexType>
342  * <complexContent> <restriction
343  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
344  * <sequence> <element name="setting" maxOccurs="unbounded"
345  * minOccurs="0"> <complexType>
346  * <complexContent> <restriction
347  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
348  * <sequence> <element name="attributeName"
349  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2"
350  * minOccurs="0"/> <element name="matcherSet"
351  * type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet" minOccurs="0"/>
352  * </sequence> <attribute name="type" use="required"
353  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
354  * name="colour" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
355  * /> <attribute name="display" use="required"
356  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
357  * name="order" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
358  * <attribute name="mincolour"
359  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
360  * name="noValueColour" type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour"
361  * default="Min" /> <attribute name="threshold"
362  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /> <attribute
363  * name="threshstate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
364  * <attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float"
365  * /> <attribute name="min"
366  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /> <attribute
367  * name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
368  * /> <attribute name="autoScale"
369  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
370  * </restriction> </complexContent>
371  * </complexType> </element> <element
372  * name="group" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
373  * <complexType> <complexContent>
374  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
375  * <attribute name="name" use="required"
376  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
377  * name="display" use="required"
378  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
379  * </restriction> </complexContent>
380  * </complexType> </element>
381  * </sequence> </restriction>
382  * </complexContent> </complexType>
383  * </element> </sequence> </sequence>
384  * </restriction> </complexContent>
385  * </complexType> </pre>
386  * 
387  * 
388  */
389 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
390 @XmlType(
391   name = "JalviewModel",
392   namespace = "www.jalview.org",
393   propOrder =
394   { "creationDate", "version", "vamsasModel", "jSeq", "jGroup", "viewport",
395       "userColours", "tree", "pcaViewer", "featureSettings" })
396 public class JalviewModel
397 {
398
399   @XmlElement(required = true)
400   @XmlSchemaType(name = "dateTime")
401   protected XMLGregorianCalendar creationDate;
402
403   @XmlElement(required = true)
404   protected String version;
405
406   @XmlElement(required = true)
407   protected VAMSAS vamsasModel;
408
409   @XmlElement(name = "JSeq")
410   protected List<JalviewModel.JSeq> jSeq;
411
412   @XmlElement(name = "JGroup")
413   protected List<JalviewModel.JGroup> jGroup;
414
415   @XmlElement(name = "Viewport")
416   protected List<JalviewModel.Viewport> viewport;
417
418   @XmlElement(name = "UserColours")
419   protected List<JalviewModel.UserColours> userColours;
420
421   protected List<JalviewModel.Tree> tree;
422
423   @XmlElement(name = "PcaViewer")
424   protected List<JalviewModel.PcaViewer> pcaViewer;
425
426   @XmlElement(name = "FeatureSettings")
427   protected JalviewModel.FeatureSettings featureSettings;
428
429   /**
430    * Gets the value of the creationDate property.
431    * 
432    * @return possible object is {@link XMLGregorianCalendar }
433    * 
434    */
435   public XMLGregorianCalendar getCreationDate()
436   {
437     return creationDate;
438   }
439
440   /**
441    * Sets the value of the creationDate property.
442    * 
443    * @param value
444    *          allowed object is {@link XMLGregorianCalendar }
445    * 
446    */
447   public void setCreationDate(XMLGregorianCalendar value)
448   {
449     this.creationDate = value;
450   }
451
452   /**
453    * Gets the value of the version property.
454    * 
455    * @return possible object is {@link String }
456    * 
457    */
458   public String getVersion()
459   {
460     return version;
461   }
462
463   /**
464    * Sets the value of the version property.
465    * 
466    * @param value
467    *          allowed object is {@link String }
468    * 
469    */
470   public void setVersion(String value)
471   {
472     this.version = value;
473   }
474
475   /**
476    * Gets the value of the vamsasModel property.
477    * 
478    * @return possible object is {@link VAMSAS }
479    * 
480    */
481   public VAMSAS getVamsasModel()
482   {
483     return vamsasModel;
484   }
485
486   /**
487    * Sets the value of the vamsasModel property.
488    * 
489    * @param value
490    *          allowed object is {@link VAMSAS }
491    * 
492    */
493   public void setVamsasModel(VAMSAS value)
494   {
495     this.vamsasModel = value;
496   }
497
498   /**
499    * Gets the value of the jSeq property.
500    * 
501    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
502    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
503    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
504    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the jSeq property.
505    * 
506    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
507    * getJSeq().add(newItem); &lt;/pre&gt;
508    * 
509    * 
510    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
511    * {@link JalviewModel.JSeq }
512    * 
513    * 
514    */
515   public List<JalviewModel.JSeq> getJSeq()
516   {
517     if (jSeq == null)
518     {
519       jSeq = new ArrayList<JalviewModel.JSeq>();
520     }
521     return this.jSeq;
522   }
523
524   /**
525    * Gets the value of the jGroup property.
526    * 
527    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
528    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
529    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
530    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the jGroup property.
531    * 
532    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
533    * getJGroup().add(newItem); &lt;/pre&gt;
534    * 
535    * 
536    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
537    * {@link JalviewModel.JGroup }
538    * 
539    * 
540    */
541   public List<JalviewModel.JGroup> getJGroup()
542   {
543     if (jGroup == null)
544     {
545       jGroup = new ArrayList<JalviewModel.JGroup>();
546     }
547     return this.jGroup;
548   }
549
550   /**
551    * Gets the value of the viewport property.
552    * 
553    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
554    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
555    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
556    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the viewport property.
557    * 
558    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
559    * getViewport().add(newItem); &lt;/pre&gt;
560    * 
561    * 
562    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
563    * {@link JalviewModel.Viewport }
564    * 
565    * 
566    */
567   public List<JalviewModel.Viewport> getViewport()
568   {
569     if (viewport == null)
570     {
571       viewport = new ArrayList<JalviewModel.Viewport>();
572     }
573     return this.viewport;
574   }
575
576   /**
577    * Gets the value of the userColours property.
578    * 
579    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
580    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
581    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
582    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the userColours property.
583    * 
584    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
585    * getUserColours().add(newItem); &lt;/pre&gt;
586    * 
587    * 
588    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
589    * {@link JalviewModel.UserColours }
590    * 
591    * 
592    */
593   public List<JalviewModel.UserColours> getUserColours()
594   {
595     if (userColours == null)
596     {
597       userColours = new ArrayList<JalviewModel.UserColours>();
598     }
599     return this.userColours;
600   }
601
602   /**
603    * Gets the value of the tree property.
604    * 
605    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
606    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
607    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
608    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the tree property.
609    * 
610    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
611    * getTree().add(newItem); &lt;/pre&gt;
612    * 
613    * 
614    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
615    * {@link JalviewModel.Tree }
616    * 
617    * 
618    */
619   public List<JalviewModel.Tree> getTree()
620   {
621     if (tree == null)
622     {
623       tree = new ArrayList<JalviewModel.Tree>();
624     }
625     return this.tree;
626   }
627
628   /**
629    * Gets the value of the pcaViewer property.
630    * 
631    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
632    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
633    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
634    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the pcaViewer property.
635    * 
636    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
637    * getPcaViewer().add(newItem); &lt;/pre&gt;
638    * 
639    * 
640    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
641    * {@link JalviewModel.PcaViewer }
642    * 
643    * 
644    */
645   public List<JalviewModel.PcaViewer> getPcaViewer()
646   {
647     if (pcaViewer == null)
648     {
649       pcaViewer = new ArrayList<JalviewModel.PcaViewer>();
650     }
651     return this.pcaViewer;
652   }
653
654   /**
655    * Gets the value of the featureSettings property.
656    * 
657    * @return possible object is {@link JalviewModel.FeatureSettings }
658    * 
659    */
660   public JalviewModel.FeatureSettings getFeatureSettings()
661   {
662     return featureSettings;
663   }
664
665   /**
666    * Sets the value of the featureSettings property.
667    * 
668    * @param value
669    *          allowed object is {@link JalviewModel.FeatureSettings }
670    * 
671    */
672   public void setFeatureSettings(JalviewModel.FeatureSettings value)
673   {
674     this.featureSettings = value;
675   }
676
677   /**
678    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
679    * 
680    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
681    * contained within this class.
682    * 
683    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
684    * &amp;lt;restriction
685    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
686    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="setting"
687    * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
688    * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
689    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
690    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="attributeName"
691    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2"
692    * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="matcherSet"
693    * type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet" minOccurs="0"/&amp;gt;
694    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="type" use="required"
695    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
696    * name="colour" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
697    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="display" use="required"
698    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
699    * &amp;lt;attribute name="order"
700    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
701    * name="mincolour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
702    * &amp;lt;attribute name="noValueColour"
703    * type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour" default="Min" /&amp;gt;
704    * &amp;lt;attribute name="threshold"
705    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
706    * name="threshstate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
707    * &amp;lt;attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float"
708    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="min"
709    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
710    * name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
711    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="autoScale"
712    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
713    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
714    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element
715    * name="group" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
716    * &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
717    * &amp;lt;restriction
718    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
719    * name="name" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
720    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="display" use="required"
721    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
722    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
723    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
724    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
725    * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
726    * 
727    * 
728    */
729   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
730   @XmlType(name = "", propOrder = { "setting", "group" })
731   public static class FeatureSettings
732   {
733
734     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
735     protected List<JalviewModel.FeatureSettings.Setting> setting;
736
737     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
738     protected List<JalviewModel.FeatureSettings.Group> group;
739
740     /**
741      * Gets the value of the setting property.
742      * 
743      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
744      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
745      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
746      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the setting property.
747      * 
748      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
749      * getSetting().add(newItem); &lt;/pre&gt;
750      * 
751      * 
752      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
753      * {@link JalviewModel.FeatureSettings.Setting }
754      * 
755      * 
756      */
757     public List<JalviewModel.FeatureSettings.Setting> getSetting()
758     {
759       if (setting == null)
760       {
761         setting = new ArrayList<JalviewModel.FeatureSettings.Setting>();
762       }
763       return this.setting;
764     }
765
766     /**
767      * Gets the value of the group property.
768      * 
769      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
770      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
771      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
772      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the group property.
773      * 
774      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
775      * getGroup().add(newItem); &lt;/pre&gt;
776      * 
777      * 
778      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
779      * {@link JalviewModel.FeatureSettings.Group }
780      * 
781      * 
782      */
783     public List<JalviewModel.FeatureSettings.Group> getGroup()
784     {
785       if (group == null)
786       {
787         group = new ArrayList<JalviewModel.FeatureSettings.Group>();
788       }
789       return this.group;
790     }
791
792     /**
793      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
794      * 
795      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
796      * contained within this class.
797      * 
798      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
799      * &amp;lt;restriction
800      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
801      * &amp;lt;attribute name="name" use="required"
802      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
803      * &amp;lt;attribute name="display" use="required"
804      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
805      * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
806      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
807      * 
808      * 
809      */
810     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
811     @XmlType(name = "")
812     public static class Group
813     {
814
815       @XmlAttribute(name = "name", required = true)
816       protected String name;
817
818       @XmlAttribute(name = "display", required = true)
819       protected boolean display;
820
821       /**
822        * Gets the value of the name property.
823        * 
824        * @return possible object is {@link String }
825        * 
826        */
827       public String getName()
828       {
829         return name;
830       }
831
832       /**
833        * Sets the value of the name property.
834        * 
835        * @param value
836        *          allowed object is {@link String }
837        * 
838        */
839       public void setName(String value)
840       {
841         this.name = value;
842       }
843
844       /**
845        * Gets the value of the display property.
846        * 
847        */
848       public boolean isDisplay()
849       {
850         return display;
851       }
852
853       /**
854        * Sets the value of the display property.
855        * 
856        */
857       public void setDisplay(boolean value)
858       {
859         this.display = value;
860       }
861
862     }
863
864     /**
865      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
866      * 
867      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
868      * contained within this class.
869      * 
870      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
871      * &amp;lt;restriction
872      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
873      * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="attributeName"
874      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2"
875      * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="matcherSet"
876      * type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet" minOccurs="0"/&amp;gt;
877      * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="type" use="required"
878      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
879      * &amp;lt;attribute name="colour" use="required"
880      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
881      * name="display" use="required"
882      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
883      * &amp;lt;attribute name="order"
884      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt;
885      * &amp;lt;attribute name="mincolour"
886      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
887      * name="noValueColour" type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour"
888      * default="Min" /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="threshold"
889      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt;
890      * &amp;lt;attribute name="threshstate"
891      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
892      * name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt;
893      * &amp;lt;attribute name="min"
894      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt;
895      * &amp;lt;attribute name="colourByLabel"
896      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
897      * &amp;lt;attribute name="autoScale"
898      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
899      * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
900      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
901      * 
902      * 
903      */
904     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
905     @XmlType(name = "", propOrder = { "attributeName", "matcherSet" })
906     public static class Setting
907     {
908
909       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
910       protected List<String> attributeName;
911
912       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
913       protected FeatureMatcherSet matcherSet;
914
915       @XmlAttribute(name = "type", required = true)
916       protected String type;
917
918       @XmlAttribute(name = "colour", required = true)
919       protected int colour;
920
921       @XmlAttribute(name = "display", required = true)
922       protected boolean display;
923
924       @XmlAttribute(name = "order")
925       protected Float order;
926
927       @XmlAttribute(name = "mincolour")
928       protected Integer mincolour;
929
930       @XmlAttribute(name = "noValueColour")
931       protected NoValueColour noValueColour;
932
933       @XmlAttribute(name = "threshold")
934       protected Float threshold;
935
936       @XmlAttribute(name = "threshstate")
937       protected Integer threshstate;
938
939       @XmlAttribute(name = "max")
940       protected Float max;
941
942       @XmlAttribute(name = "min")
943       protected Float min;
944
945       @XmlAttribute(name = "colourByLabel")
946       protected Boolean colourByLabel;
947
948       @XmlAttribute(name = "autoScale")
949       protected Boolean autoScale;
950
951       /**
952        * Gets the value of the attributeName property.
953        * 
954        * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list,
955        * not a snapshot. Therefore any modification you make to the returned
956        * list will be present inside the JAXB object. This is why there is not a
957        * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the attributeName property.
958        * 
959        * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
960        * getAttributeName().add(newItem); &lt;/pre&gt;
961        * 
962        * 
963        * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
964        * {@link String }
965        * 
966        * 
967        */
968       public List<String> getAttributeName()
969       {
970         if (attributeName == null)
971         {
972           attributeName = new ArrayList<String>();
973         }
974         return this.attributeName;
975       }
976
977       /**
978        * Gets the value of the matcherSet property.
979        * 
980        * @return possible object is {@link FeatureMatcherSet }
981        * 
982        */
983       public FeatureMatcherSet getMatcherSet()
984       {
985         return matcherSet;
986       }
987
988       /**
989        * Sets the value of the matcherSet property.
990        * 
991        * @param value
992        *          allowed object is {@link FeatureMatcherSet }
993        * 
994        */
995       public void setMatcherSet(FeatureMatcherSet value)
996       {
997         this.matcherSet = value;
998       }
999
1000       /**
1001        * Gets the value of the type property.
1002        * 
1003        * @return possible object is {@link String }
1004        * 
1005        */
1006       public String getType()
1007       {
1008         return type;
1009       }
1010
1011       /**
1012        * Sets the value of the type property.
1013        * 
1014        * @param value
1015        *          allowed object is {@link String }
1016        * 
1017        */
1018       public void setType(String value)
1019       {
1020         this.type = value;
1021       }
1022
1023       /**
1024        * Gets the value of the colour property.
1025        * 
1026        */
1027       public int getColour()
1028       {
1029         return colour;
1030       }
1031
1032       /**
1033        * Sets the value of the colour property.
1034        * 
1035        */
1036       public void setColour(int value)
1037       {
1038         this.colour = value;
1039       }
1040
1041       /**
1042        * Gets the value of the display property.
1043        * 
1044        */
1045       public boolean isDisplay()
1046       {
1047         return display;
1048       }
1049
1050       /**
1051        * Sets the value of the display property.
1052        * 
1053        */
1054       public void setDisplay(boolean value)
1055       {
1056         this.display = value;
1057       }
1058
1059       /**
1060        * Gets the value of the order property.
1061        * 
1062        * @return possible object is {@link Float }
1063        * 
1064        */
1065       public Float getOrder()
1066       {
1067         return order;
1068       }
1069
1070       /**
1071        * Sets the value of the order property.
1072        * 
1073        * @param value
1074        *          allowed object is {@link Float }
1075        * 
1076        */
1077       public void setOrder(Float value)
1078       {
1079         this.order = value;
1080       }
1081
1082       /**
1083        * Gets the value of the mincolour property.
1084        * 
1085        * @return possible object is {@link Integer }
1086        * 
1087        */
1088       public Integer getMincolour()
1089       {
1090         return mincolour;
1091       }
1092
1093       /**
1094        * Sets the value of the mincolour property.
1095        * 
1096        * @param value
1097        *          allowed object is {@link Integer }
1098        * 
1099        */
1100       public void setMincolour(Integer value)
1101       {
1102         this.mincolour = value;
1103       }
1104
1105       /**
1106        * Gets the value of the noValueColour property.
1107        * 
1108        * @return possible object is {@link NoValueColour }
1109        * 
1110        */
1111       public NoValueColour getNoValueColour()
1112       {
1113         if (noValueColour == null)
1114         {
1115           return NoValueColour.MIN;
1116         }
1117         else
1118         {
1119           return noValueColour;
1120         }
1121       }
1122
1123       /**
1124        * Sets the value of the noValueColour property.
1125        * 
1126        * @param value
1127        *          allowed object is {@link NoValueColour }
1128        * 
1129        */
1130       public void setNoValueColour(NoValueColour value)
1131       {
1132         this.noValueColour = value;
1133       }
1134
1135       /**
1136        * Gets the value of the threshold property.
1137        * 
1138        * @return possible object is {@link Float }
1139        * 
1140        */
1141       public Float getThreshold()
1142       {
1143         return threshold;
1144       }
1145
1146       /**
1147        * Sets the value of the threshold property.
1148        * 
1149        * @param value
1150        *          allowed object is {@link Float }
1151        * 
1152        */
1153       public void setThreshold(Float value)
1154       {
1155         this.threshold = value;
1156       }
1157
1158       /**
1159        * Gets the value of the threshstate property.
1160        * 
1161        * @return possible object is {@link Integer }
1162        * 
1163        */
1164       public Integer getThreshstate()
1165       {
1166         return threshstate;
1167       }
1168
1169       /**
1170        * Sets the value of the threshstate property.
1171        * 
1172        * @param value
1173        *          allowed object is {@link Integer }
1174        * 
1175        */
1176       public void setThreshstate(Integer value)
1177       {
1178         this.threshstate = value;
1179       }
1180
1181       /**
1182        * Gets the value of the max property.
1183        * 
1184        * @return possible object is {@link Float }
1185        * 
1186        */
1187       public Float getMax()
1188       {
1189         return max;
1190       }
1191
1192       /**
1193        * Sets the value of the max property.
