test/jalview/analysis/TestAlignSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  25
  26 import jalview.datamodel.Mapping;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.JvOptionPane;
  30
  31 import java.io.PrintStream;
  32
  33 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  34 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  35 import org.testng.annotations.Test;
  36
  37 /**
  38  * Test the alignment -> Mapping routines
  39  *
  40  * @author jimp
  41  *
  42  */
  43 public class TestAlignSeq
  44 {
  45   private static final String NL = System.lineSeparator();
  46
  47   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  48   public void setUpJvOptionPane()
  49   {
  50     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  51     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  52   }
  53
  54   SequenceI s1, s2, s3;
  55
  56   /**
  57    * @throws java.lang.Exception
  58    */
  59   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  60   public void setUp() throws Exception
  61   {
  62     s1 = new Sequence("Seq1", "ASDFAQQQRRRSSS");
  63     s1.setStart(3);
  64     s1.setEnd(18);
  65     s2 = new Sequence("Seq2", "ASDFA");
  66     s2.setStart(5);
  67     s2.setEnd(9);
  68     s3 = new Sequence("Seq3", "SDFAQQQSSS");
  69
  70   }
  71
  72   @Test(groups = { "Functional" })
  73   /**
  74    * simple test that mapping from alignment corresponds identical positions.
  75    */
  76   public void testGetMappingForS1()
  77   {
  78     AlignSeq as = AlignSeq.doGlobalNWAlignment(s1, s2, AlignSeq.PEP);
  79     System.out.println("s1: " + as.getAStr1());
  80     System.out.println("s2: " + as.getAStr2());
  81
  82     // aligned results match
  83     assertEquals("ASDFA", as.getAStr1());
  84     assertEquals(as.getAStr1(), as.getAStr2());
  85
  86     Mapping s1tos2 = as.getMappingFromS1(false);
  87     System.out.println(s1tos2.getMap().toString());
  88     for (int i = s2.getStart(); i < s2.getEnd(); i++)
  89     {
  90       System.out.println("Position in s2: " + i
  91               + " maps to position in s1: " + s1tos2.getPosition(i));
  92       // TODO fails: getCharAt doesn't allow for the start position??
  93       // assertEquals(String.valueOf(s2.getCharAt(i)),
  94       // String.valueOf(s1.getCharAt(s1tos2.getPosition(i))));
  95     }
  96   }
  97
  98   @Test(groups = { "Functional" })
  99   public void testExtractGaps()
 100   {
 101     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, null));
 102     assertNull(AlignSeq.extractGaps(". -", null));
 103     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, "AB-C"));
 104
 105     assertEquals("ABCD", AlignSeq.extractGaps(" .-", ". -A-B.C D."));
 106   }
 107
 108   @Test(groups = { "Functional" })
 109   public void testPrintAlignment()
 110   {
 111     AlignSeq as = AlignSeq.doGlobalNWAlignment(s1, s3, AlignSeq.PEP);
 112
 113     // s1 = new Sequence("Seq1", "ASDFAQQQRRRSSS");
 114     // s1.setStart(3);
 115     // s1.setEnd(18);
 116     // s3 = new Sequence("Seq3", "SDFAQQQSSS");
 117     //
 118     final StringBuilder baos = new StringBuilder();
 119     PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 120     {
 121       @Override
 122       public void print(String x)
 123       {
 124         baos.append(x);
 125       }
 126
 127       @Override
 128       public void println()
 129       {
 130         baos.append(NL);
 131       }
 132     };
 133
 134     as.printAlignment(ps);
 135     String expected = "Score = 320.0" + NL + "Length of alignment = 10" + NL
 136             + "Sequence Seq1/4-13 (Sequence length = 14)" + NL
 137             + "Sequence Seq3/1-10 (Sequence length = 10)" + NL + NL
 138             + "Seq1/4-13 SDFAQQQRRR" + NL + "          |||||||   " + NL
 139             + "Seq3/1-10 SDFAQQQSSS" + NL + NL + "Percentage ID = 70.00"
 140             + NL + NL;
 141
 142     String s = baos.toString();
 143     System.out.println(s);
 144
 145     assertEquals(expected, s);
 146   }
 147 }