src/jalview/xml/binding/jalview/Sequence.java

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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20
  21 /**
  22  * <p>Java class for anonymous complex type.
  23  *
  24  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  25  *
  26  * <pre>
  27  * &lt;complexType>
  28  *   &lt;complexContent>
  29  *     &lt;extension base="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}SequenceType">
  30  *       &lt;sequence>
  31  *         &lt;element name="DBRef" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  32  *           &lt;complexType>
  33  *             &lt;complexContent>
  34  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  35  *                 &lt;sequence>
  36  *                   &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/>
  37  *                 &lt;/sequence>
  38  *                 &lt;attribute name="source" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  39  *                 &lt;attribute name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  40  *                 &lt;attribute name="accessionId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  41  *                 &lt;attribute name="locus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
  42  *               &lt;/restriction>
  43  *             &lt;/complexContent>
  44  *           &lt;/complexType>
  45  *         &lt;/element>
  46  *       &lt;/sequence>
  47  *       &lt;attribute name="dsseqid" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  48  *       &lt;attribute name="biotype" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  49  *     &lt;/extension>
  50  *   &lt;/complexContent>
  51  * &lt;/complexType>
  52  * </pre>
  53  *
  54  *
  55  */
  56 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  57 @XmlType(name = "", propOrder = {
  58     "dbRef"
  59 })
  60 @XmlRootElement(name = "Sequence")
  61 public class Sequence
  62     extends SequenceType
  63 {
  64
  65     @XmlElement(name = "DBRef")
  66     protected List<Sequence.DBRef> dbRef;
  67     @XmlAttribute(name = "dsseqid")
  68     protected String dsseqid;
  69     @XmlAttribute(name = "biotype")
  70     protected String biotype;
  71
  72     /**
  73      * Gets the value of the dbRef property.
  74      *
  75      * <p>
  76      * This accessor method returns a reference to the live list,
  77      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
  78      * returned list will be present inside the JAXB object.
  79      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the dbRef property.
  80      *
  81      * <p>
  82      * For example, to add a new item, do as follows:
  83      * <pre>
  84      *    getDBRef().add(newItem);
  85      * </pre>
  86      *
  87      *
  88      * <p>
  89      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
  90      * {@link Sequence.DBRef }
  91      *
  92      *
  93      */
  94     public List<Sequence.DBRef> getDBRef() {
  95         if (dbRef == null) {
  96             dbRef = new ArrayList<Sequence.DBRef>();
  97         }
  98         return this.dbRef;
  99     }
 100
 101     /**
 102      * Gets the value of the dsseqid property.
 103      *
 104      * @return
 105      *     possible object is
 106      *     {@link String }
 107      *
 108      */
 109     public String getDsseqid() {
 110         return dsseqid;
 111     }
 112
 113     /**
 114      * Sets the value of the dsseqid property.
 115      *
 116      * @param value
 117      *     allowed object is
 118      *     {@link String }
 119      *
 120      */
 121     public void setDsseqid(String value) {
 122         this.dsseqid = value;
 123     }
 124
 125     /**
 126      * Gets the value of the biotype property.
 127      *
 128      * @return
 129      *     possible object is
 130      *     {@link String }
 131      *
 132      */
 133     public String getBiotype() {
 134         return biotype;
 135     }
 136
 137     /**
 138      * Sets the value of the biotype property.
 139      *
 140      * @param value
 141      *     allowed object is
 142      *     {@link String }
 143      *
 144      */
 145     public void setBiotype(String value) {
 146         this.biotype = value;
 147     }
 148
 149
 150     /**
 151      * <p>Java class for anonymous complex type.
 152      *
 153      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 154      *
 155      * <pre>
 156      * &lt;complexType>
 157      *   &lt;complexContent>
 158      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 159      *       &lt;sequence>
 160      *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/>
 161      *       &lt;/sequence>
 162      *       &lt;attribute name="source" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 163      *       &lt;attribute name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 164      *       &lt;attribute name="accessionId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 165      *       &lt;attribute name="locus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 166      *     &lt;/restriction>
 167      *   &lt;/complexContent>
 168      * &lt;/complexType>
 169      * </pre>
 170      *
 171      *
 172      */
 173     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 174     @XmlType(name = "", propOrder = {
 175         "mapping"
 176     })
 177     public static class DBRef {
 178
 179         @XmlElement(name = "Mapping")
 180         protected Mapping mapping;
 181         @XmlAttribute(name = "source")
 182         protected String source;
 183         @XmlAttribute(name = "version")
 184         protected String version;
 185         @XmlAttribute(name = "accessionId")
 186         protected String accessionId;
 187         @XmlAttribute(name = "locus")
 188         protected Boolean locus;
 189
 190         /**
 191          * Gets the value of the mapping property.
 192          *
 193          * @return
 194          *     possible object is
 195          *     {@link Mapping }
 196          *
 197          */
 198         public Mapping getMapping() {
 199             return mapping;
 200         }
 201
 202         /**
 203          * Sets the value of the mapping property.
 204          *
 205          * @param value
 206          *     allowed object is
 207          *     {@link Mapping }
 208          *
 209          */
 210         public void setMapping(Mapping value) {
 211             this.mapping = value;
 212         }
 213
 214         /**
 215          * Gets the value of the source property.
 216          *
 217          * @return
 218          *     possible object is
 219          *     {@link String }
 220          *
 221          */
 222         public String getSource() {
 223             return source;
 224         }
 225
 226         /**
 227          * Sets the value of the source property.
 228          *
 229          * @param value
 230          *     allowed object is
 231          *     {@link String }
 232          *
 233          */
 234         public void setSource(String value) {
 235             this.source = value;
 236         }
 237
 238         /**
 239          * Gets the value of the version property.
 240          *
 241          * @return
 242          *     possible object is
 243          *     {@link String }
 244          *
 245          */
 246         public String getVersion() {
 247             return version;
 248         }
 249
 250         /**
 251          * Sets the value of the version property.
 252          *
 253          * @param value
 254          *     allowed object is
 255          *     {@link String }
 256          *
 257          */
 258         public void setVersion(String value) {
 259             this.version = value;
 260         }
 261
 262         /**
 263          * Gets the value of the accessionId property.
 264          *
 265          * @return
 266          *     possible object is
 267          *     {@link String }
 268          *
 269          */
 270         public String getAccessionId() {
 271             return accessionId;
 272         }
 273
 274         /**
 275          * Sets the value of the accessionId property.
 276          *
 277          * @param value
 278          *     allowed object is
 279          *     {@link String }
 280          *
 281          */
 282         public void setAccessionId(String value) {
 283             this.accessionId = value;
 284         }
 285
 286         /**
 287          * Gets the value of the locus property.
 288          *
 289          * @return
 290          *     possible object is
 291          *     {@link Boolean }
 292          *
 293          */
 294         public boolean isLocus() {
 295             if (locus == null) {
 296                 return false;
 297             } else {
 298                 return locus;
 299             }
 300         }
 301
 302         /**
 303          * Sets the value of the locus property.
 304          *
 305          * @param value
 306          *     allowed object is
 307          *     {@link Boolean }
 308          *
 309          */
 310         public void setLocus(Boolean value) {
 311             this.locus = value;
 312         }
 313
 314     }
 315
 316 }