src/jalview/xml/binding/jalview/Sequence.java

   1 //
   2 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802
   3 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a>
   4 // Any modifications to this file will be lost upon recompilation of the source schema.
   5 // Generated on: 2023.03.17 at 05:31:44 PM GMT
   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  18
  19 /**
  20  * <p>
  21  * Java class for anonymous complex type.
  22  *
  23  * <p>
  24  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  25  * this class.
  26  *
  27  * <pre>
  28  * &lt;complexType>
  29  *   &lt;complexContent>
  30  *     &lt;extension base="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}SequenceType">
  31  *       &lt;sequence>
  32  *         &lt;element name="DBRef" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  33  *           &lt;complexType>
  34  *             &lt;complexContent>
  35  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  36  *                 &lt;sequence>
  37  *                   &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/>
  38  *                 &lt;/sequence>
  39  *                 &lt;attribute name="source" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  40  *                 &lt;attribute name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  41  *                 &lt;attribute name="accessionId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  42  *                 &lt;attribute name="locus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
  43  *                 &lt;attribute name="canonical" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
  44  *               &lt;/restriction>
  45  *             &lt;/complexContent>
  46  *           &lt;/complexType>
  47  *         &lt;/element>
  48  *       &lt;/sequence>
  49  *       &lt;attribute name="dsseqid" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  50  *       &lt;attribute name="biotype" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  51  *     &lt;/extension>
  52  *   &lt;/complexContent>
  53  * &lt;/complexType>
  54  * </pre>
  55  *
  56  *
  57  */
  58 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  59 @XmlType(name = "", propOrder = { "dbRef" })
  60 @XmlRootElement(name = "Sequence")
  61 public class Sequence extends SequenceType
  62 {
  63
  64   @XmlElement(name = "DBRef")
  65   protected List<Sequence.DBRef> dbRef;
  66
  67   @XmlAttribute(name = "dsseqid")
  68   protected String dsseqid;
  69
  70   @XmlAttribute(name = "biotype")
  71   protected String biotype;
  72
  73   /**
  74    * Gets the value of the dbRef property.
  75    *
  76    * <p>
  77    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
  78    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
  79    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
  80    * for the dbRef property.
  81    *
  82    * <p>
  83    * For example, to add a new item, do as follows:
  84    *
  85    * <pre>
  86    * getDBRef().add(newItem);
  87    * </pre>
  88    *
  89    *
  90    * <p>
  91    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
  92    * {@link Sequence.DBRef }
  93    *
  94    *
  95    */
  96   public List<Sequence.DBRef> getDBRef()
  97   {
  98     if (dbRef == null)
  99     {
 100       dbRef = new ArrayList<Sequence.DBRef>();
 101     }
 102     return this.dbRef;
 103   }
 104
 105   /**
 106    * Gets the value of the dsseqid property.
 107    *
 108    * @return possible object is {@link String }
 109    *
 110    */
 111   public String getDsseqid()
 112   {
 113     return dsseqid;
 114   }
 115
 116   /**
 117    * Sets the value of the dsseqid property.
 118    *
 119    * @param value
 120    *          allowed object is {@link String }
 121    *
 122    */
 123   public void setDsseqid(String value)
 124   {
 125     this.dsseqid = value;
 126   }
 127
 128   /**
 129    * Gets the value of the biotype property.
 130    *
 131    * @return possible object is {@link String }
 132    *
 133    */
 134   public String getBiotype()
 135   {
 136     return biotype;
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Sets the value of the biotype property.
 141    *
 142    * @param value
 143    *          allowed object is {@link String }
 144    *
 145    */
 146   public void setBiotype(String value)
 147   {
 148     this.biotype = value;
 149   }
 150
 151   /**
 152    * <p>
 153    * Java class for anonymous complex type.
 154    *
 155    * <p>
 156    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 157    * within this class.
