test/jalview/controller/AlignViewControllerTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.controller;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  28 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30
  31 import java.util.BitSet;
  32
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 public class AlignViewControllerTest
  36 {
  37   @Test(groups = "Functional")
  38   public void testFindColumnsWithFeature()
  39   {
  40     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "aMMMaaaaaaaaaaaaaaaa");
  41     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "aaaMMMMMMMaaaaaaaaaa");
  42     SequenceI seq3 = new Sequence("seq3", "aaaaaaaaaaMMMMMaaaaa");
  43     SequenceI seq4 = new Sequence("seq3", "aaaaaaaaaaaaaaaaaaaa");
  44
  45     /*
  46      * features start/end are base 1
  47      */
  48     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "desc", 2, 4, 0f,
  49             null));
  50     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Helix", "desc", 1, 15, 0f,
  51             null));
  52     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "desc", 4, 10, 0f,
  53             null));
  54     seq3.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "desc", 11, 15,
  55             0f, null));
  56     // disulfide bond is a 'contact feature' - only select its 'start' and 'end'
  57     seq3.addSequenceFeature(new SequenceFeature("disulfide bond", "desc", 8, 12,
  58             0f, null));
  59
  60     /*
  61      * select the first three columns --> Metal in seq1 2-3
  62      */
  63     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  64     sg.setStartRes(0); // base 0
  65     sg.setEndRes(2);
  66     sg.addSequence(seq1, false);
  67     sg.addSequence(seq2, false);
  68     sg.addSequence(seq3, false);
  69     sg.addSequence(seq4, false);
  70
  71     BitSet bs = new BitSet();
  72     int seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg,
  73             bs);
  74     assertEquals(1, seqCount);
  75     assertEquals(2, bs.cardinality());
  76     assertTrue(bs.get(1));
  77     assertTrue(bs.get(2));
  78
  79     /*
  80      * select the first four columns: Metal in seq1 2:4, seq2 4:4
  81      */
  82     sg.setEndRes(3);
  83     bs.clear();
  84     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg, bs);
  85     assertEquals(2, seqCount);
  86     assertEquals(3, bs.cardinality());
  87     assertTrue(bs.get(1));
  88     assertTrue(bs.get(2));
  89     assertTrue(bs.get(3));
  90
  91     /*
  92      * select column 11: Metal in seq3 only
  93      */
  94     sg.setStartRes(10);
  95     sg.setEndRes(10);
  96     bs.clear();
  97     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg, bs);
  98     assertEquals(1, seqCount);
  99     assertEquals(1, bs.cardinality());
 100     assertTrue(bs.get(10));
 101
 102     /*
 103      * select columns 16-20: no Metal feature
 104      */
 105     sg.setStartRes(15);
 106     sg.setEndRes(19);
 107     bs.clear();
 108     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg, bs);
 109     assertEquals(0, seqCount);
 110     assertEquals(0, bs.cardinality());
 111
 112     /*
 113      * columns 9-11 should not match disulfide bond at 8/12
 114      */
 115     sg.setStartRes(8);
 116     sg.setEndRes(10);
 117     bs.clear();
 118     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("disulfide bond",
 119             sg, bs);
 120     assertEquals(0, seqCount);
 121     assertEquals(0, bs.cardinality());
 122
 123     /*
 124      * columns 6-14 should match disulfide bond at 8/12
 125      */
 126     sg.setStartRes(5);
 127     sg.setEndRes(13);
 128     bs.clear();
 129     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("disulfide bond",
 130             sg, bs);
 131     assertEquals(1, seqCount);
 132     assertEquals(2, bs.cardinality());
 133     assertTrue(bs.get(7));
 134     assertTrue(bs.get(11));
 135
 136     /*
 137      * look for a feature that isn't there
 138      */
 139     sg.setStartRes(0);
 140     sg.setEndRes(19);
 141     bs.clear();
 142     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Pfam", sg, bs);
 143     assertEquals(0, seqCount);
 144     assertEquals(0, bs.cardinality());
 145   }
 146 }