test/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModelTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignFrame;
  27 import jalview.gui.JvOptionPane;
  28 import jalview.io.DataSourceType;
  29 import jalview.io.FileLoader;
  30
  31 import java.util.Arrays;
  32
  33 import org.testng.Assert;
  34 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  35 import org.testng.annotations.Test;
  36
  37 public class FeatureScoreModelTest
  38 {
  39
  40   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  41   public void setUpJvOptionPane()
  42   {
  43     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  44     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  45   }
  46
  47   public static String alntestFile = "FER1_MESCR/72-76 DVYIL\nFER1_SPIOL/71-75 DVYIL\nFER3_RAPSA/21-25 DVYVL\nFER1_MAIZE/73-77 DVYIL\n";
  48
  49   int[] sf1 = new int[] { 74, 74, 73, 73, 23, 23, -1, -1 };
  50
  51   int[] sf2 = new int[] { -1, -1, 74, 75, -1, -1, 76, 77 };
  52
  53   int[] sf3 = new int[] { -1, -1, -1, -1, -1, -1, 76, 77 };
  54
  55   public AlignFrame getTestAlignmentFrame()
  56   {
  57     AlignFrame alf = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
  58             alntestFile, DataSourceType.PASTE);
  59     AlignmentI al = alf.getViewport().getAlignment();
  60     Assert.assertEquals(al.getHeight(), 4);
  61     Assert.assertEquals(al.getWidth(), 5);
  62     for (int i = 0; i < 4; i++)
  63     {
  64       SequenceI ds = al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence();
  65       if (sf1[i * 2] > 0)
  66       {
  67         ds.addSequenceFeature(new SequenceFeature("sf1", "sf1", "sf1",
  68                 sf1[i * 2], sf1[i * 2 + 1], "sf1"));
  69       }
  70       if (sf2[i * 2] > 0)
  71       {
  72         ds.addSequenceFeature(new SequenceFeature("sf2", "sf2", "sf2",
  73                 sf2[i * 2], sf2[i * 2 + 1], "sf2"));
  74       }
  75       if (sf3[i * 2] > 0)
  76       {
  77         ds.addSequenceFeature(new SequenceFeature("sf3", "sf3", "sf3",
  78                 sf3[i * 2], sf3[i * 2 + 1], "sf3"));
  79       }
  80     }
  81     alf.setShowSeqFeatures(true);
  82     alf.getFeatureRenderer().setVisible("sf1");
  83     alf.getFeatureRenderer().setVisible("sf2");
  84     alf.getFeatureRenderer().setVisible("sf3");
  85     alf.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
  86     Assert.assertEquals(alf.getFeatureRenderer().getDisplayedFeatureTypes()
  87             .size(), 3, "Number of feature types");
  88     Assert.assertTrue(alf.getCurrentView().areFeaturesDisplayed());
  89     return alf;
  90   }
  91
  92   @Test(groups = { "Functional" })
  93   public void testFeatureScoreModel() throws Exception
  94   {
  95     AlignFrame alf = getTestAlignmentFrame();
  96     FeatureScoreModel fsm = new FeatureScoreModel();
  97     Assert.assertTrue(fsm.configureFromAlignmentView(alf.getCurrentView()
  98             .getAlignPanel()));
  99     alf.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
 100     float[][] dm = fsm.findDistances(alf.getViewport().getAlignmentView(
 101             true));
 102     Assert.assertTrue(dm[0][2] == 0f,
 103             "FER1_MESCR (0) should be identical with RAPSA (2)");
 104     Assert.assertTrue(dm[0][1] > dm[0][2],
 105             "FER1_MESCR (0) should be further from SPIOL (1) than it is from RAPSA (2)");
 106   }
 107
 108   @Test(groups = { "Functional" })
 109   public void testFeatureScoreModel_hiddenFirstColumn() throws Exception
 110   {
 111     AlignFrame alf = getTestAlignmentFrame();
 112     // hiding first two columns shouldn't affect the tree
 113     alf.getViewport().hideColumns(0, 1);
 114     FeatureScoreModel fsm = new FeatureScoreModel();
 115     Assert.assertTrue(fsm.configureFromAlignmentView(alf.getCurrentView()
 116             .getAlignPanel()));
 117     alf.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