 158    *
 159    * <pre>
 160    * &lt;complexType>
 161    *   &lt;complexContent>
 162    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 163    *       &lt;sequence>
 164    *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/>
 165    *       &lt;/sequence>
 166    *       &lt;attribute name="source" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 167    *       &lt;attribute name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 168    *       &lt;attribute name="accessionId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 169    *       &lt;attribute name="locus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 170    *       &lt;attribute name="canonical" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 171    *     &lt;/restriction>
 172    *   &lt;/complexContent>
 173    * &lt;/complexType>
 174    * </pre>
 175    *
 176    *
 177    */
 178   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 179   @XmlType(name = "", propOrder = { "mapping" })
 180   public static class DBRef
 181   {
 182
 183     @XmlElement(name = "Mapping")
 184     protected Mapping mapping;
 185
 186     @XmlAttribute(name = "source")
 187     protected String source;
 188
 189     @XmlAttribute(name = "version")
 190     protected String version;
 191
 192     @XmlAttribute(name = "accessionId")
 193     protected String accessionId;
 194
 195     @XmlAttribute(name = "locus")
 196     protected Boolean locus;
 197
 198     @XmlAttribute(name = "canonical")
 199     protected Boolean canonical;
 200
 201     /**
 202      * Gets the value of the mapping property.
 203      *
 204      * @return possible object is {@link Mapping }
 205      *
 206      */
 207     public Mapping getMapping()
 208     {
 209       return mapping;
 210     }
 211
 212     /**
 213      * Sets the value of the mapping property.
 214      *
 215      * @param value
 216      *          allowed object is {@link Mapping }
 217      *
 218      */
 219     public void setMapping(Mapping value)
 220     {
 221       this.mapping = value;
 222     }
 223
 224     /**
 225      * Gets the value of the source property.
 226      *
 227      * @return possible object is {@link String }
 228      *
 229      */
 230     public String getSource()
 231     {
 232       return source;
 233     }
 234
 235     /**
 236      * Sets the value of the source property.
 237      *
 238      * @param value
 239      *          allowed object is {@link String }
 240      *
 241      */
 242     public void setSource(String value)
 243     {
 244       this.source = value;
 245     }
 246
 247     /**
 248      * Gets the value of the version property.
 249      *
 250      * @return possible object is {@link String }
 251      *
 252      */
 253     public String getVersion()
 254     {
 255       return version;
 256     }
 257
 258     /**
 259      * Sets the value of the version property.
 260      *
 261      * @param value
 262      *          allowed object is {@link String }
 263      *
 264      */
 265     public void setVersion(String value)
 266     {
 267       this.version = value;
 268     }
 269
 270     /**
 271      * Gets the value of the accessionId property.
 272      *
 273      * @return possible object is {@link String }
 274      *
 275      */
 276     public String getAccessionId()
 277     {
 278       return accessionId;
 279     }
 280
 281     /**
 282      * Sets the value of the accessionId property.
 283      *
 284      * @param value
 285      *          allowed object is {@link String }
 286      *
 287      */
 288     public void setAccessionId(String value)
 289     {
 290       this.accessionId = value;
 291     }
 292
 293     /**
 294      * Gets the value of the locus property.
 295      *
 296      * @return possible object is {@link Boolean }
 297      *
 298      */
 299     public boolean isLocus()
 300     {
 301       if (locus == null)
 302       {
 303         return false;
 304       }
 305       else
 306       {
 307         return locus;
 308       }
 309     }
 310
 311     /**
 312      * Sets the value of the locus property.
 313      *
 314      * @param value
 315      *          allowed object is {@link Boolean }
 316      *
 317      */
 318     public void setLocus(Boolean value)
 319     {
 320       this.locus = value;
 321     }
 322
 323     /**
 324      * Gets the value of the canonical property.
 325      *
 326      * @return possible object is {@link Boolean }
 327      *
 328      */
 329     public boolean isCanonical()
 330     {
 331       if (canonical == null)
 332       {
 333         return false;
 334       }
 335       else
 336       {
 337         return canonical;
 338       }
 339     }
 340
 341     /**
 342      * Sets the value of the canonical property.
 343      *
 344      * @param value
 345      *          allowed object is {@link Boolean }
 346      *
 347      */
 348     public void setCanonical(Boolean value)
 349     {
 350       this.canonical = value;
 351     }
 352
 353   }
 354
 355 }