src/jalview/xml/binding/jalview/MatrixType.java

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   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.math.BigInteger;
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  18
  19 /**
  20  * <p>
  21  * Java class for MatrixType complex type.
  22  *
  23  * <p>
  24  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  25  * this class.
  26  *
  27  * <pre>
  28  * &lt;complexType name="MatrixType">
  29  *   &lt;complexContent>
  30  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  31  *       &lt;sequence>
  32  *         &lt;element name="elements" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
  33  *         &lt;element name="groups" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  34  *         &lt;element name="newick" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  35  *         &lt;element name="property" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}property" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  36  *         &lt;element name="mapping" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}mapListType" minOccurs="0"/>
  37  *       &lt;/sequence>
  38  *       &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  39  *       &lt;attribute name="rows" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
  40  *       &lt;attribute name="cols" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
  41  *       &lt;attribute name="treeMethod" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  42  *       &lt;attribute name="cutHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" />
  43  *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  44  *     &lt;/restriction>
  45  *   &lt;/complexContent>
  46  * &lt;/complexType>
  47  * </pre>
  48  *
  49  *
  50  */
  51 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  52 @XmlType(
  53   name = "MatrixType",
  54   propOrder =
  55   { "elements", "groups", "newick", "property", "mapping" })
  56 public class MatrixType
  57 {
  58
  59   @XmlElement(required = true)
  60   protected String elements;
  61
  62   protected List<String> groups;
  63
  64   protected List<String> newick;
  65
  66   protected List<Property> property;
  67
  68   protected MapListType mapping;
  69
  70   @XmlAttribute(name = "type", required = true)
  71   protected String type;
  72
  73   @XmlAttribute(name = "rows", required = true)
  74   protected BigInteger rows;
  75
  76   @XmlAttribute(name = "cols", required = true)
  77   protected BigInteger cols;
  78
  79   @XmlAttribute(name = "treeMethod")
  80   protected String treeMethod;
  81
  82   @XmlAttribute(name = "cutHeight")
  83   protected Double cutHeight;
  84
  85   @XmlAttribute(name = "id")
  86   protected String id;
  87
  88   /**
  89    * Gets the value of the elements property.
  90    *
  91    * @return possible object is {@link String }
  92    *
  93    */
  94   public String getElements()
  95   {
  96     return elements;
  97   }
  98
  99   /**
 100    * Sets the value of the elements property.
 101    *
 102    * @param value
 103    *          allowed object is {@link String }
 104    *
 105    */
 106   public void setElements(String value)
 107   {
 108     this.elements = value;
 109   }
 110
 111   /**
 112    * Gets the value of the groups property.
 113    *
 114    * <p>
 115    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 116    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 117    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 118    * for the groups property.
 119    *
 120    * <p>
 121    * For example, to add a new item, do as follows:
 122    *
 123    * <pre>
 124    * getGroups().add(newItem);
 125    * </pre>
 126    *
 127    *
 128    * <p>
 129    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
 130    *
 131    *
 132    */
 133   public List<String> getGroups()
 134   {
 135     if (groups == null)
 136     {
 137       groups = new ArrayList<String>();
 138     }
 139     return this.groups;
 140   }
 141
 142   /**
 143    * Gets the value of the newick property.
 144    *
 145    * <p>
 146    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 147    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 148    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 149    * for the newick property.
 150    *
 151    * <p>
 152    * For example, to add a new item, do as follows:
 153    *
 154    * <pre>
 155    * getNewick().add(newItem);
 156    * </pre>
 157    *
 158    *
 159    * <p>
 160    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
 161    *
 162    *
 163    */
 164   public List<String> getNewick()
 165   {
 166     if (newick == null)
 167     {
 168       newick = new ArrayList<String>();
 169     }
 170     return this.newick;
 171   }
 172
 173   /**
 174    * Gets the value of the property property.
 175    *
 176    * <p>
 177    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 178    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 179    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 180    * for the property property.