1194        * 
1195        * @param value
1196        *          allowed object is {@link Float }
1197        * 
1198        */
1199       public void setMax(Float value)
1200       {
1201         this.max = value;
1202       }
1203
1204       /**
1205        * Gets the value of the min property.
1206        * 
1207        * @return possible object is {@link Float }
1208        * 
1209        */
1210       public Float getMin()
1211       {
1212         return min;
1213       }
1214
1215       /**
1216        * Sets the value of the min property.
1217        * 
1218        * @param value
1219        *          allowed object is {@link Float }
1220        * 
1221        */
1222       public void setMin(Float value)
1223       {
1224         this.min = value;
1225       }
1226
1227       /**
1228        * Gets the value of the colourByLabel property.
1229        * 
1230        * @return possible object is {@link Boolean }
1231        * 
1232        */
1233       public Boolean isColourByLabel()
1234       {
1235         return colourByLabel;
1236       }
1237
1238       /**
1239        * Sets the value of the colourByLabel property.
1240        * 
1241        * @param value
1242        *          allowed object is {@link Boolean }
1243        * 
1244        */
1245       public void setColourByLabel(Boolean value)
1246       {
1247         this.colourByLabel = value;
1248       }
1249
1250       /**
1251        * Gets the value of the autoScale property.
1252        * 
1253        * @return possible object is {@link Boolean }
1254        * 
1255        */
1256       public Boolean isAutoScale()
1257       {
1258         return autoScale;
1259       }
1260
1261       /**
1262        * Sets the value of the autoScale property.
1263        * 
1264        * @param value
1265        *          allowed object is {@link Boolean }
1266        * 
1267        */
1268       public void setAutoScale(Boolean value)
1269       {
1270         this.autoScale = value;
1271       }
1272
1273     }
1274
1275   }
1276
1277   /**
1278    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
1279    * 
1280    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
1281    * contained within this class.
1282    * 
1283    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
1284    * &amp;lt;restriction
1285    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
1286    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="seq"
1287    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
1288    * maxOccurs="unbounded"/&amp;gt; &amp;lt;element name="annotationColours"
1289    * type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/&amp;gt;
1290    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="start"
1291    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1292    * name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
1293    * &amp;lt;attribute name="name"
1294    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1295    * name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
1296    * &amp;lt;attribute name="consThreshold"
1297    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1298    * name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
1299    * &amp;lt;attribute name="outlineColour"
1300    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1301    * name="displayBoxes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
1302    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="displayText"
1303    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
1304    * &amp;lt;attribute name="colourText"
1305    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
1306    * &amp;lt;attribute name="textCol1"
1307    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1308    * name="textCol2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
1309    * &amp;lt;attribute name="textColThreshold"
1310    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1311    * name="showUnconserved" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
1312    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus"
1313    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
1314    * &amp;lt;attribute name="showConsensusHistogram"
1315    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
1316    * &amp;lt;attribute name="showSequenceLogo"
1317    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
1318    * &amp;lt;attribute name="normaliseSequenceLogo"
1319    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
1320    * &amp;lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
1321    * /&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
1322    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
1323    * 
1324    * 
1325    */
1326   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
1327   @XmlType(name = "", propOrder = { "seq", "annotationColours" })
1328   public static class JGroup
1329   {
1330
1331     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
1332     protected List<String> seq;
1333
1334     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1335     protected AnnotationColourScheme annotationColours;
1336
1337     @XmlAttribute(name = "start")
1338     protected Integer start;
1339
1340     @XmlAttribute(name = "end")
1341     protected Integer end;
1342
1343     @XmlAttribute(name = "name")
1344     protected String name;
1345
1346     @XmlAttribute(name = "colour")
1347     protected String colour;
1348
1349     @XmlAttribute(name = "consThreshold")
1350     protected Integer consThreshold;
1351
1352     @XmlAttribute(name = "pidThreshold")
1353     protected Integer pidThreshold;
1354
1355     @XmlAttribute(name = "outlineColour")
1356     protected Integer outlineColour;
1357
1358     @XmlAttribute(name = "displayBoxes")
1359     protected Boolean displayBoxes;
1360
1361     @XmlAttribute(name = "displayText")
1362     protected Boolean displayText;
1363
1364     @XmlAttribute(name = "colourText")
1365     protected Boolean colourText;
1366
1367     @XmlAttribute(name = "textCol1")
1368     protected Integer textCol1;
1369
1370     @XmlAttribute(name = "textCol2")
1371     protected Integer textCol2;
1372
1373     @XmlAttribute(name = "textColThreshold")
1374     protected Integer textColThreshold;
1375
1376     @XmlAttribute(name = "showUnconserved")
1377     protected Boolean showUnconserved;
1378
1379     @XmlAttribute(name = "ignoreGapsinConsensus")
1380     protected Boolean ignoreGapsinConsensus;
1381
1382     @XmlAttribute(name = "showConsensusHistogram")
1383     protected Boolean showConsensusHistogram;
1384
1385     @XmlAttribute(name = "showSequenceLogo")
1386     protected Boolean showSequenceLogo;
1387
1388     @XmlAttribute(name = "normaliseSequenceLogo")
1389     protected Boolean normaliseSequenceLogo;
1390
1391     @XmlAttribute(name = "id")
1392     protected String id;
1393
1394     /**
1395      * Gets the value of the seq property.
1396      * 
1397      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
1398      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
1399      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
1400      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the seq property.
1401      * 
1402      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
1403      * getSeq().add(newItem); &lt;/pre&gt;
1404      * 
1405      * 
1406      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
1407      * {@link String }
1408      * 
1409      * 
1410      */
1411     public List<String> getSeq()
1412     {
1413       if (seq == null)
1414       {
1415         seq = new ArrayList<String>();
1416       }
1417       return this.seq;
1418     }
1419
1420     /**
1421      * Gets the value of the annotationColours property.
1422      * 
1423      * @return possible object is {@link AnnotationColourScheme }
1424      * 
1425      */
1426     public AnnotationColourScheme getAnnotationColours()
1427     {
1428       return annotationColours;
1429     }
1430
1431     /**
1432      * Sets the value of the annotationColours property.
1433      * 
1434      * @param value
1435      *          allowed object is {@link AnnotationColourScheme }
1436      * 
1437      */
1438     public void setAnnotationColours(AnnotationColourScheme value)
1439     {
1440       this.annotationColours = value;
1441     }
1442
1443     /**
1444      * Gets the value of the start property.
1445      * 
1446      * @return possible object is {@link Integer }
1447      * 
1448      */
1449     public Integer getStart()
1450     {
1451       return start;
1452     }
1453
1454     /**
1455      * Sets the value of the start property.
1456      * 
1457      * @param value
1458      *          allowed object is {@link Integer }
1459      * 
1460      */
1461     public void setStart(Integer value)
1462     {
1463       this.start = value;
1464     }
1465
1466     /**
1467      * Gets the value of the end property.
1468      * 
1469      * @return possible object is {@link Integer }
1470      * 
1471      */
1472     public Integer getEnd()
1473     {
1474       return end;
1475     }
1476
1477     /**
1478      * Sets the value of the end property.
1479      * 
1480      * @param value
1481      *          allowed object is {@link Integer }
1482      * 
1483      */
1484     public void setEnd(Integer value)
1485     {
1486       this.end = value;
1487     }
1488
1489     /**
1490      * Gets the value of the name property.
1491      * 
1492      * @return possible object is {@link String }
1493      * 
1494      */
1495     public String getName()
1496     {
1497       return name;
1498     }
1499
1500     /**
1501      * Sets the value of the name property.
1502      * 
1503      * @param value
1504      *          allowed object is {@link String }
1505      * 
1506      */
1507     public void setName(String value)
1508     {
1509       this.name = value;
1510     }
1511
1512     /**
1513      * Gets the value of the colour property.
1514      * 
1515      * @return possible object is {@link String }
1516      * 
1517      */
1518     public String getColour()
1519     {
1520       return colour;
1521     }
1522
1523     /**
1524      * Sets the value of the colour property.
1525      * 
1526      * @param value
1527      *          allowed object is {@link String }
1528      * 
1529      */
1530     public void setColour(String value)
1531     {
1532       this.colour = value;
1533     }
1534
1535     /**
1536      * Gets the value of the consThreshold property.
1537      * 
1538      * @return possible object is {@link Integer }
1539      * 
1540      */
1541     public Integer getConsThreshold()
1542     {
1543       return consThreshold;
1544     }
1545
1546     /**
1547      * Sets the value of the consThreshold property.
1548      * 
1549      * @param value
1550      *          allowed object is {@link Integer }
1551      * 
1552      */
1553     public void setConsThreshold(Integer value)
1554     {
1555       this.consThreshold = value;
1556     }
1557
1558     /**
1559      * Gets the value of the pidThreshold property.
1560      * 
1561      * @return possible object is {@link Integer }
1562      * 
1563      */
1564     public Integer getPidThreshold()
1565     {
1566       return pidThreshold;
1567     }
1568
1569     /**
1570      * Sets the value of the pidThreshold property.
1571      * 
1572      * @param value
1573      *          allowed object is {@link Integer }
1574      * 
1575      */
1576     public void setPidThreshold(Integer value)
1577     {
1578       this.pidThreshold = value;
1579     }
1580
1581     /**
1582      * Gets the value of the outlineColour property.
1583      * 
1584      * @return possible object is {@link Integer }
1585      * 
1586      */
1587     public Integer getOutlineColour()
1588     {
1589       return outlineColour;
1590     }
1591
1592     /**
1593      * Sets the value of the outlineColour property.
1594      * 
1595      * @param value
1596      *          allowed object is {@link Integer }
1597      * 
1598      */
1599     public void setOutlineColour(Integer value)
1600     {
1601       this.outlineColour = value;
1602     }
1603
1604     /**
1605      * Gets the value of the displayBoxes property.
1606      * 
1607      * @return possible object is {@link Boolean }
1608      * 
1609      */
1610     public Boolean isDisplayBoxes()
1611     {
1612       return displayBoxes;
1613     }
1614
1615     /**
1616      * Sets the value of the displayBoxes property.
1617      * 
1618      * @param value
1619      *          allowed object is {@link Boolean }
1620      * 
1621      */
1622     public void setDisplayBoxes(Boolean value)
1623     {
1624       this.displayBoxes = value;
1625     }
1626
1627     /**
1628      * Gets the value of the displayText property.
1629      * 
1630      * @return possible object is {@link Boolean }
1631      * 
1632      */
1633     public Boolean isDisplayText()
1634     {
1635       return displayText;
1636     }
1637
1638     /**
1639      * Sets the value of the displayText property.
1640      * 
1641      * @param value
1642      *          allowed object is {@link Boolean }
1643      * 
1644      */
1645     public void setDisplayText(Boolean value)
1646     {
1647       this.displayText = value;
1648     }
1649
1650     /**
1651      * Gets the value of the colourText property.
1652      * 
1653      * @return possible object is {@link Boolean }
1654      * 
1655      */
1656     public Boolean isColourText()
1657     {
1658       return colourText;
1659     }
1660
1661     /**
1662      * Sets the value of the colourText property.
1663      * 
1664      * @param value
1665      *          allowed object is {@link Boolean }
1666      * 
1667      */
1668     public void setColourText(Boolean value)
1669     {
1670       this.colourText = value;
1671     }
1672
1673     /**
1674      * Gets the value of the textCol1 property.
1675      * 
1676      * @return possible object is {@link Integer }
1677      * 
1678      */
1679     public Integer getTextCol1()
1680     {
1681       return textCol1;
1682     }
1683
1684     /**
1685      * Sets the value of the textCol1 property.
1686      * 
1687      * @param value
1688      *          allowed object is {@link Integer }
1689      * 
1690      */
1691     public void setTextCol1(Integer value)
1692     {
1693       this.textCol1 = value;
1694     }
1695
1696     /**
1697      * Gets the value of the textCol2 property.
1698      * 
1699      * @return possible object is {@link Integer }
1700      * 
1701      */
1702     public Integer getTextCol2()
1703     {
1704       return textCol2;
1705     }
1706
1707     /**
1708      * Sets the value of the textCol2 property.
1709      * 
1710      * @param value
1711      *          allowed object is {@link Integer }
1712      * 
1713      */
1714     public void setTextCol2(Integer value)
1715     {
1716       this.textCol2 = value;
1717     }
1718
1719     /**
1720      * Gets the value of the textColThreshold property.
1721      * 
1722      * @return possible object is {@link Integer }
1723      * 
1724      */
1725     public Integer getTextColThreshold()
1726     {
1727       return textColThreshold;
1728     }
1729
1730     /**
1731      * Sets the value of the textColThreshold property.
1732      * 
1733      * @param value
1734      *          allowed object is {@link Integer }
1735      * 
1736      */
1737     public void setTextColThreshold(Integer value)
1738     {
1739       this.textColThreshold = value;
1740     }
1741
1742     /**
1743      * Gets the value of the showUnconserved property.
1744      * 
1745      * @return possible object is {@link Boolean }
1746      * 
1747      */
1748     public Boolean isShowUnconserved()
1749     {
1750       return showUnconserved;
1751     }
1752
1753     /**
1754      * Sets the value of the showUnconserved property.
1755      * 
1756      * @param value
1757      *          allowed object is {@link Boolean }
1758      * 
1759      */
1760     public void setShowUnconserved(Boolean value)
1761     {
1762       this.showUnconserved = value;
1763     }
1764
1765     /**
1766      * Gets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
1767      * 
1768      * @return possible object is {@link Boolean }
1769      * 
1770      */
1771     public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
1772     {
1773       if (ignoreGapsinConsensus == null)
1774       {
1775         return true;
1776       }
1777       else
1778       {
1779         return ignoreGapsinConsensus;
1780       }
1781     }
1782
1783     /**
1784      * Sets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
1785      * 
1786      * @param value
1787      *          allowed object is {@link Boolean }
1788      * 
1789      */
1790     public void setIgnoreGapsinConsensus(Boolean value)
1791     {
1792       this.ignoreGapsinConsensus = value;
1793     }
1794
1795     /**
1796      * Gets the value of the showConsensusHistogram property.
1797      * 
1798      * @return possible object is {@link Boolean }
1799      * 
1800      */
1801     public boolean isShowConsensusHistogram()
1802     {
1803       if (showConsensusHistogram == null)
1804       {
1805         return true;
1806       }
1807       else
1808       {
1809         return showConsensusHistogram;
1810       }
1811     }
1812
1813     /**
1814      * Sets the value of the showConsensusHistogram property.
1815      * 
1816      * @param value
1817      *          allowed object is {@link Boolean }
1818      * 
1819      */
1820     public void setShowConsensusHistogram(Boolean value)
1821     {
1822       this.showConsensusHistogram = value;
1823     }
1824
1825     /**
1826      * Gets the value of the showSequenceLogo property.
1827      * 
1828      * @return possible object is {@link Boolean }
1829      * 
1830      */
1831     public boolean isShowSequenceLogo()
1832     {
1833       if (showSequenceLogo == null)
1834       {
1835         return false;
1836       }
1837       else
1838       {
1839         return showSequenceLogo;
1840       }
1841     }
1842
1843     /**
1844      * Sets the value of the showSequenceLogo property.
1845      * 
1846      * @param value
1847      *          allowed object is {@link Boolean }
1848      * 
1849      */
1850     public void setShowSequenceLogo(Boolean value)
1851     {
1852       this.showSequenceLogo = value;
1853     }
1854
1855     /**
1856      * Gets the value of the normaliseSequenceLogo property.
1857      * 
1858      * @return possible object is {@link Boolean }
1859      * 
1860      */
1861     public boolean isNormaliseSequenceLogo()
1862     {
1863       if (normaliseSequenceLogo == null)
1864       {
1865         return false;
1866       }
1867       else
1868       {
1869         return normaliseSequenceLogo;
1870       }
1871     }
1872
1873     /**
1874      * Sets the value of the normaliseSequenceLogo property.
1875      * 
1876      * @param value
1877      *          allowed object is {@link Boolean }
1878      * 
1879      */
1880     public void setNormaliseSequenceLogo(Boolean value)
1881     {
1882       this.normaliseSequenceLogo = value;
1883     }
1884
1885     /**
1886      * Gets the value of the id property.
1887      * 
1888      * @return possible object is {@link String }
1889      * 
1890      */
1891     public String getId()
1892     {
1893       return id;
1894     }
1895
1896     /**
1897      * Sets the value of the id property.
1898      * 
1899      * @param value
1900      *          allowed object is {@link String }
1901      * 
1902      */
1903     public void setId(String value)
1904     {
1905       this.id = value;
1906     }
1907
1908   }
1909
1910   /**
1911    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
1912    * 
1913    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
1914    * contained within this class.
1915    * 
1916    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
1917    * &amp;lt;restriction
1918    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
1919    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="features"
1920    * type="{www.jalview.org}feature" maxOccurs="unbounded"
1921    * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="pdbids" maxOccurs="unbounded"
1922    * minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
1923    * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;extension
1924    * base="{www.jalview.org}pdbentry"&amp;gt; &amp;lt;sequence&amp;gt;
1925    * &amp;lt;element name="structureState" maxOccurs="unbounded"
1926    * minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
1927    * &amp;lt;simpleContent&amp;gt; &amp;lt;extension
1928    * base="&amp;lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema&amp;gt;string"&amp;gt;
1929    * &amp;lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt;
1930    * &amp;lt;attribute name="visible"
1931    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
1932    * &amp;lt;attribute name="viewId"
1933    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1934    * name="alignwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
1935    * default="true" /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="colourwithAlignPanel"
1936    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
1937    * &amp;lt;attribute name="colourByJmol"
1938    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
1939    * &amp;lt;attribute name="type"
1940    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
1941    * &amp;lt;/extension&amp;gt; &amp;lt;/simpleContent&amp;gt;
1942    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
1943    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;/extension&amp;gt;
1944    * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt;
1945    * &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element name="hiddenSequences"
1946    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" maxOccurs="unbounded"
1947    * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="rnaViewer"
1948    * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
1949    * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
1950    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
1951    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="secondaryStructure"
1952    * maxOccurs="unbounded"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
1953    * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
1954    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
1955    * name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
1956    * &amp;lt;attribute name="annotationId" use="required"
1957    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1958    * name="gapped" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
1959    * &amp;lt;attribute name="viewerState"
1960    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
1961    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
1962    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
1963    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attGroup
1964    * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt; &amp;lt;attribute name="title"
1965    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1966    * name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
1967    * &amp;lt;attribute name="dividerLocation"
1968    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1969    * name="selectedRna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
1970    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
1971    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
1972    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="colour"
1973    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1974    * name="start" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
1975    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="end" use="required"
1976    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
1977    * name="id" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
1978    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="hidden"
1979    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
1980    * &amp;lt;attribute name="viewreference"
1981    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
1982    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
1983    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
1984    * 
1985    * 
1986    */
1987   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
1988   @XmlType(
1989     name = "",
1990     propOrder =
1991     { "features", "pdbids", "hiddenSequences", "rnaViewer" })
1992   public static class JSeq
1993   {
1994
1995     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1996     protected List<Feature> features;
1997
1998     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1999     protected List<JalviewModel.JSeq.Pdbids> pdbids;
2000
2001     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", type = Integer.class)
2002     protected List<Integer> hiddenSequences;
2003
2004     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
2005     protected List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer> rnaViewer;
2006
2007     @XmlAttribute(name = "colour")
2008     protected Integer colour;
2009
2010     @XmlAttribute(name = "start", required = true)
2011     protected int start;
2012
2013     @XmlAttribute(name = "end", required = true)
2014     protected int end;
2015
2016     @XmlAttribute(name = "id", required = true)
2017     protected String id;
2018
2019     @XmlAttribute(name = "hidden")
2020     protected Boolean hidden;
2021
2022     @XmlAttribute(name = "viewreference")
2023     protected Boolean viewreference;
2024
2025     /**
2026      * Gets the value of the features property.
