test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreMatrixTest.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
   6 import static org.testng.Assert.assertNull;
   7 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   8
   9 import java.io.ByteArrayInputStream;
  10
  11 import org.testng.annotations.Test;
  12
  13 public class ScoreMatrixTest
  14 {
  15   @Test(groups = "Functional")
  16   public void testBuildSymbolIndex()
  17   {
  18     short[] index = ScoreMatrix.buildSymbolIndex("AX-. yxYp".toCharArray());
  19
  20     assertEquals(index.length, 128); // ASCII character set size
  21
  22     assertEquals(index['A'], 0);
  23     assertEquals(index['a'], 0); // lower-case mapping added
  24     assertEquals(index['X'], 1);
  25     assertEquals(index['-'], 2);
  26     assertEquals(index['.'], 3);
  27     assertEquals(index[' '], 4);
  28     assertEquals(index['y'], 5); // lower-case override
  29     assertEquals(index['x'], 6); // lower-case override
  30     assertEquals(index['Y'], 7);
  31     assertEquals(index['p'], 8);
  32     assertEquals(index['P'], -1); // lower-case doesn't map upper-case
  33
  34     /*
  35      * check all unmapped symbols have index for unmapped
  36      */
  37     for (int c = 0; c < index.length; c++)
  38     {
  39       if (!"AaXx-. Yyp".contains(String.valueOf((char) c)))
  40       {
  41         assertEquals(index[c], -1);
  42       }
  43     }
  44   }
  45
  46   /**
  47    * check that characters not in the basic ASCII set are simply ignored
  48    */
  49   @Test(groups = "Functional")
  50   public void testBuildSymbolIndex_nonAscii()
  51   {
  52     char[] weird = new char[] { 128, 245, 'P' };
  53     short[] index = ScoreMatrix.buildSymbolIndex(weird);
  54     assertEquals(index.length, 128);
  55     assertEquals(index['P'], 2);
  56     assertEquals(index['p'], 2);
  57     for (int c = 0; c < index.length; c++)
  58     {
  59       if (c != 'P' && c != 'p')
  60       {
  61         assertEquals(index[c], -1);
  62       }
  63     }
  64   }
  65
  66   /**
  67    * Test a successful parse of a (small) score matrix file
  68    */
  69   @Test(groups = "Functional")
  70   public void testParse()
  71   {
  72     /*
  73      * some messy but valid input data, with comma, space
  74      * or tab (or combinations) as score value delimiters
  75      */
  76     String data = "ScoreMatrix MyTest\n" + "ATU tx-\n"
  77             + "1.1,1.2,1.3,1.4, 1.5, 1.6, 1.7\n"
  78             + "2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7\n"
  79             + "3.1\t3.2\t3.3\t3.4\t3.5\t3.6\t3.7\n"
  80             + " 4.1 ,4.2,\t,4.3 ,\t4.4\t, \4.5,4.6 4.7\n"
  81             + ", 5.1,5.3,5.3,5.4,5.5, 5.6, 5.7\n"
  82             + "\t6.1, 6.2 6.3 6.4 6.5 6.6 6.7\n"
  83             + ", \t7.1\t7.2 7.3, 7.4, 7.5\t,7.6,7.7\n";
  84     ScoreMatrix sm = ScoreMatrix.parse(new ByteArrayInputStream(data
  85             .getBytes()));
  86     assertNotNull(sm);
  87     assertEquals(sm.getName(), "MyTest");
  88     assertTrue(sm.isDNA());
  89     assertFalse(sm.isProtein());
  90     assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', 'A'), 1.1f);
  91     assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', 'T'), 1.2f);
  92     assertEquals(sm.getPairwiseScore('a', 'T'), 1.2f); // A/a equivalent
  93     assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', 't'), 1.5f); // T/t not equivalent
  94     assertEquals(sm.getPairwiseScore('a', 't'), 1.5f);
  95     assertEquals(sm.getPairwiseScore('T', ' '), 2.4f);
  96     assertEquals(sm.getPairwiseScore('U', 'x'), 3.6f);
  97     assertEquals(sm.getPairwiseScore('u', 'x'), 3.6f);
  98     assertEquals(sm.getPairwiseScore('U', 'X'), 0f); // X (upper) unmapped
  99     assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', '.'), 0f); // . unmapped
 100     assertEquals(sm.getPairwiseScore('-', '-'), 7.7f);
 101     assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', (char) 128), 0f); // out of range
 102   }
 103
 104   @Test(groups = "Functional")
 105   public void testParse_invalidInput()
 106   {
 107     /*
 108      * valid first
 109      */
 110     String data = "ScoreMatrix MyTest\nXY\n1 2\n3 4\n";
 111     ScoreMatrix sm = ScoreMatrix.parse(new ByteArrayInputStream(data
 112             .getBytes()));
 113     assertNotNull(sm);
 114
 115     /*
 116      * Name missing
 117      */
 118     data = "ScoreMatrix\nXY\n1 2\n3 4\n";
 119     sm = ScoreMatrix.parse(new ByteArrayInputStream(data.getBytes()));
 120     assertNull(sm);
 121
 122     /*
 123      * ScoreMatrix header missing
 124      */
 125     data = "XY\n1 2\n3 4\n";
 126     sm = ScoreMatrix.parse(new ByteArrayInputStream(data.getBytes()));
 127     assertNull(sm);
 128
 129     /*
 130      * Not enough rows
 131      */
 132     data = "ScoreMatrix MyTest\nXY\n1 2\n";
 133     sm = ScoreMatrix.parse(new ByteArrayInputStream(data.getBytes()));
 134     assertNull(sm);
 135
 136     /*
 137      * Not enough columns
 138      */
 139     data = "ScoreMatrix MyTest\nXY\n1 2\n3\n";
 140     sm = ScoreMatrix.parse(new ByteArrayInputStream(data.getBytes()));
 141     assertNull(sm);
 142
 143     /*
 144      * Too many columns
 145      */
 146     data = "ScoreMatrix MyTest\nXY\n1 2\n3 4 5\n";
 147     sm = ScoreMatrix.parse(new ByteArrayInputStream(data.getBytes()));
 148     assertNull(sm);
 149
 150     /*
 151      * Too many rows
 152      */
 153     data = "ScoreMatrix MyTest\nXY\n1 2\n3 4\n6 7";
 154     sm = ScoreMatrix.parse(new ByteArrayInputStream(data.getBytes()));
 155     assertNull(sm);
 156
 157     /*
 158      * unsupported delimiter |
 159      */
 160     data = "ScoreMatrix MyTest\nXY\n1|2\n3|4\n";
 161     sm = ScoreMatrix.parse(new ByteArrayInputStream(data.getBytes()));
 162     assertNull(sm);
 163
 164     /*
 165      * Bad float value
 166      */
 167     data = "ScoreMatrix MyTest\nXY\n1 2\n3 four\n";
 168     sm = ScoreMatrix.parse(new ByteArrayInputStream(data.getBytes()));
 169     assertNull(sm);
 170
 171   }
 172 }