test/jalview/datamodel/MappedFeaturesTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24
  25 import jalview.util.MapList;
  26
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.HashMap;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.Map;
  31
  32 import org.testng.annotations.Test;
  33
  34 public class MappedFeaturesTest
  35 {
  36   @Test(groups = "Functional")
  37   public void testFindProteinVariants()
  38   {
  39     /*
  40      * scenario:
  41      * dna/10-20 aCGTaGctGAa (codons CGT=R, GGA = G)
  42      * mapping: 3:1 from [11-13,15,18-19] to peptide/1-2 RG
  43      */
  44     SequenceI from = new Sequence("dna/10-20", "acgTAGCTGAA");
  45     SequenceI to = new Sequence("peptide", "RG");
  46     MapList map = new MapList(new int[] { 11, 13, 15, 15, 18, 19 },
  47             new int[]
  48             { 1, 2 }, 3, 1);
  49     Mapping mapping = new Mapping(to, map);
  50
  51     /*
  52      * variants
  53      * C>T at dna11, consequence CGT>TGT=C
  54      * T>C at dna13, consequence CGT>CGC synonymous
  55      */
  56     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
  57     SequenceFeature sf1 = new SequenceFeature("sequence_variant", "C,T", 11,
  58             11, null);
  59     sf1.setValue("alleles", "C,T");
  60     features.add(sf1);
  61     SequenceFeature sf2 = new SequenceFeature("sequence_variant", "T,C", 13,
  62             13, null);
  63     sf2.setValue("alleles", "T,C");
  64     features.add(sf2);
  65
  66     /*
  67      * missense variant in first codon
  68      */
  69     MappedFeatures mf = new MappedFeatures(mapping, from, 1, 'R', features);
  70     String variant = mf.findProteinVariants(sf1);
  71     assertEquals(variant, "p.Arg1Cys");
  72
  73     /*
  74      * more than one alternative allele
  75      * C>G consequence is GGT=G
  76      * peptide variants as a comma-separated list
  77      */
  78     sf1.setValue("alleles", "C,T,G");
  79     variant = mf.findProteinVariants(sf1);
  80     assertEquals(variant, "p.Arg1Cys,p.Arg1Gly");
  81
  82     /*
  83      * synonymous variant in first codon
  84      * shown in HGVS notation on peptide
  85      */
  86     variant = mf.findProteinVariants(sf2);
  87     assertEquals(variant, "c.13T>C(p.=)");
  88
  89     /*
  90      * CSQ:HGVSp value is used if present
  91      * _and_ it contains "p." following a colon
  92      */
  93     Map<String, String> csq = new HashMap<>();
  94     csq.put("HGVSp", "hello:world");
  95     sf2.setValue("CSQ", csq);
  96     variant = mf.findProteinVariants(sf2);
  97     assertEquals(variant, "c.13T>C(p.=)");
  98     csq.put("HGVSp", "p.HelloWorld");
  99     variant = mf.findProteinVariants(sf2);
 100     assertEquals(variant, "c.13T>C(p.=)");
 101     csq.put("HGVSp", "try this:hellop.world");
 102     variant = mf.findProteinVariants(sf2);
 103     assertEquals(variant, "hellop.world");
 104
 105     /*
 106      * missense and indel variants in second codon
 107      * - codon is GGA spliced from dna positions 15,18,19
 108      * - SNP G>T in second position mutates GGA>G to GTA>V
 109      * - indel variants are not computed or reported
 110      */
 111     mf = new MappedFeatures(mapping, from, 2, 'G', features);
 112     features.clear();
 113     SequenceFeature sf3 = new SequenceFeature("sequence_variant",
 114             "G,-,CG,T", 18, 18, null);
 115     sf3.setValue("alleles", "G,-,CG,T");
 116     features.add(sf3);
 117     variant = mf.findProteinVariants(sf3);
 118     assertEquals(variant, "p.Gly2Val");
 119
 120     /*
 121      * G>T in first position gives TGA Stop
 122      * shown with HGVS notation as 'Ter'
 123      */
 124     SequenceFeature sf4 = new SequenceFeature("sequence_variant", "G,T", 15,
 125             15, null);
 126     sf4.setValue("alleles", "G,-,CG,T");
 127     features.add(sf4);
 128     variant = mf.findProteinVariants(sf4);
 129     assertEquals(variant, "p.Gly2Ter");
 130
 131     /*
 132      * feature must be one of those in MappedFeatures
 133      */
 134     SequenceFeature sf9 = new SequenceFeature("sequence_variant", "G,C", 15,
 135             15, null);
 136     variant = mf.findProteinVariants(sf9);
 137     assertEquals(variant, "");
 138   }
 139 }