2027      * 
2028      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
2029      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2030      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2031      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the features property.
2032      * 
2033      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
2034      * getFeatures().add(newItem); &lt;/pre&gt;
2035      * 
2036      * 
2037      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
2038      * {@link Feature }
2039      * 
2040      * 
2041      */
2042     public List<Feature> getFeatures()
2043     {
2044       if (features == null)
2045       {
2046         features = new ArrayList<Feature>();
2047       }
2048       return this.features;
2049     }
2050
2051     /**
2052      * Gets the value of the pdbids property.
2053      * 
2054      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
2055      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2056      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2057      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the pdbids property.
2058      * 
2059      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
2060      * getPdbids().add(newItem); &lt;/pre&gt;
2061      * 
2062      * 
2063      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
2064      * {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids }
2065      * 
2066      * 
2067      */
2068     public List<JalviewModel.JSeq.Pdbids> getPdbids()
2069     {
2070       if (pdbids == null)
2071       {
2072         pdbids = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.Pdbids>();
2073       }
2074       return this.pdbids;
2075     }
2076
2077     /**
2078      * Gets the value of the hiddenSequences property.
2079      * 
2080      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
2081      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2082      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2083      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the hiddenSequences property.
2084      * 
2085      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
2086      * getHiddenSequences().add(newItem); &lt;/pre&gt;
2087      * 
2088      * 
2089      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
2090      * {@link Integer }
2091      * 
2092      * 
2093      */
2094     public List<Integer> getHiddenSequences()
2095     {
2096       if (hiddenSequences == null)
2097       {
2098         hiddenSequences = new ArrayList<Integer>();
2099       }
2100       return this.hiddenSequences;
2101     }
2102
2103     /**
2104      * Gets the value of the rnaViewer property.
2105      * 
2106      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
2107      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2108      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2109      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the rnaViewer property.
2110      * 
2111      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
2112      * getRnaViewer().add(newItem); &lt;/pre&gt;
2113      * 
2114      * 
2115      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
2116      * {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer }
2117      * 
2118      * 
2119      */
2120     public List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer> getRnaViewer()
2121     {
2122       if (rnaViewer == null)
2123       {
2124         rnaViewer = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.RnaViewer>();
2125       }
2126       return this.rnaViewer;
2127     }
2128
2129     /**
2130      * Gets the value of the colour property.
2131      * 
2132      * @return possible object is {@link Integer }
2133      * 
2134      */
2135     public Integer getColour()
2136     {
2137       return colour;
2138     }
2139
2140     /**
2141      * Sets the value of the colour property.
2142      * 
2143      * @param value
2144      *          allowed object is {@link Integer }
2145      * 
2146      */
2147     public void setColour(Integer value)
2148     {
2149       this.colour = value;
2150     }
2151
2152     /**
2153      * Gets the value of the start property.
2154      * 
2155      */
2156     public int getStart()
2157     {
2158       return start;
2159     }
2160
2161     /**
2162      * Sets the value of the start property.
2163      * 
2164      */
2165     public void setStart(int value)
2166     {
2167       this.start = value;
2168     }
2169
2170     /**
2171      * Gets the value of the end property.
2172      * 
2173      */
2174     public int getEnd()
2175     {
2176       return end;
2177     }
2178
2179     /**
2180      * Sets the value of the end property.
2181      * 
2182      */
2183     public void setEnd(int value)
2184     {
2185       this.end = value;
2186     }
2187
2188     /**
2189      * Gets the value of the id property.
2190      * 
2191      * @return possible object is {@link String }
2192      * 
2193      */
2194     public String getId()
2195     {
2196       return id;
2197     }
2198
2199     /**
2200      * Sets the value of the id property.
2201      * 
2202      * @param value
2203      *          allowed object is {@link String }
2204      * 
2205      */
2206     public void setId(String value)
2207     {
2208       this.id = value;
2209     }
2210
2211     /**
2212      * Gets the value of the hidden property.
2213      * 
2214      * @return possible object is {@link Boolean }
2215      * 
2216      */
2217     public Boolean isHidden()
2218     {
2219       return hidden;
2220     }
2221
2222     /**
2223      * Sets the value of the hidden property.
2224      * 
2225      * @param value
2226      *          allowed object is {@link Boolean }
2227      * 
2228      */
2229     public void setHidden(Boolean value)
2230     {
2231       this.hidden = value;
2232     }
2233
2234     /**
2235      * Gets the value of the viewreference property.
2236      * 
2237      * @return possible object is {@link Boolean }
2238      * 
2239      */
2240     public Boolean isViewreference()
2241     {
2242       return viewreference;
2243     }
2244
2245     /**
2246      * Sets the value of the viewreference property.
2247      * 
2248      * @param value
2249      *          allowed object is {@link Boolean }
2250      * 
2251      */
2252     public void setViewreference(Boolean value)
2253     {
2254       this.viewreference = value;
2255     }
2256
2257     /**
2258      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
2259      * 
2260      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
2261      * contained within this class.
2262      * 
2263      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
2264      * &amp;lt;extension base="{www.jalview.org}pdbentry"&amp;gt;
2265      * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="structureState"
2266      * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
2267      * &amp;lt;simpleContent&amp;gt; &amp;lt;extension
2268      * base="&amp;lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema&amp;gt;string"&amp;gt;
2269      * &amp;lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt;
2270      * &amp;lt;attribute name="visible"
2271      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
2272      * &amp;lt;attribute name="viewId"
2273      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2274      * &amp;lt;attribute name="alignwithAlignPanel"
2275      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
2276      * &amp;lt;attribute name="colourwithAlignPanel"
2277      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false"
2278      * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="colourByJmol"
2279      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
2280      * &amp;lt;attribute name="type"
2281      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2282      * &amp;lt;/extension&amp;gt; &amp;lt;/simpleContent&amp;gt;
2283      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
2284      * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;/extension&amp;gt;
2285      * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
2286      * 
2287      * 
2288      */
2289     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2290     @XmlType(name = "", propOrder = { "structureState" })
2291     public static class Pdbids extends Pdbentry
2292     {
2293
2294       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
2295       protected List<JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState> structureState;
2296
2297       /**
2298        * Gets the value of the structureState property.
2299        * 
2300        * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list,
2301        * not a snapshot. Therefore any modification you make to the returned
2302        * list will be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2303        * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the structureState property.
2304        * 
2305        * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
2306        * getStructureState().add(newItem); &lt;/pre&gt;
2307        * 
2308        * 
2309        * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
2310        * {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState }
2311        * 
2312        * 
2313        */
2314       public List<JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState> getStructureState()
2315       {
2316         if (structureState == null)
2317         {
2318           structureState = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState>();
2319         }
2320         return this.structureState;
2321       }
2322
2323       /**
2324        * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
2325        * 
2326        * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
2327        * contained within this class.
2328        * 
2329        * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;simpleContent&amp;gt;
2330        * &amp;lt;extension
2331        * base="&amp;lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema&amp;gt;string"&amp;gt;
2332        * &amp;lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt;
2333        * &amp;lt;attribute name="visible"
2334        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
2335        * &amp;lt;attribute name="viewId"
2336        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2337        * &amp;lt;attribute name="alignwithAlignPanel"
2338        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true"
2339        * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="colourwithAlignPanel"
2340        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false"
2341        * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="colourByJmol"
2342        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true"
2343        * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="type"
2344        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2345        * &amp;lt;/extension&amp;gt; &amp;lt;/simpleContent&amp;gt;
2346        * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
2347        * 
2348        * 
2349        */
2350       @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2351       @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
2352       public static class StructureState
2353       {
2354
2355         @XmlValue
2356         protected String value;
2357
2358         @XmlAttribute(name = "visible")
2359         protected Boolean visible;
2360
2361         @XmlAttribute(name = "viewId")
2362         protected String viewId;
2363
2364         @XmlAttribute(name = "alignwithAlignPanel")
2365         protected Boolean alignwithAlignPanel;
2366
2367         @XmlAttribute(name = "colourwithAlignPanel")
2368         protected Boolean colourwithAlignPanel;
2369
2370         @XmlAttribute(name = "colourByJmol")
2371         protected Boolean colourByJmol;
2372
2373         @XmlAttribute(name = "type")
2374         protected String type;
2375
2376         @XmlAttribute(name = "width")
2377         protected Integer width;
2378
2379         @XmlAttribute(name = "height")
2380         protected Integer height;
2381
2382         @XmlAttribute(name = "xpos")
2383         protected Integer xpos;
2384
2385         @XmlAttribute(name = "ypos")
2386         protected Integer ypos;
2387
2388         /**
2389          * Gets the value of the value property.
2390          * 
2391          * @return possible object is {@link String }
2392          * 
2393          */
2394         public String getValue()
2395         {
2396           return value;
2397         }
2398
2399         /**
2400          * Sets the value of the value property.
2401          * 
2402          * @param value
2403          *          allowed object is {@link String }
2404          * 
2405          */
2406         public void setValue(String value)
2407         {
2408           this.value = value;
2409         }
2410
2411         /**
2412          * Gets the value of the visible property.
2413          * 
2414          * @return possible object is {@link Boolean }
2415          * 
2416          */
2417         public Boolean isVisible()
2418         {
2419           return visible;
2420         }
2421
2422         /**
2423          * Sets the value of the visible property.
2424          * 
2425          * @param value
2426          *          allowed object is {@link Boolean }
2427          * 
2428          */
2429         public void setVisible(Boolean value)
2430         {
2431           this.visible = value;
2432         }
2433
2434         /**
2435          * Gets the value of the viewId property.
2436          * 
2437          * @return possible object is {@link String }
2438          * 
2439          */
2440         public String getViewId()
2441         {
2442           return viewId;
2443         }
2444
2445         /**
2446          * Sets the value of the viewId property.
2447          * 
2448          * @param value
2449          *          allowed object is {@link String }
2450          * 
2451          */
2452         public void setViewId(String value)
2453         {
2454           this.viewId = value;
2455         }
2456
2457         /**
2458          * Gets the value of the alignwithAlignPanel property.
2459          * 
2460          * @return possible object is {@link Boolean }
2461          * 
2462          */
2463         public boolean isAlignwithAlignPanel()
2464         {
2465           if (alignwithAlignPanel == null)
2466           {
2467             return true;
2468           }
2469           else
2470           {
2471             return alignwithAlignPanel;
2472           }
2473         }
2474
2475         /**
2476          * Sets the value of the alignwithAlignPanel property.
2477          * 
2478          * @param value
2479          *          allowed object is {@link Boolean }
2480          * 
2481          */
2482         public void setAlignwithAlignPanel(Boolean value)
2483         {
2484           this.alignwithAlignPanel = value;
2485         }
2486
2487         /**
2488          * Gets the value of the colourwithAlignPanel property.
2489          * 
2490          * @return possible object is {@link Boolean }
2491          * 
2492          */
2493         public boolean isColourwithAlignPanel()
2494         {
2495           if (colourwithAlignPanel == null)
2496           {
2497             return false;
2498           }
2499           else
2500           {
2501             return colourwithAlignPanel;
2502           }
2503         }
2504
2505         /**
2506          * Sets the value of the colourwithAlignPanel property.
2507          * 
2508          * @param value
2509          *          allowed object is {@link Boolean }
2510          * 
2511          */
2512         public void setColourwithAlignPanel(Boolean value)
2513         {
2514           this.colourwithAlignPanel = value;
2515         }
2516
2517         /**
2518          * Gets the value of the colourByJmol property.
2519          * 
2520          * @return possible object is {@link Boolean }
2521          * 
2522          */
2523         public boolean isColourByJmol()
2524         {
2525           if (colourByJmol == null)
2526           {
2527             return true;
2528           }
2529           else
2530           {
2531             return colourByJmol;
2532           }
2533         }
2534
2535         /**
2536          * Sets the value of the colourByJmol property.
2537          * 
2538          * @param value
2539          *          allowed object is {@link Boolean }
2540          * 
2541          */
2542         public void setColourByJmol(Boolean value)
2543         {
2544           this.colourByJmol = value;
2545         }
2546
2547         /**
2548          * Gets the value of the type property.
2549          * 
2550          * @return possible object is {@link String }
2551          * 
2552          */
2553         public String getType()
2554         {
2555           return type;
2556         }
2557
2558         /**
2559          * Sets the value of the type property.
2560          * 
2561          * @param value
2562          *          allowed object is {@link String }
2563          * 
2564          */
2565         public void setType(String value)
2566         {
2567           this.type = value;
2568         }
2569
2570         /**
2571          * Gets the value of the width property.
2572          * 
2573          * @return possible object is {@link Integer }
2574          * 
2575          */
2576         public Integer getWidth()
2577         {
2578           return width;
2579         }
2580
2581         /**
2582          * Sets the value of the width property.
2583          * 
2584          * @param value
2585          *          allowed object is {@link Integer }
2586          * 
2587          */
2588         public void setWidth(Integer value)
2589         {
2590           this.width = value;
2591         }
2592
2593         /**
2594          * Gets the value of the height property.
2595          * 
2596          * @return possible object is {@link Integer }
2597          * 
2598          */
2599         public Integer getHeight()
2600         {
2601           return height;
2602         }
2603
2604         /**
2605          * Sets the value of the height property.
2606          * 
2607          * @param value
2608          *          allowed object is {@link Integer }
2609          * 
2610          */
2611         public void setHeight(Integer value)
2612         {
2613           this.height = value;
2614         }
2615
2616         /**
2617          * Gets the value of the xpos property.
2618          * 
2619          * @return possible object is {@link Integer }
2620          * 
2621          */
2622         public Integer getXpos()
2623         {
2624           return xpos;
2625         }
2626
2627         /**
2628          * Sets the value of the xpos property.
2629          * 
2630          * @param value
2631          *          allowed object is {@link Integer }
2632          * 
2633          */
2634         public void setXpos(Integer value)
2635         {
2636           this.xpos = value;
2637         }
2638
2639         /**
2640          * Gets the value of the ypos property.
2641          * 
2642          * @return possible object is {@link Integer }
2643          * 
2644          */
2645         public Integer getYpos()
2646         {
2647           return ypos;
2648         }
2649
2650         /**
2651          * Sets the value of the ypos property.
2652          * 
2653          * @param value
2654          *          allowed object is {@link Integer }
2655          * 
2656          */
2657         public void setYpos(Integer value)
2658         {
2659           this.ypos = value;
2660         }
2661
2662       }
2663
2664     }
2665
2666     /**
2667      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
2668      * 
2669      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
2670      * contained within this class.
2671      * 
2672      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
2673      * &amp;lt;restriction
2674      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
2675      * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="secondaryStructure"
2676      * maxOccurs="unbounded"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
2677      * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
2678      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
2679      * &amp;lt;attribute name="title"
2680      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2681      * &amp;lt;attribute name="annotationId" use="required"
2682      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2683      * &amp;lt;attribute name="gapped"
2684      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
2685      * &amp;lt;attribute name="viewerState"
2686      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2687      * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
2688      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
2689      * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attGroup
2690      * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt; &amp;lt;attribute
2691      * name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2692      * &amp;lt;attribute name="viewId"
2693      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2694      * &amp;lt;attribute name="dividerLocation"
2695      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
2696      * name="selectedRna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
2697      * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
2698      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
2699      * 
2700      * 
2701      */
2702     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2703     @XmlType(name = "", propOrder = { "secondaryStructure" })
2704     public static class RnaViewer
2705     {
2706
2707       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
2708       protected List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure> secondaryStructure;
2709
2710       @XmlAttribute(name = "title")
2711       protected String title;
2712
2713       @XmlAttribute(name = "viewId")
2714       protected String viewId;
2715
2716       @XmlAttribute(name = "dividerLocation")
2717       protected Integer dividerLocation;
2718
2719       @XmlAttribute(name = "selectedRna")
2720       protected Integer selectedRna;
2721
2722       @XmlAttribute(name = "width")
2723       protected Integer width;
2724
2725       @XmlAttribute(name = "height")
2726       protected Integer height;
2727
2728       @XmlAttribute(name = "xpos")
2729       protected Integer xpos;
2730
2731       @XmlAttribute(name = "ypos")
2732       protected Integer ypos;
2733
2734       /**
2735        * Gets the value of the secondaryStructure property.
2736        * 
2737        * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list,
2738        * not a snapshot. Therefore any modification you make to the returned
2739        * list will be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2740        * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the secondaryStructure
2741        * property.
2742        * 
2743        * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
2744        * getSecondaryStructure().add(newItem); &lt;/pre&gt;
2745        * 
2746        * 
2747        * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
2748        * {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure }
2749        * 
2750        * 
2751        */
2752       public List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure> getSecondaryStructure()
2753       {
2754         if (secondaryStructure == null)
2755         {
2756           secondaryStructure = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure>();
2757         }
2758         return this.secondaryStructure;
2759       }
2760
2761       /**
2762        * Gets the value of the title property.
2763        * 
2764        * @return possible object is {@link String }
2765        * 
2766        */
2767       public String getTitle()
2768       {
2769         return title;
2770       }
2771
2772       /**
2773        * Sets the value of the title property.
2774        * 
2775        * @param value
2776        *          allowed object is {@link String }
2777        * 
2778        */
2779       public void setTitle(String value)
2780       {
2781         this.title = value;
2782       }
2783
2784       /**
2785        * Gets the value of the viewId property.
2786        * 
2787        * @return possible object is {@link String }
2788        * 
2789        */
2790       public String getViewId()
2791       {
2792         return viewId;
2793       }
2794
2795       /**
2796        * Sets the value of the viewId property.
2797        * 
2798        * @param value
2799        *          allowed object is {@link String }
2800        * 
2801        */
2802       public void setViewId(String value)
2803       {
2804         this.viewId = value;
2805       }
2806
2807       /**
2808        * Gets the value of the dividerLocation property.
2809        * 
2810        * @return possible object is {@link Integer }
2811        * 
2812        */
2813       public Integer getDividerLocation()
2814       {
2815         return dividerLocation;
2816       }
2817
2818       /**
2819        * Sets the value of the dividerLocation property.
2820        * 
2821        * @param value
2822        *          allowed object is {@link Integer }
2823        * 
2824        */
2825       public void setDividerLocation(Integer value)
2826       {
2827         this.dividerLocation = value;
2828       }
2829
2830       /**
2831        * Gets the value of the selectedRna property.
