test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreModelsTest.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.api.analysis.DistanceModelI;
   8
   9 import java.util.Iterator;
  10
  11 import org.testng.annotations.Test;
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  13 public class ScoreModelsTest
  14 {
  15   /**
  16    * Verify that the singleton constructor successfully loads Jalview's built-in
  17    * score models
  18    */
  19   @Test
  20   public void testConstructor()
  21   {
  22     Iterator<DistanceModelI> models = ScoreModels.getInstance().getModels()
  23             .iterator();
  24     assertTrue(models.hasNext());
  25
  26     /*
  27      * models are served in order of addition
  28      */
  29     DistanceModelI sm = models.next();
  30     assertTrue(sm instanceof PairwiseDistanceModel);
  31     assertEquals(sm.getName(), "BLOSUM62");
  32     assertEquals(((PairwiseDistanceModel) sm).getScoreModel()
  33             .getPairwiseScore('I', 'R'), -3f);
  34
  35     sm = models.next();
  36     assertTrue(sm instanceof PairwiseDistanceModel);
  37     assertEquals(sm.getName(), "PAM250");
  38     assertEquals(((PairwiseDistanceModel) sm).getScoreModel()
  39             .getPairwiseScore('R', 'C'), -4f);
  40
  41     sm = models.next();
  42     assertTrue(sm instanceof PairwiseDistanceModel);
  43     assertEquals(sm.getName(), "Identity (SeqSpace)");
  44     assertEquals(((PairwiseDistanceModel) sm).getScoreModel()
  45             .getPairwiseScore('R', 'C'), 0f);
  46     assertEquals(((PairwiseDistanceModel) sm).getScoreModel()
  47             .getPairwiseScore('R', 'r'), 1f);
  48
  49     sm = models.next();
  50     assertTrue(sm instanceof PairwiseDistanceModel);
  51     assertEquals(sm.getName(), "DNA");
  52     assertEquals(((PairwiseDistanceModel) sm).getScoreModel()
  53             .getPairwiseScore('c', 'x'), 1f);
  54
  55     sm = models.next();
  56     assertFalse(sm instanceof PairwiseDistanceModel);
  57     assertEquals(sm.getName(), "Sequence Feature Similarity");
  58
  59     sm = models.next();
  60     assertFalse(sm instanceof PairwiseDistanceModel);
  61     assertEquals(sm.getName(), "PID");
  62   }
  63 }