srcjar/fr/orsay/lri/varna/models/templates/DrawRNATemplateMethod.java

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   2  * File written by Raphael Champeimont
   3  * UMR 7238 Genomique des Microorganismes
   4  */
   5 package fr.orsay.lri.varna.models.templates;
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   7 /**
   8  * What to do in case some helices are of a different length
   9  * in the template and the actual helix.
  10  * Possibles values are:
  11  * 0 - No adjustment is done.
  12  *     A longer than expected helix might bump into an other helix.
  13  * 1 - Scaling factors (actual length / template length) are calculated,
  14  *     the maximum scaling factor L is extracted, then all helix positions
  15  *     are multiplied by L.
  16  * 2 - Same as 1, but L is computed as the minimum value such that there
  17  *     are no backbone intersections.
  18  */
  19 public enum DrawRNATemplateMethod {
  20         NOADJUST("No Adjust"), MAXSCALINGFACTOR("Max Scaling"), NOINTERSECT("Non-crossing"), HELIXTRANSLATE("Helix Translation");
  21
  22         String _msg;
  23
  24         public static DrawRNATemplateMethod getDefault() {
  25                 return HELIXTRANSLATE;
  26         }
  27
  28
  29         public String toString()
  30         {
  31                 return _msg;
  32         }
  33
  34         private DrawRNATemplateMethod(String msg)
  35         {
  36                 _msg = msg;
  37         }
  38 }