src2/fr/orsay/lri/varna/views/VueBases.java

   1 /*
   2  VARNA is a tool for the automated drawing, visualization and annotation of the secondary structure of RNA, designed as a companion software for web servers and databases.
   3  Copyright (C) 2008  Kevin Darty, Alain Denise and Yann Ponty.
   4  electronic mail : Yann.Ponty@lri.fr
   5  paper mail : LRI, bat 490 Université Paris-Sud 91405 Orsay Cedex France
   6
   7  This file is part of VARNA version 3.1.
   8  VARNA version 3.1 is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11  VARNA version 3.1 is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY;
  12  without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
  13  See the GNU General Public License for more details.
  14
  15  You should have received a copy of the GNU General Public License along with VARNA version 3.1.
  16  If not, see http://www.gnu.org/licenses.
  17  */
  18 package fr.orsay.lri.varna.views;
  19
  20 import java.awt.Color;
  21 import java.awt.Dimension;
  22 import java.awt.GridLayout;
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.Hashtable;
  25
  26 import javax.swing.JComponent;
  27 import javax.swing.JOptionPane;
  28 import javax.swing.JPanel;
  29 import javax.swing.JScrollPane;
  30 import javax.swing.JTable;
  31 import javax.swing.event.TableModelEvent;
  32 import javax.swing.event.TableModelListener;
  33
  34
  35 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  36 import fr.orsay.lri.varna.components.BaseSpecialColorEditor;
  37 import fr.orsay.lri.varna.components.BaseTableModel;
  38 import fr.orsay.lri.varna.components.ColorRenderer;
  39 import fr.orsay.lri.varna.models.BaseList;
  40 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.ModeleBase;
  41 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.ModeleBaseNucleotide;
  42
  43 public class VueBases extends JPanel {
  44         /**
  45          *
  46          */
  47         private static final long serialVersionUID = 1L;
  48
  49         /**
  50          * for bases by kind
  51          */
  52         public final static int KIND_MODE = 1;
  53         /**
  54          * for all bases
  55          */
  56         public final static int ALL_MODE = 2;
  57         /**
  58          * for base pairs by king
  59          */
  60         public final static int COUPLE_MODE = 3;
  61
  62         private int _mode;
  63
  64         private VARNAPanel _vp;
  65
  66         private ArrayList<BaseList> data = new ArrayList<BaseList>();
  67
  68         private Hashtable<String,BaseList> revdata = new Hashtable<String,BaseList>();
  69
  70         private JTable table;
  71
  72         private BaseTableModel specialTableModel;
  73
  74         public VueBases(VARNAPanel vp, int mode) {
  75                 super(new GridLayout(1, 0));
  76                 _vp = vp;
  77                 switch (mode) {
  78                 case (KIND_MODE):
  79                         _mode = KIND_MODE;
  80                         kindMode();
  81                         break;
  82                 case (ALL_MODE):
  83                         _mode = ALL_MODE;
  84                         allMode();
  85                         break;
  86                 case (COUPLE_MODE):
  87                         _mode = COUPLE_MODE;
  88                         coupleMode();
  89                         break;
  90                 default:
  91                         break;
  92                 }
  93         }
  94
  95         private BaseList locateOrAddList(String caption)
  96         {
  97           if (!revdata.containsKey(caption))
  98           {
  99                   BaseList mbl = new BaseList(caption);
 100                   revdata.put(caption,mbl);
 101                   data.add(mbl);
 102           }
 103           return revdata.get(caption);
 104         }
 105
 106         private void coupleMode() {
 107                 String pairString;
 108                 for (int i = 0; i < _vp.getRNA().get_listeBases().size(); i++) {
 109
 110                         int j = _vp.getRNA().get_listeBases().get(i).getElementStructure();
 111                         if (j > i) {
 112                                 String tmp1 = (_vp.getRNA().get_listeBases().get(i).getContent());
 113                                 String tmp2 = (_vp.getRNA().get_listeBases().get(j).getContent());
 114                                 pairString = tmp1 +"-"+ tmp2;
 115                                 BaseList bl = locateOrAddList(pairString);
 116                                 bl.addBase(_vp.getRNA().get_listeBases().get(i));
 117                                 bl.addBase(_vp.getRNA().get_listeBases().get(j));
 118                         }
 119                 }
 120                 createView();
 121         }
 122
 123         private void allMode() {
 124                 for (int i = 0; i < _vp.getRNA().get_listeBases().size(); i++) {
 125                         ModeleBase mb = _vp.getRNA().get_listeBases().get(i);
 126                         BaseList bl = locateOrAddList(""+i);
 127                         bl.addBase(mb);
 128                 }
 129                 createView();
 130         }
 131
 132         private void kindMode() {
 133                 for (int i = 0; i < _vp.getRNA().get_listeBases().size(); i++) {
 134                         ModeleBase mb = _vp.getRNA().get_listeBases().get(i);
 135                         String tmp1 = (mb.getContent());
 136                         BaseList bl = locateOrAddList(tmp1);
 137                         bl.addBase(mb);
 138                 }
 139                 createView();
 140         }
 141
 142         private void createView() {
 143                 specialTableModel = new BaseTableModel(data);
 144                 table = new JTable(specialTableModel);
 145                 table.setPreferredScrollableViewportSize(new Dimension(500, 300));
 146                 // TODO: Find equivalent in JRE 1.5
 147                 //table.setFillsViewportHeight(true);
 148                 // Create the scroll pane and add the table to it.
 149                 JScrollPane scrollPane = new JScrollPane(table);
 150
 151                 // Set up renderer and editor for the Favorite Color column.
 152                 table.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer(true));
 153                 table.setDefaultEditor(Color.class, new BaseSpecialColorEditor(this));
 154                 specialTableModel.addTableModelListener(new TableModelListener(){
 155
 156                         public void tableChanged(TableModelEvent e) {
 157                                 _vp.repaint();
 158                         }
 159
 160                 });
 161
 162                 // Add the scroll pane to this panel.
 163                 add(scrollPane);
 164
 165                 UIvueBases();
 166         }
 167
 168         /**
 169          * Create the GUI and show it. For thread safety, this method should be
 170          * invoked from the event-dispatching thread.
 171          */
 172         public void UIvueBases() {
 173                 // Create and set up the content pane.
 174                 JComponent newContentPane = this;
 175                 newContentPane.setOpaque(true); // content panes must be opaque
 176
 177                 JOptionPane.showMessageDialog(_vp, newContentPane,
 178                                 "Base Colors Edition", JOptionPane.PLAIN_MESSAGE);
 179
 180         }
 181
 182         public int getMode() {
 183                 return _mode;
 184         }
 185
 186         public BaseList getDataAt(int i) {
 187                 return data.get(i);
 188         }
 189
 190
 191         public ArrayList<BaseList> getData() {
 192                 return data;
 193         }
 194
 195         public VARNAPanel get_vp() {
 196                 return _vp;
 197         }
 198
 199         public JTable getTable() {
 200                 return table;
 201         }
 202
 203         public void setTable(JTable table) {
 204                 this.table = table;
 205         }
 206
 207         public BaseTableModel getSpecialTableModel() {
 208                 return specialTableModel;
 209         }
 210
 211         public void setSpecialTableModel(BaseTableModel specialTableModel) {
 212                 this.specialTableModel = specialTableModel;
 213         }
 214
 215 }