test/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModelTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignFrame;
  27 import jalview.io.FileLoader;
  28 import jalview.io.FormatAdapter;
  29
  30 import java.util.Arrays;
  31
  32 import org.testng.Assert;
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 public class FeatureScoreModelTest
  36 {
  37   public static String alntestFile = "FER1_MESCR/72-76 DVYIL\nFER1_SPIOL/71-75 DVYIL\nFER3_RAPSA/21-25 DVYVL\nFER1_MAIZE/73-77 DVYIL\n";
  38
  39   int[] sf1 = new int[] { 74, 74, 73, 73, 23, 23, -1, -1 };
  40
  41   int[] sf2 = new int[] { -1, -1, 74, 75, -1, -1, 76, 77 };
  42
  43   int[] sf3 = new int[] { -1, -1, -1, -1, -1, -1, 76, 77 };
  44
  45   public AlignFrame getTestAlignmentFrame()
  46   {
  47     AlignFrame alf = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
  48             alntestFile, FormatAdapter.PASTE);
  49     AlignmentI al = alf.getViewport().getAlignment();
  50     Assert.assertEquals(al.getHeight(), 4);
  51     Assert.assertEquals(al.getWidth(), 5);
  52     for (int i = 0; i < 4; i++)
  53     {
  54       SequenceI ds = al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence();
  55       if (sf1[i * 2] > 0)
  56       {
  57         ds.addSequenceFeature(new SequenceFeature("sf1", "sf1", "sf1",
  58                 sf1[i * 2], sf1[i * 2 + 1], "sf1"));
  59       }
  60       if (sf2[i * 2] > 0)
  61       {
  62         ds.addSequenceFeature(new SequenceFeature("sf2", "sf2", "sf2",
  63                 sf2[i * 2], sf2[i * 2 + 1], "sf2"));
  64       }
  65       if (sf3[i * 2] > 0)
  66       {
  67         ds.addSequenceFeature(new SequenceFeature("sf3", "sf3", "sf3",
  68                 sf3[i * 2], sf3[i * 2 + 1], "sf3"));
  69       }
  70     }
  71     alf.setShowSeqFeatures(true);
  72     alf.getFeatureRenderer().setVisible("sf1");
  73     alf.getFeatureRenderer().setVisible("sf2");
  74     alf.getFeatureRenderer().setVisible("sf3");
  75     alf.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
  76     Assert.assertEquals(alf.getFeatureRenderer().getDisplayedFeatureTypes()
  77             .size(), 3, "Number of feature types");
  78     Assert.assertTrue(alf.getCurrentView().areFeaturesDisplayed());
  79     return alf;
  80   }
  81
  82   @Test(groups = { "Functional" })
  83   public void testFeatureScoreModel() throws Exception
  84   {
  85     AlignFrame alf = getTestAlignmentFrame();
  86     FeatureScoreModel fsm = new FeatureScoreModel();
  87     Assert.assertTrue(fsm.configureFromAlignmentView(alf.getCurrentView()
  88             .getAlignPanel()));
  89     alf.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
  90     float[][] dm = fsm.findDistances(alf.getViewport().getAlignmentView(
  91             true));
  92     Assert.assertTrue(dm[0][2] == 0f,
  93             "FER1_MESCR (0) should be identical with RAPSA (2)");
  94     Assert.assertTrue(dm[0][1] > dm[0][2],
  95             "FER1_MESCR (0) should be further from SPIOL (1) than it is from RAPSA (2)");
  96   }
  97
  98   @Test(groups = { "Functional" })
  99   public void testFeatureScoreModel_hiddenFirstColumn() throws Exception
 100   {
 101     AlignFrame alf = getTestAlignmentFrame();
 102     // hiding first two columns shouldn't affect the tree
 103     alf.getViewport().hideColumns(0, 1);
 104     FeatureScoreModel fsm = new FeatureScoreModel();
 105     Assert.assertTrue(fsm.configureFromAlignmentView(alf.getCurrentView()
 106             .getAlignPanel()));
 107     alf.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
 108     float[][] dm = fsm.findDistances(alf.getViewport().getAlignmentView(
 109             true));
 110     Assert.assertTrue(dm[0][2] == 0f,
 111             "FER1_MESCR (0) should be identical with RAPSA (2)");