2832        * 
2833        * @return possible object is {@link Integer }
2834        * 
2835        */
2836       public Integer getSelectedRna()
2837       {
2838         return selectedRna;
2839       }
2840
2841       /**
2842        * Sets the value of the selectedRna property.
2843        * 
2844        * @param value
2845        *          allowed object is {@link Integer }
2846        * 
2847        */
2848       public void setSelectedRna(Integer value)
2849       {
2850         this.selectedRna = value;
2851       }
2852
2853       /**
2854        * Gets the value of the width property.
2855        * 
2856        * @return possible object is {@link Integer }
2857        * 
2858        */
2859       public Integer getWidth()
2860       {
2861         return width;
2862       }
2863
2864       /**
2865        * Sets the value of the width property.
2866        * 
2867        * @param value
2868        *          allowed object is {@link Integer }
2869        * 
2870        */
2871       public void setWidth(Integer value)
2872       {
2873         this.width = value;
2874       }
2875
2876       /**
2877        * Gets the value of the height property.
2878        * 
2879        * @return possible object is {@link Integer }
2880        * 
2881        */
2882       public Integer getHeight()
2883       {
2884         return height;
2885       }
2886
2887       /**
2888        * Sets the value of the height property.
2889        * 
2890        * @param value
2891        *          allowed object is {@link Integer }
2892        * 
2893        */
2894       public void setHeight(Integer value)
2895       {
2896         this.height = value;
2897       }
2898
2899       /**
2900        * Gets the value of the xpos property.
2901        * 
2902        * @return possible object is {@link Integer }
2903        * 
2904        */
2905       public Integer getXpos()
2906       {
2907         return xpos;
2908       }
2909
2910       /**
2911        * Sets the value of the xpos property.
2912        * 
2913        * @param value
2914        *          allowed object is {@link Integer }
2915        * 
2916        */
2917       public void setXpos(Integer value)
2918       {
2919         this.xpos = value;
2920       }
2921
2922       /**
2923        * Gets the value of the ypos property.
2924        * 
2925        * @return possible object is {@link Integer }
2926        * 
2927        */
2928       public Integer getYpos()
2929       {
2930         return ypos;
2931       }
2932
2933       /**
2934        * Sets the value of the ypos property.
2935        * 
2936        * @param value
2937        *          allowed object is {@link Integer }
2938        * 
2939        */
2940       public void setYpos(Integer value)
2941       {
2942         this.ypos = value;
2943       }
2944
2945       /**
2946        * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
2947        * 
2948        * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
2949        * contained within this class.
2950        * 
2951        * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
2952        * &amp;lt;restriction
2953        * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
2954        * &amp;lt;attribute name="title"
2955        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2956        * &amp;lt;attribute name="annotationId" use="required"
2957        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2958        * &amp;lt;attribute name="gapped"
2959        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
2960        * &amp;lt;attribute name="viewerState"
2961        * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
2962        * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
2963        * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
2964        * 
2965        * 
2966        */
2967       @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2968       @XmlType(name = "")
2969       public static class SecondaryStructure
2970       {
2971
2972         @XmlAttribute(name = "title")
2973         protected String title;
2974
2975         @XmlAttribute(name = "annotationId", required = true)
2976         protected String annotationId;
2977
2978         @XmlAttribute(name = "gapped")
2979         protected Boolean gapped;
2980
2981         @XmlAttribute(name = "viewerState")
2982         protected String viewerState;
2983
2984         /**
2985          * Gets the value of the title property.
2986          * 
2987          * @return possible object is {@link String }
2988          * 
2989          */
2990         public String getTitle()
2991         {
2992           return title;
2993         }
2994
2995         /**
2996          * Sets the value of the title property.
2997          * 
2998          * @param value
2999          *          allowed object is {@link String }
3000          * 
3001          */
3002         public void setTitle(String value)
3003         {
3004           this.title = value;
3005         }
3006
3007         /**
3008          * Gets the value of the annotationId property.
3009          * 
3010          * @return possible object is {@link String }
3011          * 
3012          */
3013         public String getAnnotationId()
3014         {
3015           return annotationId;
3016         }
3017
3018         /**
3019          * Sets the value of the annotationId property.
3020          * 
3021          * @param value
3022          *          allowed object is {@link String }
3023          * 
3024          */
3025         public void setAnnotationId(String value)
3026         {
3027           this.annotationId = value;
3028         }
3029
3030         /**
3031          * Gets the value of the gapped property.
3032          * 
3033          * @return possible object is {@link Boolean }
3034          * 
3035          */
3036         public Boolean isGapped()
3037         {
3038           return gapped;
3039         }
3040
3041         /**
3042          * Sets the value of the gapped property.
3043          * 
3044          * @param value
3045          *          allowed object is {@link Boolean }
3046          * 
3047          */
3048         public void setGapped(Boolean value)
3049         {
3050           this.gapped = value;
3051         }
3052
3053         /**
3054          * Gets the value of the viewerState property.
3055          * 
3056          * @return possible object is {@link String }
3057          * 
3058          */
3059         public String getViewerState()
3060         {
3061           return viewerState;
3062         }
3063
3064         /**
3065          * Sets the value of the viewerState property.
3066          * 
3067          * @param value
3068          *          allowed object is {@link String }
3069          * 
3070          */
3071         public void setViewerState(String value)
3072         {
3073           this.viewerState = value;
3074         }
3075
3076       }
3077
3078     }
3079
3080   }
3081
3082   /**
3083    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
3084    * 
3085    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
3086    * contained within this class.
3087    * 
3088    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
3089    * &amp;lt;restriction
3090    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
3091    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="sequencePoint"
3092    * maxOccurs="unbounded"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
3093    * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
3094    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
3095    * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;attribute
3096    * name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
3097    * /&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
3098    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element
3099    * name="axis" maxOccurs="3" minOccurs="3"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
3100    * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
3101    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
3102    * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
3103    * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt;
3104    * &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element name="seqPointMin"&amp;gt;
3105    * &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
3106    * &amp;lt;restriction
3107    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
3108    * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
3109    * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt;
3110    * &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element name="seqPointMax"&amp;gt;
3111    * &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
3112    * &amp;lt;restriction
3113    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
3114    * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
3115    * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt;
3116    * &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element name="pcaData"
3117    * type="{www.jalview.org}PcaDataType"/&amp;gt; &amp;lt;/sequence&amp;gt;
3118    * &amp;lt;attGroup ref="{www.jalview.org}SimilarityParams"/&amp;gt;
3119    * &amp;lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt;
3120    * &amp;lt;attribute name="title"
3121    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
3122    * name="scoreModelName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
3123    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="xDim"
3124    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
3125    * name="yDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
3126    * &amp;lt;attribute name="zDim" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
3127    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="bgColour"
3128    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
3129    * name="scaleFactor" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt;
3130    * &amp;lt;attribute name="showLabels"
3131    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
3132    * &amp;lt;attribute name="linkToAllViews"
3133    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
3134    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
3135    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
3136    * 
3137    * 
3138    */
3139   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3140   @XmlType(
3141     name = "",
3142     propOrder =
3143     { "sequencePoint", "axis", "seqPointMin", "seqPointMax", "pcaData" })
3144   public static class PcaViewer
3145   {
3146
3147     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
3148     protected List<JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint> sequencePoint;
3149
3150     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
3151     protected List<JalviewModel.PcaViewer.Axis> axis;
3152
3153     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
3154     protected JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin seqPointMin;
3155
3156     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
3157     protected JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax seqPointMax;
3158
3159     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
3160     protected PcaDataType pcaData;
3161
3162     @XmlAttribute(name = "title")
3163     protected String title;
3164
3165     @XmlAttribute(name = "scoreModelName")
3166     protected String scoreModelName;
3167
3168     @XmlAttribute(name = "xDim")
3169     protected Integer xDim;
3170
3171     @XmlAttribute(name = "yDim")
3172     protected Integer yDim;
3173
3174     @XmlAttribute(name = "zDim")
3175     protected Integer zDim;
3176
3177     @XmlAttribute(name = "bgColour")
3178     protected Integer bgColour;
3179
3180     @XmlAttribute(name = "scaleFactor")
3181     protected Float scaleFactor;
3182
3183     @XmlAttribute(name = "showLabels")
3184     protected Boolean showLabels;
3185
3186     @XmlAttribute(name = "linkToAllViews")
3187     protected Boolean linkToAllViews;
3188
3189     @XmlAttribute(name = "includeGaps")
3190     protected Boolean includeGaps;
3191
3192     @XmlAttribute(name = "matchGaps")
3193     protected Boolean matchGaps;
3194
3195     @XmlAttribute(name = "includeGappedColumns")
3196     protected Boolean includeGappedColumns;
3197
3198     @XmlAttribute(name = "denominateByShortestLength")
3199     protected Boolean denominateByShortestLength;
3200
3201     @XmlAttribute(name = "width")
3202     protected Integer width;
3203
3204     @XmlAttribute(name = "height")
3205     protected Integer height;
3206
3207     @XmlAttribute(name = "xpos")
3208     protected Integer xpos;
3209
3210     @XmlAttribute(name = "ypos")
3211     protected Integer ypos;
3212
3213     /**
3214      * Gets the value of the sequencePoint property.
3215      * 
3216      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
3217      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
3218      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
3219      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the sequencePoint property.
3220      * 
3221      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
3222      * getSequencePoint().add(newItem); &lt;/pre&gt;
3223      * 
3224      * 
3225      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
3226      * {@link JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint }
3227      * 
3228      * 
3229      */
3230     public List<JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint> getSequencePoint()
3231     {
3232       if (sequencePoint == null)
3233       {
3234         sequencePoint = new ArrayList<JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint>();
3235       }
3236       return this.sequencePoint;
3237     }
3238
3239     /**
3240      * Gets the value of the axis property.
3241      * 
3242      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
3243      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
3244      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
3245      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the axis property.
3246      * 
3247      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
3248      * getAxis().add(newItem); &lt;/pre&gt;
3249      * 
3250      * 
3251      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
3252      * {@link JalviewModel.PcaViewer.Axis }
3253      * 
3254      * 
3255      */
3256     public List<JalviewModel.PcaViewer.Axis> getAxis()
3257     {
3258       if (axis == null)
3259       {
3260         axis = new ArrayList<JalviewModel.PcaViewer.Axis>();
3261       }
3262       return this.axis;
3263     }
3264
3265     /**
3266      * Gets the value of the seqPointMin property.
3267      * 
3268      * @return possible object is {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin }
3269      * 
3270      */
3271     public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin getSeqPointMin()
3272     {
3273       return seqPointMin;
3274     }
3275
3276     /**
3277      * Sets the value of the seqPointMin property.
3278      * 
3279      * @param value
3280      *          allowed object is {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin }
3281      * 
3282      */
3283     public void setSeqPointMin(JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin value)
3284     {
3285       this.seqPointMin = value;
3286     }
3287
3288     /**
3289      * Gets the value of the seqPointMax property.
3290      * 
3291      * @return possible object is {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax }
3292      * 
3293      */
3294     public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax getSeqPointMax()
3295     {
3296       return seqPointMax;
3297     }
3298
3299     /**
3300      * Sets the value of the seqPointMax property.
3301      * 
3302      * @param value
3303      *          allowed object is {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax }
3304      * 
3305      */
3306     public void setSeqPointMax(JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax value)
3307     {
3308       this.seqPointMax = value;
3309     }
3310
3311     /**
3312      * Gets the value of the pcaData property.
3313      * 
3314      * @return possible object is {@link PcaDataType }
3315      * 
3316      */
3317     public PcaDataType getPcaData()
3318     {
3319       return pcaData;
3320     }
3321
3322     /**
3323      * Sets the value of the pcaData property.
3324      * 
3325      * @param value
3326      *          allowed object is {@link PcaDataType }
3327      * 
3328      */
3329     public void setPcaData(PcaDataType value)
3330     {
3331       this.pcaData = value;
3332     }
3333
3334     /**
3335      * Gets the value of the title property.
3336      * 
3337      * @return possible object is {@link String }
3338      * 
3339      */
3340     public String getTitle()
3341     {
3342       return title;
3343     }
3344
3345     /**
3346      * Sets the value of the title property.
3347      * 
3348      * @param value
3349      *          allowed object is {@link String }
3350      * 
3351      */
3352     public void setTitle(String value)
3353     {
3354       this.title = value;
3355     }
3356
3357     /**
3358      * Gets the value of the scoreModelName property.
3359      * 
3360      * @return possible object is {@link String }
3361      * 
3362      */
3363     public String getScoreModelName()
3364     {
3365       return scoreModelName;
3366     }
3367
3368     /**
3369      * Sets the value of the scoreModelName property.
3370      * 
3371      * @param value
3372      *          allowed object is {@link String }
3373      * 
3374      */
3375     public void setScoreModelName(String value)
3376     {
3377       this.scoreModelName = value;
3378     }
3379
3380     /**
3381      * Gets the value of the xDim property.
3382      * 
3383      * @return possible object is {@link Integer }
3384      * 
3385      */
3386     public Integer getXDim()
3387     {
3388       return xDim;
3389     }
3390
3391     /**
3392      * Sets the value of the xDim property.
3393      * 
3394      * @param value
3395      *          allowed object is {@link Integer }
3396      * 
3397      */
3398     public void setXDim(Integer value)
3399     {
3400       this.xDim = value;
3401     }
3402
3403     /**
3404      * Gets the value of the yDim property.
3405      * 
3406      * @return possible object is {@link Integer }
3407      * 
3408      */
3409     public Integer getYDim()
3410     {
3411       return yDim;
3412     }
3413
3414     /**
3415      * Sets the value of the yDim property.
3416      * 
3417      * @param value
3418      *          allowed object is {@link Integer }
3419      * 
3420      */
3421     public void setYDim(Integer value)
3422     {
3423       this.yDim = value;
3424     }
3425
3426     /**
3427      * Gets the value of the zDim property.
3428      * 
3429      * @return possible object is {@link Integer }
3430      * 
3431      */
3432     public Integer getZDim()
3433     {
3434       return zDim;
3435     }
3436
3437     /**
3438      * Sets the value of the zDim property.
3439      * 
3440      * @param value
3441      *          allowed object is {@link Integer }
3442      * 
3443      */
3444     public void setZDim(Integer value)
3445     {
3446       this.zDim = value;
3447     }
3448
3449     /**
3450      * Gets the value of the bgColour property.
3451      * 
3452      * @return possible object is {@link Integer }
3453      * 
3454      */
3455     public Integer getBgColour()
3456     {
3457       return bgColour;
3458     }
3459
3460     /**
3461      * Sets the value of the bgColour property.
3462      * 
3463      * @param value
3464      *          allowed object is {@link Integer }
3465      * 
3466      */
3467     public void setBgColour(Integer value)
3468     {
3469       this.bgColour = value;
3470     }
3471
3472     /**
3473      * Gets the value of the scaleFactor property.
3474      * 
3475      * @return possible object is {@link Float }
3476      * 
3477      */
3478     public Float getScaleFactor()
3479     {
3480       return scaleFactor;
3481     }
3482
3483     /**
3484      * Sets the value of the scaleFactor property.
3485      * 
3486      * @param value
3487      *          allowed object is {@link Float }
3488      * 
3489      */
3490     public void setScaleFactor(Float value)
3491     {
3492       this.scaleFactor = value;
3493     }
3494
3495     /**
3496      * Gets the value of the showLabels property.
3497      * 
3498      * @return possible object is {@link Boolean }
3499      * 
3500      */
3501     public Boolean isShowLabels()
3502     {
3503       return showLabels;
3504     }
3505
3506     /**
3507      * Sets the value of the showLabels property.
3508      * 
3509      * @param value
3510      *          allowed object is {@link Boolean }
3511      * 
3512      */
3513     public void setShowLabels(Boolean value)
3514     {
3515       this.showLabels = value;
3516     }
3517
3518     /**
3519      * Gets the value of the linkToAllViews property.
3520      * 
3521      * @return possible object is {@link Boolean }
3522      * 
3523      */
3524     public Boolean isLinkToAllViews()
3525     {
3526       return linkToAllViews;
3527     }
3528
3529     /**
3530      * Sets the value of the linkToAllViews property.
3531      * 
3532      * @param value
3533      *          allowed object is {@link Boolean }
3534      * 
3535      */
3536     public void setLinkToAllViews(Boolean value)
3537     {
3538       this.linkToAllViews = value;
3539     }
3540
3541     /**
3542      * Gets the value of the includeGaps property.
3543      * 
3544      * @return possible object is {@link Boolean }
3545      * 
3546      */
3547     public Boolean isIncludeGaps()
3548     {
3549       return includeGaps;
3550     }
3551
3552     /**
3553      * Sets the value of the includeGaps property.
3554      * 
3555      * @param value
3556      *          allowed object is {@link Boolean }
3557      * 
3558      */
3559     public void setIncludeGaps(Boolean value)
3560     {
3561       this.includeGaps = value;
3562     }
3563
3564     /**
3565      * Gets the value of the matchGaps property.
3566      * 
3567      * @return possible object is {@link Boolean }
3568      * 
3569      */
3570     public Boolean isMatchGaps()
3571     {
3572       return matchGaps;
3573     }
3574
3575     /**
3576      * Sets the value of the matchGaps property.
3577      * 
3578      * @param value
3579      *          allowed object is {@link Boolean }
3580      * 
3581      */
3582     public void setMatchGaps(Boolean value)
3583     {
3584       this.matchGaps = value;
3585     }
3586
3587     /**
3588      * Gets the value of the includeGappedColumns property.
3589      * 
3590      * @return possible object is {@link Boolean }
3591      * 
3592      */
3593     public Boolean isIncludeGappedColumns()
3594     {
3595       return includeGappedColumns;
3596     }
3597
3598     /**
3599      * Sets the value of the includeGappedColumns property.
3600      * 
3601      * @param value
3602      *          allowed object is {@link Boolean }
3603      * 
3604      */
3605     public void setIncludeGappedColumns(Boolean value)
3606     {
3607       this.includeGappedColumns = value;
3608     }
3609
3610     /**
3611      * Gets the value of the denominateByShortestLength property.
3612      * 
3613      * @return possible object is {@link Boolean }
3614      * 
3615      */
3616     public Boolean isDenominateByShortestLength()
3617     {
3618       return denominateByShortestLength;
3619     }
3620
3621     /**
3622      * Sets the value of the denominateByShortestLength property.
3623      * 
3624      * @param value
3625      *          allowed object is {@link Boolean }
3626      * 
3627      */
3628     public void setDenominateByShortestLength(Boolean value)
3629     {
3630       this.denominateByShortestLength = value;
3631     }
3632
3633     /**
3634      * Gets the value of the width property.
3635      * 
3636      * @return possible object is {@link Integer }
3637      * 
3638      */
3639     public Integer getWidth()
3640     {
3641       return width;
3642     }
3643
3644     /**
3645      * Sets the value of the width property.
3646      * 
3647      * @param value
3648      *          allowed object is {@link Integer }
3649      * 
3650      */
3651     public void setWidth(Integer value)
3652     {
3653       this.width = value;
3654     }
3655
3656     /**
3657      * Gets the value of the height property.