 181    *
 182    * <p>
 183    * For example, to add a new item, do as follows:
 184    *
 185    * <pre>
 186    * getProperty().add(newItem);
 187    * </pre>
 188    *
 189    *
 190    * <p>
 191    * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Property }
 192    *
 193    *
 194    */
 195   public List<Property> getProperty()
 196   {
 197     if (property == null)
 198     {
 199       property = new ArrayList<Property>();
 200     }
 201     return this.property;
 202   }
 203
 204   /**
 205    * Gets the value of the mapping property.
 206    *
 207    * @return possible object is {@link MapListType }
 208    *
 209    */
 210   public MapListType getMapping()
 211   {
 212     return mapping;
 213   }
 214
 215   /**
 216    * Sets the value of the mapping property.
 217    *
 218    * @param value
 219    *          allowed object is {@link MapListType }
 220    *
 221    */
 222   public void setMapping(MapListType value)
 223   {
 224     this.mapping = value;
 225   }
 226
 227   /**
 228    * Gets the value of the type property.
 229    *
 230    * @return possible object is {@link String }
 231    *
 232    */
 233   public String getType()
 234   {
 235     return type;
 236   }
 237
 238   /**
 239    * Sets the value of the type property.
 240    *
 241    * @param value
 242    *          allowed object is {@link String }
 243    *
 244    */
 245   public void setType(String value)
 246   {
 247     this.type = value;
 248   }
 249
 250   /**
 251    * Gets the value of the rows property.
 252    *
 253    * @return possible object is {@link BigInteger }
 254    *
 255    */
 256   public BigInteger getRows()
 257   {
 258     return rows;
 259   }
 260
 261   /**
 262    * Sets the value of the rows property.
 263    *
 264    * @param value
 265    *          allowed object is {@link BigInteger }
 266    *
 267    */
 268   public void setRows(BigInteger value)
 269   {
 270     this.rows = value;
 271   }
 272
 273   /**
 274    * Gets the value of the cols property.
 275    *
 276    * @return possible object is {@link BigInteger }
 277    *
 278    */
 279   public BigInteger getCols()
 280   {
 281     return cols;
 282   }
 283
 284   /**
 285    * Sets the value of the cols property.
 286    *
 287    * @param value
 288    *          allowed object is {@link BigInteger }
 289    *
 290    */
 291   public void setCols(BigInteger value)
 292   {
 293     this.cols = value;
 294   }
 295
 296   /**
 297    * Gets the value of the treeMethod property.
 298    *
 299    * @return possible object is {@link String }
 300    *
 301    */
 302   public String getTreeMethod()
 303   {
 304     return treeMethod;
 305   }
 306
 307   /**
 308    * Sets the value of the treeMethod property.
 309    *
 310    * @param value
 311    *          allowed object is {@link String }
 312    *
 313    */
 314   public void setTreeMethod(String value)
 315   {
 316     this.treeMethod = value;
 317   }
 318
 319   /**
 320    * Gets the value of the cutHeight property.
 321    *
 322    * @return possible object is {@link Double }
 323    *
 324    */
 325   public Double getCutHeight()
 326   {
 327     return cutHeight;
 328   }
 329
 330   /**
 331    * Sets the value of the cutHeight property.
 332    *
 333    * @param value
 334    *          allowed object is {@link Double }
 335    *
 336    */
 337   public void setCutHeight(Double value)
 338   {
 339     this.cutHeight = value;
 340   }
 341
 342   /**
 343    * Gets the value of the id property.
 344    *
 345    * @return possible object is {@link String }
 346    *
 347    */
 348   public String getId()
 349   {
 350     return id;
 351   }
 352
 353   /**
 354    * Sets the value of the id property.
 355    *
 356    * @param value
 357    *          allowed object is {@link String }
 358    *
 359    */
 360   public void setId(String value)
 361   {
 362     this.id = value;
 363   }
 364
 365 }