 112     Assert.assertTrue(dm[0][1] > dm[0][2],
 113             "FER1_MESCR (0) should be further from SPIOL (1) than it is from RAPSA (2)");
 114   }
 115
 116   @Test(groups = { "Functional" })
 117   public void testFeatureScoreModel_HiddenColumns() throws Exception
 118   {
 119     AlignFrame alf = getTestAlignmentFrame();
 120     // hide columns and check tree changes
 121     alf.getViewport().hideColumns(3, 4);
 122     alf.getViewport().hideColumns(0, 1);
 123     FeatureScoreModel fsm = new FeatureScoreModel();
 124     Assert.assertTrue(fsm.configureFromAlignmentView(alf.getCurrentView()
 125             .getAlignPanel()));
 126     alf.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
 127     float[][] dm = fsm.findDistances(alf.getViewport().getAlignmentView(
 128             true));
 129     Assert.assertTrue(
 130             dm[0][2] == 0f,
 131             "After hiding last two columns FER1_MESCR (0) should still be identical with RAPSA (2)");
 132     Assert.assertTrue(
 133             dm[0][1] == 0f,
 134             "After hiding last two columns FER1_MESCR (0) should now also be identical with SPIOL (1)");
 135     for (int s = 0; s < 3; s++)
 136     {
 137       Assert.assertTrue(dm[s][3] > 0f, "After hiding last two columns "
 138               + alf.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(s).getName()
 139               + "(" + s + ") should still be distinct from FER1_MAIZE (3)");
 140     }
 141   }
 142
 143   /**
 144    * Check findFeatureAt doesn't return contact features except at contact
 145    * points TODO:move to under the FeatureRendererModel test suite
 146    */
 147   @Test(groups = { "Functional" })
 148   public void testFindFeatureAt_PointFeature() throws Exception
 149   {
 150     String alignment = "a CCCCCCGGGGGGCCCCCC\n" + "b CCCCCCGGGGGGCCCCCC\n"
 151             + "c CCCCCCGGGGGGCCCCCC\n";
 152     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader(false)
 153             .LoadFileWaitTillLoaded(alignment, FormatAdapter.PASTE);
 154     SequenceI aseq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 155     SequenceFeature sf = null;
 156     sf = new SequenceFeature("disulphide bond", "", 2, 5, Float.NaN, "");
 157     aseq.addSequenceFeature(sf);
 158     Assert.assertTrue(sf.isContactFeature());
 159     af.refreshFeatureUI(true);
 160     af.getFeatureRenderer().setAllVisible(Arrays.asList("disulphide bond"));
 161     Assert.assertEquals(af.getFeatureRenderer().getDisplayedFeatureTypes()
 162             .size(), 1, "Should be just one feature type displayed");
 163     // step through and check for pointwise feature presence/absence
 164     Assert.assertEquals(af.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(aseq, 1)
 165             .size(), 0);
 166     // step through and check for pointwise feature presence/absence
 167     Assert.assertEquals(af.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(aseq, 2)
 168             .size(), 1);
 169     // step through and check for pointwise feature presence/absence
 170     Assert.assertEquals(af.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(aseq, 3)
 171             .size(), 0);
 172     // step through and check for pointwise feature presence/absence
 173     Assert.assertEquals(af.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(aseq, 4)
 174             .size(), 0);
 175     // step through and check for pointwise feature presence/absence
 176     Assert.assertEquals(af.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(aseq, 5)
 177             .size(), 1);
 178     // step through and check for pointwise feature presence/absence
 179     Assert.assertEquals(af.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(aseq, 6)
 180             .size(), 0);
 181   }
 182
 183 }