src/jalview/xml/binding/jalview/Sequence.java

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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20
  21 /**
  22  * <p>Java class for anonymous complex type.
  23  *
  24  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  25  *
  26  * <pre>
  27  * &lt;complexType>
  28  *   &lt;complexContent>
  29  *     &lt;extension base="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}SequenceType">
  30  *       &lt;sequence>
  31  *         &lt;element name="DBRef" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  32  *           &lt;complexType>
  33  *             &lt;complexContent>
  34  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  35  *                 &lt;sequence>
  36  *                   &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/>
  37  *                 &lt;/sequence>
  38  *                 &lt;attribute name="source" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  39  *                 &lt;attribute name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  40  *                 &lt;attribute name="accessionId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  41  *               &lt;/restriction>
  42  *             &lt;/complexContent>
  43  *           &lt;/complexType>
  44  *         &lt;/element>
  45  *       &lt;/sequence>
  46  *       &lt;attribute name="dsseqid" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  47  *     &lt;/extension>
  48  *   &lt;/complexContent>
  49  * &lt;/complexType>
  50  * </pre>
  51  *
  52  *
  53  */
  54 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  55 @XmlType(name = "", propOrder = {
  56     "dbRef"
  57 })
  58 @XmlRootElement(name = "Sequence")
  59 public class Sequence
  60     extends SequenceType
  61 {
  62
  63     @XmlElement(name = "DBRef")
  64     protected List<Sequence.DBRef> dbRef;
  65     @XmlAttribute(name = "dsseqid")
  66     protected String dsseqid;
  67
  68     /**
  69      * Gets the value of the dbRef property.
  70      *
  71      * <p>
  72      * This accessor method returns a reference to the live list,
  73      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
  74      * returned list will be present inside the JAXB object.
  75      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the dbRef property.
  76      *
  77      * <p>
  78      * For example, to add a new item, do as follows:
  79      * <pre>
  80      *    getDBRef().add(newItem);
  81      * </pre>
  82      *
  83      *
  84      * <p>
  85      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
  86      * {@link Sequence.DBRef }
  87      *
  88      *
  89      */
  90     public List<Sequence.DBRef> getDBRef() {
  91         if (dbRef == null) {
  92             dbRef = new ArrayList<Sequence.DBRef>();
  93         }
  94         return this.dbRef;
  95     }
  96
  97     /**
  98      * Gets the value of the dsseqid property.
  99      *
 100      * @return
 101      *     possible object is
 102      *     {@link String }
 103      *
 104      */
 105     public String getDsseqid() {
 106         return dsseqid;
 107     }
 108
 109     /**
 110      * Sets the value of the dsseqid property.
 111      *
 112      * @param value
 113      *     allowed object is
 114      *     {@link String }
 115      *
 116      */
 117     public void setDsseqid(String value) {
 118         this.dsseqid = value;
 119     }
 120
 121
 122     /**
 123      * <p>Java class for anonymous complex type.
 124      *
 125      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 126      *
 127      * <pre>
 128      * &lt;complexType>
 129      *   &lt;complexContent>
 130      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 131      *       &lt;sequence>
 132      *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/>
 133      *       &lt;/sequence>
 134      *       &lt;attribute name="source" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 135      *       &lt;attribute name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 136      *       &lt;attribute name="accessionId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 137      *     &lt;/restriction>
 138      *   &lt;/complexContent>
 139      * &lt;/complexType>
 140      * </pre>
 141      *
 142      *
 143      */
 144     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 145     @XmlType(name = "", propOrder = {
 146         "mapping"
 147     })
 148     public static class DBRef {
 149
 150         @XmlElement(name = "Mapping")
 151         protected Mapping mapping;
 152         @XmlAttribute(name = "source")
 153         protected String source;
 154         @XmlAttribute(name = "version")
 155         protected String version;
 156         @XmlAttribute(name = "accessionId")
 157         protected String accessionId;
 158
 159         /**
 160          * Gets the value of the mapping property.
 161          *
 162          * @return
 163          *     possible object is
 164          *     {@link Mapping }
 165          *
 166          */
 167         public Mapping getMapping() {
 168             return mapping;
 169         }
 170
 171         /**
 172          * Sets the value of the mapping property.
 173          *
 174          * @param value
 175          *     allowed object is
 176          *     {@link Mapping }
 177          *
 178          */
 179         public void setMapping(Mapping value) {
 180             this.mapping = value;
 181         }
 182
 183         /**
 184          * Gets the value of the source property.
 185          *
 186          * @return
 187          *     possible object is
 188          *     {@link String }
 189          *
 190          */
 191         public String getSource() {
 192             return source;
 193         }
 194
 195         /**
 196          * Sets the value of the source property.
 197          *
 198          * @param value
 199          *     allowed object is
 200          *     {@link String }
 201          *
 202          */
 203         public void setSource(String value) {
 204             this.source = value;
 205         }
 206
 207         /**
 208          * Gets the value of the version property.
 209          *
 210          * @return
 211          *     possible object is
 212          *     {@link String }
 213          *
 214          */
 215         public String getVersion() {
 216             return version;
 217         }
 218
 219         /**
 220          * Sets the value of the version property.
 221          *
 222          * @param value
 223          *     allowed object is
 224          *     {@link String }
 225          *
 226          */
 227         public void setVersion(String value) {
 228             this.version = value;
 229         }
 230
 231         /**
 232          * Gets the value of the accessionId property.
 233          *
 234          * @return
 235          *     possible object is
 236          *     {@link String }
 237          *
 238          */
 239         public String getAccessionId() {
 240             return accessionId;
 241         }
 242
 243         /**
 244          * Sets the value of the accessionId property.
 245          *
 246          * @param value
 247          *     allowed object is
 248          *     {@link String }
 249          *
 250          */
 251         public void setAccessionId(String value) {
 252             this.accessionId = value;
 253         }
 254
 255     }
 256
 257 }