test/jalview/analysis/AverageDistanceEngineTest.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.FileInputStream;
   5 import java.io.IOException;
   6 import java.io.InputStream;
   7 import java.util.ArrayList;
   8 import java.util.List;
   9 import java.util.Map;
  10
  11 import org.junit.Assert;
  12 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  13 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  14 import org.testng.annotations.Test;
  15
  16 import jalview.bin.Cache;
  17 import jalview.bin.Console;
  18 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  19 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  20 import jalview.datamodel.BinaryNode;
  21 import jalview.datamodel.ContactMatrixI;
  22 import jalview.datamodel.SequenceI;
  23 import jalview.gui.AlignFrame;
  24 import jalview.gui.JvOptionPane;
  25 import jalview.io.DataSourceType;
  26 import jalview.io.FastaFile;
  27 import jalview.io.FileLoader;
  28 import jalview.io.FormatAdapter;
  29 import jalview.util.Platform;
  30 import jalview.ws.datamodel.alphafold.PAEContactMatrix;
  31
  32 public class AverageDistanceEngineTest
  33 {
  34
  35   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  36   public void setUpJvOptionPane()
  37   {
  38     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  39     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  40   }
  41
  42   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  43   public void loadProperties()
  44   {
  45     Cache.loadProperties("test/jalview/bin/TestProps.jvprops");
  46   }
  47
  48   @Test(groups = { "Functional" })
  49   public void testUPGMAEngine() throws Exception
  50   {
  51     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
  52             "examples/test_fab41.result/sample.a3m", DataSourceType.FILE);
  53     AlignmentI seqs = af.getViewport().getAlignment();
  54     SequenceI target = seqs.getSequenceAt(0);
  55     File testPAE = new File(
  56             "examples/test_fab41.result/test_fab41_predicted_aligned_error_v1.json");
  57     List<Object> pae_obj = (List<Object>) Platform
  58             .parseJSON(new FileInputStream(testPAE));
  59     if (pae_obj == null)
  60     {
  61       Assert.fail("JSON PAE file did not parse properly.");
  62     }
  63     ContactMatrixI matrix = new PAEContactMatrix(target,
  64             (Map<String, Object>) pae_obj.get(0));
  65     AlignmentAnnotation aa = target.addContactList(matrix);
  66     System.out.println("Matrix has max=" + matrix.getMax() + " and min="
  67             + matrix.getMin());
  68     long start = System.currentTimeMillis();
  69     AverageDistanceEngine clusterer = new AverageDistanceEngine(
  70             af.getViewport(), null, matrix);
  71     System.out.println("built a tree in "
  72             + (System.currentTimeMillis() - start) * 0.001 + " seconds.");
  73     StringBuffer sb = new StringBuffer();
  74     System.out.println("Newick string\n"
  75             + new jalview.io.NewickFile(clusterer.getTopNode(), true, true)
  76                     .print());
  77
  78     double height = clusterer.findHeight(clusterer.getTopNode());
  79     // compute height fraction to cut
  80     // PAE matrixes are absolute measure in angstrom, so
  81     // cluster all regions within threshold (e.g. 2A) - if height above
  82     // threshold. Otherwise all nodes are in one cluster
  83     double thr = .2;
  84     List<BinaryNode> groups;
  85     if (height > thr)
  86     {
  87       float cut = (float) (thr / height);
  88       System.out.println("Threshold " + cut + " for height=" + height);
  89       groups = clusterer.groupNodes(cut);
  90     }
  91     else
  92     {
  93       groups = new ArrayList<BinaryNode>();
  94       groups.add(clusterer.getTopNode());
  95     }
  96     int n = 1;
  97     for (BinaryNode root : groups)
  98     {
  99       System.out.println("Cluster " + n++);
 100       for (BinaryNode leaf : clusterer.findLeaves(root))
 101       {
 102         System.out.print(" " + leaf.getName());
 103       }
 104       System.out.println("\\");
 105     }
 106   }
 107
 108 }