src/jalview/xml/binding/uniprot/GeneNameType.java

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   8
   9 package jalview.xml.binding.uniprot;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
  18
  19
  20 /**
  21  * Describes different types of gene designations.
  22  *             Equivalent to the flat file GN-line.
  23  *
  24  * &lt;p&gt;Java class for geneNameType complex type.
  25  *
  26  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  27  *
  28  * &lt;pre&gt;
  29  * &amp;lt;complexType name="geneNameType"&amp;gt;
  30  *   &amp;lt;simpleContent&amp;gt;
  31  *     &amp;lt;extension base="&amp;lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema&amp;gt;string"&amp;gt;
  32  *       &amp;lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" /&amp;gt;
  33  *       &amp;lt;attribute name="type" use="required"&amp;gt;
  34  *         &amp;lt;simpleType&amp;gt;
  35  *           &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"&amp;gt;
  36  *             &amp;lt;enumeration value="primary"/&amp;gt;
  37  *             &amp;lt;enumeration value="synonym"/&amp;gt;
  38  *             &amp;lt;enumeration value="ordered locus"/&amp;gt;
  39  *             &amp;lt;enumeration value="ORF"/&amp;gt;
  40  *           &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  41  *         &amp;lt;/simpleType&amp;gt;
  42  *       &amp;lt;/attribute&amp;gt;
  43  *     &amp;lt;/extension&amp;gt;
  44  *   &amp;lt;/simpleContent&amp;gt;
  45  * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  46  * &lt;/pre&gt;
  47  *
  48  *
  49  */
  50 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  51 @XmlType(name = "geneNameType", propOrder = {
  52     "value"
  53 })
  54 public class GeneNameType {
  55
  56     @XmlValue
  57     protected String value;
  58     @XmlAttribute(name = "evidence")
  59     protected List<Integer> evidence;
  60     @XmlAttribute(name = "type", required = true)
  61     protected String type;
  62
  63     /**
  64      * Gets the value of the value property.
  65      *
  66      * @return
  67      *     possible object is
  68      *     {@link String }
  69      *
  70      */
  71     public String getValue() {
  72         return value;
  73     }
  74
  75     /**
  76      * Sets the value of the value property.
  77      *
  78      * @param value
  79      *     allowed object is
  80      *     {@link String }
  81      *
  82      */
  83     public void setValue(String value) {
  84         this.value = value;
  85     }
  86
  87     /**
  88      * Gets the value of the evidence property.
  89      *
  90      * &lt;p&gt;
  91      * This accessor method returns a reference to the live list,
  92      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
  93      * returned list will be present inside the JAXB object.
  94      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the evidence property.
  95      *
  96      * &lt;p&gt;
  97      * For example, to add a new item, do as follows:
  98      * &lt;pre&gt;
  99      *    getEvidence().add(newItem);
 100      * &lt;/pre&gt;
 101      *
 102      *
 103      * &lt;p&gt;
 104      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 105      * {@link Integer }
 106      *
 107      *
 108      */
 109     public List<Integer> getEvidence() {
 110         if (evidence == null) {
 111             evidence = new ArrayList<Integer>();
 112         }
 113         return this.evidence;
 114     }
 115
 116     /**
 117      * Gets the value of the type property.
 118      *
 119      * @return
 120      *     possible object is
 121      *     {@link String }
 122      *
 123      */
 124     public String getType() {
 125         return type;
 126     }
 127
 128     /**
 129      * Sets the value of the type property.
 130      *
 131      * @param value
 132      *     allowed object is
 133      *     {@link String }
 134      *
 135      */
 136     public void setType(String value) {
 137         this.type = value;
 138     }
 139
 140 }