test/jalview/datamodel/MappedFeaturesTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.util.MapList;
   6
   7 import java.util.ArrayList;
   8 import java.util.HashMap;
   9 import java.util.List;
  10 import java.util.Map;
  11
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 public class MappedFeaturesTest
  15 {
  16   @Test
  17   public void testFindProteinVariants()
  18   {
  19     /*
  20      * scenario:
  21      * dna/10-20 aCGTaGctGAa (codons CGT=R, GGA = G)
  22      * mapping: 3:1 from [11-13,15,18-19] to peptide/1-2 RG
  23      */
  24     SequenceI from = new Sequence("dna/10-20", "ACGTAGCTGAA");
  25     SequenceI to = new Sequence("peptide", "RG");
  26     MapList map = new MapList(new int[] { 11, 13, 15, 15, 18, 19 },
  27             new int[]
  28             { 1, 2 }, 3, 1);
  29     Mapping mapping = new Mapping(to, map);
  30
  31     /*
  32      * variants
  33      * C>T at dna11, consequence CGT>TGT=C
  34      * T>C at dna13, consequence CGT>CGC synonymous
  35      */
  36     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
  37     SequenceFeature sf1 = new SequenceFeature("sequence_variant", "C,T",
  38             11, 11, null);
  39     sf1.setValue("alleles", "C,T");
  40     features.add(sf1);
  41     SequenceFeature sf2 = new SequenceFeature("sequence_variant", "T,C", 13,
  42             13, null);
  43     sf2.setValue("alleles", "T,C");
  44     features.add(sf2);
  45
  46     /*
  47      * missense variant in first codon
  48      */
  49     MappedFeatures mf = new MappedFeatures(mapping, from, 1, 'R',
  50             features);
  51     String variant = mf.findProteinVariants(sf1);
  52     assertEquals(variant, "p.Arg1Cys");
  53
  54     /*
  55      * more than one alternative allele
  56      * C>G consequence is GGT=G
  57      * peptide variants as a comma-separated list
  58      */
  59     sf1.setValue("alleles", "C,T,G");
  60     variant = mf.findProteinVariants(sf1);
  61     assertEquals(variant, "p.Arg1Cys,p.Arg1Gly");
  62
  63     /*
  64      * synonymous variant in first codon
  65      * shown in HGVS notation on peptide
  66      */
  67     variant = mf.findProteinVariants(sf2);
  68     assertEquals(variant, "c.13T>C(p.=)");
  69
  70     /*
  71      * CSQ:HGVSp value is used if present
  72      */
  73     Map<String, String> csq = new HashMap<>();
  74     csq.put("HGVSp", "hello:world");
  75     sf2.setValue("CSQ", csq);
  76     variant = mf.findProteinVariants(sf2);
  77     assertEquals(variant, "world");
  78
  79     /*
  80      * missense and indel variants in second codon
  81      * - codon is GGA spliced from dna positions 15,18,19
  82      * - SNP G>T in second position mutates GGA>G to GTA>V
  83      * - indel variants are not computed or reported
  84      */
  85     mf = new MappedFeatures(mapping, from, 2, 'G', features);
  86     features.clear();
  87     SequenceFeature sf3 = new SequenceFeature("sequence_variant",
  88             "G,-,CG,T", 18, 18, null);
  89     sf3.setValue("alleles", "G,-,CG,T");
  90     features.add(sf3);
  91     variant = mf.findProteinVariants(sf3);
  92     assertEquals(variant, "p.Gly2Val");
  93
  94     /*
  95      * G>T in first position gives TGA Stop
  96      * shown with HGVS notation as 'Ter'
  97      */
  98     SequenceFeature sf4 = new SequenceFeature("sequence_variant", "G,T", 15,
  99             15, null);
 100     sf4.setValue("alleles", "G,-,CG,T");
 101     features.add(sf4);
 102     variant = mf.findProteinVariants(sf4);
 103     assertEquals(variant, "p.Gly2Ter");
 104
 105     /*
 106      * feature must be one of those in MappedFeatures
 107      */
 108     SequenceFeature sf9 = new SequenceFeature("sequence_variant", "G,C", 15,
 109             15, null);
 110     variant = mf.findProteinVariants(sf9);
 111     assertEquals(variant, "");
 112   }
 113 }