3658      * 
3659      * @return possible object is {@link Integer }
3660      * 
3661      */
3662     public Integer getHeight()
3663     {
3664       return height;
3665     }
3666
3667     /**
3668      * Sets the value of the height property.
3669      * 
3670      * @param value
3671      *          allowed object is {@link Integer }
3672      * 
3673      */
3674     public void setHeight(Integer value)
3675     {
3676       this.height = value;
3677     }
3678
3679     /**
3680      * Gets the value of the xpos property.
3681      * 
3682      * @return possible object is {@link Integer }
3683      * 
3684      */
3685     public Integer getXpos()
3686     {
3687       return xpos;
3688     }
3689
3690     /**
3691      * Sets the value of the xpos property.
3692      * 
3693      * @param value
3694      *          allowed object is {@link Integer }
3695      * 
3696      */
3697     public void setXpos(Integer value)
3698     {
3699       this.xpos = value;
3700     }
3701
3702     /**
3703      * Gets the value of the ypos property.
3704      * 
3705      * @return possible object is {@link Integer }
3706      * 
3707      */
3708     public Integer getYpos()
3709     {
3710       return ypos;
3711     }
3712
3713     /**
3714      * Sets the value of the ypos property.
3715      * 
3716      * @param value
3717      *          allowed object is {@link Integer }
3718      * 
3719      */
3720     public void setYpos(Integer value)
3721     {
3722       this.ypos = value;
3723     }
3724
3725     /**
3726      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
3727      * 
3728      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
3729      * contained within this class.
3730      * 
3731      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
3732      * &amp;lt;restriction
3733      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
3734      * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
3735      * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
3736      * 
3737      * 
3738      */
3739     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3740     @XmlType(name = "")
3741     public static class Axis
3742     {
3743
3744       @XmlAttribute(name = "xPos")
3745       protected Float xPos;
3746
3747       @XmlAttribute(name = "yPos")
3748       protected Float yPos;
3749
3750       @XmlAttribute(name = "zPos")
3751       protected Float zPos;
3752
3753       /**
3754        * Gets the value of the xPos property.
3755        * 
3756        * @return possible object is {@link Float }
3757        * 
3758        */
3759       public Float getXPos()
3760       {
3761         return xPos;
3762       }
3763
3764       /**
3765        * Sets the value of the xPos property.
3766        * 
3767        * @param value
3768        *          allowed object is {@link Float }
3769        * 
3770        */
3771       public void setXPos(Float value)
3772       {
3773         this.xPos = value;
3774       }
3775
3776       /**
3777        * Gets the value of the yPos property.
3778        * 
3779        * @return possible object is {@link Float }
3780        * 
3781        */
3782       public Float getYPos()
3783       {
3784         return yPos;
3785       }
3786
3787       /**
3788        * Sets the value of the yPos property.
3789        * 
3790        * @param value
3791        *          allowed object is {@link Float }
3792        * 
3793        */
3794       public void setYPos(Float value)
3795       {
3796         this.yPos = value;
3797       }
3798
3799       /**
3800        * Gets the value of the zPos property.
3801        * 
3802        * @return possible object is {@link Float }
3803        * 
3804        */
3805       public Float getZPos()
3806       {
3807         return zPos;
3808       }
3809
3810       /**
3811        * Sets the value of the zPos property.
3812        * 
3813        * @param value
3814        *          allowed object is {@link Float }
3815        * 
3816        */
3817       public void setZPos(Float value)
3818       {
3819         this.zPos = value;
3820       }
3821
3822     }
3823
3824     /**
3825      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
3826      * 
3827      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
3828      * contained within this class.
3829      * 
3830      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
3831      * &amp;lt;restriction
3832      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
3833      * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
3834      * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
3835      * 
3836      * 
3837      */
3838     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3839     @XmlType(name = "")
3840     public static class SeqPointMax
3841     {
3842
3843       @XmlAttribute(name = "xPos")
3844       protected Float xPos;
3845
3846       @XmlAttribute(name = "yPos")
3847       protected Float yPos;
3848
3849       @XmlAttribute(name = "zPos")
3850       protected Float zPos;
3851
3852       /**
3853        * Gets the value of the xPos property.
3854        * 
3855        * @return possible object is {@link Float }
3856        * 
3857        */
3858       public Float getXPos()
3859       {
3860         return xPos;
3861       }
3862
3863       /**
3864        * Sets the value of the xPos property.
3865        * 
3866        * @param value
3867        *          allowed object is {@link Float }
3868        * 
3869        */
3870       public void setXPos(Float value)
3871       {
3872         this.xPos = value;
3873       }
3874
3875       /**
3876        * Gets the value of the yPos property.
3877        * 
3878        * @return possible object is {@link Float }
3879        * 
3880        */
3881       public Float getYPos()
3882       {
3883         return yPos;
3884       }
3885
3886       /**
3887        * Sets the value of the yPos property.
3888        * 
3889        * @param value
3890        *          allowed object is {@link Float }
3891        * 
3892        */
3893       public void setYPos(Float value)
3894       {
3895         this.yPos = value;
3896       }
3897
3898       /**
3899        * Gets the value of the zPos property.
3900        * 
3901        * @return possible object is {@link Float }
3902        * 
3903        */
3904       public Float getZPos()
3905       {
3906         return zPos;
3907       }
3908
3909       /**
3910        * Sets the value of the zPos property.
3911        * 
3912        * @param value
3913        *          allowed object is {@link Float }
3914        * 
3915        */
3916       public void setZPos(Float value)
3917       {
3918         this.zPos = value;
3919       }
3920
3921     }
3922
3923     /**
3924      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
3925      * 
3926      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
3927      * contained within this class.
3928      * 
3929      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
3930      * &amp;lt;restriction
3931      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
3932      * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt;
3933      * &amp;lt;/complexContent&amp;gt; &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
3934      * 
3935      * 
3936      */
3937     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3938     @XmlType(name = "")
3939     public static class SeqPointMin
3940     {
3941
3942       @XmlAttribute(name = "xPos")
3943       protected Float xPos;
3944
3945       @XmlAttribute(name = "yPos")
3946       protected Float yPos;
3947
3948       @XmlAttribute(name = "zPos")
3949       protected Float zPos;
3950
3951       /**
3952        * Gets the value of the xPos property.
3953        * 
3954        * @return possible object is {@link Float }
3955        * 
3956        */
3957       public Float getXPos()
3958       {
3959         return xPos;
3960       }
3961
3962       /**
3963        * Sets the value of the xPos property.
3964        * 
3965        * @param value
3966        *          allowed object is {@link Float }
3967        * 
3968        */
3969       public void setXPos(Float value)
3970       {
3971         this.xPos = value;
3972       }
3973
3974       /**
3975        * Gets the value of the yPos property.
3976        * 
3977        * @return possible object is {@link Float }
3978        * 
3979        */
3980       public Float getYPos()
3981       {
3982         return yPos;
3983       }
3984
3985       /**
3986        * Sets the value of the yPos property.
3987        * 
3988        * @param value
3989        *          allowed object is {@link Float }
3990        * 
3991        */
3992       public void setYPos(Float value)
3993       {
3994         this.yPos = value;
3995       }
3996
3997       /**
3998        * Gets the value of the zPos property.
3999        * 
4000        * @return possible object is {@link Float }
4001        * 
4002        */
4003       public Float getZPos()
4004       {
4005         return zPos;
4006       }
4007
4008       /**
4009        * Sets the value of the zPos property.
4010        * 
4011        * @param value
4012        *          allowed object is {@link Float }
4013        * 
4014        */
4015       public void setZPos(Float value)
4016       {
4017         this.zPos = value;
4018       }
4019
4020     }
4021
4022     /**
4023      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
4024      * 
4025      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
4026      * contained within this class.
4027      * 
4028      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
4029      * &amp;lt;restriction
4030      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
4031      * ref="{www.jalview.org}position"/&amp;gt; &amp;lt;attribute
4032      * name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
4033      * /&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
4034      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
4035      * 
4036      * 
4037      */
4038     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
4039     @XmlType(name = "")
4040     public static class SequencePoint
4041     {
4042
4043       @XmlAttribute(name = "sequenceRef")
4044       protected String sequenceRef;
4045
4046       @XmlAttribute(name = "xPos")
4047       protected Float xPos;
4048
4049       @XmlAttribute(name = "yPos")
4050       protected Float yPos;
4051
4052       @XmlAttribute(name = "zPos")
4053       protected Float zPos;
4054
4055       /**
4056        * Gets the value of the sequenceRef property.
4057        * 
4058        * @return possible object is {@link String }
4059        * 
4060        */
4061       public String getSequenceRef()
4062       {
4063         return sequenceRef;
4064       }
4065
4066       /**
4067        * Sets the value of the sequenceRef property.
4068        * 
4069        * @param value
4070        *          allowed object is {@link String }
4071        * 
4072        */
4073       public void setSequenceRef(String value)
4074       {
4075         this.sequenceRef = value;
4076       }
4077
4078       /**
4079        * Gets the value of the xPos property.
4080        * 
4081        * @return possible object is {@link Float }
4082        * 
4083        */
4084       public Float getXPos()
4085       {
4086         return xPos;
4087       }
4088
4089       /**
4090        * Sets the value of the xPos property.
4091        * 
4092        * @param value
4093        *          allowed object is {@link Float }
4094        * 
4095        */
4096       public void setXPos(Float value)
4097       {
4098         this.xPos = value;
4099       }
4100
4101       /**
4102        * Gets the value of the yPos property.
4103        * 
4104        * @return possible object is {@link Float }
4105        * 
4106        */
4107       public Float getYPos()
4108       {
4109         return yPos;
4110       }
4111
4112       /**
4113        * Sets the value of the yPos property.
4114        * 
4115        * @param value
4116        *          allowed object is {@link Float }
4117        * 
4118        */
4119       public void setYPos(Float value)
4120       {
4121         this.yPos = value;
4122       }
4123
4124       /**
4125        * Gets the value of the zPos property.
4126        * 
4127        * @return possible object is {@link Float }
4128        * 
4129        */
4130       public Float getZPos()
4131       {
4132         return zPos;
4133       }
4134
4135       /**
4136        * Sets the value of the zPos property.
4137        * 
4138        * @param value
4139        *          allowed object is {@link Float }
4140        * 
4141        */
4142       public void setZPos(Float value)
4143       {
4144         this.zPos = value;
4145       }
4146
4147     }
4148
4149   }
4150
4151   /**
4152    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
4153    * 
4154    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
4155    * contained within this class.
4156    * 
4157    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
4158    * &amp;lt;restriction
4159    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;sequence
4160    * minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;element name="title"
4161    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/&amp;gt; &amp;lt;element
4162    * name="newick" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/&amp;gt;
4163    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attGroup
4164    * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt; &amp;lt;attribute
4165    * name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
4166    * &amp;lt;attribute name="fontSize"
4167    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4168    * name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
4169    * &amp;lt;attribute name="threshold"
4170    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4171    * name="showBootstrap" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
4172    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="showDistances"
4173    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4174    * &amp;lt;attribute name="markUnlinked"
4175    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4176    * &amp;lt;attribute name="fitToWindow"
4177    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4178    * &amp;lt;attribute name="currentTree"
4179    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4180    * &amp;lt;attribute name="columnWise"
4181    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4182    * &amp;lt;attribute name="columnReference"
4183    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4184    * name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" /&amp;gt;
4185    * &amp;lt;attribute name="linkToAllViews"
4186    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4187    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
4188    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
4189    * 
4190    * 
4191    */
4192   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
4193   @XmlType(name = "", propOrder = { "title", "newick" })
4194   public static class Tree
4195   {
4196
4197     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
4198     protected String title;
4199
4200     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
4201     protected String newick;
4202
4203     @XmlAttribute(name = "fontName")
4204     protected String fontName;
4205
4206     @XmlAttribute(name = "fontSize")
4207     protected Integer fontSize;
4208
4209     @XmlAttribute(name = "fontStyle")
4210     protected Integer fontStyle;
4211
4212     @XmlAttribute(name = "threshold")
4213     protected Float threshold;
4214
4215     @XmlAttribute(name = "showBootstrap")
4216     protected Boolean showBootstrap;
4217
4218     @XmlAttribute(name = "showDistances")
4219     protected Boolean showDistances;
4220
4221     @XmlAttribute(name = "markUnlinked")
4222     protected Boolean markUnlinked;
4223
4224     @XmlAttribute(name = "fitToWindow")
4225     protected Boolean fitToWindow;
4226
4227     @XmlAttribute(name = "currentTree")
4228     protected Boolean currentTree;
4229
4230     @XmlAttribute(name = "columnWise")
4231     protected Boolean columnWise;
4232
4233     @XmlAttribute(name = "columnReference")
4234     protected String columnReference;
4235
4236     @XmlAttribute(name = "id")
4237     @XmlJavaTypeAdapter(CollapsedStringAdapter.class)
4238     @XmlID
4239     @XmlSchemaType(name = "ID")
4240     protected String id;
4241
4242     @XmlAttribute(name = "linkToAllViews")
4243     protected Boolean linkToAllViews;
4244
4245     @XmlAttribute(name = "width")
4246     protected Integer width;
4247
4248     @XmlAttribute(name = "height")
4249     protected Integer height;
4250
4251     @XmlAttribute(name = "xpos")
4252     protected Integer xpos;
4253
4254     @XmlAttribute(name = "ypos")
4255     protected Integer ypos;
4256
4257     /**
4258      * Gets the value of the title property.
4259      * 
4260      * @return possible object is {@link String }
4261      * 
4262      */
4263     public String getTitle()
4264     {
4265       return title;
4266     }
4267
4268     /**
4269      * Sets the value of the title property.
4270      * 
4271      * @param value
4272      *          allowed object is {@link String }
4273      * 
4274      */
4275     public void setTitle(String value)
4276     {
4277       this.title = value;
4278     }
4279
4280     /**
4281      * Gets the value of the newick property.
4282      * 
4283      * @return possible object is {@link String }
4284      * 
4285      */
4286     public String getNewick()
4287     {
4288       return newick;
4289     }
4290
4291     /**
4292      * Sets the value of the newick property.
4293      * 
4294      * @param value
4295      *          allowed object is {@link String }
4296      * 
4297      */
4298     public void setNewick(String value)
4299     {
4300       this.newick = value;
4301     }
4302
4303     /**
4304      * Gets the value of the fontName property.
4305      * 
4306      * @return possible object is {@link String }
4307      * 
4308      */
4309     public String getFontName()
4310     {
4311       return fontName;
4312     }
4313
4314     /**
4315      * Sets the value of the fontName property.
4316      * 
4317      * @param value
4318      *          allowed object is {@link String }
4319      * 
4320      */
4321     public void setFontName(String value)
4322     {
4323       this.fontName = value;
4324     }
4325
4326     /**
4327      * Gets the value of the fontSize property.
4328      * 
4329      * @return possible object is {@link Integer }
4330      * 
4331      */
4332     public Integer getFontSize()
4333     {
4334       return fontSize;
4335     }
4336
4337     /**
4338      * Sets the value of the fontSize property.
4339      * 
4340      * @param value
4341      *          allowed object is {@link Integer }
4342      * 
4343      */
4344     public void setFontSize(Integer value)
4345     {
4346       this.fontSize = value;
4347     }
4348
4349     /**
4350      * Gets the value of the fontStyle property.
4351      * 
4352      * @return possible object is {@link Integer }
4353      * 
4354      */
4355     public Integer getFontStyle()
4356     {
4357       return fontStyle;
4358     }
4359
4360     /**
4361      * Sets the value of the fontStyle property.
4362      * 
4363      * @param value
4364      *          allowed object is {@link Integer }
4365      * 
4366      */
4367     public void setFontStyle(Integer value)
4368     {
4369       this.fontStyle = value;
4370     }
4371
4372     /**
4373      * Gets the value of the threshold property.
4374      * 
4375      * @return possible object is {@link Float }
4376      * 
4377      */
4378     public Float getThreshold()
4379     {
4380       return threshold;
4381     }
4382
4383     /**
4384      * Sets the value of the threshold property.
4385      * 
4386      * @param value
4387      *          allowed object is {@link Float }
4388      * 
4389      */
4390     public void setThreshold(Float value)
4391     {
4392       this.threshold = value;
4393     }
4394
4395     /**
4396      * Gets the value of the showBootstrap property.
4397      * 
4398      * @return possible object is {@link Boolean }
4399      * 
4400      */
4401     public Boolean isShowBootstrap()
4402     {
4403       return showBootstrap;
4404     }
4405
4406     /**
4407      * Sets the value of the showBootstrap property.
4408      * 
4409      * @param value
4410      *          allowed object is {@link Boolean }
4411      * 
4412      */
4413     public void setShowBootstrap(Boolean value)
4414     {
4415       this.showBootstrap = value;
4416     }
4417
4418     /**
4419      * Gets the value of the showDistances property.
4420      * 
4421      * @return possible object is {@link Boolean }
4422      * 
4423      */
4424     public Boolean isShowDistances()
4425     {
4426       return showDistances;
4427     }
4428
4429     /**
4430      * Sets the value of the showDistances property.
4431      * 
4432      * @param value
4433      *          allowed object is {@link Boolean }
4434      * 
4435      */
4436     public void setShowDistances(Boolean value)
4437     {
4438       this.showDistances = value;
4439     }
4440
4441     /**
4442      * Gets the value of the markUnlinked property.
4443      * 
4444      * @return possible object is {@link Boolean }
4445      * 
4446      */
4447     public Boolean isMarkUnlinked()
4448     {
4449       return markUnlinked;
4450     }
4451
4452     /**
4453      * Sets the value of the markUnlinked property.
4454      * 
4455      * @param value
4456      *          allowed object is {@link Boolean }
4457      * 
4458      */
4459     public void setMarkUnlinked(Boolean value)
4460     {
4461       this.markUnlinked = value;
4462     }
4463
4464     /**
4465      * Gets the value of the fitToWindow property.
4466      * 
4467      * @return possible object is {@link Boolean }
4468      * 
4469      */
4470     public Boolean isFitToWindow()
4471     {
4472       return fitToWindow;
4473     }
4474
4475     /**
4476      * Sets the value of the fitToWindow property.
4477      * 
4478      * @param value
4479      *          allowed object is {@link Boolean }
4480      * 
4481      */
4482     public void setFitToWindow(Boolean value)
4483     {
4484       this.fitToWindow = value;
4485     }
4486
4487     /**
4488      * Gets the value of the currentTree property.
4489      * 
4490      * @return possible object is {@link Boolean }
4491      * 
4492      */
4493     public Boolean isCurrentTree()
4494     {
4495       return currentTree;
4496     }
4497
4498     /**
4499      * Sets the value of the currentTree property.
4500      * 
4501      * @param value
4502      *          allowed object is {@link Boolean }
4503      * 
4504      */
4505     public void setCurrentTree(Boolean value)
4506     {
4507       this.currentTree = value;
4508     }
4509
4510     /**
4511      * Gets the value of the columnWise property.
