src/jalview/xml/binding/jalview/Sequence.java

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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20
  21 /**
  22  * <p>Java class for anonymous complex type.
  23  *
  24  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  25  *
  26  * <pre>
  27  * &lt;complexType>
  28  *   &lt;complexContent>
  29  *     &lt;extension base="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}SequenceType">
  30  *       &lt;sequence>
  31  *         &lt;element name="DBRef" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  32  *           &lt;complexType>
  33  *             &lt;complexContent>
  34  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  35  *                 &lt;sequence>
  36  *                   &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/>
  37  *                 &lt;/sequence>
  38  *                 &lt;attribute name="source" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  39  *                 &lt;attribute name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  40  *                 &lt;attribute name="accessionId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  41  *                 &lt;attribute name="locus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
  42  *               &lt;/restriction>
  43  *             &lt;/complexContent>
  44  *           &lt;/complexType>
  45  *         &lt;/element>
  46  *       &lt;/sequence>
  47  *       &lt;attribute name="dsseqid" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  48  *     &lt;/extension>
  49  *   &lt;/complexContent>
  50  * &lt;/complexType>
  51  * </pre>
  52  *
  53  *
  54  */
  55 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  56 @XmlType(name = "", propOrder = {
  57     "dbRef"
  58 })
  59 @XmlRootElement(name = "Sequence")
  60 public class Sequence
  61     extends SequenceType
  62 {
  63
  64     @XmlElement(name = "DBRef")
  65     protected List<Sequence.DBRef> dbRef;
  66     @XmlAttribute(name = "dsseqid")
  67     protected String dsseqid;
  68
  69     /**
  70      * Gets the value of the dbRef property.
  71      *
  72      * <p>
  73      * This accessor method returns a reference to the live list,
  74      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
  75      * returned list will be present inside the JAXB object.
  76      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the dbRef property.
  77      *
  78      * <p>
  79      * For example, to add a new item, do as follows:
  80      * <pre>
  81      *    getDBRef().add(newItem);
  82      * </pre>
  83      *
  84      *
  85      * <p>
  86      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
  87      * {@link Sequence.DBRef }
  88      *
  89      *
  90      */
  91     public List<Sequence.DBRef> getDBRef() {
  92         if (dbRef == null) {
  93             dbRef = new ArrayList<Sequence.DBRef>();
  94         }
  95         return this.dbRef;
  96     }
  97
  98     /**
  99      * Gets the value of the dsseqid property.
 100      *
 101      * @return
 102      *     possible object is
 103      *     {@link String }
 104      *
 105      */
 106     public String getDsseqid() {
 107         return dsseqid;
 108     }
 109
 110     /**
 111      * Sets the value of the dsseqid property.
 112      *
 113      * @param value
 114      *     allowed object is
 115      *     {@link String }
 116      *
 117      */
 118     public void setDsseqid(String value) {
 119         this.dsseqid = value;
 120     }
 121
 122
 123     /**
 124      * <p>Java class for anonymous complex type.
 125      *
 126      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 127      *
 128      * <pre>
 129      * &lt;complexType>
 130      *   &lt;complexContent>
 131      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 132      *       &lt;sequence>
 133      *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/>
 134      *       &lt;/sequence>
 135      *       &lt;attribute name="source" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 136      *       &lt;attribute name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 137      *       &lt;attribute name="accessionId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 138      *       &lt;attribute name="locus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 139      *     &lt;/restriction>
 140      *   &lt;/complexContent>
 141      * &lt;/complexType>
 142      * </pre>
 143      *
 144      *
 145      */
 146     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 147     @XmlType(name = "", propOrder = {
 148         "mapping"
 149     })
 150     public static class DBRef {
 151
 152         @XmlElement(name = "Mapping")
 153         protected Mapping mapping;
 154         @XmlAttribute(name = "source")
 155         protected String source;
 156         @XmlAttribute(name = "version")
 157         protected String version;
 158         @XmlAttribute(name = "accessionId")
 159         protected String accessionId;
 160         @XmlAttribute(name = "locus")
 161         protected Boolean locus;
 162
 163         /**
 164          * Gets the value of the mapping property.
 165          *
 166          * @return
 167          *     possible object is
 168          *     {@link Mapping }
 169          *
 170          */
 171         public Mapping getMapping() {
 172             return mapping;
 173         }
 174
 175         /**
 176          * Sets the value of the mapping property.
 177          *
 178          * @param value
 179          *     allowed object is
 180          *     {@link Mapping }
 181          *
 182          */
 183         public void setMapping(Mapping value) {
 184             this.mapping = value;
 185         }
 186
 187         /**
 188          * Gets the value of the source property.
 189          *
 190          * @return
 191          *     possible object is
 192          *     {@link String }
 193          *
 194          */
 195         public String getSource() {
 196             return source;
 197         }
 198
 199         /**
 200          * Sets the value of the source property.
 201          *
 202          * @param value
 203          *     allowed object is
 204          *     {@link String }
 205          *
 206          */
 207         public void setSource(String value) {
 208             this.source = value;
 209         }
 210
 211         /**
 212          * Gets the value of the version property.
 213          *
 214          * @return
 215          *     possible object is
 216          *     {@link String }
 217          *
 218          */
 219         public String getVersion() {
 220             return version;
 221         }
 222
 223         /**
 224          * Sets the value of the version property.
 225          *
 226          * @param value
 227          *     allowed object is
 228          *     {@link String }
 229          *
 230          */
 231         public void setVersion(String value) {
 232             this.version = value;
 233         }
 234
 235         /**
 236          * Gets the value of the accessionId property.
 237          *
 238          * @return
 239          *     possible object is
 240          *     {@link String }
 241          *
 242          */
 243         public String getAccessionId() {
 244             return accessionId;
 245         }
 246
 247         /**
 248          * Sets the value of the accessionId property.
 249          *
 250          * @param value
 251          *     allowed object is
 252          *     {@link String }
 253          *
 254          */
 255         public void setAccessionId(String value) {
 256             this.accessionId = value;
 257         }
 258
 259         /**
 260          * Gets the value of the locus property.
 261          *
 262          * @return
 263          *     possible object is
 264          *     {@link Boolean }
 265          *
 266          */
 267         public boolean isLocus() {
 268             if (locus == null) {
 269                 return false;
 270             } else {
 271                 return locus;
 272             }
 273         }
 274
 275         /**
 276          * Sets the value of the locus property.
 277          *
 278          * @param value
 279          *     allowed object is
 280          *     {@link Boolean }
 281          *
 282          */
 283         public void setLocus(Boolean value) {
 284             this.locus = value;
 285         }
 286
 287     }
 288
 289 }