test/jalview/bin/commandsTest2.argfile2

   1 --debug
   2 --nonews
   3 --nosplash
   4 --substitutions
   5 --open=examples/test_fab41.result/sample.a2m
   6 --noannotations
   7 --nossannotations
   8 --colour=gecos:flower
   9 --structure=[tempfac=plddt;paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3_scores.json]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3.pdb
  10 --structureviewer=none
  11 --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_2_model_4.pdb
  12 --structureviewer=jmol
  13 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_2_model_4_scores.json
  14 --tempfac=plddt
  15 --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_3_model_2.pdb
  16 --structureviewer=jmol
  17 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_3_model_2_scores.json
  18 --tempfac=plddt
  19 --structure=[viewer=none]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_4_model_5.pdb
  20 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_4_model_5_scores.json
  21 --tempfac=plddt
  22 --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_5_model_1.pdb
  23 --structureviewer=none
  24 --tempfac=plddt
  25 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_5_model_1_scores.json
  26 #--headless