4512      * 
4513      * @return possible object is {@link Boolean }
4514      * 
4515      */
4516     public boolean isColumnWise()
4517     {
4518       if (columnWise == null)
4519       {
4520         return false;
4521       }
4522       else
4523       {
4524         return columnWise;
4525       }
4526     }
4527
4528     /**
4529      * Sets the value of the columnWise property.
4530      * 
4531      * @param value
4532      *          allowed object is {@link Boolean }
4533      * 
4534      */
4535     public void setColumnWise(Boolean value)
4536     {
4537       this.columnWise = value;
4538     }
4539
4540     /**
4541      * Gets the value of the columnReference property.
4542      * 
4543      * @return possible object is {@link String }
4544      * 
4545      */
4546     public String getColumnReference()
4547     {
4548       return columnReference;
4549     }
4550
4551     /**
4552      * Sets the value of the columnReference property.
4553      * 
4554      * @param value
4555      *          allowed object is {@link String }
4556      * 
4557      */
4558     public void setColumnReference(String value)
4559     {
4560       this.columnReference = value;
4561     }
4562
4563     /**
4564      * Gets the value of the id property.
4565      * 
4566      * @return possible object is {@link String }
4567      * 
4568      */
4569     public String getId()
4570     {
4571       return id;
4572     }
4573
4574     /**
4575      * Sets the value of the id property.
4576      * 
4577      * @param value
4578      *          allowed object is {@link String }
4579      * 
4580      */
4581     public void setId(String value)
4582     {
4583       this.id = value;
4584     }
4585
4586     /**
4587      * Gets the value of the linkToAllViews property.
4588      * 
4589      * @return possible object is {@link Boolean }
4590      * 
4591      */
4592     public boolean isLinkToAllViews()
4593     {
4594       if (linkToAllViews == null)
4595       {
4596         return false;
4597       }
4598       else
4599       {
4600         return linkToAllViews;
4601       }
4602     }
4603
4604     /**
4605      * Sets the value of the linkToAllViews property.
4606      * 
4607      * @param value
4608      *          allowed object is {@link Boolean }
4609      * 
4610      */
4611     public void setLinkToAllViews(Boolean value)
4612     {
4613       this.linkToAllViews = value;
4614     }
4615
4616     /**
4617      * Gets the value of the width property.
4618      * 
4619      * @return possible object is {@link Integer }
4620      * 
4621      */
4622     public Integer getWidth()
4623     {
4624       return width;
4625     }
4626
4627     /**
4628      * Sets the value of the width property.
4629      * 
4630      * @param value
4631      *          allowed object is {@link Integer }
4632      * 
4633      */
4634     public void setWidth(Integer value)
4635     {
4636       this.width = value;
4637     }
4638
4639     /**
4640      * Gets the value of the height property.
4641      * 
4642      * @return possible object is {@link Integer }
4643      * 
4644      */
4645     public Integer getHeight()
4646     {
4647       return height;
4648     }
4649
4650     /**
4651      * Sets the value of the height property.
4652      * 
4653      * @param value
4654      *          allowed object is {@link Integer }
4655      * 
4656      */
4657     public void setHeight(Integer value)
4658     {
4659       this.height = value;
4660     }
4661
4662     /**
4663      * Gets the value of the xpos property.
4664      * 
4665      * @return possible object is {@link Integer }
4666      * 
4667      */
4668     public Integer getXpos()
4669     {
4670       return xpos;
4671     }
4672
4673     /**
4674      * Sets the value of the xpos property.
4675      * 
4676      * @param value
4677      *          allowed object is {@link Integer }
4678      * 
4679      */
4680     public void setXpos(Integer value)
4681     {
4682       this.xpos = value;
4683     }
4684
4685     /**
4686      * Gets the value of the ypos property.
4687      * 
4688      * @return possible object is {@link Integer }
4689      * 
4690      */
4691     public Integer getYpos()
4692     {
4693       return ypos;
4694     }
4695
4696     /**
4697      * Sets the value of the ypos property.
4698      * 
4699      * @param value
4700      *          allowed object is {@link Integer }
4701      * 
4702      */
4703     public void setYpos(Integer value)
4704     {
4705       this.ypos = value;
4706     }
4707
4708   }
4709
4710   /**
4711    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
4712    * 
4713    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
4714    * contained within this class.
4715    * 
4716    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
4717    * &amp;lt;restriction
4718    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
4719    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="UserColourScheme"
4720    * type="{www.jalview.org/colours}JalviewUserColours"/&amp;gt;
4721    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="id"
4722    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
4723    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
4724    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
4725    * 
4726    * 
4727    */
4728   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
4729   @XmlType(name = "", propOrder = { "userColourScheme" })
4730   public static class UserColours
4731   {
4732
4733     @XmlElement(
4734       name = "UserColourScheme",
4735       namespace = "www.jalview.org",
4736       required = true)
4737     protected JalviewUserColours userColourScheme;
4738
4739     @XmlAttribute(name = "id")
4740     protected String id;
4741
4742     /**
4743      * Gets the value of the userColourScheme property.
4744      * 
4745      * @return possible object is {@link JalviewUserColours }
4746      * 
4747      */
4748     public JalviewUserColours getUserColourScheme()
4749     {
4750       return userColourScheme;
4751     }
4752
4753     /**
4754      * Sets the value of the userColourScheme property.
4755      * 
4756      * @param value
4757      *          allowed object is {@link JalviewUserColours }
4758      * 
4759      */
4760     public void setUserColourScheme(JalviewUserColours value)
4761     {
4762       this.userColourScheme = value;
4763     }
4764
4765     /**
4766      * Gets the value of the id property.
4767      * 
4768      * @return possible object is {@link String }
4769      * 
4770      */
4771     public String getId()
4772     {
4773       return id;
4774     }
4775
4776     /**
4777      * Sets the value of the id property.
4778      * 
4779      * @param value
4780      *          allowed object is {@link String }
4781      * 
4782      */
4783     public void setId(String value)
4784     {
4785       this.id = value;
4786     }
4787
4788   }
4789
4790   /**
4791    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
4792    * 
4793    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
4794    * contained within this class.
4795    * 
4796    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
4797    * &amp;lt;restriction
4798    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
4799    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="AnnotationColours"
4800    * type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/&amp;gt;
4801    * &amp;lt;element name="hiddenColumns" maxOccurs="unbounded"
4802    * minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
4803    * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
4804    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
4805    * name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
4806    * &amp;lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
4807    * /&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
4808    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element
4809    * name="calcIdParam" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
4810    * &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
4811    * &amp;lt;extension
4812    * base="{www.jalview.org/xml/wsparamset}WebServiceParameterSet"&amp;gt;
4813    * &amp;lt;attribute name="calcId" use="required"
4814    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4815    * name="needsUpdate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
4816    * default="false" /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="autoUpdate"
4817    * use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4818    * &amp;lt;/extension&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
4819    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element
4820    * name="overview" minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
4821    * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
4822    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
4823    * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt; &amp;lt;attribute
4824    * name="showHidden" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
4825    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="residueColour"
4826    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4827    * name="gapColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
4828    * &amp;lt;attribute name="hiddenColour"
4829    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4830    * name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
4831    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
4832    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
4833    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attGroup
4834    * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt; &amp;lt;attribute
4835    * name="conservationSelected"
4836    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4837    * &amp;lt;attribute name="pidSelected"
4838    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4839    * &amp;lt;attribute name="bgColour"
4840    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4841    * name="consThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
4842    * &amp;lt;attribute name="pidThreshold"
4843    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4844    * name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
4845    * &amp;lt;attribute name="showFullId"
4846    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4847    * &amp;lt;attribute name="rightAlignIds"
4848    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4849    * &amp;lt;attribute name="showText"
4850    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4851    * &amp;lt;attribute name="showColourText"
4852    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4853    * &amp;lt;attribute name="showUnconserved"
4854    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4855    * &amp;lt;attribute name="showBoxes"
4856    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4857    * &amp;lt;attribute name="wrapAlignment"
4858    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4859    * &amp;lt;attribute name="renderGaps"
4860    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4861    * &amp;lt;attribute name="showSequenceFeatures"
4862    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4863    * &amp;lt;attribute name="showNPfeatureTooltip"
4864    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4865    * &amp;lt;attribute name="showDbRefTooltip"
4866    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4867    * &amp;lt;attribute name="followHighlight"
4868    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
4869    * &amp;lt;attribute name="followSelection"
4870    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
4871    * &amp;lt;attribute name="showAnnotation"
4872    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4873    * &amp;lt;attribute name="centreColumnLabels"
4874    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4875    * &amp;lt;attribute name="showGroupConservation"
4876    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4877    * &amp;lt;attribute name="showGroupConsensus"
4878    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4879    * &amp;lt;attribute name="showConsensusHistogram"
4880    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
4881    * &amp;lt;attribute name="showSequenceLogo"
4882    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4883    * &amp;lt;attribute name="normaliseSequenceLogo"
4884    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4885    * &amp;lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus"
4886    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
4887    * &amp;lt;attribute name="startRes"
4888    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4889    * name="startSeq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
4890    * &amp;lt;attribute name="charWidth"
4891    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4892    * name="charHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
4893    * &amp;lt;attribute name="fontName"
4894    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4895    * name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
4896    * &amp;lt;attribute name="fontStyle"
4897    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4898    * name="idWidth" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
4899    * &amp;lt;attribute name="idWidthManuallyAdjusted"
4900    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4901    * &amp;lt;attribute name="scaleProteinAsCdna"
4902    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" /&amp;gt;
4903    * &amp;lt;attribute name="viewName"
4904    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4905    * name="sequenceSetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
4906    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="gatheredViews"
4907    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
4908    * &amp;lt;attribute name="textCol1"
4909    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4910    * name="textCol2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
4911    * &amp;lt;attribute name="textColThreshold"
4912    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4913    * name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" /&amp;gt;
4914    * &amp;lt;attribute name="complementId"
4915    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
4916    * name="showComplementFeatures"
4917    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4918    * &amp;lt;attribute name="showComplementFeaturesOnTop"
4919    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
4920    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
4921    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
4922    * 
4923    * 
4924    */
4925   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
4926   @XmlType(
4927     name = "",
4928     propOrder =
4929     { "annotationColours", "hiddenColumns", "calcIdParam", "overview" })
4930   public static class Viewport
4931   {
4932
4933     @XmlElement(name = "AnnotationColours", namespace = "www.jalview.org")
4934     protected AnnotationColourScheme annotationColours;
4935
4936     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
4937     protected List<JalviewModel.Viewport.HiddenColumns> hiddenColumns;
4938
4939     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
4940     protected List<JalviewModel.Viewport.CalcIdParam> calcIdParam;
4941
4942     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
4943     protected JalviewModel.Viewport.Overview overview;
4944
4945     @XmlAttribute(name = "conservationSelected")
4946     protected Boolean conservationSelected;
4947
4948     @XmlAttribute(name = "pidSelected")
4949     protected Boolean pidSelected;
4950
4951     @XmlAttribute(name = "bgColour")
4952     protected String bgColour;
4953
4954     @XmlAttribute(name = "consThreshold")
4955     protected Integer consThreshold;
4956
4957     @XmlAttribute(name = "pidThreshold")
4958     protected Integer pidThreshold;
4959
4960     @XmlAttribute(name = "title")
4961     protected String title;
4962
4963     @XmlAttribute(name = "showFullId")
4964     protected Boolean showFullId;
4965
4966     @XmlAttribute(name = "rightAlignIds")
4967     protected Boolean rightAlignIds;
4968
4969     @XmlAttribute(name = "showText")
4970     protected Boolean showText;
4971
4972     @XmlAttribute(name = "showColourText")
4973     protected Boolean showColourText;
4974
4975     @XmlAttribute(name = "showUnconserved")
4976     protected Boolean showUnconserved;
4977
4978     @XmlAttribute(name = "showBoxes")
4979     protected Boolean showBoxes;
4980
4981     @XmlAttribute(name = "wrapAlignment")
4982     protected Boolean wrapAlignment;
4983
4984     @XmlAttribute(name = "renderGaps")
4985     protected Boolean renderGaps;
4986
4987     @XmlAttribute(name = "showSequenceFeatures")
4988     protected Boolean showSequenceFeatures;
4989
4990     @XmlAttribute(name = "showNPfeatureTooltip")
4991     protected Boolean showNPfeatureTooltip;
4992
4993     @XmlAttribute(name = "showDbRefTooltip")
4994     protected Boolean showDbRefTooltip;
4995
4996     @XmlAttribute(name = "followHighlight")
4997     protected Boolean followHighlight;
4998
4999     @XmlAttribute(name = "followSelection")
5000     protected Boolean followSelection;
5001
5002     @XmlAttribute(name = "showAnnotation")
5003     protected Boolean showAnnotation;
5004
5005     @XmlAttribute(name = "centreColumnLabels")
5006     protected Boolean centreColumnLabels;
5007
5008     @XmlAttribute(name = "showGroupConservation")
5009     protected Boolean showGroupConservation;
5010
5011     @XmlAttribute(name = "showGroupConsensus")
5012     protected Boolean showGroupConsensus;
5013
5014     @XmlAttribute(name = "showConsensusHistogram")
5015     protected Boolean showConsensusHistogram;
5016
5017     @XmlAttribute(name = "showSequenceLogo")
5018     protected Boolean showSequenceLogo;
5019
5020     @XmlAttribute(name = "normaliseSequenceLogo")
5021     protected Boolean normaliseSequenceLogo;
5022
5023     @XmlAttribute(name = "ignoreGapsinConsensus")
5024     protected Boolean ignoreGapsinConsensus;
5025
5026     @XmlAttribute(name = "startRes")
5027     protected Integer startRes;
5028
5029     @XmlAttribute(name = "startSeq")
5030     protected Integer startSeq;
5031
5032     @XmlAttribute(name = "charWidth")
5033     protected Integer charWidth;
5034
5035     @XmlAttribute(name = "charHeight")
5036     protected Integer charHeight;
5037
5038     @XmlAttribute(name = "fontName")
5039     protected String fontName;
5040
5041     @XmlAttribute(name = "fontSize")
5042     protected Integer fontSize;
5043
5044     @XmlAttribute(name = "fontStyle")
5045     protected Integer fontStyle;
5046
5047     @XmlAttribute(name = "idWidth")
5048     protected Integer idWidth;
5049
5050     @XmlAttribute(name = "idWidthManuallyAdjusted")
5051     protected Boolean idWidthManuallyAdjusted;
5052
5053     @XmlAttribute(name = "scaleProteinAsCdna")
5054     protected Boolean scaleProteinAsCdna;
5055
5056     @XmlAttribute(name = "viewName")
5057     protected String viewName;
5058
5059     @XmlAttribute(name = "sequenceSetId")
5060     protected String sequenceSetId;
5061
5062     @XmlAttribute(name = "gatheredViews")
5063     protected Boolean gatheredViews;
5064
5065     @XmlAttribute(name = "textCol1")
5066     protected Integer textCol1;
5067
5068     @XmlAttribute(name = "textCol2")
5069     protected Integer textCol2;
5070
5071     @XmlAttribute(name = "textColThreshold")
5072     protected Integer textColThreshold;
5073
5074     @XmlAttribute(name = "id")
5075     @XmlJavaTypeAdapter(CollapsedStringAdapter.class)
5076     @XmlID
5077     @XmlSchemaType(name = "ID")
5078     protected String id;
5079
5080     @XmlAttribute(name = "complementId")
5081     protected String complementId;
5082
5083     @XmlAttribute(name = "showComplementFeatures")
5084     protected Boolean showComplementFeatures;
5085
5086     @XmlAttribute(name = "showComplementFeaturesOnTop")
5087     protected Boolean showComplementFeaturesOnTop;
5088
5089     @XmlAttribute(name = "width")
5090     protected Integer width;
5091
5092     @XmlAttribute(name = "height")
5093     protected Integer height;
5094
5095     @XmlAttribute(name = "xpos")
5096     protected Integer xpos;
5097
5098     @XmlAttribute(name = "ypos")
5099     protected Integer ypos;
5100
5101     /**
5102      * Gets the value of the annotationColours property.
5103      * 
5104      * @return possible object is {@link AnnotationColourScheme }
5105      * 
5106      */
5107     public AnnotationColourScheme getAnnotationColours()
5108     {
5109       return annotationColours;
5110     }
5111
5112     /**
5113      * Sets the value of the annotationColours property.
5114      * 
5115      * @param value
5116      *          allowed object is {@link AnnotationColourScheme }
5117      * 
5118      */
5119     public void setAnnotationColours(AnnotationColourScheme value)
5120     {
5121       this.annotationColours = value;
5122     }
5123
5124     /**
5125      * Gets the value of the hiddenColumns property.
5126      * 
5127      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
5128      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
5129      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
5130      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the hiddenColumns property.
5131      * 
5132      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
5133      * getHiddenColumns().add(newItem); &lt;/pre&gt;
5134      * 
5135      * 
5136      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
5137      * {@link JalviewModel.Viewport.HiddenColumns }
5138      * 
5139      * 
5140      */
5141     public List<JalviewModel.Viewport.HiddenColumns> getHiddenColumns()
5142     {
5143       if (hiddenColumns == null)
5144       {
5145         hiddenColumns = new ArrayList<JalviewModel.Viewport.HiddenColumns>();
5146       }
5147       return this.hiddenColumns;
5148     }
5149
5150     /**
5151      * Gets the value of the calcIdParam property.
5152      * 
5153      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
5154      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
5155      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
5156      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the calcIdParam property.
5157      * 
5158      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
5159      * getCalcIdParam().add(newItem); &lt;/pre&gt;
5160      * 
5161      * 
5162      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
5163      * {@link JalviewModel.Viewport.CalcIdParam }
5164      * 
5165      * 
5166      */
5167     public List<JalviewModel.Viewport.CalcIdParam> getCalcIdParam()
5168     {
5169       if (calcIdParam == null)
5170       {
5171         calcIdParam = new ArrayList<JalviewModel.Viewport.CalcIdParam>();
5172       }
5173       return this.calcIdParam;
5174     }
5175
5176     /**
5177      * Gets the value of the overview property.
5178      * 
5179      * @return possible object is {@link JalviewModel.Viewport.Overview }
5180      * 
5181      */
5182     public JalviewModel.Viewport.Overview getOverview()
5183     {
5184       return overview;
5185     }
5186
5187     /**
5188      * Sets the value of the overview property.
5189      * 
5190      * @param value
5191      *          allowed object is {@link JalviewModel.Viewport.Overview }
5192      * 
5193      */
5194     public void setOverview(JalviewModel.Viewport.Overview value)
5195     {
5196       this.overview = value;
5197     }
5198
5199     /**
5200      * Gets the value of the conservationSelected property.
5201      * 
5202      * @return possible object is {@link Boolean }
5203      * 
5204      */
5205     public Boolean isConservationSelected()
5206     {
5207       return conservationSelected;
5208     }
5209
5210     /**
5211      * Sets the value of the conservationSelected property.
5212      * 
5213      * @param value
5214      *          allowed object is {@link Boolean }
5215      * 
5216      */
5217     public void setConservationSelected(Boolean value)
5218     {
5219       this.conservationSelected = value;
5220     }
5221
5222     /**
5223      * Gets the value of the pidSelected property.
