test/jalview/datamodel/AlignmentAnnotationTests.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.junit.Assert.*;
   4
   5 import java.awt.Frame;
   6
   7 import javax.swing.JFrame;
   8 import javax.swing.SwingWorker;
   9
  10 import jalview.analysis.AlignSeq;
  11 import jalview.gui.AlignFrame;
  12 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  13 import jalview.io.FormatAdapter;
  14
  15 import org.junit.Test;
  16
  17 public class AlignmentAnnotationTests
  18 {
  19   /**
  20    * create some dummy annotation derived from the sequence
  21    *
  22    * @param sq
  23    */
  24   public static void createAnnotation(SequenceI sq)
  25   {
  26     Annotation[] al = new Annotation[sq.getLength()];
  27     for (int i = 0; i < al.length; i++)
  28     {
  29       al[i] = new Annotation(new Annotation("" + sq.getCharAt(i), "",
  30               (char) 0, (float) sq.findPosition(i)));
  31     }
  32     AlignmentAnnotation alan = new AlignmentAnnotation("For "
  33             + sq.getName(), "Fake alignment annot", al);
  34     // create a sequence mapping for the annotation vector in its current state
  35     alan.createSequenceMapping(sq, sq.getStart(), false);
  36     sq.addAlignmentAnnotation(alan);
  37   }
  38
  39   /**
  40    * use this to test annotation derived from method above as it is transferred
  41    * across different sequences derived from same dataset coordinate frame
  42    *
  43    * @param ala
  44    */
  45   public static void testAnnotTransfer(AlignmentAnnotation ala)
  46   {
  47     assertEquals(
  48             "Failed - need annotation created by createAnnotation method",
  49             ala.description, "Fake alignment annot");
  50     ala.adjustForAlignment();
  51     for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
  52     {
  53       if (ala.annotations[p] != null)
  54       {
  55         assertEquals("Mismatch at position " + p
  56                 + " between annotation position value and sequence"
  57                 + ala.annotations[p], (int) ala.annotations[p].value,
  58                 ala.sequenceRef.findPosition(p));
  59       }
  60     }
  61   }
  62
  63   /**
  64    * Tests the liftOver method and also exercises the functions for remapping
  65    * annotation across different reference sequences. Here, the test is between
  66    * different dataset frames (annotation transferred by mapping between
  67    * sequences)
  68    */
  69   @Test
  70   public void testLiftOver()
  71   {
  72     SequenceI sqFrom = new Sequence("fromLong", "QQQCDEWGH");
  73     sqFrom.setStart(10);
  74     sqFrom.setEnd(sqFrom.findPosition(sqFrom.getLength() - 1));
  75     SequenceI sqTo = new Sequence("toShort", "RCDEW");
  76     sqTo.setStart(20);
  77     sqTo.setEnd(sqTo.findPosition(sqTo.getLength() - 1));
  78     createAnnotation(sqTo);
  79     AlignmentAnnotation origTo = sqTo.getAnnotation()[0];
  80     createAnnotation(sqFrom);
  81     AlignmentAnnotation origFrom = sqFrom.getAnnotation()[0];
  82     AlignSeq align = AlignSeq.doGlobalNWAlignment(sqFrom, sqTo,
  83             AlignSeq.PEP);
  84     SequenceI alSeq1 = new Sequence(sqFrom.getName(), align.getAStr1());
  85     alSeq1.setStart(sqFrom.getStart() + align.getSeq1Start() - 1);
  86     alSeq1.setEnd(sqFrom.getStart() + align.getSeq1End() - 1);
  87     alSeq1.setDatasetSequence(sqFrom);
  88     SequenceI alSeq2 = new Sequence(sqTo.getName(), align.getAStr2());
  89     alSeq2.setStart(sqTo.getStart() + align.getSeq2Start() - 1);
  90     alSeq2.setEnd(sqTo.getStart() + align.getSeq2End() - 1);
  91     alSeq2.setDatasetSequence(sqTo);
  92     System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences("STH",
  93             new Alignment(new SequenceI[]
  94             { sqFrom, alSeq1, sqTo, alSeq2 }), true));
  95
  96     Mapping mp = align.getMappingFromS1(false);
  97
  98     AlignmentAnnotation almap1 = new AlignmentAnnotation(
  99             sqTo.getAnnotation()[0]);
 100     almap1.liftOver(sqFrom, mp);
 101     assertEquals(almap1.sequenceRef, sqFrom);
 102     alSeq1.addAlignmentAnnotation(almap1);
 103     almap1.setSequenceRef(alSeq1);
 104     almap1.adjustForAlignment();
 105     AlignmentAnnotation almap2 = new AlignmentAnnotation(
 106             sqFrom.getAnnotation()[0]);
 107     almap2.liftOver(sqTo, mp);
 108     assertEquals(almap2.sequenceRef, sqTo);
 109
 110     alSeq2.addAlignmentAnnotation(almap2);
 111     almap2.setSequenceRef(alSeq2);
 112     almap2.adjustForAlignment();
 113
 114     AlignmentI all = new Alignment(new SequenceI[]
 115     { alSeq1, alSeq2 });
 116     all.addAnnotation(almap1);
 117     all.addAnnotation(almap2);
 118     System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences("STH",
 119             all, true));
 120
 121     for (int p = 0; p < alSeq1.getLength(); p++)
 122     {
 123       Annotation orig1, trans1, orig2, trans2;
 124       trans2 = almap2.annotations[p];
 125       orig2 = origFrom.annotations[alSeq1.findPosition(p)
 126               - sqFrom.getStart()];
 127       orig1 = origTo.annotations[alSeq2.findPosition(p) - sqTo.getStart()];
 128       trans1 = almap1.annotations[p];
 129       if (trans1 == trans2)
 130       {
 131         System.out.println("Pos " + p + " mismatch");
 132         continue;
 133       }
 134       assertEquals(
 135               "Mismatch on Original From and transferred annotation on 2",
 136               (orig2 != null) ? orig2.toString() : null,
 137               (trans2 != null) ? trans2.toString() : null);
 138       assertEquals(
 139               "Mismatch on Original To and transferred annotation on 1",
 140               (orig1 != null) ? orig1.toString() : null,
 141               (trans1 != null) ? trans1.toString() : null);
 142       String alm1 = ""
 143               + (almap1.annotations.length > p ? almap1.annotations[p].displayCharacter
 144                       : "Out of range");
 145       String alm2 = ""
 146               + (almap2.annotations.length > p ? almap2.annotations[p].displayCharacter
 147                       : "Out of range");
 148       assertEquals("Position " + p + " " + alm1 + " " + alm2, alm1, alm2);
 149     }
 150     // new jalview.io.FormatAdapter().formatSequences("STOCKHOLM", n)
 151   }
 152
 153 }