 118     float[][] dm = fsm.findDistances(alf.getViewport().getAlignmentView(
 119             true));
 120     Assert.assertTrue(dm[0][2] == 0f,
 121             "FER1_MESCR (0) should be identical with RAPSA (2)");
 122     Assert.assertTrue(dm[0][1] > dm[0][2],
 123             "FER1_MESCR (0) should be further from SPIOL (1) than it is from RAPSA (2)");
 124   }
 125
 126   @Test(groups = { "Functional" })
 127   public void testFeatureScoreModel_HiddenColumns() throws Exception
 128   {
 129     AlignFrame alf = getTestAlignmentFrame();
 130     // hide columns and check tree changes
 131     alf.getViewport().hideColumns(3, 4);
 132     alf.getViewport().hideColumns(0, 1);
 133     FeatureScoreModel fsm = new FeatureScoreModel();
 134     Assert.assertTrue(fsm.configureFromAlignmentView(alf.getCurrentView()
 135             .getAlignPanel()));
 136     alf.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
 137     float[][] dm = fsm.findDistances(alf.getViewport().getAlignmentView(
 138             true));
 139     Assert.assertTrue(
 140             dm[0][2] == 0f,
 141             "After hiding last two columns FER1_MESCR (0) should still be identical with RAPSA (2)");
 142     Assert.assertTrue(
 143             dm[0][1] == 0f,
 144             "After hiding last two columns FER1_MESCR (0) should now also be identical with SPIOL (1)");
 145     for (int s = 0; s < 3; s++)
 146     {
 147       Assert.assertTrue(dm[s][3] > 0f, "After hiding last two columns "
 148               + alf.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(s).getName()
 149               + "(" + s + ") should still be distinct from FER1_MAIZE (3)");
 150     }
 151   }
 152
 153   /**
 154    * Check findFeatureAt doesn't return contact features except at contact
 155    * points TODO:move to under the FeatureRendererModel test suite
 156    */
 157   @Test(groups = { "Functional" })
 158   public void testFindFeatureAt_PointFeature() throws Exception
 159   {
 160     String alignment = "a CCCCCCGGGGGGCCCCCC\n" + "b CCCCCCGGGGGGCCCCCC\n"
 161             + "c CCCCCCGGGGGGCCCCCC\n";
 162     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader(false)
 163             .LoadFileWaitTillLoaded(alignment, DataSourceType.PASTE);
 164     SequenceI aseq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 165     SequenceFeature sf = null;
 166     sf = new SequenceFeature("disulphide bond", "", 2, 5, Float.NaN, "");
 167     aseq.addSequenceFeature(sf);
 168     Assert.assertTrue(sf.isContactFeature());
 169     af.refreshFeatureUI(true);
 170     af.getFeatureRenderer().setAllVisible(Arrays.asList("disulphide bond"));
 171     Assert.assertEquals(af.getFeatureRenderer().getDisplayedFeatureTypes()
 172             .size(), 1, "Should be just one feature type displayed");
 173     // step through and check for pointwise feature presence/absence
 174     Assert.assertEquals(af.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(aseq, 1)
 175             .size(), 0);
 176     // step through and check for pointwise feature presence/absence
 177     Assert.assertEquals(af.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(aseq, 2)
 178             .size(), 1);
 179     // step through and check for pointwise feature presence/absence
 180     Assert.assertEquals(af.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(aseq, 3)
 181             .size(), 0);
 182     // step through and check for pointwise feature presence/absence
 183     Assert.assertEquals(af.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(aseq, 4)
 184             .size(), 0);
 185     // step through and check for pointwise feature presence/absence
 186     Assert.assertEquals(af.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(aseq, 5)
 187             .size(), 1);
 188     // step through and check for pointwise feature presence/absence
 189     Assert.assertEquals(af.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(aseq, 6)
 190             .size(), 0);
 191   }
 192
 193 }