5224      * 
5225      * @return possible object is {@link Boolean }
5226      * 
5227      */
5228     public Boolean isPidSelected()
5229     {
5230       return pidSelected;
5231     }
5232
5233     /**
5234      * Sets the value of the pidSelected property.
5235      * 
5236      * @param value
5237      *          allowed object is {@link Boolean }
5238      * 
5239      */
5240     public void setPidSelected(Boolean value)
5241     {
5242       this.pidSelected = value;
5243     }
5244
5245     /**
5246      * Gets the value of the bgColour property.
5247      * 
5248      * @return possible object is {@link String }
5249      * 
5250      */
5251     public String getBgColour()
5252     {
5253       return bgColour;
5254     }
5255
5256     /**
5257      * Sets the value of the bgColour property.
5258      * 
5259      * @param value
5260      *          allowed object is {@link String }
5261      * 
5262      */
5263     public void setBgColour(String value)
5264     {
5265       this.bgColour = value;
5266     }
5267
5268     /**
5269      * Gets the value of the consThreshold property.
5270      * 
5271      * @return possible object is {@link Integer }
5272      * 
5273      */
5274     public Integer getConsThreshold()
5275     {
5276       return consThreshold;
5277     }
5278
5279     /**
5280      * Sets the value of the consThreshold property.
5281      * 
5282      * @param value
5283      *          allowed object is {@link Integer }
5284      * 
5285      */
5286     public void setConsThreshold(Integer value)
5287     {
5288       this.consThreshold = value;
5289     }
5290
5291     /**
5292      * Gets the value of the pidThreshold property.
5293      * 
5294      * @return possible object is {@link Integer }
5295      * 
5296      */
5297     public Integer getPidThreshold()
5298     {
5299       return pidThreshold;
5300     }
5301
5302     /**
5303      * Sets the value of the pidThreshold property.
5304      * 
5305      * @param value
5306      *          allowed object is {@link Integer }
5307      * 
5308      */
5309     public void setPidThreshold(Integer value)
5310     {
5311       this.pidThreshold = value;
5312     }
5313
5314     /**
5315      * Gets the value of the title property.
5316      * 
5317      * @return possible object is {@link String }
5318      * 
5319      */
5320     public String getTitle()
5321     {
5322       return title;
5323     }
5324
5325     /**
5326      * Sets the value of the title property.
5327      * 
5328      * @param value
5329      *          allowed object is {@link String }
5330      * 
5331      */
5332     public void setTitle(String value)
5333     {
5334       this.title = value;
5335     }
5336
5337     /**
5338      * Gets the value of the showFullId property.
5339      * 
5340      * @return possible object is {@link Boolean }
5341      * 
5342      */
5343     public Boolean isShowFullId()
5344     {
5345       return showFullId;
5346     }
5347
5348     /**
5349      * Sets the value of the showFullId property.
5350      * 
5351      * @param value
5352      *          allowed object is {@link Boolean }
5353      * 
5354      */
5355     public void setShowFullId(Boolean value)
5356     {
5357       this.showFullId = value;
5358     }
5359
5360     /**
5361      * Gets the value of the rightAlignIds property.
5362      * 
5363      * @return possible object is {@link Boolean }
5364      * 
5365      */
5366     public Boolean isRightAlignIds()
5367     {
5368       return rightAlignIds;
5369     }
5370
5371     /**
5372      * Sets the value of the rightAlignIds property.
5373      * 
5374      * @param value
5375      *          allowed object is {@link Boolean }
5376      * 
5377      */
5378     public void setRightAlignIds(Boolean value)
5379     {
5380       this.rightAlignIds = value;
5381     }
5382
5383     /**
5384      * Gets the value of the showText property.
5385      * 
5386      * @return possible object is {@link Boolean }
5387      * 
5388      */
5389     public Boolean isShowText()
5390     {
5391       return showText;
5392     }
5393
5394     /**
5395      * Sets the value of the showText property.
5396      * 
5397      * @param value
5398      *          allowed object is {@link Boolean }
5399      * 
5400      */
5401     public void setShowText(Boolean value)
5402     {
5403       this.showText = value;
5404     }
5405
5406     /**
5407      * Gets the value of the showColourText property.
5408      * 
5409      * @return possible object is {@link Boolean }
5410      * 
5411      */
5412     public Boolean isShowColourText()
5413     {
5414       return showColourText;
5415     }
5416
5417     /**
5418      * Sets the value of the showColourText property.
5419      * 
5420      * @param value
5421      *          allowed object is {@link Boolean }
5422      * 
5423      */
5424     public void setShowColourText(Boolean value)
5425     {
5426       this.showColourText = value;
5427     }
5428
5429     /**
5430      * Gets the value of the showUnconserved property.
5431      * 
5432      * @return possible object is {@link Boolean }
5433      * 
5434      */
5435     public boolean isShowUnconserved()
5436     {
5437       if (showUnconserved == null)
5438       {
5439         return false;
5440       }
5441       else
5442       {
5443         return showUnconserved;
5444       }
5445     }
5446
5447     /**
5448      * Sets the value of the showUnconserved property.
5449      * 
5450      * @param value
5451      *          allowed object is {@link Boolean }
5452      * 
5453      */
5454     public void setShowUnconserved(Boolean value)
5455     {
5456       this.showUnconserved = value;
5457     }
5458
5459     /**
5460      * Gets the value of the showBoxes property.
5461      * 
5462      * @return possible object is {@link Boolean }
5463      * 
5464      */
5465     public Boolean isShowBoxes()
5466     {
5467       return showBoxes;
5468     }
5469
5470     /**
5471      * Sets the value of the showBoxes property.
5472      * 
5473      * @param value
5474      *          allowed object is {@link Boolean }
5475      * 
5476      */
5477     public void setShowBoxes(Boolean value)
5478     {
5479       this.showBoxes = value;
5480     }
5481
5482     /**
5483      * Gets the value of the wrapAlignment property.
5484      * 
5485      * @return possible object is {@link Boolean }
5486      * 
5487      */
5488     public Boolean isWrapAlignment()
5489     {
5490       return wrapAlignment;
5491     }
5492
5493     /**
5494      * Sets the value of the wrapAlignment property.
5495      * 
5496      * @param value
5497      *          allowed object is {@link Boolean }
5498      * 
5499      */
5500     public void setWrapAlignment(Boolean value)
5501     {
5502       this.wrapAlignment = value;
5503     }
5504
5505     /**
5506      * Gets the value of the renderGaps property.
5507      * 
5508      * @return possible object is {@link Boolean }
5509      * 
5510      */
5511     public Boolean isRenderGaps()
5512     {
5513       return renderGaps;
5514     }
5515
5516     /**
5517      * Sets the value of the renderGaps property.
5518      * 
5519      * @param value
5520      *          allowed object is {@link Boolean }
5521      * 
5522      */
5523     public void setRenderGaps(Boolean value)
5524     {
5525       this.renderGaps = value;
5526     }
5527
5528     /**
5529      * Gets the value of the showSequenceFeatures property.
5530      * 
5531      * @return possible object is {@link Boolean }
5532      * 
5533      */
5534     public Boolean isShowSequenceFeatures()
5535     {
5536       return showSequenceFeatures;
5537     }
5538
5539     /**
5540      * Sets the value of the showSequenceFeatures property.
5541      * 
5542      * @param value
5543      *          allowed object is {@link Boolean }
5544      * 
5545      */
5546     public void setShowSequenceFeatures(Boolean value)
5547     {
5548       this.showSequenceFeatures = value;
5549     }
5550
5551     /**
5552      * Gets the value of the showNPfeatureTooltip property.
5553      * 
5554      * @return possible object is {@link Boolean }
5555      * 
5556      */
5557     public Boolean isShowNPfeatureTooltip()
5558     {
5559       return showNPfeatureTooltip;
5560     }
5561
5562     /**
5563      * Sets the value of the showNPfeatureTooltip property.
5564      * 
5565      * @param value
5566      *          allowed object is {@link Boolean }
5567      * 
5568      */
5569     public void setShowNPfeatureTooltip(Boolean value)
5570     {
5571       this.showNPfeatureTooltip = value;
5572     }
5573
5574     /**
5575      * Gets the value of the showDbRefTooltip property.
5576      * 
5577      * @return possible object is {@link Boolean }
5578      * 
5579      */
5580     public Boolean isShowDbRefTooltip()
5581     {
5582       return showDbRefTooltip;
5583     }
5584
5585     /**
5586      * Sets the value of the showDbRefTooltip property.
5587      * 
5588      * @param value
5589      *          allowed object is {@link Boolean }
5590      * 
5591      */
5592     public void setShowDbRefTooltip(Boolean value)
5593     {
5594       this.showDbRefTooltip = value;
5595     }
5596
5597     /**
5598      * Gets the value of the followHighlight property.
5599      * 
5600      * @return possible object is {@link Boolean }
5601      * 
5602      */
5603     public boolean isFollowHighlight()
5604     {
5605       if (followHighlight == null)
5606       {
5607         return true;
5608       }
5609       else
5610       {
5611         return followHighlight;
5612       }
5613     }
5614
5615     /**
5616      * Sets the value of the followHighlight property.
5617      * 
5618      * @param value
5619      *          allowed object is {@link Boolean }
5620      * 
5621      */
5622     public void setFollowHighlight(Boolean value)
5623     {
5624       this.followHighlight = value;
5625     }
5626
5627     /**
5628      * Gets the value of the followSelection property.
5629      * 
5630      * @return possible object is {@link Boolean }
5631      * 
5632      */
5633     public boolean isFollowSelection()
5634     {
5635       if (followSelection == null)
5636       {
5637         return true;
5638       }
5639       else
5640       {
5641         return followSelection;
5642       }
5643     }
5644
5645     /**
5646      * Sets the value of the followSelection property.
5647      * 
5648      * @param value
5649      *          allowed object is {@link Boolean }
5650      * 
5651      */
5652     public void setFollowSelection(Boolean value)
5653     {
5654       this.followSelection = value;
5655     }
5656
5657     /**
5658      * Gets the value of the showAnnotation property.
5659      * 
5660      * @return possible object is {@link Boolean }
5661      * 
5662      */
5663     public Boolean isShowAnnotation()
5664     {
5665       return showAnnotation;
5666     }
5667
5668     /**
5669      * Sets the value of the showAnnotation property.
5670      * 
5671      * @param value
5672      *          allowed object is {@link Boolean }
5673      * 
5674      */
5675     public void setShowAnnotation(Boolean value)
5676     {
5677       this.showAnnotation = value;
5678     }
5679
5680     /**
5681      * Gets the value of the centreColumnLabels property.
5682      * 
5683      * @return possible object is {@link Boolean }
5684      * 
5685      */
5686     public boolean isCentreColumnLabels()
5687     {
5688       if (centreColumnLabels == null)
5689       {
5690         return false;
5691       }
5692       else
5693       {
5694         return centreColumnLabels;
5695       }
5696     }
5697
5698     /**
5699      * Sets the value of the centreColumnLabels property.
5700      * 
5701      * @param value
5702      *          allowed object is {@link Boolean }
5703      * 
5704      */
5705     public void setCentreColumnLabels(Boolean value)
5706     {
5707       this.centreColumnLabels = value;
5708     }
5709
5710     /**
5711      * Gets the value of the showGroupConservation property.
5712      * 
5713      * @return possible object is {@link Boolean }
5714      * 
5715      */
5716     public boolean isShowGroupConservation()
5717     {
5718       if (showGroupConservation == null)
5719       {
5720         return false;
5721       }
5722       else
5723       {
5724         return showGroupConservation;
5725       }
5726     }
5727
5728     /**
5729      * Sets the value of the showGroupConservation property.
5730      * 
5731      * @param value
5732      *          allowed object is {@link Boolean }
5733      * 
5734      */
5735     public void setShowGroupConservation(Boolean value)
5736     {
5737       this.showGroupConservation = value;
5738     }
5739
5740     /**
5741      * Gets the value of the showGroupConsensus property.
5742      * 
5743      * @return possible object is {@link Boolean }
5744      * 
5745      */
5746     public boolean isShowGroupConsensus()
5747     {
5748       if (showGroupConsensus == null)
5749       {
5750         return false;
5751       }
5752       else
5753       {
5754         return showGroupConsensus;
5755       }
5756     }
5757
5758     /**
5759      * Sets the value of the showGroupConsensus property.
5760      * 
5761      * @param value
5762      *          allowed object is {@link Boolean }
5763      * 
5764      */
5765     public void setShowGroupConsensus(Boolean value)
5766     {
5767       this.showGroupConsensus = value;
5768     }
5769
5770     /**
5771      * Gets the value of the showConsensusHistogram property.
5772      * 
5773      * @return possible object is {@link Boolean }
5774      * 
5775      */
5776     public boolean isShowConsensusHistogram()
5777     {
5778       if (showConsensusHistogram == null)
5779       {
5780         return true;
5781       }
5782       else
5783       {
5784         return showConsensusHistogram;
5785       }
5786     }
5787
5788     /**
5789      * Sets the value of the showConsensusHistogram property.
5790      * 
5791      * @param value
5792      *          allowed object is {@link Boolean }
5793      * 
5794      */
5795     public void setShowConsensusHistogram(Boolean value)
5796     {
5797       this.showConsensusHistogram = value;
5798     }
5799
5800     /**
5801      * Gets the value of the showSequenceLogo property.
5802      * 
5803      * @return possible object is {@link Boolean }
5804      * 
5805      */
5806     public boolean isShowSequenceLogo()
5807     {
5808       if (showSequenceLogo == null)
5809       {
5810         return false;
5811       }
5812       else
5813       {
5814         return showSequenceLogo;
5815       }
5816     }
5817
5818     /**
5819      * Sets the value of the showSequenceLogo property.
5820      * 
5821      * @param value
5822      *          allowed object is {@link Boolean }
5823      * 
5824      */
5825     public void setShowSequenceLogo(Boolean value)
5826     {
5827       this.showSequenceLogo = value;
5828     }
5829
5830     /**
5831      * Gets the value of the normaliseSequenceLogo property.
5832      * 
5833      * @return possible object is {@link Boolean }
5834      * 
5835      */
5836     public boolean isNormaliseSequenceLogo()
5837     {
5838       if (normaliseSequenceLogo == null)
5839       {
5840         return false;
5841       }
5842       else
5843       {
5844         return normaliseSequenceLogo;
5845       }
5846     }
5847
5848     /**
5849      * Sets the value of the normaliseSequenceLogo property.
5850      * 
5851      * @param value
5852      *          allowed object is {@link Boolean }
5853      * 
5854      */
5855     public void setNormaliseSequenceLogo(Boolean value)
5856     {
5857       this.normaliseSequenceLogo = value;
5858     }
5859
5860     /**
5861      * Gets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
5862      * 
5863      * @return possible object is {@link Boolean }
5864      * 
5865      */
5866     public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
5867     {
5868       if (ignoreGapsinConsensus == null)
5869       {
5870         return true;
5871       }
5872       else
5873       {
5874         return ignoreGapsinConsensus;
5875       }
5876     }
5877
5878     /**
5879      * Sets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
5880      * 
5881      * @param value
5882      *          allowed object is {@link Boolean }
5883      * 
5884      */
5885     public void setIgnoreGapsinConsensus(Boolean value)
5886     {
5887       this.ignoreGapsinConsensus = value;
5888     }
5889
5890     /**
5891      * Gets the value of the startRes property.
5892      * 
5893      * @return possible object is {@link Integer }
5894      * 
5895      */
5896     public Integer getStartRes()
5897     {
5898       return startRes;
5899     }
5900
5901     /**
5902      * Sets the value of the startRes property.
5903      * 
5904      * @param value
5905      *          allowed object is {@link Integer }
5906      * 
5907      */
5908     public void setStartRes(Integer value)
5909     {
5910       this.startRes = value;
5911     }
5912
5913     /**
5914      * Gets the value of the startSeq property.
5915      * 
5916      * @return possible object is {@link Integer }
5917      * 
5918      */
5919     public Integer getStartSeq()
5920     {
5921       return startSeq;
5922     }
5923
5924     /**
5925      * Sets the value of the startSeq property.
5926      * 
5927      * @param value
5928      *          allowed object is {@link Integer }
5929      * 
5930      */
5931     public void setStartSeq(Integer value)
5932     {
5933       this.startSeq = value;
5934     }
5935
5936     /**
5937      * Gets the value of the charWidth property.
5938      * 
5939      * @return possible object is {@link Integer }
5940      * 
5941      */
5942     public Integer getCharWidth()
5943     {
5944       return charWidth;
5945     }
5946
5947     /**
5948      * Sets the value of the charWidth property.
5949      * 
5950      * @param value
5951      *          allowed object is {@link Integer }
5952      * 
5953      */
5954     public void setCharWidth(Integer value)
5955     {
5956       this.charWidth = value;
5957     }
5958
5959     /**
5960      * Gets the value of the charHeight property.
5961      * 
5962      * @return possible object is {@link Integer }
5963      * 
5964      */
5965     public Integer getCharHeight()
5966     {
5967       return charHeight;
5968     }
5969
5970     /**
5971      * Sets the value of the charHeight property.
5972      * 
5973      * @param value
5974      *          allowed object is {@link Integer }
5975      * 
5976      */
5977     public void setCharHeight(Integer value)
5978     {
5979       this.charHeight = value;
5980     }
5981
5982     /**
5983      * Gets the value of the fontName property.
5984      * 
5985      * @return possible object is {@link String }
5986      * 
5987      */
5988     public String getFontName()
5989     {
5990       return fontName;
5991     }
5992
5993     /**
5994      * Sets the value of the fontName property.
5995      * 
5996      * @param value
5997      *          allowed object is {@link String }
5998      * 
5999      */
6000     public void setFontName(String value)
6001     {
6002       this.fontName = value;
6003     }
6004
6005     /**
6006      * Gets the value of the fontSize property.
6007      * 
6008      * @return possible object is {@link Integer }
6009      * 
6010      */
6011     public Integer getFontSize()
6012     {
6013       return fontSize;
6014     }
6015
6016     /**
6017      * Sets the value of the fontSize property.
6018      * 
6019      * @param value
6020      *          allowed object is {@link Integer }
6021      * 
6022      */
6023     public void setFontSize(Integer value)
6024     {
6025       this.fontSize = value;
6026     }
6027
6028     /**
6029      * Gets the value of the fontStyle property.
6030      * 
6031      * @return possible object is {@link Integer }
6032      * 
6033      */
6034     public Integer getFontStyle()
6035     {
6036       return fontStyle;
6037     }
6038
6039     /**
6040      * Sets the value of the fontStyle property.
6041      * 
6042      * @param value
6043      *          allowed object is {@link Integer }
6044      * 
6045      */
6046     public void setFontStyle(Integer value)
6047     {
6048       this.fontStyle = value;
6049     }
6050
6051     /**
6052      * Gets the value of the idWidth property.
