test/jalview/datamodel/DBRefEntryTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertFalse;
   4 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   5 import jalview.util.MapList;
   6
   7 import org.junit.Test;
   8
   9 public class DBRefEntryTest
  10 {
  11
  12   /**
  13    * Tests for the method that compares equality of reference (but not mapping)
  14    */
  15   @Test
  16   public void testEqualRef()
  17   {
  18     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V71633");
  19     assertTrue(ref1.equalRef(ref1));
  20     assertFalse(ref1.equalRef(null));
  21
  22     // comparison is not case sensitive
  23     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("uniprot", "1", "v71633");
  24     assertTrue(ref1.equalRef(ref2));
  25     assertTrue(ref2.equalRef(ref1));
  26
  27     // source, version and accessionid must match
  28     assertFalse(ref1.equalRef(new DBRefEntry("UNIPRO", "1", "V71633")));
  29     assertFalse(ref1.equalRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "2", "V71633")));
  30     assertFalse(ref1.equalRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V71632")));
  31
  32     // presence of or differences in mappings are ignored
  33     ref1.setMap(new Mapping(new MapList(new int[]
  34     { 1, 3 }, new int[]
  35     { 1, 1 }, 3, 1)));
  36     assertTrue(ref1.equalRef(ref2));
  37     assertTrue(ref2.equalRef(ref1));
  38     ref1.setMap(new Mapping(new MapList(new int[]
  39     { 1, 6 }, new int[]
  40     { 1, 2 }, 3, 1)));
  41     assertTrue(ref1.equalRef(ref2));
  42     assertTrue(ref2.equalRef(ref1));
  43   }
  44 }