6053      * 
6054      * @return possible object is {@link Integer }
6055      * 
6056      */
6057     public Integer getIdWidth()
6058     {
6059       return idWidth;
6060     }
6061
6062     /**
6063      * Sets the value of the idWidth property.
6064      * 
6065      * @param value
6066      *          allowed object is {@link Integer }
6067      * 
6068      */
6069     public void setIdWidth(Integer value)
6070     {
6071       this.idWidth = value;
6072     }
6073
6074     /**
6075      * Gets the value of the idWidthManuallyAdjusted property.
6076      * 
6077      * @return possible object is {@link Boolean }
6078      * 
6079      */
6080     public Boolean isIdWidthManuallyAdjusted()
6081     {
6082       return idWidthManuallyAdjusted;
6083     }
6084
6085     /**
6086      * Sets the value of the idWidthManuallyAdjusted property.
6087      * 
6088      * @param value
6089      *          allowed object is {@link Boolean }
6090      * 
6091      */
6092     public void setIdWidthManuallyAdjusted(Boolean value)
6093     {
6094       this.idWidthManuallyAdjusted = value;
6095     }
6096
6097     /**
6098      * Gets the value of the scaleProteinAsCdna property.
6099      * 
6100      * @return possible object is {@link Boolean }
6101      * 
6102      */
6103     public boolean isScaleProteinAsCdna()
6104     {
6105       if (scaleProteinAsCdna == null)
6106       {
6107         return true;
6108       }
6109       else
6110       {
6111         return scaleProteinAsCdna;
6112       }
6113     }
6114
6115     /**
6116      * Sets the value of the scaleProteinAsCdna property.
6117      * 
6118      * @param value
6119      *          allowed object is {@link Boolean }
6120      * 
6121      */
6122     public void setScaleProteinAsCdna(Boolean value)
6123     {
6124       this.scaleProteinAsCdna = value;
6125     }
6126
6127     /**
6128      * Gets the value of the viewName property.
6129      * 
6130      * @return possible object is {@link String }
6131      * 
6132      */
6133     public String getViewName()
6134     {
6135       return viewName;
6136     }
6137
6138     /**
6139      * Sets the value of the viewName property.
6140      * 
6141      * @param value
6142      *          allowed object is {@link String }
6143      * 
6144      */
6145     public void setViewName(String value)
6146     {
6147       this.viewName = value;
6148     }
6149
6150     /**
6151      * Gets the value of the sequenceSetId property.
6152      * 
6153      * @return possible object is {@link String }
6154      * 
6155      */
6156     public String getSequenceSetId()
6157     {
6158       return sequenceSetId;
6159     }
6160
6161     /**
6162      * Sets the value of the sequenceSetId property.
6163      * 
6164      * @param value
6165      *          allowed object is {@link String }
6166      * 
6167      */
6168     public void setSequenceSetId(String value)
6169     {
6170       this.sequenceSetId = value;
6171     }
6172
6173     /**
6174      * Gets the value of the gatheredViews property.
6175      * 
6176      * @return possible object is {@link Boolean }
6177      * 
6178      */
6179     public Boolean isGatheredViews()
6180     {
6181       return gatheredViews;
6182     }
6183
6184     /**
6185      * Sets the value of the gatheredViews property.
6186      * 
6187      * @param value
6188      *          allowed object is {@link Boolean }
6189      * 
6190      */
6191     public void setGatheredViews(Boolean value)
6192     {
6193       this.gatheredViews = value;
6194     }
6195
6196     /**
6197      * Gets the value of the textCol1 property.
6198      * 
6199      * @return possible object is {@link Integer }
6200      * 
6201      */
6202     public Integer getTextCol1()
6203     {
6204       return textCol1;
6205     }
6206
6207     /**
6208      * Sets the value of the textCol1 property.
6209      * 
6210      * @param value
6211      *          allowed object is {@link Integer }
6212      * 
6213      */
6214     public void setTextCol1(Integer value)
6215     {
6216       this.textCol1 = value;
6217     }
6218
6219     /**
6220      * Gets the value of the textCol2 property.
6221      * 
6222      * @return possible object is {@link Integer }
6223      * 
6224      */
6225     public Integer getTextCol2()
6226     {
6227       return textCol2;
6228     }
6229
6230     /**
6231      * Sets the value of the textCol2 property.
6232      * 
6233      * @param value
6234      *          allowed object is {@link Integer }
6235      * 
6236      */
6237     public void setTextCol2(Integer value)
6238     {
6239       this.textCol2 = value;
6240     }
6241
6242     /**
6243      * Gets the value of the textColThreshold property.
6244      * 
6245      * @return possible object is {@link Integer }
6246      * 
6247      */
6248     public Integer getTextColThreshold()
6249     {
6250       return textColThreshold;
6251     }
6252
6253     /**
6254      * Sets the value of the textColThreshold property.
6255      * 
6256      * @param value
6257      *          allowed object is {@link Integer }
6258      * 
6259      */
6260     public void setTextColThreshold(Integer value)
6261     {
6262       this.textColThreshold = value;
6263     }
6264
6265     /**
6266      * Gets the value of the id property.
6267      * 
6268      * @return possible object is {@link String }
6269      * 
6270      */
6271     public String getId()
6272     {
6273       return id;
6274     }
6275
6276     /**
6277      * Sets the value of the id property.
6278      * 
6279      * @param value
6280      *          allowed object is {@link String }
6281      * 
6282      */
6283     public void setId(String value)
6284     {
6285       this.id = value;
6286     }
6287
6288     /**
6289      * Gets the value of the complementId property.
6290      * 
6291      * @return possible object is {@link String }
6292      * 
6293      */
6294     public String getComplementId()
6295     {
6296       return complementId;
6297     }
6298
6299     /**
6300      * Sets the value of the complementId property.
6301      * 
6302      * @param value
6303      *          allowed object is {@link String }
6304      * 
6305      */
6306     public void setComplementId(String value)
6307     {
6308       this.complementId = value;
6309     }
6310
6311     /**
6312      * Gets the value of the showComplementFeatures property.
6313      * 
6314      * @return possible object is {@link Boolean }
6315      * 
6316      */
6317     public boolean isShowComplementFeatures()
6318     {
6319       if (showComplementFeatures == null)
6320       {
6321         return false;
6322       }
6323       else
6324       {
6325         return showComplementFeatures;
6326       }
6327     }
6328
6329     /**
6330      * Sets the value of the showComplementFeatures property.
6331      * 
6332      * @param value
6333      *          allowed object is {@link Boolean }
6334      * 
6335      */
6336     public void setShowComplementFeatures(Boolean value)
6337     {
6338       this.showComplementFeatures = value;
6339     }
6340
6341     /**
6342      * Gets the value of the showComplementFeaturesOnTop property.
6343      * 
6344      * @return possible object is {@link Boolean }
6345      * 
6346      */
6347     public boolean isShowComplementFeaturesOnTop()
6348     {
6349       if (showComplementFeaturesOnTop == null)
6350       {
6351         return false;
6352       }
6353       else
6354       {
6355         return showComplementFeaturesOnTop;
6356       }
6357     }
6358
6359     /**
6360      * Sets the value of the showComplementFeaturesOnTop property.
6361      * 
6362      * @param value
6363      *          allowed object is {@link Boolean }
6364      * 
6365      */
6366     public void setShowComplementFeaturesOnTop(Boolean value)
6367     {
6368       this.showComplementFeaturesOnTop = value;
6369     }
6370
6371     /**
6372      * Gets the value of the width property.
6373      * 
6374      * @return possible object is {@link Integer }
6375      * 
6376      */
6377     public Integer getWidth()
6378     {
6379       return width;
6380     }
6381
6382     /**
6383      * Sets the value of the width property.
6384      * 
6385      * @param value
6386      *          allowed object is {@link Integer }
6387      * 
6388      */
6389     public void setWidth(Integer value)
6390     {
6391       this.width = value;
6392     }
6393
6394     /**
6395      * Gets the value of the height property.
6396      * 
6397      * @return possible object is {@link Integer }
6398      * 
6399      */
6400     public Integer getHeight()
6401     {
6402       return height;
6403     }
6404
6405     /**
6406      * Sets the value of the height property.
6407      * 
6408      * @param value
6409      *          allowed object is {@link Integer }
6410      * 
6411      */
6412     public void setHeight(Integer value)
6413     {
6414       this.height = value;
6415     }
6416
6417     /**
6418      * Gets the value of the xpos property.
6419      * 
6420      * @return possible object is {@link Integer }
6421      * 
6422      */
6423     public Integer getXpos()
6424     {
6425       return xpos;
6426     }
6427
6428     /**
6429      * Sets the value of the xpos property.
6430      * 
6431      * @param value
6432      *          allowed object is {@link Integer }
6433      * 
6434      */
6435     public void setXpos(Integer value)
6436     {
6437       this.xpos = value;
6438     }
6439
6440     /**
6441      * Gets the value of the ypos property.
6442      * 
6443      * @return possible object is {@link Integer }
6444      * 
6445      */
6446     public Integer getYpos()
6447     {
6448       return ypos;
6449     }
6450
6451     /**
6452      * Sets the value of the ypos property.
6453      * 
6454      * @param value
6455      *          allowed object is {@link Integer }
6456      * 
6457      */
6458     public void setYpos(Integer value)
6459     {
6460       this.ypos = value;
6461     }
6462
6463     /**
6464      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
6465      * 
6466      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
6467      * contained within this class.
6468      * 
6469      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
6470      * &amp;lt;extension
6471      * base="{www.jalview.org/xml/wsparamset}WebServiceParameterSet"&amp;gt;
6472      * &amp;lt;attribute name="calcId" use="required"
6473      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
6474      * &amp;lt;attribute name="needsUpdate"
6475      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false"
6476      * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="autoUpdate" use="required"
6477      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
6478      * &amp;lt;/extension&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
6479      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
6480      * 
6481      * 
6482      */
6483     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
6484     @XmlType(name = "")
6485     public static class CalcIdParam extends WebServiceParameterSet
6486     {
6487
6488       @XmlAttribute(name = "calcId", required = true)
6489       protected String calcId;
6490
6491       @XmlAttribute(name = "needsUpdate")
6492       protected Boolean needsUpdate;
6493
6494       @XmlAttribute(name = "autoUpdate", required = true)
6495       protected boolean autoUpdate;
6496
6497       /**
6498        * Gets the value of the calcId property.
6499        * 
6500        * @return possible object is {@link String }
6501        * 
6502        */
6503       public String getCalcId()
6504       {
6505         return calcId;
6506       }
6507
6508       /**
6509        * Sets the value of the calcId property.
6510        * 
6511        * @param value
6512        *          allowed object is {@link String }
6513        * 
6514        */
6515       public void setCalcId(String value)
6516       {
6517         this.calcId = value;
6518       }
6519
6520       /**
6521        * Gets the value of the needsUpdate property.
6522        * 
6523        * @return possible object is {@link Boolean }
6524        * 
6525        */
6526       public boolean isNeedsUpdate()
6527       {
6528         if (needsUpdate == null)
6529         {
6530           return false;
6531         }
6532         else
6533         {
6534           return needsUpdate;
6535         }
6536       }
6537
6538       /**
6539        * Sets the value of the needsUpdate property.
6540        * 
6541        * @param value
6542        *          allowed object is {@link Boolean }
6543        * 
6544        */
6545       public void setNeedsUpdate(Boolean value)
6546       {
6547         this.needsUpdate = value;
6548       }
6549
6550       /**
6551        * Gets the value of the autoUpdate property.
6552        * 
6553        */
6554       public boolean isAutoUpdate()
6555       {
6556         return autoUpdate;
6557       }
6558
6559       /**
6560        * Sets the value of the autoUpdate property.
6561        * 
6562        */
6563       public void setAutoUpdate(boolean value)
6564       {
6565         this.autoUpdate = value;
6566       }
6567
6568     }
6569
6570     /**
6571      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
6572      * 
6573      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
6574      * contained within this class.
6575      * 
6576      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
6577      * &amp;lt;restriction
6578      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
6579      * &amp;lt;attribute name="start"
6580      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
6581      * name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
6582      * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
6583      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
6584      * 
6585      * 
6586      */
6587     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
6588     @XmlType(name = "")
6589     public static class HiddenColumns
6590     {
6591
6592       @XmlAttribute(name = "start")
6593       protected Integer start;
6594
6595       @XmlAttribute(name = "end")
6596       protected Integer end;
6597
6598       /**
6599        * Gets the value of the start property.
6600        * 
6601        * @return possible object is {@link Integer }
6602        * 
6603        */
6604       public Integer getStart()
6605       {
6606         return start;
6607       }
6608
6609       /**
6610        * Sets the value of the start property.
6611        * 
6612        * @param value
6613        *          allowed object is {@link Integer }
6614        * 
6615        */
6616       public void setStart(Integer value)
6617       {
6618         this.start = value;
6619       }
6620
6621       /**
6622        * Gets the value of the end property.
6623        * 
6624        * @return possible object is {@link Integer }
6625        * 
6626        */
6627       public Integer getEnd()
6628       {
6629         return end;
6630       }
6631
6632       /**
6633        * Sets the value of the end property.
6634        * 
6635        * @param value
6636        *          allowed object is {@link Integer }
6637        * 
6638        */
6639       public void setEnd(Integer value)
6640       {
6641         this.end = value;
6642       }
6643
6644     }
6645
6646     /**
6647      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
6648      * 
6649      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
6650      * contained within this class.
6651      * 
6652      * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
6653      * &amp;lt;restriction
6654      * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attGroup
6655      * ref="{www.jalview.org}swingwindow"/&amp;gt; &amp;lt;attribute
6656      * name="showHidden" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
6657      * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="residueColour"
6658      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
6659      * name="gapColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
6660      * &amp;lt;attribute name="hiddenColour"
6661      * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
6662      * name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
6663      * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
6664      * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
6665      * 
6666      * 
6667      */
6668     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
6669     @XmlType(name = "")
6670     public static class Overview
6671     {
6672
6673       @XmlAttribute(name = "showHidden")
6674       protected Boolean showHidden;
6675
6676       @XmlAttribute(name = "residueColour")
6677       protected Integer residueColour;
6678
6679       @XmlAttribute(name = "gapColour")
6680       protected Integer gapColour;
6681
6682       @XmlAttribute(name = "hiddenColour")
6683       protected Integer hiddenColour;
6684
6685       @XmlAttribute(name = "title")
6686       protected String title;
6687
6688       @XmlAttribute(name = "width")
6689       protected Integer width;
6690
6691       @XmlAttribute(name = "height")
6692       protected Integer height;
6693
6694       @XmlAttribute(name = "xpos")
6695       protected Integer xpos;
6696
6697       @XmlAttribute(name = "ypos")
6698       protected Integer ypos;
6699
6700       /**
6701        * Gets the value of the showHidden property.
6702        * 
6703        * @return possible object is {@link Boolean }
6704        * 
6705        */
6706       public Boolean isShowHidden()
6707       {
6708         return showHidden;
6709       }
6710
6711       /**
6712        * Sets the value of the showHidden property.
6713        * 
6714        * @param value
6715        *          allowed object is {@link Boolean }
6716        * 
6717        */
6718       public void setShowHidden(Boolean value)
6719       {
6720         this.showHidden = value;
6721       }
6722
6723       /**
6724        * Gets the value of the residueColour property.
6725        * 
6726        * @return possible object is {@link Integer }
6727        * 
6728        */
6729       public Integer getResidueColour()
6730       {
6731         return residueColour;
6732       }
6733
6734       /**
6735        * Sets the value of the residueColour property.
6736        * 
6737        * @param value
6738        *          allowed object is {@link Integer }
6739        * 
6740        */
6741       public void setResidueColour(Integer value)
6742       {
6743         this.residueColour = value;
6744       }
6745
6746       /**
6747        * Gets the value of the gapColour property.
6748        * 
6749        * @return possible object is {@link Integer }
6750        * 
6751        */
6752       public Integer getGapColour()
6753       {
6754         return gapColour;
6755       }
6756
6757       /**
6758        * Sets the value of the gapColour property.
6759        * 
6760        * @param value
6761        *          allowed object is {@link Integer }
6762        * 
6763        */
6764       public void setGapColour(Integer value)
6765       {
6766         this.gapColour = value;
6767       }
6768
6769       /**
6770        * Gets the value of the hiddenColour property.
6771        * 
6772        * @return possible object is {@link Integer }
6773        * 
6774        */
6775       public Integer getHiddenColour()
6776       {
6777         return hiddenColour;
6778       }
6779
6780       /**
6781        * Sets the value of the hiddenColour property.
6782        * 
6783        * @param value
6784        *          allowed object is {@link Integer }
6785        * 
6786        */
6787       public void setHiddenColour(Integer value)
6788       {
6789         this.hiddenColour = value;
6790       }
6791
6792       /**
6793        * Gets the value of the title property.
6794        * 
6795        * @return possible object is {@link String }
6796        * 
6797        */
6798       public String getTitle()
6799       {
6800         return title;
6801       }
6802
6803       /**
6804        * Sets the value of the title property.
6805        * 
6806        * @param value
6807        *          allowed object is {@link String }
6808        * 
6809        */
6810       public void setTitle(String value)
6811       {
6812         this.title = value;
6813       }
6814
6815       /**
6816        * Gets the value of the width property.
6817        * 
6818        * @return possible object is {@link Integer }
6819        * 
6820        */
6821       public Integer getWidth()
6822       {
6823         return width;
6824       }
6825
6826       /**
6827        * Sets the value of the width property.
6828        * 
6829        * @param value
6830        *          allowed object is {@link Integer }
6831        * 
6832        */
6833       public void setWidth(Integer value)
6834       {
6835         this.width = value;
6836       }
6837
6838       /**
6839        * Gets the value of the height property.
6840        * 
6841        * @return possible object is {@link Integer }
6842        * 
6843        */
6844       public Integer getHeight()
6845       {
6846         return height;
6847       }
6848
6849       /**
6850        * Sets the value of the height property.
6851        * 
6852        * @param value
6853        *          allowed object is {@link Integer }
6854        * 
6855        */
6856       public void setHeight(Integer value)
6857       {
6858         this.height = value;
6859       }
6860
6861       /**
6862        * Gets the value of the xpos property.
6863        * 
6864        * @return possible object is {@link Integer }
6865        * 
6866        */
6867       public Integer getXpos()
6868       {
6869         return xpos;
6870       }
6871
6872       /**
6873        * Sets the value of the xpos property.
6874        * 
6875        * @param value
6876        *          allowed object is {@link Integer }
6877        * 
6878        */
6879       public void setXpos(Integer value)
6880       {
6881         this.xpos = value;
6882       }
6883
6884       /**
6885        * Gets the value of the ypos property.
6886        * 
6887        * @return possible object is {@link Integer }
6888        * 
6889        */
6890       public Integer getYpos()
6891       {
6892         return ypos;
6893       }
6894
6895       /**
6896        * Sets the value of the ypos property.
6897        * 
6898        * @param value
6899        *          allowed object is {@link Integer }
6900        * 
6901        */
6902       public void setYpos(Integer value)
6903       {
6904         this.ypos = value;
6905       }
6906
6907     }
6908
6909   }
6910
6911 }